为日本禅宗三派之一。明代永历八年（1654），我国黄檗山万福禅寺之隐元隆琦（1592～1673）应日本长崎兴福寺逸然之邀请，与独湛相偕至长崎弘扬临济禅。四年后，谒见德川家纲，翌年受赐山城国宇治之寺地。其后三年，于当地开黄檗山万福禅寺，创黄檗宗，与日本临济宗、曹洞宗并为日本禅宗三派。四年后，由弟子木庵性缌继承万福禅寺。隐元转至江户白金创建瑞圣寺，并于近江正明寺等处大弘禅风，此宗遂传于关东。然万福寺在第五代高泉中兴之后即逐渐衰微。至嘉永四年（1851），始由第三十三代良忠重整宗门，宗风复苏。明治七年（1874），与临济宗合并。二年后，又告独立。此宗以万福寺为大本山，另有五百余寺。其宗规开示正法眼藏、实相无相之法门。此外又以教禅一如为其宗旨。隐元于中国承继临济宗杨岐派之禅风，主张禅净一致，宣扬西方阿弥陀佛净土信仰，鼓吹念佛禅，而异于日本其他禅宗之宗风。复认为“万法唯心，心外无别法”，“己身弥陀，唯心净土”，又与一般净土信仰不同；且以汉音讽经，于法会与修行方式上仍保留明代风格。［黄檗宗鉴录、佛教各宗纲要卷九］（参阅“临济宗”6507）

　　（流派）宗名取于福清之黄檗山。唐贞元五年，正干禅师传六祖之法，开创此山，断际禅师住此，大振法道，名遂着。希运寂后，临济义玄之门裔，大为繁兴，尔后黄檗之道场，与临济之宗风，一其盛衰，隆于宋，废于元，至明代复兴。崇祯九年，隐元住此山，尤能中兴黄檗之古道，清顺治十一年，应日本之请，让席于门人慧门性沛而东渡，遂为日本黄檗宗之祖。