即本有种子与新薰种子。(一)无始以来，异熟识中法尔而有，有生一切有漏、无漏有为法之功能，称为本有种子。(二)种子由现行之前七识，随所应而色心万差之种种习气，悉皆落于第八识中，更成生果之功能，称为新薰种子，又作始起种子。［成唯识论卷二］

　　（名数）一本有种子，第八识处，为无始法尔，有生一切有漏无漏有为法之功能，是为本有种子。二新熏种子，种子由现行之前七识，随所应而色心万差之种种习气，皆悉落在第八识中，更成生果之功能，谓之新熏种子。亦曰始起种子。唯识论二曰：“种子各有二类：一者本有，谓无始来，异熟识中法尔而有，生蕴界处功能差别，（中略）此即名为本性住种。二者始起，谓无始来，数数现行熏习而有，（中略）此即名为习所成种。”

唯识宗立论，第八阿赖耶识储藏万法种子，此种子依性质说，分为有漏种子和无漏种子二类。一者有漏种子，这是能产生世间现象的种子，亦即三界六趣受生死的种子。此中又有名言种子、我执种子、　　有支种子之分。二是无漏种子，这是能生菩提之因的种子，亦即入见道位乃至阿罗汉、佛果位的出世种子。无漏种子又分为生空无漏种子、法空无漏种子、二空无漏种子。《成唯识论》卷二曰：“诸种子者，谓异熟识所持一切有漏法种，此识性摄，故是所缘。无漏种子虽然依附此识，而非此识性摄，故非所缘。”这是说，一切有漏种子为第八阿赖耶识之识体所摄持，且为第八识见分所缘，故称“故是所缘”；而无漏种子虽然也依附于阿赖耶识，但并不是阿赖耶识的识性所摄，故不是此识所缘。无漏种子是能生菩提之因的种子，此有三种，一者生空无漏种子，即我空无漏，此属见道位无漏种子。二者法空无漏，此属修道位无漏种子。三者二空（我空、法空）无漏种子，此为无学道无漏种子。



无漏种子依于异熟识之自体分，而非异熟识性所摄持。以无漏种其性唯善，不是无记性，故不与异熟识之体性相顺，体性既不相顺，故此无漏种子与异熟识体性不可相即。无漏种子依于异熟识之自体分，以非异熟识所摄持，亦不为异熟识之见分所缘。有漏种子即生起诸种现象，三界六趣受生死的种子。此有三种，一者名言种子，二者我执种子，三者有支种子。种子又名习气，即是现行熏习的气分。《瑜伽师地论》卷五十二曰：“云何略说安立种子？谓于阿赖耶识中，一切诸法遍计自性妄执习气，是名安立种子。” - 于凌波居士著