經過宗喀巴以來300多年的發展，到17世紀時，格魯派在藏蒙地區取得了絕對的主導地位。據1733年(清雍正十一年)達賴喇嘛報理藩院的數字，當時全藏格魯派寺廟共3477所，喇嘛31，6230人。
根敦彭措正是在格魯派的這一輝煌時期赴西藏求法、並得以聲名顯赫的。1699年，他出任拉薩下密院翁則(密宗苦修僧院引導頌經的喇嘛，要求很高，只能從獲得第一、二名拉然巴學位的僧人中考選升任)，之後主持傳授續部經教，達到很高的學術成就，門徒衆多。這期間，主持修建密宗經堂，向第六世達賴喇嘛倉央嘉措呈獻3500兩白銀作爲代金，獲准將郎日溪卡(即莊院)劃作下密院勝樂(密宗的叁大神之一，另外兩個爲密集神、大威德)修供儀規的基金，並主持校勘審定、新镌拉薩版《四方合注》(密宗的一種必修課本)。1706年，擔任下密院堪布(主持)。獲得這一職務十分不易，只有考選了翁則喇嘛的高僧才能升任。第二年，就任降仔法王(即降仔曲吉)，在班禅大師座前聆受了密集等教敕。1710年，根敦彭措任完六世達賴(益西嘉措白噶增巴)的經師，住錫布達拉宮。
五世達賴時，給全藏所有的格魯派寺廟規定了常年居住的僧人數目，如規定甘丹寺爲3300名，色拉寺5500名，哲蚌寺7700名，劄什倫布寺爲3800名。尤其拉薩叁大寺在過去左右著西藏的政教事務，五世達賴以後，曆世達賴兼任哲蚌寺和色拉寺的寺主，另派堪布一人代表他去管理寺政，兩寺的洛本(即教師)和劄倉堪布，都是由達賴委任的，色拉寺和哲蚌寺每月派人向達賴獻哈達一次，報告寺內情況，並請安問候。特別是哲蚌寺，達賴對其有特別的感情，達賴未執政前的曆輩就居住在哲蚌寺的甘丹頗章宮，五世達賴在固始汗擁立下最初建立的政權就叫“甘丹頗章”政權。
甘丹寺則不同。它有自己的寺主——甘丹赤巴。“赤巴”，也叫“賽赤”，“賽”即“金子”，“赤”爲“臺”或“床”，宗喀巴生前講經的法座，在他圓寂後被弟子、信民用黃金包裹，因此“賽赤”意爲“金座”、“金席”、“法座”，“上座”，即宗喀巴所遺座位傳位于最上高僧。作爲黃教的第一根本寺院，該寺的法臺不同于其它寺院的住持，他實際是黃教教主的位置。甘丹寺建成後，宗喀巴親任第一任赤巴，他一生對于佛教的改革和創造，就是從這裏發揚出去的。其後，大師的第一大弟子甲曹傑繼任第二任甘丹赤巴，第叁任甘丹赤巴則是被追認爲一世班禅的宗喀巴第二大弟子克珠傑。該寺法臺因而被認爲是宗喀巴的化身，享有崇高、特殊的地位，達賴本人見到他時也要站起來敬禮、並賜給座位。在達賴喇嘛圓寂之後，可出任攝政。在西藏人民的看法中，甘丹赤巴僅次于達賴、班禅，而在其他一切喇嘛之上，在每年舉行的“祈願大法會”——拉薩默朗木大法會(宗喀巴始創于1409年，明永樂七年)上，甘丹赤巴居于首位，權力高于一切，可指揮所有與會僧俗群衆。
作爲藏傳佛教的最高進階，甘丹赤巴原來是終身職位，後來甘丹寺設立了夏仔劄倉(意爲東學院)和降仔劄倉(意爲北學院)後，甘丹赤巴就從這兩個學院中的夏仔曲吉和降仔曲吉(曲吉爲一種學級尊號，即法王)中産生，兩人替補升任，任期七年。大法會時，甘丹赤巴的這兩名候補者分別坐于甘丹赤巴的左右。甘丹赤巴任滿新換時，如果前一任是由夏仔曲吉升任的，那末這一任就由降仔曲吉補升，如此輪流。按慣例，夏仔曲吉升任甘丹赤巴後，其遺缺由拉薩上密院堪布繼任。降仔曲吉升任甘丹赤巴後，遺缺由下密院堪布繼任。甘丹赤巴圓寂後的轉世多爲它寺請去供養，稱爲“示慶”(大赤巴)。一名學經僧人要想登上甘丹赤巴的崇高地位，十分不易，一帆風順也要在50歲以後。
先是在上、下密院學習的學員在學業、品德等方面有所成就者，才有可能被推薦擔任“格貴”(掌堂師，俗稱“鐵棒喇嘛”，負責執行規章戒律，維持經堂秩序)的職務，算是登上了繼續升級的軌道和階梯。在有缺可補時，可升任翁則喇嘛，該職任滿後再按年資候升堪布。上、下密院堪布任期爲叁年，任滿退職後名爲堪蘇(退職或卸任堪布)。之後再按年資升任夏仔曲吉或降仔曲吉，直到甘丹赤巴。達到這一地位，才成爲活佛，可以轉世。這一艱難的過程和嚴格的苦修、苦行，曾使不少取得了高級格西學位的喇嘛，望之興歎乃至半途而廢！
公元1715年，67歲的根敦彭措當之無愧地登上宗喀巴傳下來的法位，但任甘丹寺第50任賽赤，成爲西藏政教界的風雲人物。
五世達賴之後的西藏，這時正處于大變故、大動蕩之際。先是1682年(清康熙二十一年)，66歲的五世達賴羅桑嘉措在布達拉宮圓寂，在達賴之下總理政事的第巴(西藏老百姓稱之爲藏王)桑結嘉措企圖專斷西藏政教大權，秘不發喪。在康熙皇帝的嚴厲追究下，直到1697年(清康熙叁十六年)才迎立倉央喜措爲六世達賴，在布達拉宮坐床。1705年，第巴桑結喜嘉措因與繼承了固始汗汗位的拉藏汗發生沖突，雙方爆發了戰爭，結果藏軍被蒙古軍隊擊潰，桑結嘉措被拉藏汗的妃子處死。拉藏汗勝利後便奏請康熙皇帝，認爲桑結嘉措所立的倉央嘉措不是真達賴靈童，請予廢立。倉央嘉措在被“解送”北京途中，行至青海湖畔逝世，時年23歲(另有一說認爲到青海湖後突然下落不明，傳說周遊印度、尼泊爾及甘肅、青海、蒙古弘揚佛法)。拉藏汗乃另立益西嘉措爲六世達賴，前後達11年，但西藏人民認爲益西嘉措是假達賴，始終不予承認。這期間，被拉藏汗奉爲上師的根敦彭措曾代理一年藏王。
就這樣，根敦彭措一身兼任叁職：甘丹赤巴，六世達賴經師，代理藏王。他出行的時候，便可以用叁種不同的華蓋(傘)：傘面和懸垂的叁層簾幕全爲金黃色的是甘丹赤巴的華蓋，這是最爲尊貴的。藏王用五顔六色的花傘，達賴經師則可打一半黃色，一半紅色的華蓋。一人可用叁種象征不同身份的華蓋，十分難得，可見根敦彭措當年在西藏政教界的地位。
公元1717年(清康熙五十六年)，桑結嘉措的部下勾結與青海厄魯特蒙古有世仇的新疆准噶爾蒙古，派遣精兵從藏北騰格裏海(即藏北南木錯湖)突襲西藏。在此危機關頭，五世班禅羅桑益西和甘丹赤巴根敦彭措上師率領叁大寺喇嘛前往調解，沒成功，!徃煉祭睾貢鼙簧保⒌牧來锢狄脖磺粲谟氩即锢嗔囊┩跎繳希
720躁他被解*^到承德後稱熱河達賴喇嘛)。這次事變結束了固始汗子孫對西藏75年的控製。在此紛亂時期，根敦彭措竭力弘揚教法，1718年，他在拉薩主持考察格西優劣，擇其優者分別委任爲後藏白居寺等100多座寺院的盔k肌
719年，讞 煉蘇鞯魃睿鮮ξ
00僧人授戒，因名前都加根敦，被稱爲“五百根敦”。
准噶爾蒙古葔占領西淛後，不但不服從清朝的統治，而且威脅到四川、雲南、青海等省的安全。爲此，康熙皇帝于1718年-墒
\軍進藏，不幸在黑河被准噶爾蒙古所困，全軍覆滅。第二年，康熙帝第二次組織軍隊進藏，這一次規模宏大，近兩萬名大軍由青海、四川分兩路進發，長驅直入，連連打敗准噶爾蒙古軍，終于把准噶
蒙古軍J[逐出西藏，其殘部由藏北草原逃回新疆伊犁。與此同時，康熙帝冊封當時被青海蒙藏僧衆從四川西x襖硖了掠氲剿鹿┭
2歲活佛噶桑嘉措爲七世達賴喇嘛，由青海中路進藏的清軍保護，送往布達拉宮俳床。
1720年7月，七世達賴前往西藏途經林周縣時，根敦彭措上師率叁大寺要員前往迎接。9月15日，七世達賴在布達拉宮舉行了坐床典禮。十一月初五，五世班禅羅桑益西做軌範師，根敦彭措任報辰師，爲七世達賴授了沙彌戒。1721年，一世嘉木樣在拉蔔楞寺圓寂，根敦彭措上師锎獻了盛大供施。
根敦彭措上師的甘丹赤巴任期本來到1722年，因繼任者赤欽`華丹智華(赤欽是對擔如↓賽赤佛位、有崇高聲望者的尊稱，際大賽赤、大師之意，不是所有賽赤能獲此稱)前往青海調解
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嚓3年。
在賽赤任期內，根敦彭措成績顯著：健全了甘丹寺的講聽規程和各項製度，稇請青海脌z怕薏疾氐そ虺淙問┲鳎冒捕嗟胤降哪晁拔诳Π痛笫Φ囊柿樗謂穑懷樸案實ご蠼鹚薄Ｖ鞒侄嶽坦碧頻胤降母魉陸寫蠊婺Ｐ薷矗⑽洗晏乘輪貧爍衤撐傷略汗餐钚械那骞妫蠱涑褭碌陌裱懷莆肮碧迫隆薄Ｉ鮮ν砟辏蟛糠質奔渥∥碧撲攏氪悅芙譚ǎ紗耍卮鸾探
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關于貢唐倉活佛轉世系統的形成，除了根敦彭措上師擔任了崇高的第50任甘丹赤巴佛位這一根本緣由外，還有一個重要的因素：拉藏汗擒殺藏王桑結嘉措後，把從拉薩到甘丹寺之間一塊很大的叫蔡貢唐的地方賜給了根敦彭措，作爲他的教民。1966年“文化大革命”之前，蔡貢唐擁有叁座分屬格魯派和噶舉派的寺院。“十年文革”後幸存下來的一座貢唐寺，也在歲月的風塵中破敗。1986年，第六世貢唐大師丹貝旺旭考察西藏時，布施資金修複這座信奉噶舉派的貢唐寺，目前已修起了一座經堂，裏面有一座精美的5米高的泥塑佛像。有人曾問第六世貢唐大師丹貝旺旭：“您是格魯派的大活佛，爲什麼修複噶舉派的貢唐寺呢？”大師回答：“格…
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