..续本文上一页、面之脉流通。第五个月内、血、骨头等各关节成熟。第六个月有一定的触觉与苦乐之感，皮毛结实。其后几个月眼睛眨动，吸收营养，消化功能开始工作。另外，这一章还提出了生病之因与除病的方法。身体是一切成就之因，如果没有身体就不会有成就，亦不会有殊胜快乐。若要使身体健康必须昼夜修炼气功，使心脉调合，脉波流通。生病除了用气功治疗外，也可以用各种植物、动物、矿物等配制成的药物调服。具体的治疗方法后面要作专门介绍。
第三章：授灌顶。全章共二百零二首。灌项原是古印度的一种授位仪式，国王继位时，国师取四海之水，以四宝瓶盛之，于象牙上灌太子之顶，表示授位。密宗兴起后仿效此法，在僧人继阿阇黎位时设坛授灌顶。灌项分类较多，有三部五部之说。事业灌顶有三种：结缘灌顶、学法灌顶及传法灌顶。《时轮根本摄续》认为，灌顶是一种非常重要的仪式，授灌顶的阿阇黎必须具备一定的佛学知识，了解世、出世间的一切道理，谨慎行事，布施众人，以身语意三业护佑众僧徒。授灌顶之前，首先在选择好的清净地方按照一定的规定尺寸设置坛城。一般坛城的形状成圆形，周围作五幅画，中间设立五相装饰的八瓣莲花，莲花中间供奉本尊、本尊母、佛像，以防妖魔邪气的侵入。灌顶仪式开始时，先用双手拇指护祭火，待到跏趺地烟火息灭，心定诵咒，一切准备工作完成后，开始授灌顶，传授知识；用五甘露珠胜金刚加持，诵咒火祭，散放颜料石粉，设置咒相，相角用五根白线系缚宝瓶。金刚阿阇黎东面供奉着金刚莲花所生忿怒本尊。之后用三金刚护佑僧徒的头、心、脐、喉等，使气脉畅通。身着黄衣，眼被障覆的僧徒坐在其中，全神贯注听讲，接受阿阇黎的灌顶。整个过程比较庄重而复杂。灌顶仪式结束后，再次进行护摩，使菩萨智慧进入自己的心莲。这一章还提出了瑜伽师应供奉的十母(妇女)。⑨
第四章：修法。全章二百三十三首。主要讲修行姿式，应修的几种金刚母、修行达到的目的及瑜伽师所修之事等。同时介绍了几种不同的禅定。修行姿式右足(腿)弯屈立地，左腿伸直；左边交合使右腿伸直，两腿平等，功德力使双膝伸直。为了修成手印快乐之成就，瑜伽师不分昼夜专心修炼。
第五章：智慧。全章共二百六十首。这一章不仅详细介绍了智慧与方便合修得到的俱生快乐(理论指导实践，实践的结果快乐)，而且提出了用各种矿物质配药的方法和医治疾病的功能。所执境是智慧，能执根是方便，二者各有身体。如果从昼夜的变化去区分认识，夜晚(——短元音)思想的区分即是智慧，身体的区分为方便；白昼(——长元音)思想的区分为方便，身体的区分为智慧。当两者相互交合时，方便思想进入到智慧之中，而智慧思想则进入到方便之中，相互融为一体。时轮金刚乘法为方便比喻成月亮，用字表示(显教——理论)；把智慧比喻成太阳，用字表示(密宗——实践)，理论与实践相结合产生空乐。如果从理论(方便)方面讲，从智慧思想即是智慧，从方便之体出现是方便。从实践角度分析则相反。身体与思想都有地、水、火、风等味与大味，味是虚空界之名，大味是智慧之名。从方便有三现与非三现之区分，水风味之三界是从精液出现，其余三界非从精液出现。从月经亦有三现与非三现，地火大味之三界是从月经出现，其余三界非从智慧月经出现。非从两者单独出现者是从两者交合之助缘出现。从智慧、方便出现的三界逐渐成为胎生之身、语、意。
佛之俱生快乐，为了增益首先依赖业印(三昧耶手印)，然后日色身体、面、足、顶一切支圆满，随顺电的挥舞生起不变快乐，使一切相圆满。三昧耶手印、法手印、羯摩手印及大手印(内分实住大手印、空乐大手印、光明大手印)可于任何地方修炼。修炼到一定程度，使身脉气心调合，即“身调则脉调，脉调则气调，气调则心调”，最后达到一种快乐的境界。俱生快乐是法界施予的。
在论述智慧方便与几种佛身的关系时说，非智慧非方便是俱生身或法身；智慧方便之自性脱离黑暗是受用圆满身，犹如身影，众生之义即是作者，众生为了成熟又成为佛之变化身。欢喜是受用圆满身，语意俱生与欢喜亦可生快乐。这一章对佛的三十二种相⑩也作了详细的说明。
三、《时轮根本摄续》的气功医学
《时轮根本摄续》第二章与第五章提出了许多有关气功医学方面的问题。尤其第二章从生理现象、胚胎发育、生病原因及药物气功治疗原则等作了全面细致的分析解释。气功医学是当今世界上发展起来的一门新型学科，越来越引起了人们的重视。尤其是密宗的瑜伽功在欧、美等发达国家引起了广泛重视。虽然其中有许多不被人们理解的神秘成分，这是因为它是用宗教理论解释的，不可避免带有宗教的神秘色彩，只要用唯物主义的辨证方法去分析解释，就会得出比较正确的结论。下面将要提到的是密宗大手印法的一种。大手印法是密宗的主要修法之一，它源自印度，发展传播在中国的藏族地区。藏传佛教的噶举派对此法非常重视，各位高僧对大手印的理解各异。大手印的梵文音译为：“嘛哈穆德啰乌巴德嘎”。“嘛哈”意为“大”，“穆德啰”意为“印”，“乌巴德嘎”是“口诀”的意思，藏文的意思是“大手印口授”。“手”表示佛之如所有与尽所有智，无二分别，空乐智慧。《大手印明点续》说：“手”为诸法空性智，“印”喻印记，决定义。“大”者，谓更无深广殊胜，有过于此。央贡巴大师说：“大手印者，师无可交，徒无可悟，觉受无可污染，定见无可杂乱，见修行无可分，根道果无可裂。如是于此显有轮，寂一切诸法，勿作任何遣立、束缚、解脱、对治、矫整，就自识得而自解脱，此之谓大手印”。《央贡巴全集》上面已经说过，《时轮根本摄续》主要讲的是宝瓶气，它以大乘佛教中观学派的思想理论为指导，按照一定的程序进行修炼。它认为人的痛苦在娘胎时已经存在，生下以后随着对世俗利益的追求执着，使痛苦逐渐加深。由于痛苦所迫与人体各组织的失调产生了一系列的疾病，双重压迫致人于死亡。为了诊治疾病，拯救病体，必须在药物治疗的配合下修炼宝瓶气，使人体机能调合。
宝瓶气是大手印修身的一种，它的修炼方法是：三出浊气，上气由鼻端徐徐吸入，渐次下压至脐下四指处；下气微向上提，至脐下四指处，尽力忍而持之。这种气属于刚气，大手印修身的另外一种金刚诵则属柔气。消散气的方法分内消与外消两种，内消指观气入中脉，至于心，业气变成光明智气；外消指观气周遍全身，由毛孔排出，直冲于顶。宝瓶气吐浊气分三步，第一步：从鼻孔慢慢吸入外气；第二步：气入后观想成为壶形；第三步：使气留住，以能持久为度。通过对大手印宝瓶气的修炼，疏通脉络，调和机节，强身健体。在药物治疗方面，《时轮根本摄续》列出了一大批珍贵药方，这些药不仅能治一般性的疾病，而且可以治疗肿瘤等恶性疾病，杀死癌细胞。《时轮根本摄续》认为，肚脐与生殖器处(又称秘密处)具有八十种病根，如果这些机节失调，致病使人死亡。所以为了能使身体各组织平衡调合，修炼宝瓶气，用下气消除上方命气变成的病。若用宝瓶气治住下泻有益身体健康。
额头及头顶有二十种导致痰癊(肺热病)的病根。如果患这些病，治疗方法是于中脉阻止上方命，作额头宝瓶气，消除肺部各种疾病。若舍去下泻宝瓶气，会导致内脏胆病发生，这样首先向外排浊气，吸入外面的清凉气，从口徐徐吸入里面，如宝瓶收住，舌于上爬移动生津，由津消胆病。
喉咽及心有导致疾病的四十种病根，患此等病后在药物治疗的配合下，专修宝瓶气，上方命气与下泻气(下气)于肚脐风(丹田)相合调合气脉，排出浊气。这样修炼对肠热病及传染病也有益。传染病的病根有十四种，为了治愈也需要修炼宝瓶气，当修炼到一定程度，肚脐上命气内流，消除胸部的病毒，下气能除下部之病。
宝瓶气亦能消除水肿与病肿等病。消病的方法是：泻气(下气)行于便、尿、精液三道，命气流动于日、月、火之道，亦从三道收屈，会合于肚脐宝瓶。如果生命(命气)与下泻(下气)相合，脐火有力，热遍全身。这时水肿、痞肿、痔疮及其它各种疾病毒气亦进入腹中，通过一月的修炼调合，可以消除毒气及以上各种病。且能治疗气重、肺病、蛇毒、眼病、头病等。
宝瓶气能治疗乳房病。当瑜伽师修炼一段时间宝瓶气后于中脉出现命处，由此引诱死。如果不是这样，修炼宝瓶气可以使行于右边气之死相移至左边，左边死相移到右边。从右腋下及非右腋用力压乳房会致命。如果气至右边，出现右行之死相，压右乳，右手猛力压左腋脉，两肘从外防护，使其移至右边，入左右手之脉下。气从右鼻吸入，气满全身。若气不周遍全身，从左边落下，而于左鼻流动。为了拯救左边死相，气从左鼻吸入，调服左乳。或者，身体正直成金刚跏趺坐法，气于右边流动，从右落下。这样压右乳，气立即从右向左脉移动，如此反复修炼半月后能治病。
治疗糖尿病与眼病的修炼法：两足成金刚跏趺形，手握两足之拇指，系缚手臂金刚，右手执右足，左手执左足，用身体的幻轮调服体后疾病。以上方足错乱，下方头之幼轮，消除身体一切病根。在此基础上，沐浴十日或半月，能治糖尿病。清晨，无名指离水，用水洗之前以牙磨之气味涂于眼，能治眼病。另外，清晨可用凉水擦眼，也可治眼病。仰卧，气秘密会合，左手莲花握肚脐，这样修炼可治疑难病。
清除麻疯病的修炼法，前面已经说过大手印的修身口诀是：“身调则脉调，脉调则气调，气调则心调。”具体的修法有四种，即七支坐法、金刚诵、宝瓶气、明点气。其中的宝瓶气，首先调气，气不停心亦不停，心气须合。人的呼吸一昼夜大换气十二次，每次一千八百息，共计二万一千六百息…
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