两个多月后的1925年元月，“武院”院董会开会，推孙文楼居士为代表，专程赴宁波，恳请大师回武昌，继续主持佛学院。大师于元月25日(乙丑年春节)抵汉口，回武院继续主持院务。
五
太虚大师二度回到武昌佛学院，对院务逐渐加以整理，为学生讲《二十唯识论》。后来因各地弘法事忙，席不暇暖，在院的时间就较少了。1925年春，他前往北京讲经，到山西游访晋祠。夏天在上海世界佛教居士林演讲，到庐山开暑期讲演会。10月，抵南京访欧阳竟无居士于金陵刻经处。参观支那内学院，继之担任中华佛教代表团团长，到日本出席东亚佛教大会。1926年，除在各地演讲外，春天在上海与熊希龄、章太炎、王一亭等人发起组织“全亚佛化教育社”(后改名为中华佛化教育社)，推动佛化运动。
是年7月，国民革命军在广州誓师北伐，10月10日攻克武昌城。在武昌围城期间，佛学院第二届学员约30人，先后离院避难，教职员亦星散。革命军人入城，佛学院大部分院舍为军方征用，军官学校武汉分校的军医处进驻佛学院。这时代理院务的善因回了湖南，院中只剩下一个俗名唐畏三，后来依大师出家的大敬，留在院中看守图书和法物。
1927年底，法舫回到了佛学院。法舫是院中第一届毕业生，在研究部期间，闻大勇在北京办藏文学院，他随着同学们到北京去学藏文。1925年秋，大勇率学法团一行20余人，由北京经四川入西康，准备到西藏学法，法舫也是团员之一。行至西康甘孜，为守军所阻，不能前进，学法团留在当地，依大格洁西尊者学藏文经典，法舫以入藏机缘未熟，所以回到武昌，在佛学院中陪着大敬守院舍，同时刻苦自修，专攻俱舍和唯识，3年之间，学力大进。
1928年春，佛学院院董王森甫、熊云程、夏致贤、赵子中等出面召开董事会，改选新董事，推王森甫任董事长，太虚大师任院长，雷定坦任院护。佛学院的人事，以大敬为事务股监院，张化声为修持股主任，唐大圆为教育股主任。改组后的数个月内，在未被军队占用的房舍中，开办佛经流通图书馆，也开设平民小学，招了一班附近的贫民子弟施以教学。
1928年8月，太虚大师赴欧美游化。10月20日，在法国巴黎与国际友人20余人，于东方博物院开会筹设“世界佛学苑”。定宗旨为：“昌明佛学，陶铸文化，增进人生之福慧，达成世界之安乐。”大师为发起人兼召集人，事后他函告武昌佛学院同仁，筹备改“武院”为世界佛学苑。
1929年4月14日，佛学院召开第一次世界佛学苑筹备会议，与佛学院有关的人士都出席参加。会中推唐大圆为筹备主任。时，大敬已离院回湖南，武院改由法舫管理，会中并决定世苑开设研究部，预计7月开课。
7月15日，世苑研究部开课。世苑的人事安排，院长是太虚大师，教务主任唐大圆，训育主任净严，教授有法舫、张仲如、唐祖培等，研究员有尘空、法空、海印、胡慧严、张慧藏等30余人。是年10月，太虚大师回到佛学院，住了一个星期。当时佛学院中的驻军仍未迁走，工作未能推展，大师为研究员编“大乘宗图”及“研究佛学之目的”。
1930年6月，法舫奉太虚大师之召赴上海，谒大师于净业社。大师命他到北平去筹备世界佛学苑(华英文系)的柏林教理院(设于北平柏林寺内)。9月，柏林教理院成立，世苑筹备处也由武昌迁到北平柏林寺。武院的研究部也停办了。柏林教理院由柏林寺住持台源和常惺任院长，胡子笏主财务，法舫任书记兼教理院监学。柏林教理院办了一年多，1931年“九一八”事变，时局紧张，就宣告停办，法舫又奉太虚大师之命，回到武昌，恢复武院的工作。
1932年初春，武院董事长王森甫、董事罗奉僧和法舫3人，聘请军方人士徐克成督办和夏炳灵司令为院护，托情向军方收回院舍。到了夏天，军队撤出，法舫重加整理修缮。6月底，太虚大师回武院，指示成立世界佛学苑图书馆。9月25日，世苑图书馆开幕，院董会改推方本仁(耀庭)任董事长，法舫主持馆务。图书馆设立研究部，下分编辑、考校二室，芝峰任编辑室主任，会觉为考校室主任。研究员有谈玄、尘空、苇舫、本光等。以后陆续来馆者，有力定、守志、印顺、竺摩、止安、月耀等，人才济济，这可以说是武院的中兴时期。
在图书馆筹备期间，除佛学院原有有图书外，太虚大师委托谈玄到上海，把他自己的藏书全运到武院。这时馆中有大正藏，卍字续藏、频伽藏、巴利文藏经。先后又添购了四部备要、四库全书增本、万有文库等。王新基居士捐赠了二十四史及志书，刘觉生居士捐赠了图书集成。此时图书馆共计有图书22428种，24230册，11万1000余卷，在当时的物质条件下，有此数量藏书，甚属不易。
法舫主持馆务6年，在馆中开办了预备班，授课一、二年，成绩优良者升为研究员，1933年及1935年各招生一次，学员有福善、明性、道屏、智定、雨昙、敏智、觉民、雨堃、茗山、杨星森等。授课的教师先后有芝峰、印顺、会觉、张化声等。
1935年秋季，预备班因经费困难而停办。1936年9月，宽道法师发起募捐，他首先月捐百元为倡，在馆中成立高级研究部，分别研究6个学科：阿含俱舍系、法相唯识系、法性般若系、法界显密系、教乘次第系、宗教历史系。研究员有茗山、福善等。1946年8月中旬，太虚大师抵武汉，23日图书馆为研究员讲“新与融贯”，由福善笔记。大师释“新”义曰：
佛教中心的新，却是以佛教为中心，而适应现代思想文化所成的新佛教……
中国佛教本位的新，是以中国二千年来传演流变的佛法为根据，在适应中国目前及将来的需要上，去吸收采择各时代各方域佛教的特长，以成为复兴中国民族的中国新佛教。
这时中日战争已经爆发，八年抗战开始，未几大师应缁素之请入川，直到1946年3月，胜利后，才重到武昌一次。
未几，武汉时局紧张，图书馆的高级研究班解散。法舫于1938年元月赴重庆，谒太虚大师于长安寺的佛学社。大师命他到缙云山的汉藏教理院任教，而武昌的世界佛学苑图书馆则由苇舫接任管理。
1938年10月，日寇侵入武汉，佛学院旧址房屋大半毁于炮火，世苑图书馆被迫停办。1945年抗战胜利以后，太虚大师命苇舫回武汉，设法修整武院，恢复图书馆，惟此时武院又为军队驻用，工作无法进行。到了1946年8月，驻在武院的军队离去，苇舫得佛教正信会之助，修葺房舍。9月间又招了几名研究员，恢复上课。正值太虚大师欲重整武院，实现他整理中国佛教的计划，不意化缘已尽，1947年3月17日在上海圆寂。
1948年年底，大师在家弟子李子宽居士来到台北，与张清扬居士二人捐资取得台北善导寺的使用权，原计划将武院的世苑图书馆迁到台北来，惟以时局变化太快而未果。只有大醒法师于1949年，将大师1920年创刊的《海潮音》杂志迁到台湾印行，这是唯一迁到台湾的大师弘法事业。
六
1949年，位于武昌通湘门内的武昌佛学院结束，前后维持了近30年。虽然20多年中屡有变革，历经沧桑，但是它对后代却发生了极大的影响。
一、带动佛教举办僧学的风气：民国初年，佛教所办的僧侣学堂，先后有上海华严大学、观宗学社、法界学院、天台学院等，但都规模小，寿命短。武昌佛学院的创办，为佛教现代化教育开创了新局面。武院之后，各地继起的佛学院，有1923年开学的支那内学院，1925年创办的闽南佛学院、玉山佛学院、1928年创办的竹林佛学院，1929年创办的九华佛学院，以至于后来的柏林教理院、鼓山佛学院、汉藏教理院、焦山佛学院、栖霞佛学院、玉佛寺佛学院等，但在规模与造就人才上，仍不能与武院相比。
二、开创近代佛学研究风气：武昌佛学院教学方针，是八宗平等、应化多方，打破了历来的拘持己宗排斥他宗的成见与旧习。此外，复加授哲学课程，吸收他家学说思想，开拓学者的思想空间与胸襟。这种新的教学与研究方式，是以往佛教学堂中所没有的。
此外，1921年至1931年间，武昌佛学院与支那内学院屡有法义之争，当时佛教界及学术界多人都卷入了这一场笔战。双方为了辩论法义，无形中带动佛学研究的风气。这是笔战附带产生的作用，关于两院间的法义之争，见本书欧阳竟无传，此处不赘。
三、造就人才，促进佛教复兴：中国佛教，至清季末年，义学不彰，衰微已极。1912年，释仁山在金山寺开会，曾说：“金山寺内僧众(不下三、四百人)，倘有人能写出300字通达的书信的话，我仁山愿把头剁掉。”金山寺为国内名刹，尚且如此，其他寺院可想而知，由此可见僧侣文学素质之低落。
武昌佛学院兴起，为佛教造就了大批德学兼优的人才，这些出身于武院的学僧，或在社会上讲经弘法，或在学院中传道授业，对后代产生了绝大的影响。即以今日台湾佛教而言，1949年，大陆僧侣相继来台，改变了日治时代的陋规，重兴中国佛教的遗范。这些大陆来台高僧中，直接出身于武院者，如大醒法师、印顺导师；间接而与武院有关者，如出身于闽南佛学院的慈航法师，出身于汉藏教理院的续明法师，以至于在星马弘化的演培法师(汉藏教理院)，都对台湾佛教发生了重大的影响。
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