梵語bi^ja，巴利語同。(一)如同谷類等之由其種子所生，色法（物質）與心法（精神）等一切現象亦有其産生之因種，稱爲種子。谷類之種子稱爲外種；對外之種子而言，唯識宗將種子攝于阿賴耶識中，稱爲內種。內種子系指其生果功能而言（生果作用），乃爲現行諸法（現在所顯現之諸現象）薰習于阿賴耶識中而形成一特殊之習性者，故又稱習氣或余習。
種子之說，原爲一種譬喻，最早見于雜阿含經。部派佛教中之化地部亦謂，于“窮生死蘊”之識中，常藏有色法與心法之種子；對此，經量部認爲色法與心法互爲種子而具有薰他之性質，故主張“色心互薰”之說。于瑜伽師地論中，立阿賴耶識爲“種子識”，並謂此識能生色、心、善、惡等一切諸法，而藏有一切種子。
“種子”一詞，其後成爲大乘唯識學重要術語之一。據成唯識論卷二之說，于阿賴耶識中，能同時生起七轉諸法現行之果，又具有令自類之種子前後相續不斷之功能；即能生一切有漏、無漏、有爲等諸法之功能者，皆稱爲種子。如同植物之種子，具有産生一切現象之可能性。種子藏于阿賴耶識中，前者（種子）爲因、作用，後者（阿賴耶識）爲果、本體。然種子自身並非一客體，而系一純粹之精神作用。
自類別而言，種子可分兩種：(一)能産生諸現象（衆生之迷界）者，稱爲有漏種子。 (二)能生菩提之因者，稱爲無漏種子。有漏種子複可分爲二類：(1)能産生與種子同種類之現象者，稱爲名言種子、等流種子、等流習氣。(2)可幫助名言種子，以善惡業而産生異熟作用者（即具有産生當來有漏果之功能），稱爲業種子、異熟種子、有支習氣、異熟習氣。上述之中，名言種子系一切諸法之“親因緣”種子，乃以名言爲緣所薰成之種子，又分成表義名言與顯境名言兩種。表義名言種子，指于名言（名、句、文等）中诠表諸法之義者；第六識即緣此名言，隨其語言音聲而變現一切諸法之相狀，由之所薰成之種子。顯境名言種子，指緣前七識之見分（認識諸法相狀之作用）爲境，隨緣所薰成之種子。若就現行所受用之情形而言，名言種子又有共相與不共相二種名言種子。共相名言種子，如日月、星辰、山河、大地等，舉凡可供自他共同受用者，是爲共相；能生起此類共相境界之種子，皆稱爲共相名言種子。自相名言種子，例如各人之身體，僅能供一己受用；能變現此等自相之種子，稱爲自相名言種子。又就作用而言，共相與不共相之名言種子均由共業與不共業之業種子爲之資助，始能招感其相，即共業種子資助共相種子，始能招感共相；不共業種子資助不共相種子，始能招感不共相。准此可知，大乘唯識之宗義，乃謂無論依報、正報等一切萬法皆由種子所變現者。
另據成唯識論卷二、梁譯攝大乘論釋卷二之說，種子具有六項條件，稱爲種子六義，即：(一)刹那滅，由于無常而有生滅之變化。(二)果俱有，果者，識與根。識與根同時俱起，互不相離。(叁)恒隨轉，識起時，種子亦隨而轉動，無有間隔。(四)性決定，諸識所緣之善、惡等性，必有因果，而無有間雜，譬如眼識緣惡境則成惡法而不能成善法。(五)待衆緣，識非爲一因而生，必藉外緣方能産生現行。(六)引自果，色（物質）與心各自引生自果，色法由色法之種子所生，心法由心法之種子所生，並非交互而成者。
至于種子生起之情形，依曆來各種主張，可歸納爲叁說：(一)本有說，護月之主張，稱爲“本有家”。(二)新薰說，難陀、勝軍之主張，稱爲“新薰家”。(叁)新舊合生說，護法之主張，稱爲“新舊合生家”。唯識宗系以第叁說爲正說，即認爲種子有二類： (一)本有種子，即自無始以來，先天存在于阿賴耶識中之種子，又稱本性住種。(二)新薰種子，即由後天現行諸法所薰習成之種子，又稱習所成種。諸法之發生，除初入“見道”刹那之無漏智，僅從本有無漏種子生起外，其余一切法無不由本有、新薰二類種子和合而生。蓋唯識宗對于由“種子”變現成“諸法”之關系，最重要者即爲：由“叁法”所構成的“二重”因果說。所謂叁法，即指“能生之種子”（本有種子）、“所生之現行”、“所薰之新種”（新薰種子）；所謂二重因果，即指“種子生現行”、“現行薰因種子”。此叁法同時輾轉互成二重之果，即一種子既爲同一刹那間之“現行之因”，亦爲後一刹那之“種子之果”，故又可稱爲“種子生種子”。當色、心之諸緣和合時，阿賴耶識所持之種子必令當前之外界産生某種現象，此即“生起現行”；于同一刹那，其現行之法必隨所應而薰種子，此即現行薰種子。就八識而論之，則第八識所持之種子爲因，生起眼等之七轉識；同一刹那，七轉識之現行法亦爲因，而生起第八識之種子，故有所謂“七轉、八識，互爲因果”之說。
此外，唯識宗之另一宗義“五姓各別”說，乃依據本有無漏種之種別及其有無等問題而建立者，即主張一切有情衆生自本有以來即具有聲聞種姓、獨覺種姓、如來種姓、不定種姓、無性有情等五種不同之類型，各有所別，而不可轉變改易；此一主張相對于一乘家“衆生悉有佛性”之說。［解深密經卷二、俱舍論卷四、卷五、瑜伽師地論卷五、卷五十一、卷五十二、顯識論、顯揚聖教論卷十七、成唯識論述記卷七末、瑜伽論記卷十叁上、卷十叁下］
(二)密教中，表示佛、菩薩等諸尊所說真言之梵字。乃真言行者修字輪觀時所觀照者。又作種字、種子字。所以稱種子者，乃因其具有“自一字可生多字，多字複可赅攝于一字”之意。故知“種子”一詞，含有引生、攝持之義。例如合十字爲一句，若以第一字爲種子，則可依之引生下面九字所具有之觀智，同時此九字之意義亦可攝入第一字。密教即以此理表示若了知一法，即了知一切法；若了知一法空，即了知一切法空；若能于一字專注行觀，修諸行願，即能于一切行願皆得圓滿。
一般而言，種子具有叁義，即：(一)了因義，譬如由煙而識火之體性；經由觀種子之字門，即可了知佛智。(二)生因義，譬如由谷類等之種子可生出根莖花果等；由種子可生叁昧耶形。(叁)本有義，意謂字門即諸法之根源，具足本來之性德，而可作爲軌範者。以具足上述叁義，故密教諸尊多以之爲表征。
諸尊之種子，就來源而言，有下列數種：(一)較常見者，多采取真言之第一字，例如胎藏界大日如來之種子爲豙，月天之種子爲傊，水天之種子爲釯。(二)以真言之中字爲種子者，如地藏之種子嵔。(叁)亦有采用真言之終字爲種子者，如金剛界大日如來之種子徤，釋迦之種子澊。(四)取梵號以爲種子者，如文殊之種子禱，藥師之種子螌。(五)取自與本誓相應之用語，如聖觀音之種子逘，系取自 samantamukha（普門）一語。(六)真言與梵號並取者，如阿彌陀佛之種子逳。
除一尊各別之種子外，另有共通于此類諸尊之種子，稱爲通種子，例如金剛界五部，各以其主尊（大日、阿■、寶生、彌陀、不空成就）之種子爲其各部之通種子。又種子並不限于諸尊所用，一切法門悉得建立種子，如五大各有其種子：地之種子爲豙（阿字門），水爲釯（縛字門），火爲高（啰字門），風爲嵔（诃字門），空爲傡（佉字門）。此外，書寫種子之曼荼羅，稱爲種子曼荼羅；以種子觀行，則稱種子觀。曆來有將密教經軌中諸尊之種子輯錄成諸尊種子真言集、種子集等。［仁王經道場念誦儀軌卷下、大日經疏卷一、卷六、卷十、卷十四］
（術語）漫荼羅大鈔四曰：“種子者，&DF-8770;字也。”
（術語）或&DF-875F;字或&DF-87AB;字，或&DF-87A7;等。
（術語）法相宗所談，對于現行法之稱。指在阿賴耶識中生一切有漏無漏有爲法之功能，而謂之種子。猶如草木之種子也。是爲有爲法之正因，四緣中因緣之實體也。唯識論二曰：“何法名爲種子？謂本識中親生自果功能差別。”唯識述記二本曰：“種子即是諸法因緣，皆因相也。”
（術語）爲第四點之阿&DF-874B;。以此爲五轉中第四，第四轉入涅槃之種子故也。
（術語）有多種：（一）&DF-87D3;唅字。合&DF-8740;&DF-8770;&DF-874B;&DF-874A;四字而成此一字，是即表中央之佛具四智也。謂&DF-87D3;字最初之橫點，即&DF-8740;字東方發心大圓鏡智阿閦佛也。右之傍點，則&DF-874B;字南方修行平等性智寶生佛也。上點是&DF-874A;字即西方證菩提妙觀察智無量壽佛也。本體之&DF-8770;字者，風大北方入涅槃成所作智不空成就佛也（善無畏以風大爲北方之佛）。此四字合而&DF-87D3;之一字成，則中央之大日方便善巧智具足圓滿也（不動之降魔，大方便善巧也）。上者約于東因之義。若約于中因之義，則&DF-8740;是本不生之義，是中央本有之因也；&DF-8770;是行因東方也；&DF-874B;是寂靜南方證菩提也；&DF-874A;以真如圓寂法身涅槃之故（略出經四）爲西方，&DF-87D4;字是北方方便究竟之果德也。自此種子之義，而明王之德，所以爲諸尊之通體，大日之教令輪身，可知。（二）&DF-87C3;漫字。大疏十曰：“&DF-87C3;漫字&DF-8768;摩是我義。入阿字門，即無我也。又以此大空叁昧而怖畏衆魔，以此字亦有阿聲及點也。”以上二種子最通用。（叁）&DF-87D5;路字（底哩叁昧耶經上卷，以&DF-8740;&DF-876A;&DF-87D4;&DF-87C3;之四字爲種子故），此字于離塵之&DF-876A;字加&DF-8748;之叁昧點，塵垢即爲煩惱魔故，離塵叁昧之&DF-876A;字即降魔叁昧也。（四）&DF-87A4;吽字。演密鈔七曰：“疏此是中胎[合*牛]字義者，此不動明王，是毗盧遮那成辨諸事之智，爲欲善護一切菩提心故。以畢竟無相之身，作如來使者之形，行如來事，故此明王即是淨菩提心大日心王。”釋其義，則凡此&DF-87A4;字者菩提心之體也。衆生之心動轉，即有息風出入，自口出入，則自成&DF-8740;之響，自鼻出入，則自成&DF-87A4;之響，故此&DF-8740;&DF-87A4;二字俱爲菩提心之體。謂胎之東方寶幢佛以&DF-8740;字爲種子，則金之東方阿閦佛以&DF-87A4;字爲種子。又金之大日以&DF-87A4;字爲體（五佛灌頂大日真言之終句是也），則薩埵以&DF-8740;字爲種子（&DF-874B;字之本體爲&DF-8740;字故），胎之大日以&DF-8740;字爲種子，則薩埵以&DF-87A4;字爲種子也。此以大日爲自心之體性，薩埵亦爲菩提心之體故也。而不動亦爲衆生本有之體性，故以&DF-87A4;字爲其種子。又&DF-87A4;字者&DF-8740;&DF-8770;&DF-8749;&DF-8768;四字合成，&DF-8740;者東方阿閦發心，&DF-8770;者南方寶生之行因（寶珠爲萬法能生之因故），&DF-8749;者西方彌陀之菩提&DF-8745;（絕滅之義，絕滅無明而圓滿功德故），&DF-8768;者上之空點即北方不空成就之涅槃也。故此一字具四智四佛四轉四部，所以不動即爲大日也。（五）&DF-8740;阿字&DF-87D5;（字下所引依底哩叁昧經）即是大日之種子故。又爲自心本有之薩埵種子故。又阿字爲一切諸法本不生故。諸法各各當位不動，常恒湛寂，是爲不動尊。不動尊之種子，雖尚有秘訣，今示其主要之五個，其余從略。
（術語）&DF-87A7;。
（術語）或爲&DF-8740;字，以爲萬法能生之本源故。或爲&DF-87A6;字，以爲出生萬德之寶珠故。又以爲羯磨部天鼓雷音佛之教令輪身故。或爲&DF-87BB;字，以與不動一體又爲堅牢地神故。或爲&DF-87A4;字。以爲不二妙成就之尊故。或爲&DF-8770;字。以大黑爲風之黑業之體故。或爲&DF-8776;字，以與釋尊（即天鼓雷音佛）一體故。或爲&DF-87C3;字，以爲文殊之化現故。
（術語）真言之阿等一字，生無量之義。譬如草木之種子，故名種子。諸尊各有種子，標所具之衆德。仁王經軌曰：“言種子者，引生義，攝持義。”大日經疏六曰：“作字漫荼羅者，經中有種子字，當如法置之。”同十曰：“以下說種子字，從一字能生多故名種子也。”同十七曰：“佛兩足尊說阿字爲種子，種子能生多果，一一複生百千萬數，及至展轉無量不可說也。”
法相宗將阿賴耶識中，能生一切法的功能，叫做種子，說它好像植物的種子能開花結果。 - 陳義孝編
瑜伽五十二卷十五頁雲：複次種子雲何？非析諸行，別有實物，名爲種子；亦非余處。然卽諸行、如是種姓，如是等生，如是安布，名爲種子；亦名爲果。當知此中、果與種子、不相雜亂。何以故？若望過去諸行；卽此名果。若望未來諸行；卽此名種子。如是若時望彼名爲種子；非于爾時卽名爲果。若時望彼名果，非于爾時卽名種子。是故當知種子與果、不相雜亂。譬如谷麥等物所有芽莖葉等種子、于彼物中，磨搗分析，求異種子，了不可得；亦非余處。然諸大種，如是種姓，如是等生，如是安布，卽谷麥等物，能爲彼緣，令彼得生；說名種子。當知此中道理亦爾。
二解 成唯識論六卷八頁雲：此中何法名爲種子？謂本識中親生自果功能差別。此與本識及所生果、不一不異。體用、因果、理應爾故。雖非一異；而是實有。假法如無，非因緣故。此與諸法、既非一異；應如瓶等是假非實？若爾；真如應是假有。許則便無真勝義谛。然諸種子、唯依世俗，說爲實有。不同真如。種子雖依第八識體；而是此識相分，非余。見分恒取此爲境故。
叁解 俱舍論四卷十六頁雲：此中何法名爲種子？謂名與色、于生自果所有展轉鄰近功能。此由相續轉變差別。何名轉變？謂相續中、前後異性。何名相續？謂因果性叁世諸行。何名差別？謂有無間生果功能。 - 朱芾煌
真言之阿等一字，生無量之義，譬如草本之種子，故名種子。諸尊各有種子，幖所具之衆德。仁王經軌曰：“言種子者，引生義，攝持義。”
“兩界種子” 金胎兩曼之種子也。秘藏記曰：“胎藏界以真言初字爲種子，胎藏因曼荼羅，故以初因爲法體意也。金剛界以真言終字爲種子，金剛果曼荼羅，故以後果爲法體意也。”
“叁部種子” 瑜只經曰：“佛部以阿□爲種子，成率都婆。蓮華部以娑□爲種子，成八葉蓮華。金剛部以嚩□爲種子，成五股金剛。” - 明·楊卓
種子爲法相宗所立，是唯識學上極重要之基本理論。種子者，指在阿賴耶識中生起一切有漏無漏諸法的功能。《成唯識論》卷二曰；“此中何法名爲種子，謂本識（阿賴耶識）中，親自生果功能差別。此與本識及所生果，不一不異。體用因果，理應爾故。”識爲一種功能，此功能在未發生作用，於潛在狀態時，不稱識而稱種子；其發生作用即起現行時，不稱種子而稱識。所謂現行，即是能生起色、心各別不同現象的作用。種種不同色心現象，都自有他的親因，此親因即稱爲功能，又名爲種子。種子者，以其有生起諸法的作用，猶如草木種子，能生芽莖也。原來所謂世間一切諸法，即世間種種精神的、物質的現象，皆是阿賴耶識中種子變現而起。阿賴耶識攝持諸法種子，有生起色、心諸法的力用，此力用即稱爲種子。沈隱的種子（即潛伏的功能）生起色、心諸法時，稱爲現行。所以種子、阿賴耶識、和它所生起的現行果法，這叁者是體用因果的關系，所以是“不一不異”。因爲本識是體，種子是用，體用之間，體是體，用是用，所以非一；但體是此用之體，用是此體之用，體不離用，用不離體，所以非異。再者，種子與現行之間，種子是因，現行是果，因是因，果是果，所以非一；但因是此果之因，果是此因之果，所以非異。這體用因果的道理，“理應故爾”。見《成唯識論述記》卷七。 - 于淩波居士著
能生一切法的功能，名爲種子，猶如植物的種子能開花結果。
- 梵心居士編