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很多貴族夫人們，蒙古軍隊在她們身上作壞事，她們都很苦。空行母的母親說：“我女兒門吉華珠是個出家女，非常稀有。”她不經意間說出了這些話，蒙古人得知後非常重視，下令在“占野”上下地帶，專門派船搜捕。而且說：德達朗巴有個女兒，不能讓她跑掉，必須馬上抓住，抓住後不能拖延，不分晝夜、火速押往拉薩。
當時空行母逃到“占野”地區時，蒙古軍隊已經到達。有個叫旺底的人想了個辦法，騙開了蒙古軍隊。晚上讓尊者住在一個地方。洋彭旺波也來告訴大家，蒙古軍隊上來了。大家就想辦法，逃到山溝裏有很多亂石堆積的地方躲起來。隨從尊者的四個人白天穿著在家衣服出外觀察，而且買些東西，晚上帶回來給尊者吃。
後來情況變得非常危急，蒙古軍隊已經開進了山溝，空行母躲在亂石下，軍隊在石頭上來來去去。尊者自己說：“當時我心裏很恐怖，心想這下完了，要把我抓住了。”但以叁寶尤其是蓮師父母和明朗大師的加持，還有衆生的福份，蒙古軍隊竟然看不到找不著(其實就在他們的腳下)，他們失望地回去了。
過後，邬金嘎松、洋彭旺波、邬金拉登等很多比丘僧一起商量，博學多聞的邬金嘎松說：“德達朗巴大師所傳的一切法脈的心中心要，都在他女兒上持有，所以這個法脈還沒失壞。現在用什麼最好的辦法，最好是到哪裏去呢？”這時，比丘邬金拉登說：“你們既有智慧，又有善巧方便，其他的僧人盡量配合，認真做一些法事。”最後商定，按照伏藏大師的授記，到錫金去。大家就開始動身。途中非常辛苦，有些地方是騎馬過去的，有些地方是徒步行走。
再說蒙古軍隊已經控製了拉薩，而且向西藏全境發出告示：“無論德達朗巴的女兒走到哪裏，都不能讓她跑掉，必須抓到押赴拉薩。”空行母一行在西藏邊境聽到這個消息，大家都說要趕緊走。去錫金的路非常難走，還好，明朗大師在世時，曾經派根登策培和紮西旺修去過錫金的竹欽寺，他們認得去錫金的路。在快到錫金的途中，空行母聽到叔叔和哥哥被殺害的噩耗，心裏非常悲痛，唱了以下的悲歌：
敬禮上師蓮師前，無欺自性之歸處。
大恩海生金剛尊，吾父無與倫比者，
伏藏大師法王尊，大悲不現密界中，
悲心力用無障礙，祈求觀照輪回中，
漂泊門吉華珠我。
(敬禮上師蓮花生大士，您是無欺自性的歸依處，大恩的海生金剛、我無與倫比的唯一父親，以及伏藏大師的法王，您們在隱密不現的大悲界中悲心的作用無障礙。想起這裏，祈求觀照正在輪回中漂泊的門吉華珠。)
吾父邬金上師尊，大密竅訣之法門，
虛空日月般明顯，然被烏雲所障蔽，
智譯王臣幻變力，護持修傳之命要，
猶如夏季花茂盛，然爲秋霜盡摧殘。
(我唯一的上師蓮花生大士，大密竅訣法要如空中日月般，明顯地顯現，但今天卻被陰雲障蔽。往昔以班智達和譯師以及西藏王臣的諸多幻變，護持修傳的命根心要，使得妙法猶如夏季的百花茂盛般極爲興盛，如今卻被秋霜摧殘無余。)
昔時敏珠林道場，猶如天帝歡喜園，
如今棄離如涕唾，逃入恐怖稠密林，
驚惶失措而至此！借用幻軀舍宅中，
青春妙花之誘惑，如何逃離亦難脫，
猶如獵人緊追捕！
(昔日的敏珠林道場猶如天帝居住的歡喜園那般美好悅意，今天卻像口水、鼻涕般舍棄。在極其恐怖的密林深處，我們像喪家之犬一樣驚惶失措地逃到此處。在這借用的五蘊幻身的舍宅中，以青春妙花的誘惑，被獵人追捕，怎麼逃也逃不脫。)
吾之心性未自在，承受無盡苦重負，
無畏閻軍當視我，嗚呼何去複何從！
邬金上師無礙見，調衆吾父伏藏王，
吾今悲哀而呼喚！
(我的心性並沒有得到自在，現在正背負著無盡的苦難，無畏的閻羅王軍隊應當正看著我，我將何去何從！我唯一的父親邬金上師現在毫無障礙地見到了我，我那調伏衆生的伏藏大師的父親，我現在在悲哀地祈求！)
唱完悲歌，眼前空中的虹光中明顯現出蓮師父母和父王德達朗巴的身相。當時爲她遣除悲哀，賜予她安慰，而且授記她將來會有有緣的弟子，會出現一些魔障等。
空行母來到錫金後，以竹欽寺的大德晉美多吉在錫金上師宮殿做了隆重的歡迎儀式，以很多莊嚴物迎請尊者進入密宗宮殿，登上珠寶所成的法座。大家承事她們師徒衆人。
第二天清晨，在密宗宮殿的屋頂上，以比丘邬登爲侍者，將上師的頭發剃去，像原來一樣顯現出家相。(空行母出關時，留著長發，一直都在逃亡，到錫金後才剃發重現出家相。)
在錫金，除了得到竹欽派大德和國王開許外，其他上師很難在那裏傳法攝受弟子。但空行母來到錫金後，竹欽寺的大師和錫金國王倆人，專門寫了一篇告示，裏面說：在錫金，不論是出家或在家，大家共同的根本上師是調伏衆生的伏藏大師德達朗巴，他的女公子益西措嘉的真實化身——門吉華珠已到我國，因緣非常殊勝。所以無論求灌頂或求法，都可隨各自意願去做，沒有限製。
這個告示傳出後，錫金有信心的男女超過四千人，立即聚會而來，都隨分隨力向尊者恭敬地獻上上妙的供養，尊者爲大衆做了無死精要總集的長壽灌頂。
灌頂時，空中五色虹光直射到尊者頂端。灌頂從始至終，在尊者頭頂的上方，有一只禿鹫不斷地旋繞。大家看到，都感到非常稀有，生起了信心，種下善根種子。諸如此類有很多稀有瑞相。
灌頂完畢，又按照各自的根機，賜給了很多聖物和加持丸。尤其對于以竹欽派大德和錫金國王爲代表的一些殊勝根器和主要人物，傳授了父王德達朗巴全集的灌頂和傳承，其中在作“阿底深義”的灌頂傳授和引導等，做覺性妙力灌頂時，在灌頂的壇城和尊者所在處，出現了五彩虹光，下了如同四輻輪形狀的花雨，有蓮花四葉的形象，如下雪般從空飄降，妙香充滿了灌頂場所。大家都覺得非常稀有。
這期間，尊者住在密乘殿的寂靜處，對“深法持明心滴”和“如來總集”外、內、密叁者的近、修，也著重作了修持，出現了不少修證的驗相。
到地兔年上半年，蒙古軍隊已經被摧毀無余。西藏方面發出通告，可以恢複各大道場。這個消息也傳到了空行母耳中。當時各大道場沒破戒的人，重新聚會在道場中。大家商議派人去錫金尋找空行母。這樣，空行母就和隨從的弟子們以及那邊的僧人，一道從錫金返回藏地。
在返藏途中，從阿裏到敏珠林之間的許多地方，都爲當地信衆做了灌頂、傳法和賜予加持，滿足了大衆的心願。從此，名聲更加廣大。
走到接近敏珠林的地方，看到以前如同天界歡喜園般的道場，如今除了密乘殿之外，其他兩個大殿、白塔等，只見到空蕩蕩的頹牆斷壁。以前，父親、叔叔、兄長在世時，以他們的威力，無論是受用、財富等，方方面面都極其圓滿。想到這裏，無法忍受地哭起來。
到了寺院，以老人爲首帶領其他剩下的出家僧人和在家信衆，開始迎請尊者進入密乘殿。尊者在那裏接見了大衆。那時，索仁多吉等重要人物把一些上好的衣帽、駿馬等供養給尊者。之後就開始安排重建寺院。此後的數月中，閉關修持。
二十二歲時，顯現得了重病，大家爲尊者做了很多佛事，也找來了名醫治療、服藥，供養了無死甘露丸等。之後身體就恢複了健康。
以後，尊者帶著眷屬前往拉薩，觐見五世達賴喇嘛。五世達賴爲她取名爲“至尊智慧度母”。在布達拉宮、大昭寺、小昭寺等的聖境前，尊者獻上了很多供養，爲了興盛佛法、衆生得利樂等，廣發殊勝大願。
返回本寺後，在約一年時間裏閉關，一直住在定境中修持。出關後爲有緣者授予阿底約嘎的殊勝灌頂和長壽灌頂。
到了火馬年，各大道場請尊者傳法。那一年，很多道場的大德都有壽障等的違緣。尊者去了各大道場，遣除各位大德的壽障，爲衆多的在家男女傳了很多法，也爲大德們和道場做了授記。以尊者爲首，做了十萬以上的寂靜火供，造了十萬以上的金剛薩埵聖像和十萬以上的蓮師見解脫像等。大家都感念尊者的恩德。
返回本寺，爲護法神獻上大量供養，而且向本寺僧衆供齋。之後，閉關一年。
此時敏珠林寺的重建工程除了白塔外都已竣工。之後，按照新伏藏法中“寂靜上師”的方式開光。在撒青稞等時，天空忽然放晴，出現了彩色虹光等瑞相。尊者對有信心的在家男女賜予很多加持品。
此後的叁年中，一直安住在法報化叁身的行爲中無絲毫動搖，非常嚴格地閉關修持。期間，實修蓮師法和圓滿次第，安住在無散亂的境界中。深道外內密總集這叁者的近、修都達到了純熟。而且在境界中出現很多善妙的相，開發了宿命通。能清楚地見到自己前世在印藏曆代轉生的情形。尤其是作外修和密修時，壇城聖尊的體性，自然遍滿。這次又親見了蓮師父母，清楚地跟她說到前生和來世轉世的授記，以及當時的助伴等。後來尊者對別人說：當時蓮師父母非常清楚地對我做了交待。
閉關叁年後，又對善緣者賜予“深道如來總集”的甚深引導、“空行心滴”的引導等傳講。然後帶領眷屬去各大聖地朝聖。到了桑耶寺“不變天成殿”的一切聖物前，頂禮、供養、轉繞等。而且去了桑耶青普、雅瑪隆等地，爲興盛佛法和衆生的利樂，發了很多殊勝大願。在前往桑耶的途中，桑耶寺的白哈爾護法神前來迎接，以殊勝的供品敬獻供養，然後說：“尊貴的蓮師佛母益西措嘉您來了，這很好，爲了弘法利生、長久住世，我甘當助伴，以有形和無形的方式爲您服務。”當時做了一些恭敬贊歎。
尤其尊者來到蓮師閉關的雅隆地帶的“歇紮”山洞時，尊者以自己開取的伏藏法“寂靜上師”，爲會衆啓開共修壇城。大衆共修會供輪，發願在西藏爲主的地區中興盛佛法，這樣做了很多發願。然後在蓮師修行的山洞，出現很多淨相，境界中現出了西藏未來的授記。
在這個聖地住了叁天後，返回本寺。那時，其他寺院的大德前來求法，尊者對他們爲主以及本寺的僧衆，傳授了《德達朗巴全集》的灌頂和傳承。
《至尊門措上師祈禱文(叁)》全文閱讀結束。