西元六世紀中葉，佛教東傳日本，時爲日本欽明帝朝，朝廷分爲以蘇我爲首之尊佛派與以物部爲首之排佛系，前者獲勝後，創建向原寺，是爲日本有佛寺之始。至聖德太子時代（593～622）大力弘揚，佛教基礎得以奠立。此後，佛教與日人原有之思想、文化、生活等融彙，形成獨特之日本佛教。自飛鳥時代（五世紀中葉）至明治維新（十九世紀中葉），日本佛教教理始終承襲我國，如密宗之即身成佛論、天臺之圓頓戒、淨土真宗之信念主義、禅宗之生活即佛法、日蓮宗之唱念法華等，其思想淵源無一不源自我國，至于修行實踐方面，亦多采用我國佛教之修行方法，並加以組織與發展；所異者，即在社會活動（即教化）方面之普化，乃日本佛教最大之特色，此特色綿亘千五百年而巍然獨存。

　　(一)飛鳥、奈良時代（552～781）：初傳時期之佛教，其信仰對象爲釋迦、藥師、觀音、彌勒、四天王等，其崇拜目的概爲延命、消災等現世利益。此等貴族化之佛教至聖德太子時，製定十七條憲法，以佛教爲國教，而轉變爲國家化之佛教，此特色維持至明治維新時期。推古天皇（593～627）以後，宗派漸明，最興隆者爲叁論宗、法相宗，次爲律、華嚴，再次爲俱舍、成實，總稱南都六宗。其中，叁論宗成佛論重視根機利鈍之說，法相宗講究“性相相待”、“理事差別”、“五性各別”等，均獲得當時知識分子與官僚之接受，故特盛一時；華嚴宗之世界觀亦能契合以國民爲官吏化身之思想。此時期之學佛者常一人或一寺兼習數宗之學，有別于後代之執于一宗一家之說。此時期之日本佛教，蒙受國家之保護，致無真正之宗教信念，在僧尼激增且日趨腐化之下，空海、最澄二師乃于新京平安另創新宗派（密宗、天臺宗）。

　　(二)平安時代（約四百年）：于八世紀中，密教大興于我國，尋即影響日本。空海（774～835）以顯教爲佛所說法，而佛所證法則爲秘密莊嚴之境界，將“即心是佛”之思想，直轉爲即身成佛論，而成“即事而真”之現實具體論，此種教義頗適合當時人心之需求。至如最澄（767～822），則以天臺爲經宗，法相爲論宗；經宗爲本，論宗爲末。有關戒律之傳授，則設立大乘戒壇，應此而有“山家學生式”之製定。天臺宗一乘主義傳至安然（九世紀末）時，更提倡“現世成佛”、“即身作佛”，將宗教理想現實化；同時，四種叁昧之修養道場亦落爲形式化之法會道場。此時期後半，密教事相極盛，比睿山完全密教化，致有東密、臺密之分。此外，由于社會擾攘不安，教界墮落，遂有末法思想與本地垂迹說（神、佛結合）之擡頭，民衆之宗教意識逐漸昂揚。

　　(叁)鐮倉、室町時代（約四百余年）：淨土、禅、日蓮宗之振興期，亦爲日本佛教史上最活潑、輝煌之時代。以平安朝末法思想爲背景，應時而生之淨土宗，原是形式性、彼岸性與深奧性的，至此時期，則轉爲現實性、此岸性與淺現性。法然（1133～1212）提倡專稱名號，以稱名爲往生之本願，其他雜行僅爲助行；其高足親鸾（1173～1262）更以信心爲往生極樂之首要條件，一念之信爲純真且最清淨之宇宙實相。信念主義之淨土宗爲易行化、社會化、民衆化之佛教，故漸産生放棄修道、破除戒律之弊端，應運而生者即修道性、戒律性之禅宗。臨濟宗以棒喝禅、學人禅爲特色，機鋒激烈，爲求證悟，不擇手段；曹洞宗以默照禅、達人禅爲特色，認爲臨濟宗不但妥協且又公式化，道元（1200～1253）並著「正法眼藏”，闡揚曹洞禅之正法主義。值此禅淨並盛之際，舊宗派如法相、真言、天臺、華嚴等亦各自將教義易行化、民衆化，天臺宗甚至染上淨土色彩以應時需。日蓮（1222～1282）主張信仰久遠實成之釋尊，一心稱念“南無妙法蓮華經”經題即可成佛，成就無作之圓頓戒，更以“念佛無間、禅天魔、律國賊、真言亡國”之口號，破斥他宗之偏見。新興宗派力求民衆化之同時，南北八宗亦藉著民衆化以維系命脈，舊宗派雖亦嘗藉政治勢力以阻止新宗派之發展，如正中二年（1325）之正中宗論、文明元年（1469）之決議放逐日蓮宗徒等，然因禅、淨諸宗所具有普遍化與生活化之特性，反浸透舊宗派。

　　(四)江戶時代（1600～1867）：此時期幕府以法令製定各宗派寺院之本末關系，末寺須服從本寺之命令與支配，各宗派內糾紛因此頓減。此外，與朝廷或皇室有關之寺院，如門迹、院家、院室等，亦被剝奪實力，一掃向以俗權影響宗教之弊。先此，基督教已傳入（1549），幕府乃利用佛教建立寺檀製度，使全民皆爲佛教徒，各擇一宗一寺而自爲檀越，負責維持寺院所需，雖因而肅清基督教余勢，佛教亦喪失朝氣。此時，我國隱元（1592～1673）東渡，開創日本黃檗宗，與臨濟、曹洞鼎足而立，宗風大抵同臨濟，惟以唐音諷誦經文、法式亦悉用明風。其時，在寺院法令中，獎勵學問爲要項之一，故各宗紛紛興辦檀林、學寮等教育機構，由于教學興隆，各宗學者輩出，天臺宗有妙立（1637～1690）、靈空（1652～1698），日蓮宗有日奧（1565～1630）、日講（1626～1698），真言宗有運敞（1613～1693）、亮汰（1621～1680），禅宗有澤庵（1573～1645）、愚堂（1579～1661），淨土宗有滿譽（1562～1620）等。雖然人才輩出，卻由于生活有保障而思想逐漸沈滯，複以儒學、國學擡頭，佛教遂面臨危機，此即明治時代神佛分離政策之執行。

　　(五)明治維新以後：明治元年（1868），頒行神佛判然令，禁用以佛語稱呼神號、供佛菩薩形貌之神像、用木魚梵鍾等佛具，神社遂脫離佛教而獨立。同時，受“毀釋排佛”輿論之影響，朝廷以佛教在倫理實踐方面不及儒家，經濟建設方面不及西洋科學文明，政治目的方面不及神道等爲由，迫令僧侶用俗姓，解除僧侶食肉帶發娶妻之製。幸有福田行誡、大谷光尊、赤松光映等新佛教先驅之屢次抗辯，並赴歐美考察，以世界宗教大勢評駁政府之宗教政策，使佛教得以渡過困厄而進入新時代。明治二十年前後，自由研究佛學之新風氣普遍展開，在佛教原典方面，有南條文雄、荻原雲來、高楠順次郎等梵文學者，河口慧海、寺本婉雅等西藏文學者，長井真琴、高楠等巴利文學者；佛教史方面，有村上專精、境野黃洋。大正年間，複有織田得能、姊崎正治、望月信亨等人。同時，佛教大學如真宗本願寺派之龍谷大學、大谷派之大谷大學、日蓮宗之立正大學、真言宗之高野山大學、曹洞宗之駒澤大學亦紛紛建立。經典之整理，如縮刷大藏經、卍字正藏、續藏經、大正新修大藏經等亦陸續刊行。又辭書之編行，日本佛家人名辭書（鹫尾順）、佛教大辭彙（龍谷）、佛教大辭典（望月）、佛書解說大辭典等之問世，更充實了日本現代佛教學之內容。信仰方面，在基督教與西洋哲學影響下，已逐漸脫離中國佛教之形態與觀念，凡普及于民間者，方得發展；同時，民主思想之擡頭，僧人亦獲參政機會。除佛教專門著作外，一般刊物亦多不勝數，如大法輪、世界佛教、女性佛教、東方佛教徒（英文）等近四百種。

　　蓋佛教自印度興起，經中國、朝鮮而傳至日本，然爲適應日本人之思想、文化、生活等而浸入其中給予影響，其後，則由于同化之結果，而産生一種獨特之日本佛教。總結其特色有下列諸點：(一)日本佛教被視爲鎮護國家之道具。佛教徒亦以協助者自居，故佛教成爲與皇室有密切關系之國家佛教。(二)日本佛教爲鎮護國家，而特重密教之咒術祈禱。故咒術祈禱深深浸透日本民衆生活之中，成爲追求現世利益之具。(叁)日本初期佛教，僧人並不參與死者之喪葬。至中世，禅宗傳入以後，中國葬禮法亦隨之傳入，僧人始擔當死者之葬禮。其後，由于淨土信仰普及，故葬式成爲僧人之重要職務。(四)以江戶時代之檀家製度，致使佛教成爲“家之宗教”，而個人信仰方面之培養，反致薄弱。(五)日本佛教因與其古來神道思想同化、融合，而有所謂本地垂迹思想之産生。其中由于避免思想對立，而有神佛妥協之濃厚色彩，故佛教徒之信仰富有強烈之諸教混淆（syncretism）性質，惟此點僅爲日本佛教性質之一。若將日本佛教與他國此較，則有下列幾點特色：(一)日本佛教之致力于社會救濟與慈善福利者甚多。(二)日本佛教從事深具意義而持續不斷之民衆教化工作。(叁)日本佛教在思想方面，傾向于純粹化，至中世以來尤爲顯著，如源空、親鸾、道元、日蓮等人輩出，于佛教思想發展上各有千秋，此誠爲不可忽視者，亦爲日本佛教特出之處。要言之，日本佛教之特質是國家化、社會化、信仰化、家庭化、宗派分明與現代學術化。此外，他國雖亦可舉出類似之特色，但日本佛教與國民之間，具有密切之聯結，確已形成日本佛教之特質。［日韓佛教研究（現代佛教學術叢刊(82)、中日佛教關系研究（現代佛教學術叢刊(81)）、日本佛教史上世篇（■善之助）、東洋人の思惟方法（中村元）］

　　（故事）日本慧若所著釋迦傳曰：“佛教之入日本也，始于欽明天皇十叁年，百濟供佛像及經論之役。其後佛教殷興，計分十數宗派：若俱舍，成實，律，法相，叁論，華嚴，南都之六宗，則上古之宗派也。天臺真言之二種，則中古之宗派也。日本之天臺，與中國之天臺異。相承圓密禅戒四者之法門，以智者大師同之遺教，加入密禅，爲一和合宗者也。真言宗與中國之宗旨雖同，而有出藍之妙。禅宗流派頗多，大別爲臨濟曹洞之二種。淨土宗及真宗，各異其宗義，至于所傳道綽善導之宗義則一也。日蓮宗據天臺之圓密戒叁者，別于教海出一頭地，其他一遍上人之時宗，良忍上人之融通念佛宗，則近古之宗派也。”叁國佛教略史總論曰：“先是西洋紀元後第四世期，佛教始入朝鮮。後百余年，乃再東漸傳入日本。又後五十年，廄戶皇子出，漸趨隆盛之運。南都七帝崇奉最笃，所謂古京之六宗（六宗者，曰叁論，曰成實，曰法相，曰俱舍，曰律，曰華嚴），皆此際傳來也。桓武之朝，天臺真言二宗起。加前六宗，爲日本佛教八宗。（中略）自高倉帝已後，淨土禅宗等之諸宗，始勃然興，是稱日本之新宗。就中北條足利等諸氏奉禅宗，織田尚日蓮宗，德川大興淨土宗，而最浃洽民心者，爲真宗日蓮二宗。若就地方舉其最盛者，禅淨二宗播布東國，真宗蔓延北國。而鎮西叁都，諸宗皆盛。四國多弘法之古迹，而安藝概屬真宗，備前多掃日蓮宗。俗之安藝門徒，則謂備前爲法華宗。”