..續本文上一頁相同，科學家至多不過說：“很難得!古人沒有我們的設備，居然敢提出這樣大膽的假設!”佛弟子引科學以證明佛法，“至多不過摭拾一二偶合之點，供佛弟子弘法衛道之一助”。佛弟子(包括王季同)盡管撰出科學分析的架子，大談什麼八識百法、因明學，到頭來不過是最下流的“陀羅尼迷信”的障眼法，其根本立場是迷信：論證我及物質世界是妄，卻深信輪回、六神通、真現量、極樂世界是真。他就王季同文稿中所提出的推理原則反诘：既然王先生以我人所親曆爲推論其事必有的前提，那麼憑什麼相信六道輪回、六種神通、極樂世界是真
請問這幾項中有哪一項是你王先生“所親曆者”
王先生也不過是迷信“佛及大菩薩的真現量”而已。這種“真現量”，據王先生的解釋(如眼見青山只有青之感覺，尚無青之概念)只不過是下等動物的知覺狀態，即便有了這種“真現量”，難道就可以證知輪回及六神通了嗎
王季同的《唯識研究序》發表後，也有黃賓撰《佛教與科學》一文批評。黃文主要批駁王季同“佛教是徹底的辯證法”之說，認爲佛教只是在承認宇宙萬有是生滅、變動、矛盾的幾點上與辯證法相符合，而並沒有黑格爾、馬克思那樣嚴整的辯證法體系。王季同所說佛教辯證法的徹底性——真理終不可言說，並未超越康德不可知論的範圍，盡管佛教中有一些與科學“不謀而合”的說法，但佛教否認物質世界的客觀實在性，這是佛教和科學根本矛盾之處。佛教的這種反科學的性質“不但不能利用科學使它變成合理，反而是要在科學的照明之下露出破綻來。”
胡適、黃賓從當時流行的“科學宗教冰炭不相容”的非宗教觀點出發批評王季同，判佛教和所有佛教徒的根本立場爲迷信，態度過于偏激，有失學者氣度，他們對佛學的理解也相當膚淺片面。但他們的批評，也抓住了王季同文章中的一些漏洞。面對非宗教的時代思潮，論證佛教與科學、與辯證法這樣重大嚴肅的問題，應力求客觀嚴謹，仔細辨清佛學與科學的同和異，措辭稍有偏激，便容易引起不必要的诤訟。
“佛法是科學”的論斷及以科學釋佛學之舉，不僅爲一些教外非宗教、反宗教者所反對，也爲不少教內人士所不贊同。“佛法非宗教非哲學非科學”，乃當時教內外相當流行的一種說法，歐陽竟無居士等即持此論。王守益等以物理學解釋佛學，受到信仰佛教、懂科學的黃明德博士(陳健民弟子)的批評。黃明德在《論空性不能譯成波函數》一文中，認真檢討了空性和波函數各自的特性，通過比較，說明波函數雖在主客一體、全體周遍性、不可測性、不可得、假有、兼容性、不確定性等性質上與佛法所說空性相似，但若進一步比較，便會發現這些相似之處也不盡相同，而空性最重要的無得、離知見解會身心意識、不可思議、無我、證量、形而上、大悲等特性，乃波函數所不具，因爲心物本非對立。故物理研究所知波函數等，固然會顯現出一些與空性相似的地方，“然而相似並不可以爲就是”，如鏡中人影畢竟不能當真。黃明德還撰有《論空性不能譯成能量之理》，對尤智表等以空性爲能量的說法進行了批評。文中通過比較，說明能量與空性雖有若幹相通之點，但在主客合一與對待、周遍與局限、不可度量與可度量、可逆與不可逆、本質一元與多元五點上，大不相同，能量與空性的相通點也並非能量所獨有，“所以不能把空性當作是能量來論斷”。但空性也不能舍棄了能量，並非能量之外的空。用科學知識解釋佛法，若只當作權宜之說，未嘗不可，但不可以爲是究竟的方法。佛學與科學，在目的和方法上畢竟有所不同。
李長俊《論科學的精神與佛學的精神》(《現代佛教學術叢刊》63冊)、吳銳堅《論科學與佛學的異同》(《內明》153期)等文章，對佛學與科學的同異作了較爲深入的論析。李、吳二文觀點大致相近，都認爲佛學與科學是兩個不同的體系，各有其獨特的目的和方法，不宜輕易混同。探討二者之關系，須先對什麼是科學作出界定。李文指出，今人通常談的科學，實際上是“科學的”而非“科學”，所謂科學，大抵應包括科學的觀點(即態度)、科學的方法、科學的對象及科學的結論(或成就)。吳文總結科學的基本性質爲可印證、互爲主觀、懷疑的、累積與系統性四點，而最重要的應是科學的精神和方法。若僅著眼于結論之皮相，抓住佛經中一些說法如人身中、一杯水中有八萬四千蟲，佛觀閻浮提如掌中庵摩勒果等，便說佛法符合科學，未免過于輕率。因其非如科學方法那樣通過常人的共同經驗和理性觀察研究而得出，故不能說成是科學的結論。一個凡夫佛教徒僅根據經論便相信人身是蟲窠、相信六道輪回、極樂世界，其態度顯然是非科學的，至于佛教與科學在目的、哲學觀上的區別，更是顯而易見。爲弘揚佛法而跟在科學的屁股後面迎合、附從科學，未必對佛教有利。然而，說佛學在態度、方法上非科學，並非貶低佛學的價值，更非說“非科學便是迷信”，“佛學的價值不應單以與科學相合之程度來作出評估”，科學也稱不上堪以評價一切的唯一價值尺度。
論述佛學與科學的關系，首先應如實地界定佛學非現今一般人心目中的科學，是具有獨特性質的文化體系、社會教化體系。但佛學不但不反對而且相當重視科學，大乘以掌握科學技術爲菩薩度化、利樂衆生的必備方便，列爲般若度的修學項目之一。《華嚴經·十地品》謂菩薩若不能通徹世間的一切工巧技術，不能證入第五地；佛學尚智重真、真修實證的精神與科學的基本精神相通；因佛學的理論乃系對萬有理性的、如實的觀察，故科學的許多發現，都可做佛學的注腳，如太虛大師所言：“科學愈發達，佛教的真意愈顯。”(《佛學、科學及其它宗教之異同》)當代多門科學的發展，從哲學角度看，表現出某種與佛學遙相接軌的趨勢，這些，乃是應該承認的事實。其次，應辨清佛學與科學的根本區別所在，這大略有如下幾點：
一、與科學迄今爲止以便利生活、增殖財富爲目的，以物質現象爲主攻方向不同，佛學雖重視科學，在醫藥等方面也有一定建樹，但其目標主要在生死的超越與社會教化，其主攻方向不在物質而在心靈，如太虛大師所言：“科學是求物質的進步，而佛學是求心理的進步。”(《佛學、科學及其它宗教之異同》)佛學在自然科學方面實際無多成就，顯然不能取代科學。
二、與科學發現系通過以理性整理感性經驗、觀測實驗的途徑所得，十分精確不同，佛學雖不乏與科學發現相近的說法，但並非由科學的方法獲得，而是通過禅思修證開發的天眼智等超常能力直觀而得，且經過長期傳寫，只能是大略近真，不及科學描述之精確，也不應將它作爲科學結論看待。
叁、與科學成果可以拿出來供人使用，因而能強迫一切人接受其觀念不同，佛法的成果，只有各人自覺按佛法所示之道修行，方可證知，其證知也多分爲主觀的體驗，因而較難于強迫一切人接受。而且，佛法之修證，須有解脫的自發需求及對佛法的確信，“信”被強調爲修證佛法的前提及“道元功德母”。這使佛學從表面看來與以懷疑爲前提的科學有頗大的差異。
四、與科學以肯定意識之外有一實體世界的實在論爲出發點不同，佛法以緣起論爲哲學出發點，認爲有離心獨存實體之實在論乃是不如實的執著，必須破除。
五、與科學相信理性能認識一切、以觀測所得感覺經驗爲素材不同，佛學首先用緣起法則考察理性和認識，認爲感覺經驗(相)具主觀性、相對性、虛妄性，以感覺經驗爲本的語言概念(名)是人造符號，依感覺經驗及語言概念爲工具的理性思維，及其二元化的認識方式，不可能到達絕對真實。應以理性如實檢驗理性自身，發現其極限，以此爲橋梁，通過修行開發超感覺、超理性的般若智慧，方可證知絕對真實，獲得絕對自由。
六、與科學由窮研物質、征服自然以獲得主宰世界的自由不同，佛學認爲向外逐物，不可能證知絕對真實、獲得真正自由，只有如實觀察世間最爲靈妙、起主樞作用的自心，如實知自心，方能證知絕對真實而獲得永恒幸福、絕對自由，這是實現人類文明終極目標的捷徑。
佛學與科學的這些相異，只是就當今科學大體而言，並不是絕對的。科學並非獨究物質，對心靈也越來越重視，科學的哲學觀和方法在不斷發展；科學的終極目標，亦指向全人類的永恒幸福、絕對自由和證知絕對真實。科學與佛學同趨一軌，在未來社會並非毫無可能。
對唯科學主義及科學弊病的批判
王季同等弘法者，還從佛學超越科學的認識出發，運用佛法獨具的智慧，對當世流行的唯科學主義、科學迷信及科學的弊端、局限性進行了批判。
唯科學主義以科學爲唯一價值尺度，科學之外一切不論，甚而形成科學迷信，將相對的科學結論執爲絕對真理，信仰唯有科學才能救世，從而排拒、否定一切宗教。太虛大師對一些科學家“得少爲喜而生執著”表示遺憾。(《人生觀的科學》)王季同在《佛法省要》中批評自然科學家“特寢饋于說得分明之中，專在說得分明上用心，遂忘卻說得分明之一小區域外，尚有偌大之說不分明之宇宙在焉。”勸告科學家勿被自然科學之獄卒拘禁在說得分明之牢獄中，應關注可證而不可說、說亦不得分明之佛學。陳健民《正覺與迷信》從明與無明、智與識等九個方面比較佛學與科學，破斥世人對科學的迷信，揭露科學家之研究不離無明、妄識、我法二執、人欲與功利心，故其發現乃摸象之談，昔日俨然爲真理者，後日往往證明爲迷信，而被其武斷爲迷信者，往往可得實效之驗證。劍平《漫談科學與佛法》(《人海燈》1993年第2期)亦指責科學在“真理”的另一方面充滿了迷信和謊言，“數不清的假設、猜測和推理，充滿了各科學領域，並被人們當作金科玉律來奉行”…
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