自一切惑相始終上說，分爲現行種子習氣叁種：
　　一、現行　　阿賴耶識，有生一切之法之功能，謂之種子。自此種子，生色心之法，謂之現行。複指所生之法，而謂之現行，亦謂之現行法，謂從阿賴耶識種子，顯現行動之一切法也。
　　二、種子　　對于現行法之稱。指在阿賴耶識中，生一切有漏無漏有爲法之功能，而謂之種子，猶如草木之種子也。是爲有爲法之正因，四緣中因緣之實體也。唯識論曰：“何法名爲種子？謂本識中親生因果功能差別。”唯識論述記曰：“種子即是諸法因緣，皆因相也。”
　　然種子說有二種：
　　一、本有種子　　第八識處，爲無始法爾有生一切有漏無漏有爲法之功能，是爲本有種子。
　　二、新薰種子　　種子由現行之前七識，隨所應而色心萬差之種種習氣，皆悉落在第八識中，更成生果之功能，謂之新薰種子，亦曰始起種子。
　　唯識論曰：“種子各有二類：一者本有，謂無始來，異熟識中，法爾而有生蘊界處功能差別，（中略）此即名爲本性住種。二者始起，謂無始來，數數現行薰習而有，（中略）此即名爲習所成種。”
　　叁、習氣　　煩惱之余氣曰習氣，又雲習。既伏惑之現行，且斷惑之種子，尚有惑之氣分而現惑相，是名習氣。述記曰：“言習氣者，是現行氣分薰習所成，故名習氣。此習氣叁乘之中，聲聞全不斷之，緣覺稍斷之，佛則全斷之也。” - 明·楊卓

依種子的性質說，分爲有漏種子和無漏種子。一者有漏種子，這是能産生種種現象的種子，亦即叁界六趣受生死的種子。此中又有名言種子、我執種子、有支種子之分。二是無漏種子，這是能生菩提之因的種子，亦即入見道位乃至阿羅漢、佛果位的出世種子。此中又有生空種子、法空種子、二空種子之分。《成唯識論》二曰：“諸種子者，謂異熟識所持一切有漏法種，此識性攝，故是所緣。無漏種子雖然依附此識，而非此識性攝，故非所緣。”這是說，一切有漏種子爲第八阿賴耶識之識體所攝持，且爲第八識見分所緣，故稱“故是所緣”；而無漏種子雖然也依附于阿賴耶識，但並非阿賴耶識之識性所攝，故不是此識所緣。 - 于淩波居士著

　　成唯識論八卷一頁雲：四、有潤種子依處。謂內外種已成熟位。卽依此處，立生起因。謂能生起近自果故。 - 朱芾煌

成唯識論二卷十頁雲：有義、種子各有二類。一者、本有。謂無始來、異熟識中，法爾而有生蘊處界功能差別。世尊依此，說諸有情、無始時來，有種種界，如惡叉聚、法爾而有。余所引證、廣說如初。此卽名爲本性住種。二者、始起。謂無始來、數數現行熏習而有。世尊依此，說有情心、染淨諸法所熏習故；無量種子之所積集。諸論亦說染淨種子、由染淨法熏習故生。此卽名爲習所成種。 - 朱芾煌

　　（種子）&DF-87A4;（h&umacron;&mdotabv;）吽。見種子集本。

　　（雜語）叁密觀觀阿字爲月輪，是阿字本不生之法有理智，智之本不生爲現覺諸法本體不生之智，以此義故，智月之種子用阿字也。見護身法鈔。

阿賴耶識儲藏萬法種子，依其變現的事物來分，分爲共相種子和不共相種子。一者共相種子，如日月星晨，山河大地等，可共自他共同受用者，是爲共相種子；二者不共相種子，如各人之五根身，只能由自己阿賴耶識種子變現，僅能供一己受用，是爲自相——不共相種子。參閱共不共四變句條。 - 于淩波居士著

譯義不明，或解讀爲「（葛藤）種子旁邊的其他樹神」。 - 莊春江居士編

　　瑜伽五十二卷十六頁雲：複次若略說一切種子，當知有九種。一、已與果，二、未與果，叁、果正現前，四、果不現前，五、軟品，六、中品，七、上品，八、被損伏，九、不被損伏。若已與果；此果名正現前。若果正現前；此名已與果。若未與果；此名果不現前。若果不現前；此名未與果。若住本性；名軟品。若修若練善不善法，未到究竟；名中品。若修若練已到究竟；名上品。損及不損，如前應知。 - 朱芾煌

大乘唯識宗建立種子，是本宗的基本理論之一。所謂“八識叁能變”，即是以種子爲能變之因。而種子之建立，其淵源可追朔到部派佛教的“一味蘊”和“窮生死蘊”，以上二者可視之爲種子的前身。“一味蘊”是經量部所立，《異部宗輪論》謂，經量部認爲人體內有一種名爲“一味蘊”的“細意識”，由它而生起“根邊蘊”，即通常所稱的色、受、想、行、識五蘊，由此五蘊構成一切衆生。而此“一味蘊”，即爲受、想、行、識四蘊所組成，此一味蘊行相細微，有情的輪回流轉，即通過它而進行。《成唯識論述記》謂：“經量部亦名說轉部者，此師說有種子，唯一種子，現在相續，轉至後世，故名說轉。”故其頗有種子的功用。

化地部是自說一切有部分出來的部派，此部建立“窮生死蘊”，也具有種子的特征。《攝大乘論》卷上謂︰“化地部中，亦以異門密意，說此名窮生死蘊。”世親在《攝大乘論釋》中解釋此窮生死蘊曰：“窮生死陰，恒在不盡故，後時色心，因此還生。于無余涅槃前，此陰不散，故名窮生死蘊。” - 于淩波居士著

瑜伽五十二卷十六頁雲：問：前已說損伏染法種子；善法種子、損伏雲何？答：若常殷重習善相違諸染汙法；是初損伏。若執取邪見，多習邪見，如諸外道；是第二損伏。若多修習邪見誹謗，如斷善根者；是第叁損伏。若能永害染法種子，如前已說；是第四損伏。 - 朱芾煌

成唯識論二卷十四頁雲：外谷麥等、識所變故；假立種名。非實種子。 - 朱芾煌

如種子中說。 - 朱芾煌

世親釋二卷十二頁雲：如是所說二種種子，謂外及內；應知皆有能生能引。此中外種、乃至果熟爲能生因。內種、乃至壽量邊際，爲能生因。外種能引枯後相續，內種能引喪後屍骸。由引因故；多時續住。若二種子、唯有生因；此因既壞；果卽應滅。應無少時相續住義。若謂剎那展轉相續，前念爲因，後念隨轉；是則後邊不應都滅。由此決定應有引因。此二種子、譬如放弦彎弓爲因，箭不墮落，遠有所至。無性釋二卷十六頁雲：如是內外二種種子，俱爲生因及爲引因。若外種子；親望于芽，爲能生因。轉望莖等，爲能引因。阿賴耶識、是內種子；親望名色，爲能生因。轉望六處，乃至老死，爲能引因。生因且爾；雲何引因？爲答此問；故說枯喪由能引言。若二種子、唯作生因，非引因者；收置倉等麥等種子，不應久時相似相續；喪後屍骸、如青瘀等，分位隨轉；亦不應有。何者？纔死卽應滅壞。雲何譬如任運後滅？譬如射箭；放弦行力，爲能生因。令箭離弦，不卽墮落，彎弓行力，爲箭引因。令箭前行，遠有所至。非唯放弦行力能生。應卽墮故。亦非動勢展轉相推。應不墮故。既離弦行，遠有所至；故知此中，有二行力；能生能引。有誦任運後滅故者；彼直以理增益引因，非說譬喻。所以者何？油炷都盡，不待外緣，燈焰任運後漸方滅；非初卽滅。由此道理，決定應有能引功力，于今未盡。內法諸行，亦應如是。有種勢力，展轉能引，令不斷絕。 - 朱芾煌

p0222 - 朱芾煌

　　（術語）在色者二緣和合，在心者四緣和合時，阿賴耶識所持之種子，生現行。是本有種子生果之功能也。此謂之種子生現行。其現行之法，必隨所應而薰種子，其薰之種子，即新薰種子也。此謂之現行薰種子。應知此時有叁法，成二重之因果。叁法者：一爲能生之種子，二爲所生之現行，叁爲所薰之種子。二重之因果者：一爲種子生現行，二爲現行薰種子。此叁法同時成二重之因果。以所生之現行，即薰種子故也。此謂之種子生現行現行薰種子。又曰叁法展轉因果同時。就八識而論，則第八識所持之種子爲因，生眼等之七轉識，同時七轉識之現行法爲因，生第八識之種子。因而謂之七轉第八互爲因果。本宗因果之談于此爲極。

佛地經論一卷十一頁雲：若爾，外法既是共有；雲何有情各別種子共爲因緣，合生一果？勿以小心測量大法。外物豈是極微合成，實有體性，多因共感。但是有情異識各變。同處相似，不相障礙。如衆燈明，如多所夢。因類是因，果相相似，處所無別，假名爲共。實各有異。諸佛淨土，亦複如是。各別識變，皆遍法界，同處相似；說名爲共。 - 朱芾煌