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关于断障这一问题，分他宗观点与自宗观点。当知此处并不是指小乘阿罗汉入大乘道后如何断障，而仅述本具大乘种姓的凡夫弟子入道后应该如何断障之理。
格鲁派宗喀巴大师在早期的著作中所述这一方面的观点与宁玛派相同。然于晚年著作的很多论著中所承认的观点则有所不同，如《入中论·善解密意疏》云：“应成派与自续派于断障方面的承认有差别，自续派与唯识宗共同承许的观点，认为于大乘见道时断除二障的遍计种子，二地以上同时逐层断除二障的俱生种子，在八地时断尽一切烦恼障，八地以上在断除其余所知障的同时才开始断除烦恼障的习气俱生所知障。”他在讲应成派不共的观点、八大难题中的两个问题时，认为依诸法所生的一切实有执著之种子是烦恼障，唯独烦恼障种子的习气才是所知障，并说在八地时才灭尽一切烦恼障的种子，八地以后开始断所知障。
萨迦派果仁巴大师及其弟子班钦额秋将大乘唯识与中观的所断法亦作了分门论述。果仁巴大师在《入中论释》及《现证庄严论释》中云：中观应成派与自续派在承认断除二障时的观点不同于唯识宗，因为唯识宗承认八识，中观宗只承认六识。若许八识，则七识(末那识)是属于俱生我执的部分。按唯识宗所许，于见道时灭尽二障的遍计种子，八地时灭尽末那识，此属于俱生烦恼障。然以中观而言，在见道位已遣除烦恼障与所知障的遍计种子，以及声缘阿罗汉应断的二障俱生种子，趣入二地以上唯断俱生所知障的三轮执著相之种子、习气。以上是略述他宗观点，下述自宗观点。萨迦派的班智达夏甲曲在《入中论注释》中所许断除二障的观点与宁玛派自宗的观点完全相同。
自宗观点分二：略说自宗，宣说正理。
略说自宗：宁玛派自宗与中观、唯识所许于十地中各自断障的观点是相同的。因为中观以空性为主讲深法，唯识以光明及五道十地之行为而主讲现法。全知麦彭仁波切在《辩答日光论》中云：“总的所断法即烦恼障与所知障，其根本对治法即证悟空性的智慧，此二者如同光明与黑暗一样不会同时并存。因此一旦在能对治的智慧现前之际，相对其本分的所断法当即遣除，待所断习气的种子圆满断尽后获得佛果。这是大乘所有宗派共同承认的观点，即证悟人无我空性断除烦恼障，证悟法无我空性断除所知障，唯识宗至应成派皆如是承认，并且所许的观点和意义亦无任何差别，唯于能诠句的说法略有不同而已，因此诸宗宣说道的关要其密意是一致无别的。无论需要断除何等障垢，如果遍计执著尚未遣除之前说要断除俱生执著是极不应理的。在断除俱生执著时，亦是从粗分逐渐到细微种子而次第断除，最后断尽极微细的习气。”又于《中观庄严颂·文殊上师欢喜教言论》中云：“应知大乘唯识与中观能诠句之经典，一字亦勿须舍弃，全是吻合无违而一味的。”《解深密经》与弥勒菩萨的《宝性论》、《辨中边论》、印度中观应成派扎雅阿楞达论师的《入中论广释》、圣解脱军的《现证庄严论释》、狮子贤的《现证庄严论释》等经论注释中皆异口同声地说：于大乘的十地中，每一地皆有断除其应断的所知障，又所知障分为遍计与俱生两种，其中俱生又分为两种：即由烦恼障的习气引生的所知障与三轮执著引生的所知障。对此不仅唯识宗承认，且于中观自续派与中观应成派皆如是承认，因为在八地以下仍有烦恼障的俱生种子尚未断尽故。如《解深密经》云：“三地菩萨远离欲界的一切贪心等。”《十地经》亦云：“安住发光地的菩萨，邪贪邪嗔及以邪痴，于无量百千亿那由他劫所不能灭，于此地中悉得断除。”圣解脱军于《现证庄严论注释》第一品中讲解了二十二种菩提心，其中在讲述第六地菩提心时说：“具足智慧波罗蜜多菩提心，犹如妙药，依此二障之病皆能寂灭。”狮子贤论师所著《现证庄严论》与《般若一万八千颂》对照的广释云：“七地以下尚未断尽俱生我慢故。”如月称论师于本论的第四品中云：“自见所属皆遍尽。”又于第八品中云：“八地灭垢及根本，已净烦恼三界师。”及《阿毗达磨杂集论》(大乘俱舍论)、《瑜伽师地论》等唯识论典亦都作了同样的论述。在八地以下不但要断除烦恼障的俱生种子，尚需断除所知障的俱生种子。
宁玛派自宗说：于见道时唯断二障的遍计种子，修道时唯断二障的俱生种子与习气，分有如是两种。
一者(于见道时唯断二障的遍计种子)：大乘一地菩萨现见圆满法无我空性，断除了二障的一切遍计种子。总的来说，大乘初地菩萨的心相续中具有不共的方便与智慧，不但其相续中二障的遍计种子与粗相的分别心已完全清净，且连凡夫时心相续中所具有的俱生之粗分烦恼皆不生起，并绝对清净与佛同等。《华严经》十行品云：“是故不生一念欲想，心净如佛。”十行位菩萨尚能如是，何况初地菩萨呢？因此初地菩萨与普通凡夫、外道是截然不同的。华智仁波切在《功德藏论·难题, , , 释》中云：“不但是外道者的心相续中具有遍计种子，且于登地以前所有众生的心相续中均具此遍计种子。”因为在往昔生中都有可能入过外道，唯待将来获得大乘见道时，才能灭尽此遍计执著的一切种子，甚至包括所知障的一切遍计执著皆能断除。以小乘的无学道中尚未断除所知障的一切遍计种子，仅从这一角度而言，大乘初地菩萨亦就远远超胜了声缘阿罗汉的无学道。并且在大乘一地时就已经圆满了一大阿僧祗劫的方便福德资粮，亦具足了现见圆满法无我空性的智慧资粮，于入定时获得出世无漏的胜义菩提心，出定时具足十二种百功德，以此为据，初地菩萨不但超胜了一切凡夫，而且亦完全超胜了声缘阿罗汉。
再者自求解脱的小乘弟子，虽然获得阿罗汉果，但对修习大乘胜道却是一种障碍，因为在小乘的五道次第中，刹那亦没有生起如同大乘菩萨的发心，一心唯求自我解脱。并于大乘了义经中，佛呵彼为焦芽败种，仅滞化城歧途者也。因此佛经中说：“小乘阿罗汉与本具大乘种姓的凡夫，即便是同时入大乘的资粮道起修，但他们分别获得佛果的时间，却有很大的差距，大乘种姓得成佛果较阿罗汉快四十九劫。”亦即阿罗汉虽然苏醒了大乘种姓，入了大乘道修行，但于得成佛果较凡夫苏醒大乘种姓后、直入大乘道修行者尚须迟缓四十九劫，走了一条迂回曲折之路。其原因有两种：一是发心的差别：小乘行者初入道时即缘自己获得阿罗汉果而生起出离心、受持清净戒行、修人无我空性、自求解脱，此相对来说，虽是善心，但属于所知障，因此于阿罗汉圣者的八识田中(阿赖耶识)具有了深厚的小乘发心、自求解脱的不共习气，对此尚须一定的时间才能予以断除，故成获得佛果之特大障碍。然而直入大乘道的行者最初即缘一切众生而发菩提心等，故无此障，所以先得成就佛果；二是种姓(根器)的差别：大小乘行者虽各醒大乘种姓，但小乘行者根性已定，属下根故，后虽入大乘仍不如最钝根菩萨。故于大乘道中修行时，纯属下根行者，成就佛果甚为缓慢。
二者(修道时唯断二障的俱生种子与习气)：从二至十地之间，共有九地，此处概述其修法主要对治的是二障之俱生种子，此各分粗、中、细三品，每一品各又分三，共为九品。粗的粗分于二地时断除，粗的中分于三地时断除，粗的细分于四地时断除；中的粗分于五地时断除，中的中分于六地时断除，中的细分于七地时断除；烦恼障的微细习气、俱生所知障细的粗分障碍于八地时断除(此地时灭尽烦恼障)；其细的中分障碍于九地时断除。细的细分分二：细的细分、细的极微于十地时断除。全知麦彭仁波切于《澄清宝珠论》中云：“大乘见道中断除的是二障的遍计种子，再逐渐同时断除于二障的俱生种子，至第八地时灭尽我执相续，故此三清净地无有烦恼障，其后唯有断除所知障。在十地末尾，以金刚喻定的智慧摧毁二取迷乱之细微习气后，无间获得善逝如来出有坏之智慧金刚身。此乃与圣境诸大车轨之密意相合，不应混合于后学之分别念，若能了知此理，自然就能解开诸论之难处，并密意江河融入智慧之海故。”
宣说正理分三：教证、理证、辩驳。
一者．教证：大乘初地菩萨以见道智慧只能遣除遍计种子，不能遣除俱生种子，俱生种子唯有通过见道后的修证智慧才能断除。全知麦彭仁波切于《澄清宝珠论》中云：“一见真谛者，能断遍计惑，如知绳非蛇，相续生对治，修行后次第，能断俱生惑，识变对治性，断尽细种子，复不生出故，如日遣黑暗。”又于《辩答日光论》、《阿毗达磨杂集论注释》、《智者入门论》、《文殊上师欢喜教言论》中皆如是说。
华智仁波切在《现证庄严论注释》及《功德藏论·难题释》中皆说“初地菩萨能断除的仅是遍计执著种子”，以此破除了他宗所许。
关于承许见道时断俱生种子的这一观点，华智仁波切说：“以无著菩萨的观点而言，见道时唯有断除遍计执著的种子。”遍知法王无垢光尊者于《宗派宝藏论》中云：“一切执著的遍计种子，是见道智慧的所断法，一切执著的俱生种子是修道智慧的所断法。”永嘎仁波切于《功德藏论广释》中亦如是说。印度论师在《阿毗达磨杂集论注释》中亦云：“见道智慧只能断除闻思外道邪派而产生的遍计烦恼的种子，修道智慧才能遣除心相续中无始以来串习的俱生烦恼。”印度唯识论师、无畏生处尊者于《善解释迦论》中云：“颠倒的遍计执著唯依见道的智慧方能遣除，然于无始以来，串习于心相续中的俱生萨迦耶见，唯依修道的智慧方能予以遣除。”扎雅阿楞达论师于《入中论广释》中云：“彼者俱生萨迦耶见及边执见，非为见道所断法，因为无始以来串习的俱生萨迦耶见等长时沉眠于心相续中，是故唯依修道的智慧方能断除。”狮子贤论师在《现证庄严论广释》中对上述观点亦作了相同的论述。
二者．理证：在遣除垢障方面，般若经论与狮子…
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