梵语bi^ja，巴利语同。(一)如同谷类等之由其种子所生，色法（物质）与心法（精神）等一切现象亦有其产生之因种，称为种子。谷类之种子称为外种；对外之种子而言，唯识宗将种子摄于阿赖耶识中，称为内种。内种子系指其生果功能而言（生果作用），乃为现行诸法（现在所显现之诸现象）薰习于阿赖耶识中而形成一特殊之习性者，故又称习气或余习。

　　种子之说，原为一种譬喻，最早见于杂阿含经。部派佛教中之化地部亦谓，于“穷生死蕴”之识中，常藏有色法与心法之种子；对此，经量部认为色法与心法互为种子而具有薰他之性质，故主张“色心互薰”之说。于瑜伽师地论中，立阿赖耶识为“种子识”，并谓此识能生色、心、善、恶等一切诸法，而藏有一切种子。

　　“种子”一词，其后成为大乘唯识学重要术语之一。据成唯识论卷二之说，于阿赖耶识中，能同时生起七转诸法现行之果，又具有令自类之种子前后相续不断之功能；即能生一切有漏、无漏、有为等诸法之功能者，皆称为种子。如同植物之种子，具有产生一切现象之可能性。种子藏于阿赖耶识中，前者（种子）为因、作用，后者（阿赖耶识）为果、本体。然种子自身并非一客体，而系一纯粹之精神作用。

　　自类别而言，种子可分两种：(一)能产生诸现象（众生之迷界）者，称为有漏种子。　　(二)能生菩提之因者，称为无漏种子。有漏种子复可分为二类：(1)能产生与种子同种类之现象者，称为名言种子、等流种子、等流习气。(2)可帮助名言种子，以善恶业而产生异熟作用者（即具有产生当来有漏果之功能），称为业种子、异熟种子、有支习气、异熟习气。上述之中，名言种子系一切诸法之“亲因缘”种子，乃以名言为缘所薰成之种子，又分成表义名言与显境名言两种。表义名言种子，指于名言（名、句、文等）中诠表诸法之义者；第六识即缘此名言，随其语言音声而变现一切诸法之相状，由之所薰成之种子。显境名言种子，指缘前七识之见分（认识诸法相状之作用）为境，随缘所薰成之种子。若就现行所受用之情形而言，名言种子又有共相与不共相二种名言种子。共相名言种子，如日月、星辰、山河、大地等，举凡可供自他共同受用者，是为共相；能生起此类共相境界之种子，皆称为共相名言种子。自相名言种子，例如各人之身体，仅能供一己受用；能变现此等自相之种子，称为自相名言种子。又就作用而言，共相与不共相之名言种子均由共业与不共业之业种子为之资助，始能招感其相，即共业种子资助共相种子，始能招感共相；不共业种子资助不共相种子，始能招感不共相。准此可知，大乘唯识之宗义，乃谓无论依报、正报等一切万法皆由种子所变现者。

　　另据成唯识论卷二、梁译摄大乘论释卷二之说，种子具有六项条件，称为种子六义，即：(一)刹那灭，由于无常而有生灭之变化。(二)果俱有，果者，识与根。识与根同时俱起，互不相离。(三)恒随转，识起时，种子亦随而转动，无有间隔。(四)性决定，诸识所缘之善、恶等性，必有因果，而无有间杂，譬如眼识缘恶境则成恶法而不能成善法。(五)待众缘，识非为一因而生，必藉外缘方能产生现行。(六)引自果，色（物质）与心各自引生自果，色法由色法之种子所生，心法由心法之种子所生，并非交互而成者。

　　至于种子生起之情形，依历来各种主张，可归纳为三说：(一)本有说，护月之主张，称为“本有家”。(二)新薰说，难陀、胜军之主张，称为“新薰家”。(三)新旧合生说，护法之主张，称为“新旧合生家”。唯识宗系以第三说为正说，即认为种子有二类：　　(一)本有种子，即自无始以来，先天存在于阿赖耶识中之种子，又称本性住种。(二)新薰种子，即由后天现行诸法所薰习成之种子，又称习所成种。诸法之发生，除初入“见道”刹那之无漏智，仅从本有无漏种子生起外，其余一切法无不由本有、新薰二类种子和合而生。盖唯识宗对于由“种子”变现成“诸法”之关系，最重要者即为：由“三法”所构成的“二重”因果说。所谓三法，即指“能生之种子”（本有种子）、“所生之现行”、“所薰之新种”（新薰种子）；所谓二重因果，即指“种子生现行”、“现行薰因种子”。此三法同时辗转互成二重之果，即一种子既为同一刹那间之“现行之因”，亦为后一刹那之“种子之果”，故又可称为“种子生种子”。当色、心之诸缘和合时，阿赖耶识所持之种子必令当前之外界产生某种现象，此即“生起现行”；于同一刹那，其现行之法必随所应而薰种子，此即现行薰种子。就八识而论之，则第八识所持之种子为因，生起眼等之七转识；同一刹那，七转识之现行法亦为因，而生起第八识之种子，故有所谓“七转、八识，互为因果”之说。

　　此外，唯识宗之另一宗义“五姓各别”说，乃依据本有无漏种之种别及其有无等问题而建立者，即主张一切有情众生自本有以来即具有声闻种姓、独觉种姓、如来种姓、不定种姓、无性有情等五种不同之类型，各有所别，而不可转变改易；此一主张相对于一乘家“众生悉有佛性”之说。［解深密经卷二、俱舍论卷四、卷五、瑜伽师地论卷五、卷五十一、卷五十二、显识论、显扬圣教论卷十七、成唯识论述记卷七末、瑜伽论记卷十三上、卷十三下］

　　(二)密教中，表示佛、菩萨等诸尊所说真言之梵字。乃真言行者修字轮观时所观照者。又作种字、种子字。所以称种子者，乃因其具有“自一字可生多字，多字复可赅摄于一字”之意。故知“种子”一词，含有引生、摄持之义。例如合十字为一句，若以第一字为种子，则可依之引生下面九字所具有之观智，同时此九字之意义亦可摄入第一字。密教即以此理表示若了知一法，即了知一切法；若了知一法空，即了知一切法空；若能于一字专注行观，修诸行愿，即能于一切行愿皆得圆满。

　　一般而言，种子具有三义，即：(一)了因义，譬如由烟而识火之体性；经由观种子之字门，即可了知佛智。(二)生因义，譬如由谷类等之种子可生出根茎花果等；由种子可生三昧耶形。(三)本有义，意谓字门即诸法之根源，具足本来之性德，而可作为轨范者。以具足上述三义，故密教诸尊多以之为表征。

　　诸尊之种子，就来源而言，有下列数种：(一)较常见者，多采取真言之第一字，例如胎藏界大日如来之种子为豙，月天之种子为傊，水天之种子为釯。(二)以真言之中字为种子者，如地藏之种子嵔。(三)亦有采用真言之终字为种子者，如金刚界大日如来之种子徤，释迦之种子澊。(四)取梵号以为种子者，如文殊之种子祷，药师之种子螌。(五)取自与本誓相应之用语，如圣观音之种子逘，系取自　　samantamukha（普门）一语。(六)真言与梵号并取者，如阿弥陀佛之种子逳。

　　除一尊各别之种子外，另有共通于此类诸尊之种子，称为通种子，例如金刚界五部，各以其主尊（大日、阿■、宝生、弥陀、不空成就）之种子为其各部之通种子。又种子并不限于诸尊所用，一切法门悉得建立种子，如五大各有其种子：地之种子为豙（阿字门），水为釯（缚字门），火为高（啰字门），风为嵔（诃字门），空为傡（佉字门）。此外，书写种子之曼荼罗，称为种子曼荼罗；以种子观行，则称种子观。历来有将密教经轨中诸尊之种子辑录成诸尊种子真言集、种子集等。［仁王经道场念诵仪轨卷下、大日经疏卷一、卷六、卷十、卷十四］

　　（术语）漫荼罗大钞四曰：“种子者，&DF-8770;字也。”

　　（术语）或&DF-875F;字或&DF-87AB;字，或&DF-87A7;等。

　　（术语）法相宗所谈，对于现行法之称。指在阿赖耶识中生一切有漏无漏有为法之功能，而谓之种子。犹如草木之种子也。是为有为法之正因，四缘中因缘之实体也。唯识论二曰：“何法名为种子？谓本识中亲生自果功能差别。”唯识述记二本曰：“种子即是诸法因缘，皆因相也。”

　　（术语）为第四点之阿&DF-874B;。以此为五转中第四，第四转入涅槃之种子故也。

　　（术语）有多种：（一）&DF-87D3;唅字。合&DF-8740;&DF-8770;&DF-874B;&DF-874A;四字而成此一字，是即表中央之佛具四智也。谓&DF-87D3;字最初之横点，即&DF-8740;字东方发心大圆镜智阿閦佛也。右之傍点，则&DF-874B;字南方修行平等性智宝生佛也。上点是&DF-874A;字即西方证菩提妙观察智无量寿佛也。本体之&DF-8770;字者，风大北方入涅槃成所作智不空成就佛也（善无畏以风大为北方之佛）。此四字合而&DF-87D3;之一字成，则中央之大日方便善巧智具足圆满也（不动之降魔，大方便善巧也）。上者约于东因之义。若约于中因之义，则&DF-8740;是本不生之义，是中央本有之因也；&DF-8770;是行因东方也；&DF-874B;是寂静南方证菩提也；&DF-874A;以真如圆寂法身涅槃之故（略出经四）为西方，&DF-87D4;字是北方方便究竟之果德也。自此种子之义，而明王之德，所以为诸尊之通体，大日之教令轮身，可知。（二）&DF-87C3;漫字。大疏十曰：“&DF-87C3;漫字&DF-8768;摩是我义。入阿字门，即无我也。又以此大空三昧而怖畏众魔，以此字亦有阿声及点也。”以上二种子最通用。（三）&DF-87D5;路字（底哩三昧耶经上卷，以&DF-8740;&DF-876A;&DF-87D4;&DF-87C3;之四字为种子故），此字于离尘之&DF-876A;字加&DF-8748;之三昧点，尘垢即为烦恼魔故，离尘三昧之&DF-876A;字即降魔三昧也。（四）&DF-87A4;吽字。演密钞七曰：“疏此是中胎[合*牛]字义者，此不动明王，是毗卢遮那成辨诸事之智，为欲善护一切菩提心故。以毕竟无相之身，作如来使者之形，行如来事，故此明王即是净菩提心大日心王。”释其义，则凡此&DF-87A4;字者菩提心之体也。众生之心动转，即有息风出入，自口出入，则自成&DF-8740;之响，自鼻出入，则自成&DF-87A4;之响，故此&DF-8740;&DF-87A4;二字俱为菩提心之体。谓胎之东方宝幢佛以&DF-8740;字为种子，则金之东方阿閦佛以&DF-87A4;字为种子。又金之大日以&DF-87A4;字为体（五佛灌顶大日真言之终句是也），则萨埵以&DF-8740;字为种子（&DF-874B;字之本体为&DF-8740;字故），胎之大日以&DF-8740;字为种子，则萨埵以&DF-87A4;字为种子也。此以大日为自心之体性，萨埵亦为菩提心之体故也。而不动亦为众生本有之体性，故以&DF-87A4;字为其种子。又&DF-87A4;字者&DF-8740;&DF-8770;&DF-8749;&DF-8768;四字合成，&DF-8740;者东方阿閦发心，&DF-8770;者南方宝生之行因（宝珠为万法能生之因故），&DF-8749;者西方弥陀之菩提&DF-8745;（绝灭之义，绝灭无明而圆满功德故），&DF-8768;者上之空点即北方不空成就之涅槃也。故此一字具四智四佛四转四部，所以不动即为大日也。（五）&DF-8740;阿字&DF-87D5;（字下所引依底哩三昧经）即是大日之种子故。又为自心本有之萨埵种子故。又阿字为一切诸法本不生故。诸法各各当位不动，常恒湛寂，是为不动尊。不动尊之种子，虽尚有秘诀，今示其主要之五个，其余从略。

　　（术语）&DF-87A7;。

　　（术语）或为&DF-8740;字，以为万法能生之本源故。或为&DF-87A6;字，以为出生万德之宝珠故。又以为羯磨部天鼓雷音佛之教令轮身故。或为&DF-87BB;字，以与不动一体又为坚牢地神故。或为&DF-87A4;字。以为不二妙成就之尊故。或为&DF-8770;字。以大黑为风之黑业之体故。或为&DF-8776;字，以与释尊（即天鼓雷音佛）一体故。或为&DF-87C3;字，以为文殊之化现故。

　　（术语）真言之阿等一字，生无量之义。譬如草木之种子，故名种子。诸尊各有种子，标所具之众德。仁王经轨曰：“言种子者，引生义，摄持义。”大日经疏六曰：“作字漫荼罗者，经中有种子字，当如法置之。”同十曰：“以下说种子字，从一字能生多故名种子也。”同十七曰：“佛两足尊说阿字为种子，种子能生多果，一一复生百千万数，及至展转无量不可说也。”

　　法相宗将阿赖耶识中，能生一切法的功能，叫做种子，说它好像植物的种子能开花结果。 - 陈义孝编

瑜伽五十二卷十五页云：复次种子云何？非析诸行，别有实物，名为种子；亦非余处。然卽诸行、如是种姓，如是等生，如是安布，名为种子；亦名为果。当知此中、果与种子、不相杂乱。何以故？若望过去诸行；卽此名果。若望未来诸行；卽此名种子。如是若时望彼名为种子；非于尔时卽名为果。若时望彼名果，非于尔时卽名种子。是故当知种子与果、不相杂乱。譬如谷麦等物所有芽茎叶等种子、于彼物中，磨捣分析，求异种子，了不可得；亦非余处。然诸大种，如是种姓，如是等生，如是安布，卽谷麦等物，能为彼缘，令彼得生；说名种子。当知此中道理亦尔。
二解　　成唯识论六卷八页云：此中何法名为种子？谓本识中亲生自果功能差别。此与本识及所生果、不一不异。体用、因果、理应尔故。虽非一异；而是实有。假法如无，非因缘故。此与诸法、既非一异；应如瓶等是假非实？若尔；真如应是假有。许则便无真胜义谛。然诸种子、唯依世俗，说为实有。不同真如。种子虽依第八识体；而是此识相分，非余。见分恒取此为境故。
三解　　俱舍论四卷十六页云：此中何法名为种子？谓名与色、于生自果所有展转邻近功能。此由相续转变差别。何名转变？谓相续中、前后异性。何名相续？谓因果性三世诸行。何名差别？谓有无间生果功能。 - 朱芾煌

　　真言之阿等一字，生无量之义，譬如草本之种子，故名种子。诸尊各有种子，幖所具之众德。仁王经轨曰：“言种子者，引生义，摄持义。”
　　“两界种子”　　金胎两曼之种子也。秘藏记曰：“胎藏界以真言初字为种子，胎藏因曼荼罗，故以初因为法体意也。金刚界以真言终字为种子，金刚果曼荼罗，故以后果为法体意也。”
　　“三部种子”　　瑜只经曰：“佛部以阿□为种子，成率都婆。莲华部以娑□为种子，成八叶莲华。金刚部以嚩□为种子，成五股金刚。” - 明·杨卓

种子为法相宗所立，是唯识学上极重要之基本理论。种子者，指在阿赖耶识中生起一切有漏无漏诸法的功能。《成唯识论》卷二曰；“此中何法名为种子，谓本识（阿赖耶识）中，亲自生果功能差别。此与本识及所生果，不一不异。体用因果，理应尔故。”识为一种功能，此功能在未发生作用，於潜在状态时，不称识而称种子；其发生作用即起现行时，不称种子而称识。所谓现行，即是能生起色、心各别不同现象的作用。种种不同色心现象，都自有他的亲因，此亲因即称为功能，又名为种子。种子者，以其有生起诸法的作用，犹如草木种子，能生芽茎也。原来所谓世间一切诸法，即世间种种精神的、物质的现象，皆是阿赖耶识中种子变现而起。阿赖耶识摄持诸法种子，有生起色、心诸法的力用，此力用即称为种子。沉隐的种子（即潜伏的功能）生起色、心诸法时，称为现行。所以种子、阿赖耶识、和它所生起的现行果法，这三者是体用因果的关系，所以是“不一不异”。因为本识是体，种子是用，体用之间，体是体，用是用，所以非一；但体是此用之体，用是此体之用，体不离用，用不离体，所以非异。再者，种子与现行之间，种子是因，现行是果，因是因，果是果，所以非一；但因是此果之因，果是此因之果，所以非异。这体用因果的道理，“理应故尔”。见《成唯识论述记》卷七。 - 于凌波居士著

能生一切法的功能，名为种子，犹如植物的种子能开花结果。

- 梵心居士编