..续本文上一页起的根据。不过最先提出这一观念的不是唯识宗，而是经部(Sautrantika)。经部处理业的问题，认为业与果报的媒介是思的种子，即由思的活动熏成。
种子剎那相续，到成熟时，便生起名，色果报。不过有关种子的贮存问题，经部并未了解到须一底层意识的存在，所以祇归于色心互持。唯识宗起，始规定种子是「本识中亲生自果功能差别」(《成唯识论》卷二)，于是全部括入阿赖耶识中。根据世亲(Vasubandhu，约公元五世纪)对阿赖耶识的规定，阿赖耶识是异熟识，它拥有一切种子。
「异熟」是面对前生的善恶业，至今已化为现实存在的意思说的；「拥有一切种子」则是从它的内部构造上说。盖阿赖耶识自身并无特殊内容，种子就是它的内容，所以赖耶识和种子是一整体性的关系，不可分割 。传统的解释，以赖耶为体，种子为用，又说种子是赖耶的相分。
同时，说明了善种子生善果，恶种子生恶果，种子生现行，现行熏种子，因果循环不灭的道理。换句话说，佛教虽非所谓因果宿命论，但强调诸法皆是依因待缘而呈显，因此，我们现在的受报和共业，就是原来颠倒妄想起惑造作，所熏习的染污种子，在因缘成熟时生起的现行。
种子功能可分两类，名言种子及业种子如下说明之：
名言种子 － 是指第八识中生起色法、心法等诸法之各自亲因缘的种子，是为生起宇宙万有的质料。详细地说，就是前七识在日常生活中，分别向过去、现在、未来、内外等一切现象，起思虑分别及爱注执着的作用。结果，将这一切色法、心法的气分(习气)熏附于第八识中而形成一种力量。
例如我们读经，第一次几乎没有印象，记得的很少，以后每读多一次印象就深刻一些，直到最后甚至不用看着经书也能背诵出来。这是由于我们在读时，我们的眼识、耳识及第六意识等，会把经文的现象熏于第八识内而成为一种势力，所以脑海里便会变现出经文的影像。这种力量就称之为名言种子。
就是它变现起我们各人未来宇宙万有的质料。此名言种子的性质是非善非恶的，它是属于无记的，所以它的势力是嬴劣的。它本身没有独自变现宇宙万有的力用，必须借着善恶业种子功能的助缘才能变现。换句话说，是业种子刺激名言种子，令其变起与所造的不同种类程度的业(行为)相应之宇宙万行。
例如在福业种子刺激下，名言种子会显现安定、繁荣、和乐的社会情境；反之在恶业种子刺激下，名言种子就会显现战争、饥馑、仇杀的社会情境。很多人生活在同一社会状况下，是因他们有不共中之共业，但虽生活在同一社会状况下却有不同的际遇，这是不共中之不共业。
业种子 － 是指与第六意识相应的思心所造作善恶业所熏成的种子，即是生起宇宙万有的动力。详细地说，那就是第六意识是一种非常复杂的心理状态，他是不会独自思考的，一定要与思心所一同起作用的，就是五遍行(触、作意、受、想、思)中的思心所。当第六意识与思心所同起时，依身、口、意三，造作善恶二业。结果，将善行或恶行的气分，熏附于第八识中，成为一种势力，它就是能变现宇宙万有的主动力。
我们现有的根身(果)是因过去生的无明、我执烦恼与善恶意志行为(因)而得的。现生几十年的行为势力继续熏习，又推动下一生的新生命体生起。这就是佛教说的因果流转不息的哲理。想要解脱此循环不息的生死问题，需藉特殊智慧方能得办。审思众生所拥有的幸福或坎坷生命，莫不是由众生的业力种子刺激名言种子所引生的。
再者，第八识中所含藏的种子，变现为现在前七识的现行，现在前七识的现行，又把气分熏附于第八识中，为未变现成新现行作准备。换句话说，我们未来的新生命是由现在及过去生中的种子所决定的。
因此，种子者，以现代语说，是宇宙万有的潜在状态，这潜在状态，是要待众缘和合的情况下，才转变为显现的深罗万象(唯识学称为起现行)，这现行万象，又熏附新种子于第八识中。因此，唯识学又依种子的来源，分为本有及新熏二种。「本有种子」者，是指无始以来第八识中本具之有漏及无漏种子。「新熏种子」者，是指从现行再熏成的新种子。最后，种子与现行互为因果，种子生现行，现行熏种子，无始以来，展转相续。
三性、三无性之呈显
种子与现行互为因果展转相续，依此遍计执熏习而成生灭杂染的阿赖耶识，就是有情生命的受报载体，故唯识学提出三性主张，说明一切存在之本性与状态(性相)。以明了「万法唯识」依因待缘生起，反复闻思修习如实知见，正闻熏习使解性赖耶开始活动。无漏种子之力渐增，待至遍计执的种子尽离染污性，依他起而达至「转识成智」，也就是空人我法二执，以此二空即显证圆成实。
遍计所执性是指能知之心(第六及第七识)对所知之境周遍计度，于「无」处执以为「有」，或于「有」处执以为「无」。若法无实体质，亦无实作用，只由能知之心周遍计度而执为实有者。众生于五蕴和合的假体而执为实我实法，执五蕴即我、离蕴有我、我不即蕴不离蕴。这种遍计所执之实有法本不存在，所以说之为非有的，是空的。进一步来解释，即众生在日常生活中，从眼耳鼻舌身等前五识接收到讯息后，由第六意识不断地计度分别，认定其为真实。
在这实有的感觉之下起贪嗔痴，喜爱的便不择手段地去追求，但无论得到得不到都会引生苦恼，这是因为我们不能了解境非真实，只是由心识显现而已。种种的执为实有的心态称为颠倒妄想。
在第七识攀缘第八识为实在有自我，此坚执影响到第六识执有实在的我及实在的境。众生的第六识和第七识剎那剎那中不离自我执，这种执着使人不能如理地透视所接触到的事物，不能如实地了解到所有的万法无非是心识所现。有了能知心和所知境，就有了分别人我、是非等种种矛盾。见闻觉知也都以「我」为出发点，随着自己的好恶来辨别所遇之境。因此，众生能知心就是在这种不实的状态下周遍计度。
关于「依他」或「染」或「净」的问题，取决于无分别智的已生和未生。由于人们未曾听闻过法界等流的正教，不能引发无分别智的火，常常以虚妄分别心为主导，对取性的赖耶，时常现起虚妄的见分和相分。本以唯识为性的依他起，便随识的乱相而转变，「能」、「所」交织成遍计所执性。
所以是杂染，如果此识离分别执着的杂染相，无分别智就现前了，正观唯识无义，这样就能正觉唯识的真实性，由 净智现证圆成实性，依他即成出世的清净俗谛，为无漏清净的有为法(指后得智的无漏分别)，隶属圆成实所摄。
因此到了圣位，就可产生两种智慧：一是依他的胜义智──根本智；二是依他的世俗智─ ─后得智。它们的关系是「非不见真如，而能了依他」，也就是必须先彻见根本智(真如)后，始能现出妙用，照缘起而常寂，观机宜而 施化。所谓「从体起用，摄用归体」。此时的境界是依他与圆成无碍融通，寂照互用。
依他唯分别，而不唯境，这在唯识学上，有特定的意义。主要表现在 依他起性的「他」字上作文章。此「他」即缘，是指意识中的种种习 气(前说三种熏习)，这包括了种子、功能等，比较不显著的潜在作用。
换句话说，就是人们积累的各种经验和可以发挥的能动性。由 于唯识学的缘起说是从主观到客观，便将一切事物的一切现象都看成 不能离开经验的东西，即所谓「唯识」。所以色法只不过是心心所法 的缘虑所变现罢了，皆归唯识，不独唯境。因此，万法唯识说乃是三性说所必然导致的结论，其枢纽就是依他缘起，可见依他起在唯识宗 所占的地位是非常重要的。
圆成实性，真实如常，其性凝然，非是假法，也非无法，它是一切事物的真实体性，是由人空、法空所显的圆满成就的诸法实性，也即是依他起的实体，诸法平等的真如。所以《解深密经》说：「云何诸法 圆成实性，谓一切法平等真如」。《成唯识论》也说：「二空所显的 圆满成就的诸法真实性，叫圆成实性」。
诚然，圆成实性是没有变异 ，凝然常住的实相理体，它是由依他起相上，彻底通达遍计所执性的 「似义相永无有性」，离一异性而显的中道一相，这就是诸法的圆成实性。
由三自性的建立，从反面看，可以产生三无性﹕一、相无性(laksana-nihsvabhavata，全译为相无自性性，真谛译为无相性)，二、生无性(upatti-nihsvabhavata，全译为生无自性性，真谛译为无生性)﹔三、胜义无性 (paramartha-nihsvabhavata，全译为胜义无自性性，真谛译为无性性)。
此中相无性是遍计所执自性的反面，由于遍计所执自性是随心识的分别作用而生，所以都是一些虚挂上去的存在，名为施设有(prajnapti-sat)，如我、法的观念就是﹔这些观念在客观的存有中是不能有实体与之对应的，其自身的存在就是处于无自性的状态(即相无自性性)，所以是空。 (亦名二空，因为这些遍计所执的存在不外为人、法两类)。
其次，生无性是依他起自性的反面，因为依他起即表示须依条件制约而起，不能自主，亦不能常住，所以虽有所展现，但仍然是处于无自性的状态，这也就是中观学派所说的空，唯识从生无性方面予以保留。
最后胜义无性即是圆成实自性的反面，因为在此境界中，即是把前述的依他缘生状态取为无分别智的对象，而证见一切法均如幻如化，当体即空，无…
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