梵語bi^ja，巴利語同。(一)如同谷類等之由其種子所生，色法（物質）與心法（精神）等一切現象亦有其産生之因種，稱爲種子。谷類之種子稱爲外種；對外之種子而言，唯識宗將種子攝于阿賴耶識中，稱爲內種。內種子系指其生果功能而言（生果作用），乃爲現行諸法（現在所顯現之諸現象）薰習于阿賴耶識中而形成一特殊之習性者，故又稱習氣或余習。
種子之說，原爲一種譬喻，最早見于雜阿含經。部派佛教中之化地部亦謂，于“窮生死蘊”之識中，常藏有色法與心法之種子；對此，經量部認爲色法與心法互爲種子而具有薰他之性質，故主張“色心互薰”之說。于瑜伽師地論中，立阿賴耶識爲“種子識”，並謂此識能生色、心、善、惡等一切諸法，而藏有一切種子。
“種子”一詞，其後成爲大乘唯識學重要術語之一。據成唯識論卷二之說，于阿賴耶識中，能同時生起七轉諸法現行之果，又具有令自類之種子前後相續不斷之功能；即能生一切有漏、無漏、有爲等諸法之功能者，皆稱爲種子。如同植物之種子，具有産生一切現象之可能性。種子藏于阿賴耶識中，前者（種子）爲因、作用，後者（阿賴耶識）爲果、本體。然種子自身並非一客體，而系一純粹之精神作用。
自類別而言，種子可分兩種：(一)能産生諸現象（衆生之迷界）者，稱爲有漏種子。 (二)能生菩提之因者，稱爲無漏種子。有漏種子複可分爲二類：(1)能産生與種子同種類之現象者，稱爲名言種子、等流種子、等流習氣。(2)可幫助名言種子，以善惡業而産生異熟作用者（即具有産生當來有漏果之功能），稱爲業種子、異熟種子、有支習氣、異熟習氣。上述之中，名言種子系一切諸法之“親因緣”種子，乃以名言爲緣所薰成之種子，又分成表義名言與顯境名言兩種。表義名言種子，指于名言（名、句、文等）中诠表諸法之義者；第六識即緣此名言，隨其語言音聲而變現一切諸法之相狀，由之所薰成之種子。顯境名言種子，指緣前七識之見分（認識諸法相狀之作用）爲境，隨緣所薰成之種子。若就現行所受用之情形而言，名言種子又有共相與不共相二種名言種子。共相名言種子，如日月、星辰、山河、大地等，舉凡可供自他共同受用者，是爲共相；能生起此類共相境界之種子，皆稱爲共相名言種子。自相名言種子，例如各人之身體，僅能供一己受用；能變現此等自相之種子，稱爲自相名言種子。又就作用而言，共相與不共相之名言種子均由共業與不共業之業種子爲之資助，始能招感其相，即共業種子資助共相種子，始能招感共相；不共業種子資助不共相種子，始能招感不共相。准此可知，大乘唯識之宗義，乃謂無論依報、正報等一切萬法皆由種子所變現者。
另據成唯識論卷二、梁譯攝大乘論釋卷二之說，種子具有六項條件，稱爲種子六義，即：(一)刹那滅，由于無常而有生滅之變化。(二)果俱有，果者，識與根。識與根同時俱起，互不相離。(叁)恒隨轉，識起時，種子亦隨而轉動，無有間隔。(四)性決定，諸識所緣之善、惡等性，必有因果，而無有間雜，譬如眼識緣惡境則成惡法而不能成善法。(五)待衆緣，識非爲一因而生，必藉外緣方能産生現行。(六)引自果，色（物質）與心各自引生自果，色法由色法之種子所生，心法由心法之種子所生，並非交互而成者。
至于種子生起之情形，依曆來各種主張，可歸納爲叁說：(一)本有說，護月之主張，稱爲“本有家”。(二)新薰說，難陀、勝軍之主張，稱爲“新薰家”。(叁)新舊合生說，護法之主張，稱爲“新舊合生家”。唯識宗系以第叁說爲正說，即認爲種子有二類： (一)本有種子，即自無始以來，先天存在于阿賴耶識中之種子，又稱本性住種。(二)新薰種子，即由後天現行諸法所薰習成之種子，又稱習所成種。諸法之發生，除初入“見道”刹那之無漏智，僅從本有無漏種子生起外，其余一切法無不由本有、新薰二類種子和合而生。蓋唯識宗對于由“種子”變現成“諸法”之關系，最重要者即爲：由“叁法”所構成的“二重”因果說。所謂叁法，即指“能生之種子”（本有種子）、“所生之現行”、“所薰之新種”（新薰種子）；所謂二重因果，即指“種子生現行”、“現行薰因種子”。此叁法同時輾轉互成二重之果，即一種子既爲同一刹那間之“現行之因”，亦爲後一刹那之“種子之果”，故又可稱爲“種子生種子”。當色、心之諸緣和合時，阿賴耶識所持之種子必令當前之外界産生某種現象，此即“生起現行”；于同一刹那，其現行之法必隨所應而薰種子，此即現行薰種子。就八識而論之，則第八識所持之種子爲因，生起眼等之七轉識；同一刹那，七轉識之現行法亦爲因，而生起第八識之種子，故有所謂“七轉、八識，互爲因果”之說。
此外，唯識宗之另一宗義“五姓各別”說，乃依據本有無漏種之種別及其有無等問題而建立者，即主張一切有情衆生自本有以來即具有聲聞種姓、獨覺種姓、如來種姓、不定種姓、無性有情等五種不同之類型，各有所別，而不可轉變改易；此一主張相對于一乘家“衆生悉有佛性”之說。［解深密經卷二、俱舍論卷四、卷五、瑜伽師地論卷五、卷五十一、卷五十二、顯識論、顯揚聖教論卷十七、成唯識論述記卷七末、瑜伽論記卷十叁上、卷十叁下］
(二)密教中，表示佛、菩薩等諸尊所說真言之梵字。乃真言行者修字輪觀時所觀照者。又作種字、種子字。所以稱種子者，乃因其具有“自一字可生多字，多字複可赅攝于一字”之意。故知“種子”一詞，含有引生、攝持之義。例如合十字爲一句，若以第一字爲種子，則可依之引生下面九字所具有之觀智，同時此九字之意義亦可攝入第一字。密教即以此理表示若了知一法，即了知一切法；若了知一法空，即了知一切法空；若能于一字專注行觀，修諸行願，即能于一切行願皆得圓滿。
一般而言，種子具有叁義，即：(一)了因義，譬如由煙而識火之體性；經由觀種子之字門，即可了知佛智。(二)生因義，譬如由谷類等之種子可生出根莖花果等；由種子可生叁昧耶形。(叁)本有義，意謂字門即諸法之根源，具足本來之性德，而可作爲軌範者。以具足上述叁義，故密教諸尊多以之爲表征。
諸尊之種子，就來源而言，有下列數種：(一)較常見者，多采取真言之第一字，例如胎藏界大日如來之種子爲豙，月天之種子爲傊，水天之種子爲釯。(二)以真言之中字爲種子者，如地藏之種子嵔。(叁)亦有采用真言之終字爲種子者，如金剛界大日如來之種子徤，釋迦之種子澊。(四)取梵號以爲種子者，如文殊之種子禱，藥師之種子螌。(五)取自與本誓相應之用語，如聖觀音之種子逘，系取自 samantamukha（普門）一語。(六)真言與梵號並取者，如阿彌陀佛之種子逳。
除一尊各別之種子外，另有共通于此類諸尊之種子，稱爲通種子，例如金剛界五部，各以其主尊（大日、阿■、寶生、彌陀、不空成就）之種子爲其各部之通種子。又種子並不限于諸尊所用，一切法門悉得建立種子，如五大各有其種子：地之種子爲豙（阿字門），水爲釯（縛字門），火爲高（啰字門），風爲嵔（诃字門），空爲傡（佉字門）。此外，書寫種子之曼荼羅，稱爲種子曼荼羅；以種子觀行，則稱種子觀。曆來有將密教經軌中諸尊之種子輯錄成諸尊種子真言集、種子集等。［仁王經道場念誦儀軌卷下、大日經疏卷一、卷六、卷十、卷十四］
全稱二種種子。真言之阿等一字，生無量之義，譬如草木之種子，故稱種子。瑜只經疏卷二（大六一·四九五上）：“佛部以豙（阿）爲種子，成率都婆；蓮花部以高（啰）爲種子，成八葉蓮花（中略）若秘密法品以逘（娑）爲蓮花部種子；金剛部以釯（縛）爲種子，成五股金剛。”
唯識家言，種子是由前七轉識熏習所成，與能、所熏不可分割（前七識爲能熏，第八本識爲所熏），而表現爲體與相、因與果之關系。亦即種子依附在本識體上，成爲本識相分之一分；同時種子隨逐本識潛滋暗長，一遇現緣引發，便騰躍而生，現起轉識，是之謂由種子生起現行。譬如人體之行動，口中之語言，心裏之意想，都能印在心中，稱爲業，或稱種子，遇緣之助力即能發起現行。
(一)約唯識宗言，依種子之性質，分爲二類：(1)名言種子，系依名言熏習第八識之種子，乃爲一切善惡諸法顯現之親因緣。(2)業種子，第六意識善惡業之種子，具有助長其他羸弱、無記種子現行之功能。
(二)依種子之生起而分，有二，即：(1)本有種子，即無始以來，在第八識中産生蘊處界之功能者。(2)新熏種子，即無始以來，由現行之前七識，熏習第八識後所聚集染淨之種子。
(叁)依漏之有無，複可分爲有漏種子與無漏種子二種。［成唯識論卷八］（參閱“種子”5863）
指共相之種子。即生自他共變之境的識變種子。又作共相種子、共相種。乃“不共種子”之對稱。此共相種子細別之，有共與不共二類。如山河、田宅等共相種子中，山河爲多人、禽獸等所共同受用，此爲共中之共；至于田宅，則爲個人所有，一人受用，故爲共中之不共。成唯識論述記卷叁本（大四叁·叁二一中）：“諸種子總有二種：一是共相，二不共相。何人（疑作“者”）爲共相？多人所感故。雖知人人所變各別，名爲唯識，然有相似共受用義說，名共相，實非自變他能用之。若能用者，此即名緣心外法故。然我此物爲增上緣，令多人可共受用名共相，如山河等。”［成唯識論演秘卷叁本、唯識論同學鈔卷二之二］（參閱“共相”2195）
業果之種子。“名言種子”之對稱。又稱業習氣（梵karma-va^sana^ ）、異熟習氣、有支習氣、有分熏種子、有受盡相種子。略稱業種。即第六識善惡思業之種子，有助于其他羸劣無記之種子生起現行之功能。八識心心所法中，唯第六識相應之思心所造作善惡業，自熏思種。然此思種有二種功能，一爲自生思心所之現行之功能；一爲助長其他羸劣無記之種子生起現行之功能。其中，自生現行之功能者稱爲名言種子，爲現行思心所之親因緣之習氣性故；助長其他之功能者稱爲業種子，對他果非親因緣故。第八識于叁性中，爲極劣無記之識體，故能生之名言種子亦爲羸劣無記之種子，自己無力生果。業種子即資助第八識無記之種子，決定其當來叁界五趣之果。業種子雖與名言種子同一體，然就自他而言，其用各別，故別立業種。［成唯識論卷八、瑜伽師地論卷五、卷八、攝大乘論釋卷二（無性）］
爲“現行惑”之對稱。乃生起一切煩惱之種子，亦即根本之無知。唯識家謂此煩惱之種子隨逐吾人，眠伏潛藏于阿賴耶識中，待衆緣而顯現。現行惑則指已顯現之煩惱障與所知障二種。［成唯識論述記卷四本］
即本來含藏之種子。略作本有種。又作本性住種。謂阿賴耶識（第八識）中本來含藏有漏、無漏一切有爲法之種子。而由後天現行諸法薰習所成之種子，則稱“新薰種子”。（參閱“種子”5863）
“共種子”之對稱。又作不共相種子。指能變生一人受用之法的種子。即五根種子。五根之勝義根不通于他人，故爲不共中不共；扶塵根則他人亦得受用，爲不共中共。其種子亦隨之而異。［成唯識論述記卷叁本］（參閱“不共相”966）
即本有種子與新薰種子。(一)無始以來，異熟識中法爾而有，有生一切有漏、無漏有爲法之功能，稱爲本有種子。(二)種子由現行之前七識，隨所應而色心萬差之種種習氣，悉皆落于第八識中，更成生果之功能，稱爲新薰種子，又作始起種子。［成唯識論卷二］
又作名言習氣、名言薰習、等流習氣。略稱名言種。叁種習氣之一。即指由名言（指名字與言說）所薰成之種子。爲“業種子”之對稱。亦即將名言薰習于阿賴耶識中，而形成引生自類各別之法的親因緣種子。
據梁譯攝大乘論釋卷四載，眼根、耳根等有爲法皆由言說薰習而生；言說以“名”爲體，“名”又分爲言說名與思惟名二種；此二種“名”皆以音聲爲本，即以音聲呼召諸法之名者，稱爲言說名，而後心緣上述之音聲加以分別者，稱爲思惟名。第六意識即隨此名言而變似諸法，並數習之而薰附于第八阿賴耶識中，以薰成其自類各別之法的親因緣種子，此種子因系由名言薰習而成，故稱名言種子。
另據成唯識論卷八，將名言分爲表義名言、顯境名言二種：(一)表義名言，即指能诠義之音聲，亦即指诠解諸法之名、句、文等，第六意識緣之，隨其名言變似諸法，而薰成種子。(二)顯境名言，即指能了境之心、心所法，亦即指前七識之見分等心，此等心之體雖非名言，然以其能顯所了之境，故亦稱爲名言。若隨此二名言所薰成之種子，即稱爲名言種子。總之，唯識宗認爲，名言種子系由七轉識中之善、惡、無記叁性薰習而成，恒常引生自類之果而相續不盡；亦即爲引生八識、叁性之體相差別者。
此外，據成唯識論述記卷二末載，由名言所薰之種子，能引生同性種子之等同流類之結果，故又稱等流習氣、名言習氣。此名言習氣與我執習氣、有支習氣，合稱爲叁種習氣、叁習氣。［梁譯攝大乘論釋卷五、叁無性論卷上、顯識論、攝大乘論疏卷五、成唯識論述記卷叁本、卷八本］（參閱“叁種習氣”658、“等流習氣”5172）
又作咒字袈裟、種子衣。爲輪袈裟之一。即折疊長一公尺余，寬約五十公分之布帛，于其上書寫叁衣之種子豙（阿）、徤（鍐）、傆（吽）叁字，並將兩端縫合，作爲簡略之袈裟而佩挂于頸部，此稱種子袈裟。日本天臺宗、真言宗及修驗道等僧侶常用于出行之際，或用于室內操持雜務。其他宗派之僧侶亦常佩帶。
據一字佛頂輪王經卷一所載，于桦皮上以雄黃書咒，布施諸比丘及比丘尼，置于袈裟角，恭敬佩之。一般即以此爲後世種子袈裟之本據。［悲華經卷八諸菩薩本授記品、摩诃僧祇律卷叁十八］
唯識宗謂諸法之種子各有本有、始起二類，而種子須具備之六項條件，稱爲種子六義。據成唯識論卷二、梁譯攝大乘論釋卷二等載，即：(一)刹那滅義，謂眼、耳、鼻、舌、身、意等諸識種子，一念才生，生則隨滅，念念不停，刹那變異。 (二)果俱有義，果即識與根，謂識與根同時俱起，以成力用。如眼根照色境時，眼識隨即同緣，于諸實境分明顯了。耳鼻舌身意亦同。(叁)恒隨轉義，謂眼耳等諸識起時，種子隨轉。如眼根照境時，眼識種子隨即相續，無有間隔。(四)性決定義，謂諸識各各所緣善、惡、無記等叁性，無有間雜。如眼識緣惡境，則成惡法，不能成善法；緣善境，則成善法，不能成惡法；若緣無記，則不能成善惡二法。(五)待衆緣義，謂諸識之種子非緣一因而生，必假衆緣而後成就。如眼識之種子須得空（無壅塞、不障礙）、明（亮光）、根、境等衆緣，方得顯發。(六)引自果義，謂諸識各引自體果用，非是色、心交互而成。如眼根照境時，眼識即緣所對之實境，而不混于聲、香等別體。
瑜伽師地論卷五謂“因”有七相，即無常法爲因、與他性爲因及與後自性爲因、已生未滅爲因、得余緣爲因、成變異爲因、與功能相應爲因、相稱相順爲因。成唯識論掌中樞要卷上末，以此七相相當于上記之種子六義。玆將二者對應之關系，列表如下。
［攝大乘論本卷上、攝大乘論無性釋卷二、攝大乘論世親釋卷二、成唯識論述記卷叁本、成唯識論了義燈卷叁、成唯識論演秘卷叁本］
梵語sarva-bi^ja-vijn~a^na。又作種子識。乃執持一切法之種子而不失之識，爲阿賴耶識之別名。成唯識論卷二（大叁一·七下）：“此能執持諸法種子，令不失，故名一切種。”又攝大乘論釋卷二（大叁一·叁二八上）：“謂有能生雜染品法，功能差別相應道理，由與生彼功能相應，故名一切種子識。于此義中，有現譬喻，如大麥子，于生自芽有功能，故有種子性；若時陳久，或火相應，此大麥果功能損壞，爾時麥相雖住如本，勢力壞故，無種子性，阿賴耶識亦複如是。”［攝大乘論本卷上、瑜伽師地論卷一］（參閱“阿賴耶識”3676）
略稱種生現。指由吾人心識內之“種子”而形成諸法之現行。亦即存在于第八識（阿賴耶識）中之無數種子，生起現前存在之諸多事物；而“種子”與“現行”兩者之間，“同一刹那，不相隔時。［成唯識論卷二］（參閱“種子”5863 ）
爲“顯境名言種子”之對稱。指由能表诠義理之名目、文句、言說等名言所薰習之種子。亦即自一切諸法之語言、音聲等所薰習之種子。名言種子中，顯色、心諸法之體，于心前變現其形相，而于第八識所薰習者，即表義名言種子。［成唯識論述記卷八本］