经过宗喀巴以来300多年的发展，到17世纪时，格鲁派在藏蒙地区取得了绝对的主导地位。据1733年(清雍正十一年)达赖喇嘛报理藩院的数字，当时全藏格鲁派寺庙共3477所，喇嘛31，6230人。
根敦彭措正是在格鲁派的这一辉煌时期赴西藏求法、并得以声名显赫的。1699年，他出任拉萨下密院翁则(密宗苦修僧院引导颂经的喇嘛，要求很高，只能从获得第一、二名拉然巴学位的僧人中考选升任)，之后主持传授续部经教，达到很高的学术成就，门徒众多。这期间，主持修建密宗经堂，向第六世达赖喇嘛仓央嘉措呈献3500两白银作为代金，获准将郎日溪卡(即庄院)划作下密院胜乐(密宗的三大神之一，另外两个为密集神、大威德)修供仪规的基金，并主持校勘审定、新镌拉萨版《四方合注》(密宗的一种必修课本)。1706年，担任下密院堪布(主持)。获得这一职务十分不易，只有考选了翁则喇嘛的高僧才能升任。第二年，就任降仔法王(即降仔曲吉)，在班禅大师座前聆受了密集等教敕。1710年，根敦彭措任完六世达赖(益西嘉措白噶增巴)的经师，住锡布达拉宫。
五世达赖时，给全藏所有的格鲁派寺庙规定了常年居住的僧人数目，如规定甘丹寺为3300名，色拉寺5500名，哲蚌寺7700名，札什伦布寺为3800名。尤其拉萨三大寺在过去左右着西藏的政教事务，五世达赖以后，历世达赖兼任哲蚌寺和色拉寺的寺主，另派堪布一人代表他去管理寺政，两寺的洛本(即教师)和札仓堪布，都是由达赖委任的，色拉寺和哲蚌寺每月派人向达赖献哈达一次，报告寺内情况，并请安问候。特别是哲蚌寺，达赖对其有特别的感情，达赖未执政前的历辈就居住在哲蚌寺的甘丹颇章宫，五世达赖在固始汗拥立下最初建立的政权就叫“甘丹颇章”政权。
甘丹寺则不同。它有自己的寺主——甘丹赤巴。“赤巴”，也叫“赛赤”，“赛”即“金子”，“赤”为“台”或“床”，宗喀巴生前讲经的法座，在他圆寂后被弟子、信民用黄金包裹，因此“赛赤”意为“金座”、“金席”、“法座”，“上座”，即宗喀巴所遗座位传位于最上高僧。作为黄教的第一根本寺院，该寺的法台不同于其它寺院的住持，他实际是黄教教主的位置。甘丹寺建成后，宗喀巴亲任第一任赤巴，他一生对于佛教的改革和创造，就是从这里发扬出去的。其后，大师的第一大弟子甲曹杰继任第二任甘丹赤巴，第三任甘丹赤巴则是被追认为一世班禅的宗喀巴第二大弟子克珠杰。该寺法台因而被认为是宗喀巴的化身，享有崇高、特殊的地位，达赖本人见到他时也要站起来敬礼、并赐给座位。在达赖喇嘛圆寂之后，可出任摄政。在西藏人民的看法中，甘丹赤巴仅次于达赖、班禅，而在其他一切喇嘛之上，在每年举行的“祈愿大法会”——拉萨默朗木大法会(宗喀巴始创于1409年，明永乐七年)上，甘丹赤巴居于首位，权力高于一切，可指挥所有与会僧俗群众。
作为藏传佛教的最高进阶，甘丹赤巴原来是终身职位，后来甘丹寺设立了夏仔札仓(意为东学院)和降仔札仓(意为北学院)后，甘丹赤巴就从这两个学院中的夏仔曲吉和降仔曲吉(曲吉为一种学级尊号，即法王)中产生，两人替补升任，任期七年。大法会时，甘丹赤巴的这两名候补者分别坐于甘丹赤巴的左右。甘丹赤巴任满新换时，如果前一任是由夏仔曲吉升任的，那末这一任就由降仔曲吉补升，如此轮流。按惯例，夏仔曲吉升任甘丹赤巴后，其遗缺由拉萨上密院堪布继任。降仔曲吉升任甘丹赤巴后，遗缺由下密院堪布继任。甘丹赤巴圆寂后的转世多为它寺请去供养，称为“示庆”(大赤巴)。一名学经僧人要想登上甘丹赤巴的崇高地位，十分不易，一帆风顺也要在50岁以后。
先是在上、下密院学习的学员在学业、品德等方面有所成就者，才有可能被推荐担任“格贵”(掌堂师，俗称“铁棒喇嘛”，负责执行规章戒律，维持经堂秩序)的职务，算是登上了继续升级的轨道和阶梯。在有缺可补时，可升任翁则喇嘛，该职任满后再按年资候升堪布。上、下密院堪布任期为三年，任满退职后名为堪苏(退职或卸任堪布)。之后再按年资升任夏仔曲吉或降仔曲吉，直到甘丹赤巴。达到这一地位，才成为活佛，可以转世。这一艰难的过程和严格的苦修、苦行，曾使不少取得了高级格西学位的喇嘛，望之兴叹乃至半途而废！
公元1715年，67岁的根敦彭措当之无愧地登上宗喀巴传下来的法位，但任甘丹寺第50任赛赤，成为西藏政教界的风云人物。
五世达赖之后的西藏，这时正处于大变故、大动荡之际。先是1682年(清康熙二十一年)，66岁的五世达赖罗桑嘉措在布达拉宫圆寂，在达赖之下总理政事的第巴(西藏老百姓称之为藏王)桑结嘉措企图专断西藏政教大权，秘不发丧。在康熙皇帝的严厉追究下，直到1697年(清康熙三十六年)才迎立仓央喜措为六世达赖，在布达拉宫坐床。1705年，第巴桑结喜嘉措因与继承了固始汗汗位的拉藏汗发生冲突，双方爆发了战争，结果藏军被蒙古军队击溃，桑结嘉措被拉藏汗的妃子处死。拉藏汗胜利后便奏请康熙皇帝，认为桑结嘉措所立的仓央嘉措不是真达赖灵童，请予废立。仓央嘉措在被“解送”北京途中，行至青海湖畔逝世，时年23岁(另有一说认为到青海湖后突然下落不明，传说周游印度、尼泊尔及甘肃、青海、蒙古弘扬佛法)。拉藏汗乃另立益西嘉措为六世达赖，前后达11年，但西藏人民认为益西嘉措是假达赖，始终不予承认。这期间，被拉藏汗奉为上师的根敦彭措曾代理一年藏王。
就这样，根敦彭措一身兼任三职：甘丹赤巴，六世达赖经师，代理藏王。他出行的时候，便可以用三种不同的华盖(伞)：伞面和悬垂的三层帘幕全为金黄色的是甘丹赤巴的华盖，这是最为尊贵的。藏王用五颜六色的花伞，达赖经师则可打一半黄色，一半红色的华盖。一人可用三种象征不同身份的华盖，十分难得，可见根敦彭措当年在西藏政教界的地位。
公元1717年(清康熙五十六年)，桑结嘉措的部下勾结与青海厄鲁特蒙古有世仇的新疆准噶尔蒙古，派遣精兵从藏北腾格里海(即藏北南木错湖)突袭西藏。在此危机关头，五世班禅罗桑益西和甘丹赤巴根敦彭措上师率领三大寺喇嘛前往调解，没成功，!徃炼祭睾贡鼙簧保⒌牧来锢狄脖磺粲谟氩即锢嗔囊┩跎缴希
720躁他被解*^到承德后称热河达赖喇嘛)。这次事变结束了固始汗子孙对西藏75年的控制。在此纷乱时期，根敦彭措竭力弘扬教法，1718年，他在拉萨主持考察格西优劣，择其优者分别委任为后藏白居寺等100多座寺院的盔k肌
719年，讞 炼苏鞯魃睿鲜ξ
00僧人授戒，因名前都加根敦，被称为“五百根敦”。
准噶尔蒙古葔占领西淛后，不但不服从清朝的统治，而且威胁到四川、云南、青海等省的安全。为此，康熙皇帝于1718年-墒
\军进藏，不幸在黑河被准噶尔蒙古所困，全军覆灭。第二年，康熙帝第二次组织军队进藏，这一次规模宏大，近两万名大军由青海、四川分两路进发，长驱直入，连连打败准噶尔蒙古军，终于把准噶
蒙古军J[逐出西藏，其残部由藏北草原逃回新疆伊犁。与此同时，康熙帝册封当时被青海蒙藏僧众从四川西x袄硖了掠氲剿鹿┭
2岁活佛噶桑嘉措为七世达赖喇嘛，由青海中路进藏的清军保护，送往布达拉宫俳床。
1720年7月，七世达赖前往西藏途经林周县时，根敦彭措上师率三大寺要员前往迎接。9月15日，七世达赖在布达拉宫举行了坐床典礼。十一月初五，五世班禅罗桑益西做轨范师，根敦彭措任报辰师，为七世达赖授了沙弥戒。1721年，一世嘉木样在拉卜楞寺圆寂，根敦彭措上师锎献了盛大供施。
根敦彭措上师的甘丹赤巴任期本来到1722年，因继任者赤钦`华丹智华(赤钦是对担如↓赛赤佛位、有崇高声望者的尊称，际大赛赤、大师之意，不是所有赛赤能获此称)前往青海调解
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嚓3年。
在赛赤任期内，根敦彭措成绩显著：健全了甘丹寺的讲听规程和各项制度，稇请青海脌z怕薏疾氐そ虺淙问┲鳎冒捕嗟胤降哪晁拔诳Π痛笫Φ囊柿樗谓穑怀朴案实ご蠼鹚薄Ｖ鞒侄岳坦碧频胤降母魉陆写蠊婺Ｐ薷矗⑽洗晏乘轮贫烁衤撑伤略汗餐钚械那骞妫蛊涑褭碌陌裱怀莆肮碧迫隆薄Ｉ鲜ν砟辏蟛糠质奔渥∥碧扑拢氪悦芙谭ǎ纱耍卮鸾探
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关于贡唐仓活佛转世系统的形成，除了根敦彭措上师担任了崇高的第50任甘丹赤巴佛位这一根本缘由外，还有一个重要的因素：拉藏汗擒杀藏王桑结嘉措后，把从拉萨到甘丹寺之间一块很大的叫蔡贡唐的地方赐给了根敦彭措，作为他的教民。1966年“文化大革命”之前，蔡贡唐拥有三座分属格鲁派和噶举派的寺院。“十年文革”后幸存下来的一座贡唐寺，也在岁月的风尘中破败。1986年，第六世贡唐大师丹贝旺旭考察西藏时，布施资金修复这座信奉噶举派的贡唐寺，目前已修起了一座经堂，里面有一座精美的5米高的泥塑佛像。有人曾问第六世贡唐大师丹贝旺旭：“您是格鲁派的大活佛，为什么修复噶举派的贡唐寺呢？”大师回答：“格…
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