結構和大意
《大日經》共叁十一品，分兩大部分，第一部分即第一品〈入真言門住心品〉，爲該經教相部分，也就是講該經的基本教義，或者說基本義理、基本理論和思想。第二部分即第二品〈入漫荼羅具緣真言品〉至第叁十一品〈囑累品〉，爲該經的事相部分，也就是講密法和修行實踐，包括基本內容、主要方法、器具條件、規則方式等等。其中第二品是該部分的中心，講該經的主要密法。
第一品分叁大段，第一大段即第一自然段，爲該經的序言。第二大段即二、叁自然段，爲該經的核心，講全經的中心思想。第叁大段從第四自然段至品末，解釋和展開第二大段的思想內容。第一大段序言交代該經産生的背景，將要說法時的情景和經中要說的是什麼法，即表明全經的主題。在交代背景時首先說明該經法的來曆，所謂「如是我聞」，因爲釋迦牟尼創立佛教之後很長一段時間沒有文字，他所說的法靠弟子們一代代口耳相傳，後來結集成經之時，每個人都說出他們各自聽說的法，所以第一句話就說我是這樣聽說的，在這裏也用了這樣的話來表明將要說的經的來曆。其次交代說法的時間、地點、說法者和聽講者。
據一行《大日經疏》說，密教的經文需要淺深兩種理解，淺略的理解就是文字表面的意思。深秘的理解就是在文字中所含有的特定的意思。如說如來以菩薩之身爲師子座，淺略的意思是說諸菩薩深心敬法，以至于以身體來支撐如來所坐的師子座，而深秘的意思則是如來本行菩薩道時，次第修行如同登階梯，後一地以前一地爲基礎，精進無畏，步步進升，直至十一地。
又如說來集會的十九執金剛和四大菩薩，表示大日如來的十九種內證功德和定慧慈悲四種德性，故每一個執金剛和菩薩的名字並不僅是個代號，而有其特定的含義，如秘密主，表面上是夜叉，實際則代表佛之身語意叁密。這就需要觸類而思，尤其注意的是其事相，一句真言、一個手印、一件器具都表示一種特定的含義，如一朶蓮花、一枚金剛杵，或表示慈悲，或表示定慧，金剛杵置于蓮花上，則表示對立的兩極和合爲一體，或表示生死即是涅槃，衆生即是佛，而在另一處也許表示其它的意思。
再次，說大衆集會坐定之後，佛以其神通力展現種種情景，以使聽衆從中領悟本經所要說的主題，所謂身語意平等句法門，並由此引起聽衆的思考和提問。最後，進一步說明本經所要說的教法主題，就是要講密教諸菩薩如何在此一生內初發心之時，便能頓覺成佛，如何使有情衆生消滅輪回受苦的根源，而得如來善根種子，以至如同植物一樣生根發芽、長莖出葉、開花結果，最後亦能得成佛果，所謂真言道清淨句法門，《疏》稱頓覺成佛神通乘。
第二大段分叁小部分，第一部分即第二自然段，提出問題；第二部分從第叁自然段開始，直到「乃至一切分段中求不可得」，通過回答和論證問題來闡明全經的中心思想；第叁部分從「秘密主此菩薩淨菩提」等至段末，講本經所說法門的功用。
第一部分中首先提出一個總的問題，即全經主題的內容，因爲上段中佛示現了種種不可思議的境界，佛能一時普現于十方叁世，同時顯現爲種種不同的形體像貌而在一切地方爲有情衆生說法，大會聽衆不免産生疑問：既然佛能示現如此神通的外用境界，必定有其內在的本原，或者動力，所謂「相彰于外，必有性成于內」，而這本原、動力、性質究竟是什麼呢
金剛手明白大衆的心理，便乘此提出問題，問佛如何成就菩提，得到一切智智而能如此這般。這裏借金剛手的話提出問題之後， 便舉出五種譬喻來說明如來內在本原的特性，即內性外相的同一性和世界的無差別性，也就是說一切衆生色心意識的本質，從無始本際以來，本是佛之平等智身，一體不二，如同海水無論何處都是同一個鹹味一樣。然而這樣的佛智本性是如何發生形成的呢
這就是經中借金剛手的話提出第二個問題，也就是第一個總問題的具體化和進深一步。
第二部分首先就近回答第二個問題，然後以此爲基礎回過頭來回答第一個問題，再後加以論證。因根究竟叁句是講菩提發生的過程和因果聯系，也就是全部修行實踐的理論概括，包涵了佛教的全部內容，也可以說該經通篇講的無非是此叁句，所以《疏》說：「以此叁句義中，悉攝一切佛法。」但在此是從修行成佛的角度說的，就修行過程的因果聯系而言，無意于以它來包羅全部的佛法，說它悉攝一切佛法，不過是從廣義上的理解罷了。
在此已知如何修行進趣，但還不知道如來佛性種子之所在，不知從何處得此一切智智，于是回答第一個總問題，說菩提就是如實知自心，佛法不是從他處得，而是從行者自心得，如果能于自心如實觀察，了了證知，就叫成菩提。
如實知自心一句是該經的核心思想，全經通篇講因行果叁句，無非就是爲了明白這句話的道理，無非就是讓你如實證知自心，所以一行在《疏》中總結說：「此品統論經之大意，所謂衆生自心即是一切智智，如實了知名爲一切智者。是故此教諸菩薩真語爲門，自心發菩提，即心具萬行，見心正等覺，證心大涅槃，發起心方便，嚴淨心佛國，從因至果，皆以無所住而住其心，故曰入真言門住心品也。」這一段對全經大意的概括最精辟不過了。
密教學上曾經對《大日經》的法體，亦即主題或中心思想有過爭論，有的說淨菩提心一切智智是一部法體，有的說阿字本不生是一部法體，有的說阿尾羅哞欠五字門是一部所說大宗，有的說四阿字門是一部所說大宗，還有的說叁平等句法門是一部所說主旨，還有的說因行果叁句是一部所說主旨，這種觀點直到現在還廣爲流行。
其實，一部經典的法體，或大宗、或主旨，無非就是該經所要說的最基本的一個道理，也就是它哲學上的原理，如果抓住了最基本的原理，一切問題也就迎刃而解了。《大日經》所說的基本原理，正是體現在它專講教義部分的題目上，即「住心」二字上。廣而言之，住，就是如實證知；心，就是衆生自心，亦是佛心淨心。但如何而住呢
其原因、條件、結果如何呢
這就是因根究竟叁句，講的是住心的基本條件和過程，但這種條件、基礎、過程如何才能具備呢
這就是身語意叁密，講的是住心的基本方法和途徑，如果用傳統的體相用來分析，住心就是體，叁句就是相，叁密就是用。
然而又如何把握心呢
這就是心之自性清淨，心之本不生，心之無分別，心之無相無得等等，講的都是心之特性、事物之共性，都是從不同角度而言。一行之所以以「衆生自心即是一切智智，如實了知名爲一切智者」二句作爲全經之大意，其用意正在于此。
經文以下闡發和論證如實知自心一句，從阿耨多羅叁藐叁菩提至本性清淨故，是正面闡釋，此後是從反面加以論證。正面闡釋以表明自心之特性，即唯一、無相、無能所，總之本性清淨。反面論證以表明不可不如實證知，心不在內外等，就一切事物和現象論證心之本性實相，非青非黃等，就種種對「真我」的外道觀點加以論證。心不住眼界及非見非顯現等，就佛教內部種種偏見加以論證。心、虛空界、菩提叁種無二等，就性相的關系加以論證。最後總結正反論證，引導出本宗的結論： 初發心時直觀自心實相，故下稱此門爲初法明道，《疏》稱頓覺成佛入心實相門。
第叁部分講入此真言住心門的功用，每一種功用前後所說，都有遞進增生的關系，如獲除一切蓋障叁昧，則與諸佛菩薩同等住，則得五神通之力；得五神通之力，則可獲得無量語言音陀羅尼；而獲此陀羅尼，則又能知衆生心行。如此遞相增生，直至成就菩提，期間功德無數，故最後說無量功德皆得成就。
第叁大段主要講各種認識相續發生的過程，以及處于不同認識階段中的各種心理現象。
共分四小段，第一段即第四自然段，提出九大問題。第二段即第五自然段，講最高的認識境界和叁十種外道的認識，及菩提種子最初相續發生的過程。第叁段第六自然段，講世間六十種心理現象及認識，和出世間的各種不同階段的認識。第四段即第七自然段，講密教的認識。第一段提出九個問題來展開和發揮第二大段的意思，這九個問題就是：一、如何知道此心菩提種子發生
若已發生，其性質如何
二、菩提心發生之時有何相貌？叁、有幾心次第相續而得生菩提心
四、相續諸心有何差別之相
五、諸心相續勝進凡經幾時而得淨菩提心
六、菩提心聚集多少微妙功德
七、如何修行而能獲得無上悉地
此句可分爲二句，(1) 問以何方法進行修行
(2)問修行的規則是什麼
八、衆生之異熟識心如何
九、真言行者的殊勝心如何
此九個問題亦略稱九句，或將第七問分爲二問，稱十句。一行引善無畏的話說，從此以後迄至經終，皆是如來酬九問之意廣分別說。但並不按順序依次而說，或後問先答，文無定准，或又轉生疑問，以盡支流。
第二段分叁小部分，第一部分即「如是說已」之後諸偈頌，主要回答第一、二問。第二部分從「秘密主，無始生死愚童凡夫」至「希求順理解脫」，回答第叁問，說叁十種外道之違理之心。第叁部分從「秘密主，愚童凡夫猶如羝羊」至第二段末，繼續回答第叁問，說順世八心。
第一部分中頭兩句贊歎金剛手，後四句贊歎經中所說之法。「越百六十心」等四句回答第一問，「無量如虛空」等六句回答第二問，最後兩句說初發心之處所起始。
第二部分舉出叁十種外道的觀點，實指以萬物有靈思想爲基礎的原始宗教和信仰，以及由此進一步發展而來的多神教及一神教等有神論宗教，其共同的一個特征是違背因果規律，不知前因後果的客觀聯系，不能觀察認識靈魂、神祇虛幻不實的本性。
第叁部分說遞進相續而生的順世八心，如以善惡來劃分，叁十種外道之見是惡心，亦即消極的心理和認識，順世八心是善心，亦即是積極的心理和認識，因爲這八種心理和認識是順應因果規律，知道前因後果的必然關系，知道善…
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