唯识三系，指地论宗、摄论宗、及玄奘一系的唯识宗。虽然同传印度瑜伽行学派的理论，但因师承及所依经典之不同，所立的理论亦不尽同，三系理论的异同要点为：甲、关于真如部分：地论系：以第八识即自性清净识，名为真如，为受熏体。二、摄论系：以自性清净心为真如，立第九阿摩罗识为受熏体。三、玄奘系：以诸法所依性的二空（人空法空）所显之理体为真如，非受熏体。乙、关于阿赖耶识部分：一、地论系：阿赖耶识与法界、真如同义，自性清净，而可产生世间虚妄境界及出世间涅槃境界。二、摄论系：阿赖耶识是妄识，无覆无记，为一切法之所依。而此妄识中又有一分纯净之识，略同于真妄和合之说。此识的染分相当于俗谛，净分相当于真谛。三、玄奘系：阿赖耶识无覆无记，为有为诸法之所依，亦为七转识所熏习。丙、关于缘起论部分：一、地论系为如来藏缘起，二、摄论系为如来藏缘起。三、玄奘系为赖耶缘起。丁、关于种性论部分：一、地论系：一性皆成。二、摄论系：一性皆成。三、玄奘系：五性各别。戌、关于空论：一、地论系：三空。二、摄论系：三空。三、玄奘系：二空。 - 于凌波居士著