..續本文上一頁商船，最早爲天龍寺的籌建經費而核准的。當時足利尊氏反叛後醍醐天皇而使其南遷吉野，但在後醍醐天皇崩後，足利尊氏及其弟足利直義，爲了安慰其靈，以除生前所結之怨，乃決定在京都之嵯峨造天龍寺，以薦冥福。由于經費無著，遂用通商抽稅的辦法來解決，故名爲天龍寺船。以後凡來中國的日船，元朝均以天龍寺船呼之。
既有商船來往，中日兩國的僧侶，亦多有交流。入元的日僧，人數不可勝計，據木官泰彥的統計，有名可考者達一百五十叁人，唯多平庸之輩，較有貢獻的則有可庵圓慧、龍山德見(隨他去日的元人林淨因，初以饅頭製法傳于日本)、雪村友梅、孤峰覺明、祖繼大智、古先印元等人。
至于元僧之東渡而有史可考者，計十二人。例如一山一甯、西澗士昙、石梁仁恭、東裏弘會，東明惠日、靈山道隱、清拙正澄、明極楚俊、竺仙梵仙、東陵永玙等。他們各人對日本文化，均有深長的貢獻。最最傑出者，首推清拙正澄。他是杭州淨慈寺愚極智慧的法嗣，住上海之南的松江真淨寺。入元日僧，慕道來參者極衆，因而盛名騰于日本的禅林，執權北條高時遣專使召聘，于元晉宗泰定叁年(一叁二六)赴日。因他長于詩文，對五山文學之發達，貢獻良多。他又將百丈清規傳于日本，使日本的叢林，有規矩可循。又因與多數武士接觸，對武士的精神生活之影響亦甚大。尤其是武士也采百丈清規的長處，盡入于武家的禮法之中，小竺原貞宗，乃日本武家禮法的鼻祖，他卻是正澄的弟子。
一山一甯居山本二十年，對日本的文學、書法、繪畫，有莫大的影響。日本的入元僧侶，除了攜返經卷典籍之外，也帶去了釋迦、觀音、文殊、普賢、十王、羅漢、達磨、布袋和尚、寒山、拾得等像，以及山水、人物、動物、花卉等宋元名畫，此于日本書畫史上，促成了雄偉的書風與淡雅的墨繪。
六、江戶時代
(一)江戶幕府的佛教政策
織田信長與佛教
戰國之末，織田信長起而舉兵，統一封建諸大名的割據局面，可惜馭下太嚴，卒致在京都途中的本能寺，爲部將明智光秀所弑，統一之業，功敗垂成。繼其遺志而統一日本的，乃是他的部將豐臣秀吉，先破明智光秀于山城之山崎，複與德川家康議和，又降西方九洲之島津氏，再滅東方之北條氏，而致群雄皆服，統一大業，終于告成。
再說織田信長，在他經略統一大業的過程中，受到佛教“一揆”的阻撓，所以，凡是與他爲敵的寺院，均受到重大破壞，例如從元龜元年(一五七○)到天正八年(一五八○)對于石山本願寺的攻略，元龜二年對比睿山的焚燒。加上天文年間的法華之亂，一時間真宗及日蓮宗的教勢，在京內外大爲低落。正由于佛教徒被卷入政治紛爭的漩渦，信長即以對基督教保護鼓勵的政策，一則藉以攝受西洋新文化，一則用以牽製佛教。
豐臣秀吉與佛教
秀吉平定全國，爲了紀念功業，大興土木，營建伽藍，鑄造大佛。此系實行兵農分離政策，解除民間武器，收歸公有，用以鑄造大佛而彰和平事業。方廣寺大佛殿之地基
，南北五十五間(以曲尺六尺爲一間)，東西叁十七間，高一間半。大佛像純以銅鑄，堂高二十丈，像高十六丈。大佛殿後毀于地震又毀于雷火，秀吉死後，到了其子秀賴手上，再修完成，銅佛像高達六丈叁尺。也正因爲建大殿鑄大佛，以及修整其他許多佛寺，秀賴所費不赀，此乃出于家康的陰謀獻計，用以擾亂秀賴的財政。且其竣工之期，因鍾銘刻有“國家安康”四字，以致德川家康借故說秀賴不避家康之諱，大興問罪之師，結果招致豐臣氏的滅亡。
秀吉對于佛教政策，先來沒收寺領不動産，又以寄進(布施)的名目，發還其一部份，因此他就掌握了寺院的經濟命脈，剝奪寺院在中世時代的威力，同時又對比睿山、高野山、本願寺、興福寺等的複興，予以援助。總之，他對佛教是采取控製而懷柔的政策，
秀吉之世，立顯如的季子光昭爲本願寺的第十二世，德川家康則立顯如的長子壽光爲法嗣，另于烏丸七條地方，建東本願寺。從此，本願寺即分立爲東西兩流。
德川幕府與佛教
德川家康于豐臣秀吉殁後，即在慶長五年(一六○○)建立江戶幕府(今之東京) ，此後二百六十余年，即爲德川幕府的江戶時代。
在織田信長及豐臣秀吉之時，日本的寺院勢力，已經大爲下降，不如中世(從奈良鐮倉至室町時代)的寺院，在軍事、經濟方面，竟與公家、武家，鼎足而立。至德川氏的政權成立，對佛教乃站在保護與幹涉的折衷地位，既然寄進(布施)諸大寺的寺領財産，又將佛教納之于他的封建政權的體系之中。
法度
對于佛教製約，是用法度(法令)來製定各宗派寺院的本末關系。慶長十叁年(一六○八)首先頒發比睿山的法度七條，其後陸續頒布了淨土宗諸法度，以及淨土西山派、真言宗、五山十刹、大德寺、永平寺、總持寺等諸法度。這些法度，大抵是嚴格規定寺格的區別，僧階、職製、座次、住職的資格，紫衣等袈裟及特殊上人之號的敕許，授戒法脈的限製，出家的規定，末寺對本寺之命令的遵守，說法的限製，募化財物的取締，寺社建立的限製，邪教流行的禁止等項。其中特別以寺院本末製度的確定，收效最大，此一製度在鐮倉末期，僅是法系上的本末關系，江戶時代則是法令上的隸屬規定，末寺必須服從本寺的命令及支配。各派宗內的事件，因此減少，諸宗之間若起爭執，則受幕府的幹涉，並且強製執行其裁斷。
門迹
另有與法度有關的，就是對于公家佛教的規定，即是與皇室或朝廷有密切關系的寺院，所謂門迹、院家、院室等，曆來已久。德川幕府同樣剝奪了他們的實力，僅給予空位及空權。元和元年(一六一五)頒發的公家諸法度之中，對于親王門迹(法親王主持的)寺院及攝家門迹(攝關家出身所主持的)寺院內，座位的決定，僧官的任敘，紫衣寺的住職，上人號的敕許，都作了明確的規定，一掃向來以俗權而作影響的弊風。通稱江戶時代的門迹寺院，計有二十五所。天臺宗的輪王寺、妙法院、聖護院、照高院、青蓮院、圓融院、曼殊院、毗沙門堂、圓滿院、實相院，真言宗的仁和寺、大覺寺、勸修寺、叁寶院、隨心院、蓮華光院，淨土宗的知恩院，法相宗的大乘院、一乘院。以上均爲親王門迹或攝家門迹，另有真宗的准門迹六所：東本願寺、西本願寺、興正寺、佛光寺、專修寺、錦織寺。
基督教政策與檀家製度
織田信長保護基督教以牽製佛教，豐臣秀吉則以基督教冒渎神社佛閣，且窺之有領土的野心，故于天正十五年(一五八七)下令禁止，但仍歡迎與西洋貿易。基督教傳入日本，是在西紀一五四九年，系耶稣會士薩維爾，由日人安治郎自馬來亞的麻六甲引導而至。等到德川家康于關原戰役(一六○○)之後，專以貿易爲本，吸引外資及技術支援，對基督教遂取默許態度，基督教得此複活機會，迅即遍及全國，至慶長十年(一六○五)，信者激增至七十萬人。律教師爲布教的便利起見，乃設學校以培養傳道之助手，並設醫院、孤兒院、癞疾收容所，以吸收一般的信徒。可是，基督徒的思想行爲，動辄違抗君父之命，此與封建政治及倫常觀念，格不相融，且以英國及荷蘭因商業競爭而說西班牙在日本有領土野心，家康遂下令禁止。爲了禁教而引起了寬永十四年(一六叁七)的基督徒島原之亂，幕府深感基督教之弊害，便開始了所謂鎖國政策。
如何根絕基督教的潛移默行而防止其死灰複燃？幕府便利用佛教的基礎，建立所謂寺檀製度，以徹底肅清基督教的余勢。
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