本尊者，本有而于出世间为最胜最尊者。大日经本尊三昧品，以本尊之字、印、形三者，各立为二。(一)字之二种：(1)观字义，阿字是菩提心，故即向阿字观自性清净之菩提心。(2)唱阿之声，唱之如铃铎之不绝，以此声调出入之息。

　　(二)印形之二种：(1)有形，形者，青黄等色、方圆等形、屈伸坐立之类。印者，所执之印，如金刚杵之类。即初心者先于心外观有形之画尊，藉此以渐入无形。(2)无形，后渐淳熟，又以加持力故，本尊自然显现于心，与心相应，而于心外无缘。　　

　　(三)本尊形之二种：(1)非清净，即初心者初观有相之尊，藉此而渐入无相清净处，然以本尊为有相故，称为非清净。(2)清净，即由有相进入无相清净处，而寂然无相，是为清净。［大日经疏卷二十］　　

　　（名数）本尊三昧品所说，字印形之本尊各立二种。字之二种者：一观字义，阿字是菩提心，故即向阿字观自性清净之菩提心也。二唱阿之声，唱之如铃铎等之不绝也，又以此声调出入之息也。印形之二种者：一有形，形是青黄赤白等色，方圆三角等形，屈伸坐立及所住处之类也。印谓所执之印，即刀轮罥索金刚杵之类也，初心者先于心外观画尊等，故名有形。二无形，后渐淳熟，又以加持力故，自然而现，与心相应，以尔时此本尊但现于心，于心外无缘，故名无形。窃谓或初得世三昧，见其本尊如是形，如是色，如是住处，如是坐立，如是曼荼罗中持如是印等，尚是有相，故名有形。后转真言，宛然直见，如镜像等不思而见，故名无形。本尊形之二种者，一非清净，彼行者初因有相而引入无相，先观圆明之佛菩萨印身，其初不见，故画像等而观之，渐则法力所加，渐得明了，而尚有所障，闭目则见之，开目则不见之，又渐次而开目闭目，皆得明见，渐渐不加作意而亦见之，乃至触于身亦无有妨，犹如日对世人等然，依此有相渐引人于清净处。以有相之故，名为非净。此由三摩呬多（定之别名）等所引。故住于清净处，寂然无相，名为清净。净是果，非净是因，非净谓形色印相之类也，依此非净而引生净，由无常之因而至于常果也。见大日经疏二十。秘藏记本曰：“我本来自性清净心，于世间出世间最胜最尊，故曰本尊。又已成佛本来自性清净理，于世间出世间最胜尊，故曰本尊。”