至于耶稣会的基督教与佛教的关系，我们看到有普润的诛左集、密云的辨天三说、圆悟的辨天说、黄贞的不忍不言等。在莲池大师的《竹窗三笔》中，也有〈天说〉三篇，他说：「一老宿言：『有异域人为天主之教者，子何不辩？』予以为教人敬天，善事也，奚辩焉？老宿卅：『彼欲以此移风易俗，而兼之毁佛谤法，贤士良友多信奉者故也。』因出其书示予，乃略辩其一二。」可知莲池大师并不反对天主教敬天，并且也见到了天主教的宣传品，只是天主教徒「毁佛谤法」，所以略说了几点。
由于天主教的仇视佛教，且有见于文告的，如山西绛县雷翀的告示，题名「尊尊天祛邪」说：「佛道二教，使人不尊天而尊己，西儒修身事天，爱人如己。」他把佛道二教看作邪教，因此也有佛教徒如黄贞等把天主教说成邪教了，结合了传统的儒家势力，遂形成了非教的风潮；真是非常的不幸，如果天主教徒能容忍一些，这是不会发生的。
(四)清朝的太平天国
耶稣会在中国灭亡之后三十四年，英国的马礼逊，又于清朝仁宗嘉庆十二年(公元一八○七年)到了中国，传入了基督教的新教。
马礼逊的基督教，后来对中国的影响极大，最大的是太平天国的形成。由于洪秀全四次府试(考举人)，均名落孙山；本想求功名，以举子业邀富贵，他考了四次的府试，却次次失败，他就想造反了，在盛怒之下，掷书于地，而说：「且待我来开科取士可也。」
适巧当洪秀全于清宣宗道光十六年(公元一八三六年)第二次到广州应考，他从考场下来时，在街上遇到了一中一西两个传教士，讲道并送书，洪秀全也得到了一套，那就是马礼逊派的第一位中国牧师梁发所编的九本小册子，名叫《劝世良言》。同时因为考试失败，伤心过度而害了一场精神病，在病中自觉到升了天，见到了一个金发黑袍的老人，命他除妖魔，驱邪神，并戒其勿妄杀兄弟姊妹；又见一中年人自称为长兄，教他遨游四方，教他追寻妖魔邪神，并且助他诛灭。当他第四次赶应府试失败，心灰意懒之下，详读先前所得的《劝世良言》。于是，牵强附会，便以为他往年病中所见的老人即是耶教的天父，中年人兄长即是耶稣，因此，他就开始成了自成的基督徒，自施洗礼，并除去他所执教的私塾中的孔子牌位，又回家毁了所有的偶像及祖先的神位，并且积极传道，劝人信教，俨然是一个信仰狂热的基督徒了。
初期的洪秀全，到底是秀才出身，曾读过中国的古书，所以他的天道教义，尚能参合中国的经史典籍，提倡伦理道德、辟除迷信、崇拜一神、去恶行善，堪称是中西合璧的新宗教信仰。
但是洪秀全由于一度的精神病经验，使他变得自负，自以为天父天兄交代了他的任务，又加上厌恶满清统治中国并受压迫的民族意识，他的弟弟洪仁玕\也向他说：「独恨中国无人，尽为鞑妖奴隶所惑，以中国十八省之大，受制满州狗之三省，以五百万之华人，受制于数百万之鞑妖，诚足为耻为辱之甚者。」
因此，经过六年的酝酿，终于在道光三十年(公元一八五○年)，混合了民族的、政治的、宗教的意识，集合了狂热的信徒，激起了作乱的怒潮，在广西桂平的金田山区起事了。第二年即清文宗咸丰元年(公元一八五一年)，便成立了太平天国，洪秀全自称天王。咸丰二年(公元一八五二年)，北入湖南又进湖北，破了汉阳、汉口、武昌。咸丰三年(公元一八五三年)二月，就占领了南京，节节胜利，真是势如破竹。
本来，洪秀全的拜上帝会所谓的妖，是指偶像邪神，至此，凡是与太平军不合作的一切人员、书籍、制度等，都成了妖的代名词，所以太平军所到之处，对政府及宗教的异端则烧杀无遗。
遭受破坏最大的是佛教，太平天国自咸丰元年至同治三年(公元一八六四年)洪秀全自杀身死的十五年之间，太平军的蹂躏，遍及十八省，例如广西、湖南、江西、湖北、江苏、安徽、浙江、福建、广东、河南、山东、山西、甘肃、四川、云南、贵州等；破城六百余座，如汉口、南京、镇江、扬州、安庆、九江、苏州、常州、无锡、杭州、宁波等；死人数千万，佛教也因此大遭其殃。中国领土被占了三分之二，东南景象已是满目疮痍！可是，太平军既然杀了和尚，又伪装和尚，当他们经过湖南及湖北之时，到处焚毁庙宇寺观之后竟派了勇悍战士三千人伪装成和尚，先到南京的各寺院挂单，等太平军攻打南京城时，这三千个假和尚便在城内趁机放火接应。从这伪装和尚的数字判断，太平军经过湖南、湖北的期间，至少也杀了三千个真的和尚。(以上资料系采自国防研究院印行的《清史》及《高中历史》的太平天国部分)
著名的佛教道场，如镇江的金山寺及北固山、西天目山的禅源寺、宁波天童山的弘法禅寺、天台山的国清寺、杭州的海潮寺、江西的云居山、南京的狮子岭、福建的鼓山等是比较知名而被焚毁的。其实，除了镇江的焦山，由于了禅禅师的冒死往太平军中陈说利害而幸免于劫之外，凡是太平军过境驻足之处，寺宇无不被毁，直到民国以后，尚有各省的旧时名剎，未曾恢复的，所以自太平天国之乱以后，中国禅宗一枝独秀的临济宗，也就一蹶不振了。中国的佛教，自南宋以来，就已走向下坡，经此洪杨之乱的法难摧毁，便更加衰微了！
在中国佛教史上，曾经有过三武一宗的法难，然而北魏太武帝时，地仅限于北方，为时不过六年；北周武帝时，地仅限于关陇(陕西及甘肃两省)，为时不过三年；唐武宗时，尚许于长安及洛阳各存四寺，地方诸州各存一寺，上寺留僧二十人、中寺十人、下寺五人，为时仅仅一年；后周世宗时，地域虽较大，但在群雄割据之下，尤其南方的吴越王极力保护佛教，周世宗的破佛令也只禁止私度僧尼，勅废无勅额的寺院，并未将佛教一律毁灭，且其为时五年之后，即到了宋太祖兴隆佛教的时代，尚有周世宗时应毁而未毁的寺庙。因此，三武一宗是道教加给佛教的法难，太平天国是基督教加给佛教的法难，太平天国的蹂躏烧杀之广而且久，则比三武一宗尤其具有毁灭性。故在太平天国之后，明末紫柏大师的方册藏经版，即荡然无存，海内人士欲求一册单行的经典已不可得了。
洪杨之乱的太平天国，一开始就喊除妖、除迷信，他们实则一开始就带有妖言惑众的气质(精神病患者洪秀全自认是耶稣之弟，又说什么上帝降托杨秀清之身，耶稣降托萧朝贵之身)，也一开始就开口上帝闭口天国地推行迷信的愚民教育，最后也因假藉天父降诏而使杨秀清反逆洪秀全，终至内讧而告灭亡。
洪杨的拜上帝会，虽不即是马礼逊传来的基督教，却是由于马礼逊所传的基督教而形成，本质可说没有不同。
(五)民国以来的基督教
到了民国以后，在「五四」运动的浪潮声波之余，学术界高唱民主与科学的口号，对宗教信仰，多半抱持怀疑的态度，却有许多的知识分子认真地研究佛学，佛学的精深博大，使他们崇敬不已；至于基督教，由于其教理的不能自圆其说，已被看成外国来的洋迷信，连研究的兴趣都没有。
然而，仍有若干军政大员的基督徒，仗着他们的权势，利用时机，摧毁佛教。比如有「倒戈将军」之称的冯玉祥，他是一位基督徒，在民国十七年(公元一九二八年)春天，就在他的势力范围的河南省开封及信阳，实施毁佛政策，没收寺产，驱逐僧伽。冯玉祥的部将韩复榘，也受了影响在山东省驱逐僧尼。
同在民国十七年，冯玉祥的部属基督徒薛笃弼主内政部期间，有「庙产兴学促进会」的成立。各地纷纷非法拘捕僧人，乃至有被非法监禁至死，借口没收寺产，兴办学校。闹了三年，虽未成为政府的正式政令，它的影响却至为深远，直到政府迁台湾十六年后，在一九六五年十月一日，尚有行政院的第一组秘书余茂阱，对中国佛教会的理事长说：「过去在大陆，有若干寺庙改为学校，并不为过。」又说：「军队占用寺庙，系通常之事。」(《觉世旬刊》三○四号)
晚近以来的基督徒中，也有极崇仰佛教的，比如张纯一先生，便是主张「佛化基督教」的基督徒。
近十多年来，基督教的发展非常迅速，且以佛教徒为其主要工作的对象，虽未发生过迫害的案件，但在文字及口头上的攻击毁谤，已很普遍。佛教徒为了护持正法，也在做着义正词严的辩驳。
宗教的论争，难免不涉及感情用事。实际上，凡是存心曲解和毁谤的文章，就已不足重视，何况夹杂了旺盛的感情用事？然而，宣传的力量，不可忽视，你有听过「曾参杀人」的故事吧？
第三节 基督教与佛教的宗教价值
(一)宗教价值的衡量
宗教的价值，应由两方面来衡量：一是信仰所产生的精神寄托，一是信仰所赖以成立的理论基础。如果仅就精神寄托的价值来说，信仰宗教实即是自我安慰感的升华，可以不藉理论的基础而得到宗教的安慰，这是神教所特别强调的；信到笃实真诚时，就会得着信的效果。其实，信是自己信，信的力量仍由自己所发出，至于他力的「神」或佛菩萨的感应接引之说，站在宗教的立场，绝不应该否定，但这他力的感应，必须先出于自力的要求。
人在宇宙间，不是孤立的，我们的神识依附我们的身体，我们的身体依附于大地，大地依附于太空，太空依附于宇宙，这是一个大实在、大依靠。从精神方面而言，我们自己依附于家庭，家庭依附于社会、国家，乃至世界，也是一个大实在和大依靠。那么，我的信仰心，就没有东西可资依附了吗？下愚者依附上智，上智者依附神明，神明依附宇宙的自然律，自然律是什么？在佛教说是「法」。法是自然存在的，不由造作的。完全顺应于法，便不违法，既不违法，就能不受法束缚，不受束缚，便是解脱，解脱了的人，便是圣人，圣人的存在，是存在于宇宙、自由于宇宙、充塞于宇宙，而又超越于宇宙的大人格。所以圣人的感应力是无所不遍的，只要我们以合乎「法」的心去求合乎「法」的事，必然能有感应，这在现代…
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