..續本文上一頁清淨也。此心雖自性清淨，終須悟修，方得性相圓淨。《禅源諸诠集都序》卷２
佛教的重要經論，闡說的都是這二種清淨。明白了這二種清淨，就可以避免兩種錯誤傾向，一是只知離垢清淨而诋毀禅門即心即佛，無法獲得頓悟成佛的體驗；一是只知自性清淨而輕視持戒、坐禅調伏諸行，從而墮入狂禅的窟宅。自性清淨與離垢清淨這二種清淨，在《起信論》中兼而有之。這兩個看似矛盾的觀點，在《起信論》的一心二門中得到了較好的調和，從真如門看，自性本來無染；從生滅門看，自性隨緣起染，唯有除妄離垢才能複歸于清淨。《宗鏡錄》卷６： “清淨真如理，不守自性故。而能受染熏，名染淨真如。”《禅源諸诠集都序》卷３：“六道凡夫，叁乘賢聖，根本悉是靈明清淨一法界心，性覺寶光，各各圓滿。本不名諸佛，亦不名衆生，但以此心靈妙自在，不守自性，故隨迷悟之緣，造業受報，遂名衆生。修道證真，遂名諸佛。”《圓悟錄》卷１５：“祖師直指人心，俾見性成佛。然此心雖人人具足，從無始來清淨無染。初不取著，寂照凝然。了無能所，十成圓陀陀地。只緣不守自性，妄動一念，遂起無邊知見，漂流諸有。腳跟下恒常佩此本光，未常霭昧，而于根塵枉受纏縛。若能蘊宿根本，從諸佛祖師直截指示處，便到底脫卻炙脂衲襖，赤條條淨裸裸，直下承當。不從外來，不從內出。當下廓然，明證此性。” 禅宗所要體證顯現的“含生同一真性”，亦不外乎是《起信論》所言的人性本具之真如心。
二、《起信論》與禅宗的迷失論
佛教迷失論探討的是人們爲什麼會迷失澄明自性而流轉于生死這一問題。對這一問題，在大乘佛學的不同思想流派中，有不同的看法。有的學者認爲，大乘佛教思想有叁大學派，即中觀、瑜伽和真常。中觀思想建立在“緣起性空”上，所依的經論包括《大般若經》、《中論》、《百論》、《十二門論》等；瑜伽系強調“境空心有”的唯識思想，經論有《解深密經》、《瑜伽師地論》、《攝大乘論》、《成唯識論》等；真常系思想則高揚“如來藏自性清淨心”旗幟，宣揚人性中本有佛性的存在，經典有《如來藏經》、《勝鬘夫人經》、《大般涅槃經》、《楞伽經》等。後期的如來藏思想，與阿賴耶思想完全會通。如《楞伽經》說如來藏藏識是“善不善因”，就是結合了如來藏和阿賴耶。而《起信論》更是瑜伽和真常二學派對人性本質探討的大融合，在這裏，生滅的阿賴耶和清淨的如來藏已是和合非一非異的密切關系了。釋恒清《大乘起信論的心性論》，臺大《哲學論評》第１２期。
《起信論》從本體上強調自性清淨，同時從相用上又指出心性隨緣起染，生滅流轉，這就是一心二門的心生滅門。《起信論》用阿梨耶識即阿賴耶識來表示這種生滅：“心生滅者，依“如來藏”故有生滅心。所謂不生不滅與生滅和合，非一非異，名爲阿梨耶識。此識有二種義，能攝一切法，生一切法。”“生滅心”是有生滅的染心。依止“如來藏”自性清淨心，才有生滅之染心。猶如水與風的關系，“如來藏”一似不動的水，被“無明”之風所吹拂，遂成爲生滅心的動水。不生不滅的“如來藏”自性清淨心，與生滅不停的七識染心相和合。兩者既不是一個東西，又沒有本質的差異，這才是阿賴耶識，它能含攝、生起一切染淨諸法。對心體的生滅，《起信論》有非常形象的譬喻：
無明之相，不離覺性。……如大海水，因風波動，水相風相不相舍離。而水非動性，若風止滅，動相則滅，濕性不壞故。如是衆生自性清淨心，因無明風動，心與無明，俱無形相，不相舍離。而心非動性，若無明滅，相續則滅，智性不壞故。
無明之相離不開本覺的體性。水相不能離開風相，因爲依靠風才能起波浪之相。風相離不開水相，因爲依靠水才能顯現出動相。同樣，自性清淨心隨無明而起識浪，因此沒有心的形相；識浪依自性清淨心而起，無明之體本空，因此也沒有無明的形相。清淨心與無明都無形相，像水和風不可分離。清淨心湛然常寂，無明滅除了，生滅心也就滅除了。《宗鏡錄》卷８５：“無明之相不離覺性，非可壞非不可壞，猶如大海風相水相不相舍離者。大海喻阿賴耶識，水喻本覺心，風喻根本無明。不覺能起動轉慮知之識如彼風故。波動者喻諸戲論識遷流無常。水相風相不相舍離者，喻真妄相資俱行合轉。”
生滅門中要闡釋的一個非常重要的問題是無明的根源和作用。《起信論》： “是心從本以來，自性清淨，而有無明，爲無明所染，有其染心。雖有染心，而常恒不變。是故此義唯佛能知。所謂心性常無念故，名爲不變。以不達一法界故，心不相應，忽然念起，名爲無明。”清淨的真如如何會生起妄染的無明？自性何以不染而染、染而不染？經文將人的善惡本性根源，歸于“唯佛能知”，認爲不是一般世間邏輯理論和思辯所能圓滿解答。釋恒清指出，如來藏爲生死和涅槃依的說法，源自《勝鬘經》“世尊，有如來藏故，說生死”，以及《楞伽經》“如來之藏，是善不善因”。但生滅心如何依如來藏而有？《寶性論》謂依如來藏而有生滅流轉之存在，猶如依虛空而有地，水，風，雖爲地，水，風所依，而虛空如淨，常住不變，如來藏亦複如是。因此如來藏是染法的“依止因”，而非“造作因”。染法對如來藏而言，不過是客塵煩惱。就如依明鏡而有灰塵，但絕非明鏡能生灰塵。以上的說明固然可以消解清淨不生雜染的難題，卻沒有解決雜染從何而生的難題《哲學論評》第１２期。 《起信論》謂衆生心性雖然本自清淨，但從無始以來心與法界不能相應，結果就“忽然”而有妄“念起”。至于爲什麼會“忽然念起”，《起信論》用“無始無明”來加以解釋：“以從本來念念相續，未曾離念，故說無始無明。”一切衆生從本以來，都是一念接著一念，相續不斷，從來未曾離念。由于未曾離念，所以是沒有開端的無明。這種沒有開端的無明，是不知不覺間産生的：“不覺心起而有其念，念無自相，不離本覺。” 于不知不覺中忽然生起無明妄念，且這種妄念沒有自相，不能離開本覺而存在。
《起信論》將阿賴耶識分爲“覺”與“不覺”二義，“不覺”又可分爲“根本不覺”、“枝末不覺”二種。前者爲迷真之無明，全然無知于真如之法的平等一味；後者則爲執妄之無明，由根本不覺所生起，繼而産生業相、轉相等叁細、六粗之相，受生死流轉之苦：
一者無明業相。以依不覺故心動，說名爲業，覺則不動，動則有苦，果不離因故。二者能見相。以依動故能見，不動則無見。叁者境界相。以依能見故境界妄現，離見則無境界。
以有境界緣故複生六種相。雲何爲六？一者智相，依于境界，心起分別，愛與不愛故。二者相續相，依于智故，生其苦樂，覺心起念，相應不斷故。叁者執取相，依于相續，緣念境界，住持苦樂，心起著故。四者計名字相，依于妄執，分別假名言相故。五者起業相，依于名字，尋名取著，造種種業故。六者業系苦相，以依業受果，不自在故。當知無明能生一切染法，以一切染法皆是不覺相故。
依止不覺，故生起叁種細相，與“不覺”相互依存、互不分離。這叁種細相，一爲根本無明造業之相即“無明業相”，由不覺而起心動念，就是造業。心念既動，就會招致無邊生死之苦，生死之苦果離不開動念的業因。二爲能見之相，即 “轉相”。由于前業相的動念而生起能見。如果沒有了動念，就不會有能見之相。叁爲境界之相，即“現相”。由于能見的轉相，轉現出虛妄境界。遠離一切轉相妄見就沒有虛妄境界可現。由叁細所現的境界爲緣，又生起六粗。一爲“智相”，依叁細相所現境界，心生虛妄分別之念，計度境界的好壞，生起愛與不愛之心。二爲“相續相”，依智相，生起苦受與樂受，並由此二覺生起種種心念，與愛不愛境相互依存，永不斷絕。叁爲“執取相”，依相續相，攀緣、思念苦受樂受的境界，生起執著之心。四爲“計名字相”，依前執取相，妄起執著，分別假立名字言說之相。五爲“起業相”，依計名字相，求取執著，造成種種善業惡業。六爲“業系苦相”，依起業相而受種種果報，不得自在。無明能生起一切染汙之法，一切染汙之法都是不覺之相。
《起信論》還指出：“生滅因緣者，所謂衆生依心、意、意識轉故。此義雲何？以依阿梨耶識說有無明。不覺而起、能見、能現、能取境界、起念相續，故說爲意。”一切生滅現象，都是衆生依止心、意、識叁類精神現象輾轉生起：依阿梨耶識而起“不覺”之業相，《宗鏡錄》卷７３：“古師釋雲：生滅因緣體相有二。一阿賴耶心體不守自性變作諸法，是生滅因。根本無明熏動心體，是生滅緣。又複無明住地諸染根本，起諸生滅故說爲因。六塵境界能動七識波浪生滅，是生滅緣。” 依不覺之業相而起“能見”之轉相，依能見之轉相而起“能現” 之現相。“能取境界”是能取現識所現境界的智相。“起念相續”是依能取境界的智相，于所取境界生起各種念頭的相續相。這五種相輾轉相生，因此叫做“意”。此“意”又有五種名稱。一者名爲“業識”，即依止根本無明的力量，使“不覺” 妄心起動。二者名爲“轉識”，即依止前“業識”的動心，轉成“能見”之相。 《宗鏡錄》卷１６：“轉識即是賴耶中轉相，依此轉相方起現識，現諸境界，此識即是真妄和合。” 叁者名爲“現識”，即依止前“轉識”之相，“能現” 一切境界。《宗鏡錄》卷６９：“最初因不覺故有識，從業識因動故有轉識，從轉識起見故有現識。因見分成相分，能所才分，心境頓現。” 四者名爲 “智識”，由轉識的能見作用，而有現識的一切境界，內心與外境相接觸，而起分別染淨的心就是智識。五者名爲“相續識”，每一智識分別的染淨、善惡，都構成一種影像留于心識中。念念相應不斷，能使已經過去之事，現在忽然起念；對未來之事，…
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