唯識宗所立理論，謂阿賴耶識儲藏諸法種子，種子有二類，一爲本有種子一爲新熏種子。而種子須具備六項條件，稱爲種子六義。據《成唯識論》卷二等載，即：一、刹那滅，謂眼、耳、鼻、舌、身、意等諸識種一念才生，生則隨滅，念念不停，刹那變異。二、果俱有，果即識與根，謂識與根同時俱起，以成力用。如眼根照色境時，眼識隨即同緣，于諸實境分明顯了，耳、鼻、舌、身、意亦同。叁、恒隨轉義，謂眼耳等諸識起時，種子隨轉。如眼根照境時，眼識種子隨即相續，無有間隔。四、性決定義，謂諸識各各所緣善、惡、無記等叁性，無有間雜。如眼識緣惡境，則成惡法，不能成善法；緣善境，則成善法，不能成惡法；若緣無記，則不能成善惡二法。五、待衆緣義，謂諸識之種子非緣一因而生，必假衆緣而後成就。如眼識之種子須得空間、光明、根、境等衆緣，方得顯發。六、引自果義，謂諸識各引自體果用，非是色、心交互而成。如眼根照境時，眼識即緣所對之實境，而不混于聲、香等別體。見六義別釋。 - 于淩波居士著
種子是一種功能，此功能非物質而有物質的力用。世間色、心萬法，皆自此“能”、此“力”生起，故種子有下列之特性；一、種子非色非心，只是一種功能。二、此種功能遍宇宙，故種子亦遍宇宙。功能一旦起用（起現行），宇宙萬象森羅。故種子無盡，宇宙亦無盡。叁、種子無大小輕重之分，種子起現行時，“相分”由“見分”而顯示。故心識分別一旦生起，即攝盡全宇宙，無一法不在心識之中。 - 于淩波居士著
生識的九緣之一。種子，即眼等八種識之種子。謂眼識依眼根種子而能見色，耳識依耳根種子而能聞聲，鼻識依鼻根種子而能聞香，舌識依舌根種子而能嘗味，身識依身根種子而能覺觸，意識依意根種子而能分別，第七識依染淨種子而能相續，第八識依含藏種子而能生出一切諸法，以諸識各依種子而生，故種子爲眼根等諸識之緣。參閱“九緣生識”條。 - 于淩波居士著
瑜伽二卷二頁雲：又諸種子、乃有多種差別之名。所謂名界、各種姓、名自性、名因、名薩迦耶、名戲論、名阿賴耶、名取、名苦、名薩迦耶見所依止處、名我慢所依止處。如是等類差別應知。 - 朱芾煌
種子有許多異名，各有其意義，而所指的全是種子。茲舉重要者如下：一、種子，見“種子”條。是望它自身所生的現行而得名。二、功能：功者功用，能者能力，以其熾然能生，故曰功能。叁、習氣：七轉識造作的善惡之業，其影響力熏習第八阿賴耶識，阿賴耶識中留下此種種造作經驗慣性（習慣），稱之爲習氣。這是對能熏的現行而得名。四、氣分者，就是現行所熏習的氣分之謂。有如以香熏衣，衣上留下香氣，謂之習氣。五、粗重：種子異名，以其是二種生死——分段生死和變易生死的根本，非細非輕，故名粗重。其實也就是煩惱、所知二障的種子。六、隨眠︰此在小乘有部，系指煩惱而言，以煩惱隨逐有情，行相微細，有如眠伏：而在唯識學則指種子，意謂種子隨逐有情，眠伏于阿賴耶識中，故稱隨眠。 - 于淩波居士著
枝葉落地生根或接枝繁殖者。 - 莊春江居士編
（種子）&DF-87A7;Hrib纥哩字也。密教爲人法一體，故&DF-87A7;纥哩爲阿彌陀之種子亦爲其叁昧耶形之蓮華種子，其所以爲種子者，有二義：一就字音，名八葉心蓮之肉團心，名訖栗馱心，今字謂之訖裏瞿有同音之意，以同音而亦有同體之義故爲蓮華之種子也。二就字義，&DF-87A7;爲&DF-8770;&DF-876A;&DF-8743;&DF-874B;之四字合成，此四字配于東西南北。&DF-8770;ha字者，東方，癡煩惱，即無明也，&DF-8770;有因之義，無明爲一切惑業之因，一切之惑業，以之爲首，故以之爲東方。&DF-876A;ra字者，南方，貪煩惱也，&DF-876A;爲塵染之義，是愛著之煩惱，南方之火大赤色，人所愛著，與貪煩惱相應。&DF-8743;i字者，西方，嗔煩惱也，&DF-8743;爲殃禍之義，殃禍由嗔恚而生，西方風大能破壞物，與嗔煩惱相應。&DF-874B;ah字者，北方，涅槃也，&DF-874B;爲寂靜之義，前之叁毒寂靜，即是涅槃，北方黑色與涅槃相應，此涅槃由叁毒中出生，猶蓮華之從淤泥中生，名蓮華曰水精華，以此水大爲自性清淨之性分故也。由泥中出者，是即淤泥自性清淨之德也，恰如涅槃由叁毒而出，彼此其義相應，故以&DF-87A7;字爲蓮華之種子，亦爲即阿彌陀之種子，蓋據中圖之次第，阿彌陀者涅槃也。見護身法鈔。
如四種內法種子中說。 - 朱芾煌
（術語）說&DF-8740;字也。又有一義，說此經中之神咒即是種子。
（種子）&DF-8777;也。是以自在之風爲體。&DF-8777;者長聲呼之，具足萬行也。加涅槃點則爲明如來之解脫力故也。見義釋七。
瑜伽二卷二頁雲：又諸種子未與果者，或順生受，或順後受，雖經百千劫；從自種子、一切自體、複圓滿生。雖余果生、要由自種；若至壽量盡邊；爾時此種名已受果。所余自體種子、未與果故；不名已受果。 - 朱芾煌
世親釋叁卷二十一頁雲：此中若阿賴耶識，爲一切有情共器世間因體；卽是無受生種子。 - 朱芾煌
梵語sarva-bi^ja-vijn~a^na。又作種子識。乃執持一切法之種子而不失之識，爲阿賴耶識之別名。成唯識論卷二（大叁一·七下）：“此能執持諸法種子，令不失，故名一切種。”又攝大乘論釋卷二（大叁一·叁二八上）：“謂有能生雜染品法，功能差別相應道理，由與生彼功能相應，故名一切種子識。于此義中，有現譬喻，如大麥子，于生自芽有功能，故有種子性；若時陳久，或火相應，此大麥果功能損壞，爾時麥相雖住如本，勢力壞故，無種子性，阿賴耶識亦複如是。”［攝大乘論本卷上、瑜伽師地論卷一］（參閱“阿賴耶識”3676）
瑜伽一卷六頁雲：一切種子識，謂無始時來，樂著戲論熏習爲因，所生一切種子異熟識。又二卷一頁雲：複次一切種子識，若般涅盤法者；一切種子，皆悉具足。不般涅盤法者；便阙叁種菩提種子。隨所生處自體之中，余體種子，皆悉隨逐。是故欲界自體中，亦有色無色界一切種子。如是色界自體中，亦有欲無色界一切種子。無色界自體中，亦有欲色界一切種子。又雲：又一切種子識，于生自體，雖有淨不淨業因；然唯樂著戲論爲最勝因。于生族姓、色、力、壽量、資具等果，卽淨不淨業因爲最勝因。
二解 世親釋二卷六頁雲：有能生彼功能差別者：謂有能生雜染品法功能差別相應道理。由與生彼功能相應故；名一切種子識。于此義中，有現譬喻。如大麥子，于生自芽，有功能故；有種子性。若時陳久，或火相應；此大麥果，功能損壞；爾時麥相，雖住如本；勢力壞故；無種子性。阿賴耶識，亦複如是。有生雜染諸法功能。由此功能相應故；說名一切種子識。
叁解 成唯識論二卷八頁雲：此能執持諸法種子，令不失故；名一切種。離此，余法能遍執持諸法種子，不可得故。此卽顯示初能變識所有因相。此識因相，雖有多種；持種、不共，是故偏說。 - 朱芾煌
又作種子識，乃執持一切法的種子而不散失之識，爲阿賴耶識的別名。成唯識論卷二載：“此能執持諸法種子，令不失，故名一切種。”又攝大乘論釋卷二：“謂有能生雜染品法，功能差別相應道理，由與生彼功能相應，故名一切種子識。于此義中，有現譬喻，如大麥子，于生自芽有功能，故有種子性；若時陳久，或火相應，此大麥果功能損壞，爾時麥相雖住如本，勢力壞故，無種子性，阿賴耶識亦複如是。” - 于淩波居士著
瑜伽二卷一頁雲：又種子體，無始時來，相續不絕。性雖無始有之；然由淨不淨業，差別熏發，望數數取異熟果，說彼爲新。若果已生；說此種子爲已受果。 - 朱芾煌
世親釋叁卷二十一頁雲：若阿賴耶識，爲不共各別色等諸處因體；卽是有受生種子。 - 朱芾煌
此阿賴耶識第四證也。瑜伽五十一卷叁頁雲：何故若無阿賴耶識；有種子性，不應道理？謂六識身，展轉異故。所以者何？從善無間，不善性生。不善無間，複善性生。從二無間，無記性生。劣界無間，中界生。中界無間，妙界生。如是妙界無間，乃至劣界生。有漏無間，無漏生。無漏無間，有漏生。世間無間，出世生。出世無間，世間生。非如是相有種子性應正道理。又彼諸識，長時間斷；不應相續長時流轉。是故此亦不應道理。 - 朱芾煌