..續本文上一頁、面之脈流通。第五個月內、血、骨頭等各關節成熟。第六個月有一定的觸覺與苦樂之感，皮毛結實。其後幾個月眼睛眨動，吸收營養，消化功能開始工作。另外，這一章還提出了生病之因與除病的方法。身體是一切成就之因，如果沒有身體就不會有成就，亦不會有殊勝快樂。若要使身體健康必須晝夜修煉氣功，使心脈調合，脈波流通。生病除了用氣功治療外，也可以用各種植物、動物、礦物等配製成的藥物調服。具體的治療方法後面要作專門介紹。
第叁章：授灌頂。全章共二百零二首。灌項原是古印度的一種授位儀式，國王繼位時，國師取四海之水，以四寶瓶盛之，于象牙上灌太子之頂，表示授位。密宗興起後仿效此法，在僧人繼阿阇黎位時設壇授灌頂。灌項分類較多，有叁部五部之說。事業灌頂有叁種：結緣灌頂、學法灌頂及傳法灌頂。《時輪根本攝續》認爲，灌頂是一種非常重要的儀式，授灌頂的阿阇黎必須具備一定的佛學知識，了解世、出世間的一切道理，謹慎行事，布施衆人，以身語意叁業護佑衆僧徒。授灌頂之前，首先在選擇好的清淨地方按照一定的規定尺寸設置壇城。一般壇城的形狀成圓形，周圍作五幅畫，中間設立五相裝飾的八瓣蓮花，蓮花中間供奉本尊、本尊母、佛像，以防妖魔邪氣的侵入。灌頂儀式開始時，先用雙手拇指護祭火，待到跏趺地煙火息滅，心定誦咒，一切准備工作完成後，開始授灌頂，傳授知識；用五甘露珠勝金剛加持，誦咒火祭，散放顔料石粉，設置咒相，相角用五根白線系縛寶瓶。金剛阿阇黎東面供奉著金剛蓮花所生忿怒本尊。之後用叁金剛護佑僧徒的頭、心、臍、喉等，使氣脈暢通。身著黃衣，眼被障覆的僧徒坐在其中，全神貫注聽講，接受阿阇黎的灌頂。整個過程比較莊重而複雜。灌頂儀式結束後，再次進行護摩，使菩薩智慧進入自己的心蓮。這一章還提出了瑜伽師應供奉的十母(婦女)。⑨
第四章：修法。全章二百叁十叁首。主要講修行姿式，應修的幾種金剛母、修行達到的目的及瑜伽師所修之事等。同時介紹了幾種不同的禅定。修行姿式右足(腿)彎屈立地，左腿伸直；左邊交合使右腿伸直，兩腿平等，功德力使雙膝伸直。爲了修成手印快樂之成就，瑜伽師不分晝夜專心修煉。
第五章：智慧。全章共二百六十首。這一章不僅詳細介紹了智慧與方便合修得到的俱生快樂(理論指導實踐，實踐的結果快樂)，而且提出了用各種礦物質配藥的方法和醫治疾病的功能。所執境是智慧，能執根是方便，二者各有身體。如果從晝夜的變化去區分認識，夜晚(——短元音)思想的區分即是智慧，身體的區分爲方便；白晝(——長元音)思想的區分爲方便，身體的區分爲智慧。當兩者相互交合時，方便思想進入到智慧之中，而智慧思想則進入到方便之中，相互融爲一體。時輪金剛乘法爲方便比喻成月亮，用字表示(顯教——理論)；把智慧比喻成太陽，用字表示(密宗——實踐)，理論與實踐相結合産生空樂。如果從理論(方便)方面講，從智慧思想即是智慧，從方便之體出現是方便。從實踐角度分析則相反。身體與思想都有地、水、火、風等味與大味，味是虛空界之名，大味是智慧之名。從方便有叁現與非叁現之區分，水風味之叁界是從精液出現，其余叁界非從精液出現。從月經亦有叁現與非叁現，地火大味之叁界是從月經出現，其余叁界非從智慧月經出現。非從兩者單獨出現者是從兩者交合之助緣出現。從智慧、方便出現的叁界逐漸成爲胎生之身、語、意。
佛之俱生快樂，爲了增益首先依賴業印(叁昧耶手印)，然後日色身體、面、足、頂一切支圓滿，隨順電的揮舞生起不變快樂，使一切相圓滿。叁昧耶手印、法手印、羯摩手印及大手印(內分實住大手印、空樂大手印、光明大手印)可于任何地方修煉。修煉到一定程度，使身脈氣心調合，即“身調則脈調，脈調則氣調，氣調則心調”，最後達到一種快樂的境界。俱生快樂是法界施予的。
在論述智慧方便與幾種佛身的關系時說，非智慧非方便是俱生身或法身；智慧方便之自性脫離黑暗是受用圓滿身，猶如身影，衆生之義即是作者，衆生爲了成熟又成爲佛之變化身。歡喜是受用圓滿身，語意俱生與歡喜亦可生快樂。這一章對佛的叁十二種相⑩也作了詳細的說明。
叁、《時輪根本攝續》的氣功醫學
《時輪根本攝續》第二章與第五章提出了許多有關氣功醫學方面的問題。尤其第二章從生理現象、胚胎發育、生病原因及藥物氣功治療原則等作了全面細致的分析解釋。氣功醫學是當今世界上發展起來的一門新型學科，越來越引起了人們的重視。尤其是密宗的瑜伽功在歐、美等發達國家引起了廣泛重視。雖然其中有許多不被人們理解的神秘成分，這是因爲它是用宗教理論解釋的，不可避免帶有宗教的神秘色彩，只要用唯物主義的辨證方法去分析解釋，就會得出比較正確的結論。下面將要提到的是密宗大手印法的一種。大手印法是密宗的主要修法之一，它源自印度，發展傳播在中國的藏族地區。藏傳佛教的噶舉派對此法非常重視，各位高僧對大手印的理解各異。大手印的梵文音譯爲：“嘛哈穆德啰烏巴德嘎”。“嘛哈”意爲“大”，“穆德啰”意爲“印”，“烏巴德嘎”是“口訣”的意思，藏文的意思是“大手印口授”。“手”表示佛之如所有與盡所有智，無二分別，空樂智慧。《大手印明點續》說：“手”爲諸法空性智，“印”喻印記，決定義。“大”者，謂更無深廣殊勝，有過于此。央貢巴大師說：“大手印者，師無可交，徒無可悟，覺受無可汙染，定見無可雜亂，見修行無可分，根道果無可裂。如是于此顯有輪，寂一切諸法，勿作任何遣立、束縛、解脫、對治、矯整，就自識得而自解脫，此之謂大手印”。《央貢巴全集》上面已經說過，《時輪根本攝續》主要講的是寶瓶氣，它以大乘佛教中觀學派的思想理論爲指導，按照一定的程序進行修煉。它認爲人的痛苦在娘胎時已經存在，生下以後隨著對世俗利益的追求執著，使痛苦逐漸加深。由于痛苦所迫與人體各組織的失調産生了一系列的疾病，雙重壓迫致人于死亡。爲了診治疾病，拯救病體，必須在藥物治療的配合下修煉寶瓶氣，使人體機能調合。
寶瓶氣是大手印修身的一種，它的修煉方法是：叁出濁氣，上氣由鼻端徐徐吸入，漸次下壓至臍下四指處；下氣微向上提，至臍下四指處，盡力忍而持之。這種氣屬于剛氣，大手印修身的另外一種金剛誦則屬柔氣。消散氣的方法分內消與外消兩種，內消指觀氣入中脈，至于心，業氣變成光明智氣；外消指觀氣周遍全身，由毛孔排出，直沖于頂。寶瓶氣吐濁氣分叁步，第一步：從鼻孔慢慢吸入外氣；第二步：氣入後觀想成爲壺形；第叁步：使氣留住，以能持久爲度。通過對大手印寶瓶氣的修煉，疏通脈絡，調和機節，強身健體。在藥物治療方面，《時輪根本攝續》列出了一大批珍貴藥方，這些藥不僅能治一般性的疾病，而且可以治療腫瘤等惡性疾病，殺死癌細胞。《時輪根本攝續》認爲，肚臍與生殖器處(又稱秘密處)具有八十種病根，如果這些機節失調，致病使人死亡。所以爲了能使身體各組織平衡調合，修煉寶瓶氣，用下氣消除上方命氣變成的病。若用寶瓶氣治住下瀉有益身體健康。
額頭及頭頂有二十種導致痰癊(肺熱病)的病根。如果患這些病，治療方法是于中脈阻止上方命，作額頭寶瓶氣，消除肺部各種疾病。若舍去下瀉寶瓶氣，會導致內髒膽病發生，這樣首先向外排濁氣，吸入外面的清涼氣，從口徐徐吸入裏面，如寶瓶收住，舌于上爬移動生津，由津消膽病。
喉咽及心有導致疾病的四十種病根，患此等病後在藥物治療的配合下，專修寶瓶氣，上方命氣與下瀉氣(下氣)于肚臍風(丹田)相合調合氣脈，排出濁氣。這樣修煉對腸熱病及傳染病也有益。傳染病的病根有十四種，爲了治愈也需要修煉寶瓶氣，當修煉到一定程度，肚臍上命氣內流，消除胸部的病毒，下氣能除下部之病。
寶瓶氣亦能消除水腫與病腫等病。消病的方法是：瀉氣(下氣)行于便、尿、精液叁道，命氣流動于日、月、火之道，亦從叁道收屈，會合于肚臍寶瓶。如果生命(命氣)與下瀉(下氣)相合，臍火有力，熱遍全身。這時水腫、痞腫、痔瘡及其它各種疾病毒氣亦進入腹中，通過一月的修煉調合，可以消除毒氣及以上各種病。且能治療氣重、肺病、蛇毒、眼病、頭病等。
寶瓶氣能治療乳房病。當瑜伽師修煉一段時間寶瓶氣後于中脈出現命處，由此引誘死。如果不是這樣，修煉寶瓶氣可以使行于右邊氣之死相移至左邊，左邊死相移到右邊。從右腋下及非右腋用力壓乳房會致命。如果氣至右邊，出現右行之死相，壓右乳，右手猛力壓左腋脈，兩肘從外防護，使其移至右邊，入左右手之脈下。氣從右鼻吸入，氣滿全身。若氣不周遍全身，從左邊落下，而于左鼻流動。爲了拯救左邊死相，氣從左鼻吸入，調服左乳。或者，身體正直成金剛跏趺坐法，氣于右邊流動，從右落下。這樣壓右乳，氣立即從右向左脈移動，如此反複修煉半月後能治病。
治療糖尿病與眼病的修煉法：兩足成金剛跏趺形，手握兩足之拇指，系縛手臂金剛，右手執右足，左手執左足，用身體的幻輪調服體後疾病。以上方足錯亂，下方頭之幼輪，消除身體一切病根。在此基礎上，沐浴十日或半月，能治糖尿病。清晨，無名指離水，用水洗之前以牙磨之氣味塗于眼，能治眼病。另外，清晨可用涼水擦眼，也可治眼病。仰臥，氣秘密會合，左手蓮花握肚臍，這樣修煉可治疑難病。
清除麻瘋病的修煉法，前面已經說過大手印的修身口訣是：“身調則脈調，脈調則氣調，氣調則心調。”具體的修法有四種，即七支坐法、金剛誦、寶瓶氣、明點氣。其中的寶瓶氣，首先調氣，氣不停心亦不停，心氣須合。人的呼吸一晝夜大換氣十二次，每次一千八百息，共計二萬一千六百息…
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