..续本文上一页商船，最早为天龙寺的筹建经费而核准的。当时足利尊氏反叛后醍醐天皇而使其南迁吉野，但在后醍醐天皇崩后，足利尊氏及其弟足利直义，为了安慰其灵，以除生前所结之怨，乃决定在京都之嵯峨造天龙寺，以荐冥福。由于经费无着，遂用通商抽税的办法来解决，故名为天龙寺船。以后凡来中国的日船，元朝均以天龙寺船呼之。
既有商船来往，中日两国的僧侣，亦多有交流。入元的日僧，人数不可胜计，据木官泰彦的统计，有名可考者达一百五十三人，唯多平庸之辈，较有贡献的则有可庵圆慧、龙山德见(随他去日的元人林净因，初以馒头制法传于日本)、雪村友梅、孤峰觉明、祖继大智、古先印元等人。
至于元僧之东渡而有史可考者，计十二人。例如一山一宁、西涧士昙、石梁仁恭、东里弘会，东明惠日、灵山道隐、清拙正澄、明极楚俊、竺仙梵仙、东陵永玙等。他们各人对日本文化，均有深长的贡献。最最杰出者，首推清拙正澄。他是杭州净慈寺愚极智慧的法嗣，住上海之南的松江真净寺。入元日僧，慕道来参者极众，因而盛名腾于日本的禅林，执权北条高时遣专使召聘，于元晋宗泰定三年(一三二六)赴日。因他长于诗文，对五山文学之发达，贡献良多。他又将百丈清规传于日本，使日本的丛林，有规矩可循。又因与多数武士接触，对武士的精神生活之影响亦甚大。尤其是武士也采百丈清规的长处，尽入于武家的礼法之中，小竺原贞宗，乃日本武家礼法的鼻祖，他却是正澄的弟子。
一山一宁居山本二十年，对日本的文学、书法、绘画，有莫大的影响。日本的入元僧侣，除了携返经卷典籍之外，也带去了释迦、观音、文殊、普贤、十王、罗汉、达磨、布袋和尚、寒山、拾得等像，以及山水、人物、动物、花卉等宋元名画，此于日本书画史上，促成了雄伟的书风与淡雅的墨绘。
六、江户时代
(一)江户幕府的佛教政策
织田信长与佛教
战国之末，织田信长起而举兵，统一封建诸大名的割据局面，可惜驭下太严，卒致在京都途中的本能寺，为部将明智光秀所弑，统一之业，功败垂成。继其遗志而统一日本的，乃是他的部将丰臣秀吉，先破明智光秀于山城之山崎，复与德川家康议和，又降西方九洲之岛津氏，再灭东方之北条氏，而致群雄皆服，统一大业，终于告成。
再说织田信长，在他经略统一大业的过程中，受到佛教“一揆”的阻挠，所以，凡是与他为敌的寺院，均受到重大破坏，例如从元龟元年(一五七○)到天正八年(一五八○)对于石山本愿寺的攻略，元龟二年对比睿山的焚烧。加上天文年间的法华之乱，一时间真宗及日莲宗的教势，在京内外大为低落。正由于佛教徒被卷入政治纷争的漩涡，信长即以对基督教保护鼓励的政策，一则藉以摄受西洋新文化，一则用以牵制佛教。
丰臣秀吉与佛教
秀吉平定全国，为了纪念功业，大兴土木，营建伽蓝，铸造大佛。此系实行兵农分离政策，解除民间武器，收归公有，用以铸造大佛而彰和平事业。方广寺大佛殿之地基
，南北五十五间(以曲尺六尺为一间)，东西三十七间，高一间半。大佛像纯以铜铸，堂高二十丈，像高十六丈。大佛殿后毁于地震又毁于雷火，秀吉死后，到了其子秀赖手上，再修完成，铜佛像高达六丈三尺。也正因为建大殿铸大佛，以及修整其他许多佛寺，秀赖所费不赀，此乃出于家康的阴谋献计，用以扰乱秀赖的财政。且其竣工之期，因钟铭刻有“国家安康”四字，以致德川家康借故说秀赖不避家康之讳，大兴问罪之师，结果招致丰臣氏的灭亡。
秀吉对于佛教政策，先来没收寺领不动产，又以寄进(布施)的名目，发还其一部份，因此他就掌握了寺院的经济命脉，剥夺寺院在中世时代的威力，同时又对比睿山、高野山、本愿寺、兴福寺等的复兴，予以援助。总之，他对佛教是采取控制而怀柔的政策，
秀吉之世，立显如的季子光昭为本愿寺的第十二世，德川家康则立显如的长子寿光为法嗣，另于乌丸七条地方，建东本愿寺。从此，本愿寺即分立为东西两流。
德川幕府与佛教
德川家康于丰臣秀吉殁后，即在庆长五年(一六○○)建立江户幕府(今之东京) ，此后二百六十余年，即为德川幕府的江户时代。
在织田信长及丰臣秀吉之时，日本的寺院势力，已经大为下降，不如中世(从奈良镰仓至室町时代)的寺院，在军事、经济方面，竟与公家、武家，鼎足而立。至德川氏的政权成立，对佛教乃站在保护与干涉的折衷地位，既然寄进(布施)诸大寺的寺领财产，又将佛教纳之于他的封建政权的体系之中。
法度
对于佛教制约，是用法度(法令)来制定各宗派寺院的本末关系。庆长十三年(一六○八)首先颁发比睿山的法度七条，其后陆续颁布了净土宗诸法度，以及净土西山派、真言宗、五山十刹、大德寺、永平寺、总持寺等诸法度。这些法度，大抵是严格规定寺格的区别，僧阶、职制、座次、住职的资格，紫衣等袈裟及特殊上人之号的敕许，授戒法脉的限制，出家的规定，末寺对本寺之命令的遵守，说法的限制，募化财物的取缔，寺社建立的限制，邪教流行的禁止等项。其中特别以寺院本末制度的确定，收效最大，此一制度在镰仓末期，仅是法系上的本末关系，江户时代则是法令上的隶属规定，末寺必须服从本寺的命令及支配。各派宗内的事件，因此减少，诸宗之间若起争执，则受幕府的干涉，并且强制执行其裁断。
门迹
另有与法度有关的，就是对于公家佛教的规定，即是与皇室或朝廷有密切关系的寺院，所谓门迹、院家、院室等，历来已久。德川幕府同样剥夺了他们的实力，仅给予空位及空权。元和元年(一六一五)颁发的公家诸法度之中，对于亲王门迹(法亲王主持的)寺院及摄家门迹(摄关家出身所主持的)寺院内，座位的决定，僧官的任叙，紫衣寺的住职，上人号的敕许，都作了明确的规定，一扫向来以俗权而作影响的弊风。通称江户时代的门迹寺院，计有二十五所。天台宗的轮王寺、妙法院、圣护院、照高院、青莲院、圆融院、曼殊院、毗沙门堂、圆满院、实相院，真言宗的仁和寺、大觉寺、劝修寺、三宝院、随心院、莲华光院，净土宗的知恩院，法相宗的大乘院、一乘院。以上均为亲王门迹或摄家门迹，另有真宗的准门迹六所：东本愿寺、西本愿寺、兴正寺、佛光寺、专修寺、锦织寺。
基督教政策与檀家制度
织田信长保护基督教以牵制佛教，丰臣秀吉则以基督教冒渎神社佛阁，且窥之有领土的野心，故于天正十五年(一五八七)下令禁止，但仍欢迎与西洋贸易。基督教传入日本，是在西纪一五四九年，系耶稣会士萨维尔，由日人安治郎自马来亚的麻六甲引导而至。等到德川家康于关原战役(一六○○)之后，专以贸易为本，吸引外资及技术支援，对基督教遂取默许态度，基督教得此复活机会，迅即遍及全国，至庆长十年(一六○五)，信者激增至七十万人。律教师为布教的便利起见，乃设学校以培养传道之助手，并设医院、孤儿院、癞疾收容所，以吸收一般的信徒。可是，基督徒的思想行为，动辄违抗君父之命，此与封建政治及伦常观念，格不相融，且以英国及荷兰因商业竞争而说西班牙在日本有领土野心，家康遂下令禁止。为了禁教而引起了宽永十四年(一六三七)的基督徒岛原之乱，幕府深感基督教之弊害，便开始了所谓锁国政策。
如何根绝基督教的潜移默行而防止其死灰复燃？幕府便利用佛教的基础，建立所谓寺檀制度，以彻底肃清基督教的余势。
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