..續本文上一頁起的根據。不過最先提出這一觀念的不是唯識宗，而是經部(Sautrantika)。經部處理業的問題，認爲業與果報的媒介是思的種子，即由思的活動熏成。
種子剎那相續，到成熟時，便生起名，色果報。不過有關種子的貯存問題，經部並未了解到須一底層意識的存在，所以祇歸于色心互持。唯識宗起，始規定種子是「本識中親生自果功能差別」(《成唯識論》卷二)，于是全部括入阿賴耶識中。根據世親(Vasubandhu，約公元五世紀)對阿賴耶識的規定，阿賴耶識是異熟識，它擁有一切種子。
「異熟」是面對前生的善惡業，至今已化爲現實存在的意思說的；「擁有一切種子」則是從它的內部構造上說。蓋阿賴耶識自身並無特殊內容，種子就是它的內容，所以賴耶識和種子是一整體性的關系，不可分割 。傳統的解釋，以賴耶爲體，種子爲用，又說種子是賴耶的相分。
同時，說明了善種子生善果，惡種子生惡果，種子生現行，現行熏種子，因果循環不滅的道理。換句話說，佛教雖非所謂因果宿命論，但強調諸法皆是依因待緣而呈顯，因此，我們現在的受報和共業，就是原來顛倒妄想起惑造作，所熏習的染汙種子，在因緣成熟時生起的現行。
種子功能可分兩類，名言種子及業種子如下說明之：
名言種子 － 是指第八識中生起色法、心法等諸法之各自親因緣的種子，是爲生起宇宙萬有的質料。詳細地說，就是前七識在日常生活中，分別向過去、現在、未來、內外等一切現象，起思慮分別及愛注執著的作用。結果，將這一切色法、心法的氣分(習氣)熏附于第八識中而形成一種力量。
例如我們讀經，第一次幾乎沒有印象，記得的很少，以後每讀多一次印象就深刻一些，直到最後甚至不用看著經書也能背誦出來。這是由于我們在讀時，我們的眼識、耳識及第六意識等，會把經文的現象熏于第八識內而成爲一種勢力，所以腦海裏便會變現出經文的影像。這種力量就稱之爲名言種子。
就是它變現起我們各人未來宇宙萬有的質料。此名言種子的性質是非善非惡的，它是屬于無記的，所以它的勢力是嬴劣的。它本身沒有獨自變現宇宙萬有的力用，必須借著善惡業種子功能的助緣才能變現。換句話說，是業種子刺激名言種子，令其變起與所造的不同種類程度的業(行爲)相應之宇宙萬行。
例如在福業種子刺激下，名言種子會顯現安定、繁榮、和樂的社會情境；反之在惡業種子刺激下，名言種子就會顯現戰爭、饑馑、仇殺的社會情境。很多人生活在同一社會狀況下，是因他們有不共中之共業，但雖生活在同一社會狀況下卻有不同的際遇，這是不共中之不共業。
業種子 － 是指與第六意識相應的思心所造作善惡業所熏成的種子，即是生起宇宙萬有的動力。詳細地說，那就是第六意識是一種非常複雜的心理狀態，他是不會獨自思考的，一定要與思心所一同起作用的，就是五遍行(觸、作意、受、想、思)中的思心所。當第六意識與思心所同起時，依身、口、意叁，造作善惡二業。結果，將善行或惡行的氣分，熏附于第八識中，成爲一種勢力，它就是能變現宇宙萬有的主動力。
我們現有的根身(果)是因過去生的無明、我執煩惱與善惡意志行爲(因)而得的。現生幾十年的行爲勢力繼續熏習，又推動下一生的新生命體生起。這就是佛教說的因果流轉不息的哲理。想要解脫此循環不息的生死問題，需藉特殊智慧方能得辦。審思衆生所擁有的幸福或坎坷生命，莫不是由衆生的業力種子刺激名言種子所引生的。
再者，第八識中所含藏的種子，變現爲現在前七識的現行，現在前七識的現行，又把氣分熏附于第八識中，爲未變現成新現行作准備。換句話說，我們未來的新生命是由現在及過去生中的種子所決定的。
因此，種子者，以現代語說，是宇宙萬有的潛在狀態，這潛在狀態，是要待衆緣和合的情況下，才轉變爲顯現的深羅萬象(唯識學稱爲起現行)，這現行萬象，又熏附新種子于第八識中。因此，唯識學又依種子的來源，分爲本有及新熏二種。「本有種子」者，是指無始以來第八識中本具之有漏及無漏種子。「新熏種子」者，是指從現行再熏成的新種子。最後，種子與現行互爲因果，種子生現行，現行熏種子，無始以來，展轉相續。
叁性、叁無性之呈顯
種子與現行互爲因果展轉相續，依此遍計執熏習而成生滅雜染的阿賴耶識，就是有情生命的受報載體，故唯識學提出叁性主張，說明一切存在之本性與狀態(性相)。以明了「萬法唯識」依因待緣生起，反複聞思修習如實知見，正聞熏習使解性賴耶開始活動。無漏種子之力漸增，待至遍計執的種子盡離染汙性，依他起而達至「轉識成智」，也就是空人我法二執，以此二空即顯證圓成實。
遍計所執性是指能知之心(第六及第七識)對所知之境周遍計度，于「無」處執以爲「有」，或于「有」處執以爲「無」。若法無實體質，亦無實作用，只由能知之心周遍計度而執爲實有者。衆生于五蘊和合的假體而執爲實我實法，執五蘊即我、離蘊有我、我不即蘊不離蘊。這種遍計所執之實有法本不存在，所以說之爲非有的，是空的。進一步來解釋，即衆生在日常生活中，從眼耳鼻舌身等前五識接收到訊息後，由第六意識不斷地計度分別，認定其爲真實。
在這實有的感覺之下起貪嗔癡，喜愛的便不擇手段地去追求，但無論得到得不到都會引生苦惱，這是因爲我們不能了解境非真實，只是由心識顯現而已。種種的執爲實有的心態稱爲顛倒妄想。
在第七識攀緣第八識爲實在有自我，此堅執影響到第六識執有實在的我及實在的境。衆生的第六識和第七識剎那剎那中不離自我執，這種執著使人不能如理地透視所接觸到的事物，不能如實地了解到所有的萬法無非是心識所現。有了能知心和所知境，就有了分別人我、是非等種種矛盾。見聞覺知也都以「我」爲出發點，隨著自己的好惡來辨別所遇之境。因此，衆生能知心就是在這種不實的狀態下周遍計度。
關于「依他」或「染」或「淨」的問題，取決于無分別智的已生和未生。由于人們未曾聽聞過法界等流的正教，不能引發無分別智的火，常常以虛妄分別心爲主導，對取性的賴耶，時常現起虛妄的見分和相分。本以唯識爲性的依他起，便隨識的亂相而轉變，「能」、「所」交織成遍計所執性。
所以是雜染，如果此識離分別執著的雜染相，無分別智就現前了，正觀唯識無義，這樣就能正覺唯識的真實性，由 淨智現證圓成實性，依他即成出世的清淨俗谛，爲無漏清淨的有爲法(指後得智的無漏分別)，隸屬圓成實所攝。
因此到了聖位，就可産生兩種智慧：一是依他的勝義智──根本智；二是依他的世俗智─ ─後得智。它們的關系是「非不見真如，而能了依他」，也就是必須先徹見根本智(真如)後，始能現出妙用，照緣起而常寂，觀機宜而 施化。所謂「從體起用，攝用歸體」。此時的境界是依他與圓成無礙融通，寂照互用。
依他唯分別，而不唯境，這在唯識學上，有特定的意義。主要表現在 依他起性的「他」字上作文章。此「他」即緣，是指意識中的種種習 氣(前說叁種熏習)，這包括了種子、功能等，比較不顯著的潛在作用。
換句話說，就是人們積累的各種經驗和可以發揮的能動性。由 于唯識學的緣起說是從主觀到客觀，便將一切事物的一切現象都看成 不能離開經驗的東西，即所謂「唯識」。所以色法只不過是心心所法 的緣慮所變現罷了，皆歸唯識，不獨唯境。因此，萬法唯識說乃是叁性說所必然導致的結論，其樞紐就是依他緣起，可見依他起在唯識宗 所占的地位是非常重要的。
圓成實性，真實如常，其性凝然，非是假法，也非無法，它是一切事物的真實體性，是由人空、法空所顯的圓滿成就的諸法實性，也即是依他起的實體，諸法平等的真如。所以《解深密經》說：「雲何諸法 圓成實性，謂一切法平等真如」。《成唯識論》也說：「二空所顯的 圓滿成就的諸法真實性，叫圓成實性」。
誠然，圓成實性是沒有變異 ，凝然常住的實相理體，它是由依他起相上，徹底通達遍計所執性的 「似義相永無有性」，離一異性而顯的中道一相，這就是諸法的圓成實性。
由叁自性的建立，從反面看，可以産生叁無性﹕一、相無性(laksana-nihsvabhavata，全譯爲相無自性性，真谛譯爲無相性)，二、生無性(upatti-nihsvabhavata，全譯爲生無自性性，真谛譯爲無生性)﹔叁、勝義無性 (paramartha-nihsvabhavata，全譯爲勝義無自性性，真谛譯爲無性性)。
此中相無性是遍計所執自性的反面，由于遍計所執自性是隨心識的分別作用而生，所以都是一些虛挂上去的存在，名爲施設有(prajnapti-sat)，如我、法的觀念就是﹔這些觀念在客觀的存有中是不能有實體與之對應的，其自身的存在就是處于無自性的狀態(即相無自性性)，所以是空。 (亦名二空，因爲這些遍計所執的存在不外爲人、法兩類)。
其次，生無性是依他起自性的反面，因爲依他起即表示須依條件製約而起，不能自主，亦不能常住，所以雖有所展現，但仍然是處于無自性的狀態，這也就是中觀學派所說的空，唯識從生無性方面予以保留。
最後勝義無性即是圓成實自性的反面，因爲在此境界中，即是把前述的依他緣生狀態取爲無分別智的對象，而證見一切法均如幻如化，當體即空，無…
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