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这是心经中的名句，尽人皆知，但误解者多。此须自四大、极微说起。四大又称四大种，一者地大种，二者水大种，三者火大种，四者风大种。古代印度的哲学家，认为这是构成一切物质的基本原素，此称为“能造四大”，而一切物质称为“所造四大”。把任何物质分析到最后的最小单位，称为“极微”（参阅四大、极微条），古代印度的小乘佛教和外道，都以极微为实在，为色法的基本质料；而大乘佛教则以极微为假法，根本不能成立。唯识宗亟力破遣极微，其故在此。那么，物质的基本质料究竟是什么呢？《楞严经》卷三，佛对阿难说：“汝观地性，粗为大地，细为微尘，至邻虚尘，析彼极微，色边际相，七分所成。更析邻虚，即实空性。阿难，若此邻虚，析成虚空，当知虚空出生色相。……”在这一段经文中，佛陀告诉我们，把物质分析成极微，再细分成“邻虚尘”——接近虚无的微尘。再分析下去“即实空性”——就成为虚空。最后告诉我们说：“当知虚空出生色相”。
人类古老的观念，认为“大地是万物之母”——万物自大地生出的。但是，大地自何处而来的呢？佛陀告诉我们，山河大地——正确的说，“宇宙”、无量数的星球、星系、星云，全是自虚空生出来的。换句话说，色相——一切物质之相，全是自虚空生出来的。虚空中生起宇宙，有其科学上的证据。科学知识告诉我们，一切物质，皆由分子组成，而分子是由原子组成。例如水分子是水的最小单位，水分子再加以分析，可分析为两个氢原子和一个氧原子，分析至此已不再是水，只是“原素”。基本原素有一百零五种（近年又有新元素发现），如金、银、铜、铁、氢、氧、氮、氦等，也就是有一百零五种性质不同的原子。原子（Atom）的原意是不可分割者，过去科学家以此为最后的质点。但是由于科学的进步，发现原子是由带有正电、质量比电子大的原子核，及围绕原子核的电子所组成。原子核的半径为原子的十万分之一，而质量却占原子的百分之九十九。原子核是由质子和中子两种粒子所组成，质子带正电，中子不带电，其质量与质子相等；而电子带负电，其质量只有质子一八三六分之一，以光速绕原子核旋转。每一原子的质子和电子数目相同，以维持平衡。这样，就说明原子可以分析，不是最后质点。近年科学突飞猛晋，目前所知，物质最基本的组成单位是轻子、光子、夸克 （Quark）。原子以下的次原子层，不是物质，只是“能”。“能”存在于何处呢？能即存在于虚空中。
纽约世界宗教研究院院长沈家桢博士，在其《金刚经的研究》一书中说：“在爱因斯坦以前，科学家说世界上的一切，可以分为两大类，一是物质，二是能。物质之间可以互相变换，譬如水可以变冰，冰也可变水；能之间也可以互相变化，如电可以变光、变热，光、热也可以变成电。可是物质和能是两件基本元素，不能互相变换。一直到爱因斯坦用数学计算，发现物质和能也可以互相变换。这就是著名的E=MC2 方程式。最初很少人相信这个说法，直到原子弹（物质）爆发后（变成大量的热和光），再也没有人怀疑物质也是能的理论了。如此一来，宇宙间的一切，都是“能”，在各种不同条件下变现出来的现象。”沈博士在同书中续说：“在二十世纪初期，人们认为原子是宇宙间最小的因素，小到不能再分，它好像是一个实体的单位；直到近百年来，由于核子能的发现，才知原子也是人假定的一种“能”的表象而已。其实这些都是“能”，因种种因缘而显现出来的表相。”能的英文称为 Energy， 这是人定的一种名词，是人类用来表示这种作用的一种概念，至今尚没有严格的定义，说明 Energy 究竟是什么。但是，以佛学的眼光来看，此“能”就是唯识学上所称的“功能”（种子），也就是宇宙万法生起的根荄。
沈博士在上第二段文字中续说：“……其实这些都是“能”，因种种因缘而显现出来的表相。人类就因为这种变化多端的表相，而生出复杂的情绪，造成社会的喜怒哀乐。依佛法讲，业报因果，生死轮回，无不由此而生，实则都是能的变化，并无实质。”《般若心经》的名句：“色不异空，空不异色，色即是空，空即是色。”这正说明，物质现象和虚空（正确的应称为“空性”），虚空和物质现象，是不一不异，现象是万法之相，虚空是万法之性。此虚空，不是一无所有的“顽空”，而是能够生起妙有的“真空”——即所谓“非有之有，称为妙有；非空之空，称为真空。”虚空中的“能”生起现象界，是“事”、是“相”；如果自“理”、自“性”上说，“真空妙有”，就是唯识三性中的圆成实性。此圆成实性，是远离我法二执所显现的真理。因远离二执，故称真空；这不是小乘佛教空、有相对的“空与有”（真实之有），这是与真空相对之有，称为妙有。以其为真空故，缘起之诸法宛然；以其为妙有故，因果之万法一如。这就是“色即是空、空即是色”的意义。故知真空与妙有，并非有别有异，因为一切的存在（五蕴），均由各种条件（因缘）和合而生起。因缘和合之法，没有固定不变之性（无自性），无自性即没有实体，故因缘和合之法只是“假有”的存在。所以，真空不是虚无，妙有不是实有。“色即是空，空即是色。”一切都是“能”的变化。 - 于凌波居士著