结构和大意
《大日经》共三十一品，分两大部分，第一部分即第一品〈入真言门住心品〉，为该经教相部分，也就是讲该经的基本教义，或者说基本义理、基本理论和思想。第二部分即第二品〈入漫荼罗具缘真言品〉至第三十一品〈嘱累品〉，为该经的事相部分，也就是讲密法和修行实践，包括基本内容、主要方法、器具条件、规则方式等等。其中第二品是该部分的中心，讲该经的主要密法。
第一品分三大段，第一大段即第一自然段，为该经的序言。第二大段即二、三自然段，为该经的核心，讲全经的中心思想。第三大段从第四自然段至品末，解释和展开第二大段的思想内容。第一大段序言交代该经产生的背景，将要说法时的情景和经中要说的是什么法，即表明全经的主题。在交代背景时首先说明该经法的来历，所谓「如是我闻」，因为释迦牟尼创立佛教之后很长一段时间没有文字，他所说的法靠弟子们一代代口耳相传，后来结集成经之时，每个人都说出他们各自听说的法，所以第一句话就说我是这样听说的，在这里也用了这样的话来表明将要说的经的来历。其次交代说法的时间、地点、说法者和听讲者。
据一行《大日经疏》说，密教的经文需要浅深两种理解，浅略的理解就是文字表面的意思。深秘的理解就是在文字中所含有的特定的意思。如说如来以菩萨之身为师子座，浅略的意思是说诸菩萨深心敬法，以至于以身体来支撑如来所坐的师子座，而深秘的意思则是如来本行菩萨道时，次第修行如同登阶梯，后一地以前一地为基础，精进无畏，步步进升，直至十一地。
又如说来集会的十九执金刚和四大菩萨，表示大日如来的十九种内证功德和定慧慈悲四种德性，故每一个执金刚和菩萨的名字并不仅是个代号，而有其特定的含义，如秘密主，表面上是夜叉，实际则代表佛之身语意三密。这就需要触类而思，尤其注意的是其事相，一句真言、一个手印、一件器具都表示一种特定的含义，如一朶莲花、一枚金刚杵，或表示慈悲，或表示定慧，金刚杵置于莲花上，则表示对立的两极和合为一体，或表示生死即是涅槃，众生即是佛，而在另一处也许表示其它的意思。
再次，说大众集会坐定之后，佛以其神通力展现种种情景，以使听众从中领悟本经所要说的主题，所谓身语意平等句法门，并由此引起听众的思考和提问。最后，进一步说明本经所要说的教法主题，就是要讲密教诸菩萨如何在此一生内初发心之时，便能顿觉成佛，如何使有情众生消灭轮回受苦的根源，而得如来善根种子，以至如同植物一样生根发芽、长茎出叶、开花结果，最后亦能得成佛果，所谓真言道清净句法门，《疏》称顿觉成佛神通乘。
第二大段分三小部分，第一部分即第二自然段，提出问题；第二部分从第三自然段开始，直到「乃至一切分段中求不可得」，通过回答和论证问题来阐明全经的中心思想；第三部分从「秘密主此菩萨净菩提」等至段末，讲本经所说法门的功用。
第一部分中首先提出一个总的问题，即全经主题的内容，因为上段中佛示现了种种不可思议的境界，佛能一时普现于十方三世，同时显现为种种不同的形体像貌而在一切地方为有情众生说法，大会听众不免产生疑问：既然佛能示现如此神通的外用境界，必定有其内在的本原，或者动力，所谓「相彰于外，必有性成于内」，而这本原、动力、性质究竟是什么呢
金刚手明白大众的心理，便乘此提出问题，问佛如何成就菩提，得到一切智智而能如此这般。这里借金刚手的话提出问题之后， 便举出五种譬喻来说明如来内在本原的特性，即内性外相的同一性和世界的无差别性，也就是说一切众生色心意识的本质，从无始本际以来，本是佛之平等智身，一体不二，如同海水无论何处都是同一个咸味一样。然而这样的佛智本性是如何发生形成的呢
这就是经中借金刚手的话提出第二个问题，也就是第一个总问题的具体化和进深一步。
第二部分首先就近回答第二个问题，然后以此为基础回过头来回答第一个问题，再后加以论证。因根究竟三句是讲菩提发生的过程和因果联系，也就是全部修行实践的理论概括，包涵了佛教的全部内容，也可以说该经通篇讲的无非是此三句，所以《疏》说：「以此三句义中，悉摄一切佛法。」但在此是从修行成佛的角度说的，就修行过程的因果联系而言，无意于以它来包罗全部的佛法，说它悉摄一切佛法，不过是从广义上的理解罢了。
在此已知如何修行进趣，但还不知道如来佛性种子之所在，不知从何处得此一切智智，于是回答第一个总问题，说菩提就是如实知自心，佛法不是从他处得，而是从行者自心得，如果能于自心如实观察，了了证知，就叫成菩提。
如实知自心一句是该经的核心思想，全经通篇讲因行果三句，无非就是为了明白这句话的道理，无非就是让你如实证知自心，所以一行在《疏》中总结说：「此品统论经之大意，所谓众生自心即是一切智智，如实了知名为一切智者。是故此教诸菩萨真语为门，自心发菩提，即心具万行，见心正等觉，证心大涅槃，发起心方便，严净心佛国，从因至果，皆以无所住而住其心，故曰入真言门住心品也。」这一段对全经大意的概括最精辟不过了。
密教学上曾经对《大日经》的法体，亦即主题或中心思想有过争论，有的说净菩提心一切智智是一部法体，有的说阿字本不生是一部法体，有的说阿尾罗哞欠五字门是一部所说大宗，有的说四阿字门是一部所说大宗，还有的说三平等句法门是一部所说主旨，还有的说因行果三句是一部所说主旨，这种观点直到现在还广为流行。
其实，一部经典的法体，或大宗、或主旨，无非就是该经所要说的最基本的一个道理，也就是它哲学上的原理，如果抓住了最基本的原理，一切问题也就迎刃而解了。《大日经》所说的基本原理，正是体现在它专讲教义部分的题目上，即「住心」二字上。广而言之，住，就是如实证知；心，就是众生自心，亦是佛心净心。但如何而住呢
其原因、条件、结果如何呢
这就是因根究竟三句，讲的是住心的基本条件和过程，但这种条件、基础、过程如何才能具备呢
这就是身语意三密，讲的是住心的基本方法和途径，如果用传统的体相用来分析，住心就是体，三句就是相，三密就是用。
然而又如何把握心呢
这就是心之自性清净，心之本不生，心之无分别，心之无相无得等等，讲的都是心之特性、事物之共性，都是从不同角度而言。一行之所以以「众生自心即是一切智智，如实了知名为一切智者」二句作为全经之大意，其用意正在于此。
经文以下阐发和论证如实知自心一句，从阿耨多罗三藐三菩提至本性清净故，是正面阐释，此后是从反面加以论证。正面阐释以表明自心之特性，即唯一、无相、无能所，总之本性清净。反面论证以表明不可不如实证知，心不在内外等，就一切事物和现象论证心之本性实相，非青非黄等，就种种对「真我」的外道观点加以论证。心不住眼界及非见非显现等，就佛教内部种种偏见加以论证。心、虚空界、菩提三种无二等，就性相的关系加以论证。最后总结正反论证，引导出本宗的结论： 初发心时直观自心实相，故下称此门为初法明道，《疏》称顿觉成佛入心实相门。
第三部分讲入此真言住心门的功用，每一种功用前后所说，都有递进增生的关系，如获除一切盖障三昧，则与诸佛菩萨同等住，则得五神通之力；得五神通之力，则可获得无量语言音陀罗尼；而获此陀罗尼，则又能知众生心行。如此递相增生，直至成就菩提，期间功德无数，故最后说无量功德皆得成就。
第三大段主要讲各种认识相续发生的过程，以及处于不同认识阶段中的各种心理现象。
共分四小段，第一段即第四自然段，提出九大问题。第二段即第五自然段，讲最高的认识境界和三十种外道的认识，及菩提种子最初相续发生的过程。第三段第六自然段，讲世间六十种心理现象及认识，和出世间的各种不同阶段的认识。第四段即第七自然段，讲密教的认识。第一段提出九个问题来展开和发挥第二大段的意思，这九个问题就是：一、如何知道此心菩提种子发生
若已发生，其性质如何
二、菩提心发生之时有何相貌？三、有几心次第相续而得生菩提心
四、相续诸心有何差别之相
五、诸心相续胜进凡经几时而得净菩提心
六、菩提心聚集多少微妙功德
七、如何修行而能获得无上悉地
此句可分为二句，(1) 问以何方法进行修行
(2)问修行的规则是什么
八、众生之异熟识心如何
九、真言行者的殊胜心如何
此九个问题亦略称九句，或将第七问分为二问，称十句。一行引善无畏的话说，从此以后迄至经终，皆是如来酬九问之意广分别说。但并不按顺序依次而说，或后问先答，文无定准，或又转生疑问，以尽支流。
第二段分三小部分，第一部分即「如是说已」之后诸偈颂，主要回答第一、二问。第二部分从「秘密主，无始生死愚童凡夫」至「希求顺理解脱」，回答第三问，说三十种外道之违理之心。第三部分从「秘密主，愚童凡夫犹如羝羊」至第二段末，继续回答第三问，说顺世八心。
第一部分中头两句赞叹金刚手，后四句赞叹经中所说之法。「越百六十心」等四句回答第一问，「无量如虚空」等六句回答第二问，最后两句说初发心之处所起始。
第二部分举出三十种外道的观点，实指以万物有灵思想为基础的原始宗教和信仰，以及由此进一步发展而来的多神教及一神教等有神论宗教，其共同的一个特征是违背因果规律，不知前因后果的客观联系，不能观察认识灵魂、神祇虚幻不实的本性。
第三部分说递进相续而生的顺世八心，如以善恶来划分，三十种外道之见是恶心，亦即消极的心理和认识，顺世八心是善心，亦即是积极的心理和认识，因为这八种心理和认识是顺应因果规律，知道前因后果的必然关系，知道善…
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