真言之阿等一字，生無量之義，譬如草本之種子，故名種子。諸尊各有種子，幖所具之衆德。仁王經軌曰：“言種子者，引生義，攝持義。”
　　“兩界種子”　　金胎兩曼之種子也。秘藏記曰：“胎藏界以真言初字爲種子，胎藏因曼荼羅，故以初因爲法體意也。金剛界以真言終字爲種子，金剛果曼荼羅，故以後果爲法體意也。”
　　“叁部種子”　　瑜只經曰：“佛部以阿□爲種子，成率都婆。蓮華部以娑□爲種子，成八葉蓮華。金剛部以嚩□爲種子，成五股金剛。” - 明·楊卓

　　名言種子有其二種：
　　一、表義名言種子　　因名起種，名表義名言種子。表義名言，即能诠義。音聲差別，非诠表聲，非是名言。然名是聲之屈曲差別，唯無記性，不能熏成色心等種。以因名故，心隨其名，變似五蘊叁性法等而熏成種。雖亦有依句等而成熏習，總說爲名。诠召諸法，名最勝故，名言進退，攝句字故。
　　二、顯境名言種子　　不因名言熏成種子，名顯境名言種子。顯境名言，即能了境心心所法，即是一切七識見分等心，非相分心。此見分等，實非名言能顯所了境，如言說名顯所诠法，故名爲名。
　　表義名言，唯第六識緣之熏習，余皆不緣，亦不能發，顯境名言，通前七識，非第八識隨二名言所熏成種，作有爲法各別因緣。 - 明·楊卓

　　現行望自親所熏種，能爲二緣，即因增上，唯除第八及六識中極劣無記，非能熏故。與非親種，以不辨體，唯一增上。種望親種，亦具二緣。于非親種，亦一增上。非唯有漏，淨種亦爾也。 - 明·楊卓

　　自一切惑相始終上說，分爲現行種子習氣叁種：
　　一、現行　　阿賴耶識，有生一切之法之功能，謂之種子。自此種子，生色心之法，謂之現行。複指所生之法，而謂之現行，亦謂之現行法，謂從阿賴耶識種子，顯現行動之一切法也。
　　二、種子　　對于現行法之稱。指在阿賴耶識中，生一切有漏無漏有爲法之功能，而謂之種子，猶如草木之種子也。是爲有爲法之正因，四緣中因緣之實體也。唯識論曰：“何法名爲種子？謂本識中親生因果功能差別。”唯識論述記曰：“種子即是諸法因緣，皆因相也。”
　　然種子說有二種：
　　一、本有種子　　第八識處，爲無始法爾有生一切有漏無漏有爲法之功能，是爲本有種子。
　　二、新薰種子　　種子由現行之前七識，隨所應而色心萬差之種種習氣，皆悉落在第八識中，更成生果之功能，謂之新薰種子，亦曰始起種子。
　　唯識論曰：“種子各有二類：一者本有，謂無始來，異熟識中，法爾而有生蘊界處功能差別，（中略）此即名爲本性住種。二者始起，謂無始來，數數現行薰習而有，（中略）此即名爲習所成種。”
　　叁、習氣　　煩惱之余氣曰習氣，又雲習。既伏惑之現行，且斷惑之種子，尚有惑之氣分而現惑相，是名習氣。述記曰：“言習氣者，是現行氣分薰習所成，故名習氣。此習氣叁乘之中，聲聞全不斷之，緣覺稍斷之，佛則全斷之也。” - 明·楊卓