首先，从人的根身入手，解除众生疾苦，便形成了生物层面的佛教医学。根据其特点，我们可称为佛教传统生物医药学。它是佛教医学在传统印度医学基础上，以自己独有的缘起哲学观进行改造、补充而逐步发展起来的；并通过吸收中医思想，最终形成了佛教生物医学最成熟的形式——藏医学。
大乘佛学强调佛法当于“五明”中求，专究传统生物医药学的“医方明”即为“五明”之一，若不通达便不能明晓佛法，故在浩瀚的经律论三藏经典中，存有大量的佛教传统生物医药学内容。据蔡景峰先生在汉文大藏经中的校勘，其中直接涉及佛教传统生物医药学的经典即达21部之多。有《佛说婆罗门避死经》、《佛说奈女耆域因缘经》、《佛说奈女耆婆经》、《佛说温室洗浴众僧经》、《佛说佛医经》、《佛说胞胎经》、《佛说治身经》、《佛说活意经》、《迦叶仙人说医女人经》、《佛说咒时气病经》等。实际上，汉文三藏经典中关乎佛教传统生物医药学的内容远不止此。汉传佛学著述中的《大藏治病药》、《释门本草》都是专门的生物医药学著述，散见于经律论中的医药学内容目前尚未有确切的统计。另外，自魏晋隋唐以来的中医学著作也保留了大量出自佛门的生物医药学内容。据西藏布顿大师所著《佛教史大宝藏论》，藏文大藏经中的佛教传统生物医药学著述，有马鸣的《医药八支心要略论》及其注释、龙树的《医经》、《配百方论》和月喜的《医疗八支心要略释句义祥解月光论》等。再加上在佛学文化孕育之下而产生的历代藏医学著作，佛教传统生物医药学的典籍已是浩如烟海，不可胜数。
在三藏经典中，佛教生物医学对人的解剖、生理、病因、病理和治疗、保健等都有着丰富的论述。如《禅秘法要经》描述了人的大体解剖结构，《佛说胞胎经》对宫内胎儿发育过程的认识，与现代生物医学的研究结果几乎完全一致；《佛说佛医经》对人体四大不调所导致的疾病作了概略论述，并将人的病因总结为十种因素；善无畏译《三种悉地破地狱转业障出三界秘密陀罗尼法》论述了五方佛与五蕴、五脏的关系及五脏的病因；《十诵律》卷二十六《医药法》，则较全面地论述了药物治疗方法和饮食卫生的保健措施，并对四种药作了详尽的解释。至于自成体系的藏医学，以《四部医典》的产生为成熟标志，一方面吸取印度早期吠陀医学的三体液论，提出"龙"、"赤巴"、"培根"的三原质说，另一方面又采纳了中医五脏六腑的功能解剖学的分类方法分析人体的生物结构，并独特地将医学分为八支、十一点、十五会和四药等四个部分(其中药又分六味、八性、十七效等)，自成一家之言。藏医学乃人类传统生物医药学园地中的一枝奇葩，目前，世界卫生组织已设置专门机构进行研究。它独特的药物配制方法和对消化道疾病、性传播疾病的有效治疗，尤为世人所称道。可以预见，作为佛教传统生物医药学的主体，藏医学将会日益得到人们的重视、开发和运用。
２．识――心理层面的佛教医学
佛教医学“识”的层面，乃由人的心理、精神入手解除众生疾苦，其对人心识、行为及心身关系的认识与改造，正与心理层面的现代医学相当，故可称之为心理层面的佛教医学。具体则可分为佛教心理精神医学、佛教心身医学和佛教行为医学。对尤重人的心识作用的佛教医学来说，心理层面的佛教医学既是其重点，更是其精华所在，最值得今天的人们研究发掘。
首先，“佛教心理精神医学”对人的心理意识的分析极其精深而独到。它所采用的禅观内省及在日常生活中切身体验的心识研究方法，与注重实验室人为条件下观测心理反应的现代心理学的研究方法，有着本质的不同，因而所得出的研究结果，无论是在对心识的认识深度上还是在治疗心理精神疾患的实践中，都较之现代心理、精神医学别具特色，并略胜一筹。佛教心理精神医学中将人的意识分为四个层次，八或九种意识体。一方面，它对表层的心理活动作了详尽的描述，如唯识学中将意识活动(心所法)分为六类五十一种，密乘瑜伽更总结了人的一百六十种心理活动；另一方面，它又对人的深层意识进行了深入发掘，如指出人的第八意识阿赖耶识(藏识)具备能藏、所藏、执藏之功能(编辑按：阿赖耶识的绝大多数部分都是意识不到的)，人的第七意识对自我的恒常执着状态等。这些对心理意识的分析，均为现代医学所欠缺。而实际上，自本世纪以来，现代心理精神医学的某些基础性理论，正是在吸取了佛教医学中的相关内容之后才提出了自己新的创见。无论是弗洛伊德的潜意识理论，还是容格的集体无意识学说，都不难看出其深受佛教医学心识观念影响的程度(编辑按：弗洛伊德是否熟悉佛教的八识学说，尝不得而知)。
其次，“佛教心身医学”对人的心身关系独具匠心的把握，提供给现代人一种全新的理解心身结构的思路。其色心互相缘起的五蕴心身观，对心身结构作了简单明了的整体划分；十二因缘理论从时间的流动性上对心身的缘起关系作了说明；晚期的密乘瑜伽的气脉理论则直接提出了心气一元、心身不二的思想，对人的内在心身结构作了更为具体的分析。这些内容同样为现代心身医学所欠缺。对之进行深入的研究，将会极大地促进人们对心身关系的进一步认识。
最后，“佛教行为医学”所建构的一整套修证治疗体系，无疑乃目前世界上最为完备的关于人的精神、心身疾病的治疗体系。依于对心识的深刻认识和对心身关系的全面把握，佛教行为医学创立并完善了一整套独特的治疗方案。从初期传统的戒定慧三步治疗到晚期密乘形式复杂的加行、前行、正行(又分生起、圆满二次第)三步治疗，从长时间逐渐改变身心的渐修治疗到“一念相应，便成正觉”的顿悟治疗，从由信仰入门的宗教性治疗到由怀疑入门的智慧性治疗，佛教行为医学根据不同的人，不同的情况，采取不同的治疗措施。而二千多年的佛学实践，也早已充分证明了这一修证治疗体系的巨大疗效。
另外，由于基础理论多有疏漏，心理层面的现代医学在学科设置上显得较为杂乱，心理医学、精神医学、心身医学、行为医学的理论和实践互有交叉和渗透，其学科界限很难截然分清。与之相比，心理层面佛教医学的理论建构则极为严密，佛教心理精神医学、佛教心身医学、佛教行为医学既在理论上具有前后的连续一致性，又在实践上互相贯通，成为一个整体，浑然不可分割。此乃心理层面的佛教医学的又一特点。
３．尘――自然,社会层面的佛教医学
从人的外部世界入手，以社会、自然为认识和诊治对象，便形成“尘”或“境”层面的佛教医学，其内容正与社会层面的现代医学相当。它所包括的佛教社会医学和佛教生态医学，在以“庄严国土，利乐有情”为己任的佛学看来，实在是实现其普渡众生理想的不可或缺的工具。
由于在宇宙观和社会观上佛教医学与现代医学有着很大的不同，故佛教社会医学和佛教生态医学在对疾病的社会因素、生态因素及社会性疾病、生态性疾病的认识和对治方法上，颇有独到之处。佛学号称自己洞察宇宙、社会、人生的终极实相，抓住了心枢缘起这一世界的根本法则，并以之分析把握人、社会、自然之间的关系。在佛教社会医学和佛教生态医学看来，人、社会、自然乃是一个互相缘起不可分割的统一整体，一损具损，一荣具荣。对待这一整体中出现的每一个问题，都要从“诸法相即”，“一即一切，一切即一”的“一真法界”角度进行处理，不可一叶障目，只见局部。所以，面对疾病的社会因素、生态因素和社会性疾病、生态性疾病，佛教社会医学和佛教生态医学提倡高瞻远瞩，全面寻找出问题本质所在，然后提出更为合理的诊治方案。这与理论重视不够，多由问题本身入手，因而显得头绪繁多，较为零乱的现代社会医学、生态医学相比，确可谓一大优点。因此，在这个危机重重，面临无数棘手问题的世界上，佛教社会医学、佛教生态医学理当发挥其不可替代的巨大作用。诸如前文提到的日益严重的吸毒问题、已经来临的老年社会问题、性传播疾病泛滥问题、以及人口膨胀、环境污染、水土流失乃至地球生存危机等一系列令现代人深感头疼的问题，都可从佛教社会医学和佛教生态医学中寻找新的认识角度和解决思路，从而采取更全面、合理、有效的对治办法。
通过上面的论述，我们已不难得出这样的结论：在全新的现代医学与古老的东方佛学之间，的确出现了一种内在的、全面的契合。从这一角度出发，我们完全有理由将佛学视为一门古老的、体系完备的现代医学。
事实上，视佛学为一门完备的、多层次的医学体系的观点，早已为佛学界、医学界及社会人文科学界的一些有识之士所提出。知名中医学家邹伟俊在《唯象中医学将推进人类文化的发展》一文中就指出：“佛教创立的宗旨，不外乎治病救人和普渡众生……所以我们完全可以将佛经看作一部博大精深的医书。”著名的佛教学者陈兵先生更是对佛学作为一门医学的特点和作用作了全面而精要的论述。如他在《佛学与医学》一文中所说：“佛学与医学，可以说有共同的出发点，……佛学的全部教理行果，便是为针治和彻底改善人生而设，可以说是一门完备的、多层次的医学。……作为世间狭义医学的佛教医方明或佛教医学，思想广大深沉，内容丰富，为应该继承和发扬的宝贵佛学遗产。从其作为广义、深义的医学而言，具有更高的价值，更深刻的启发意义。皈依三宝，依法而行，选准一种合理的信仰，树立一种如实观察宇宙人生的正见，有了可靠的安身立命之本，牢固的精神支柱，自能使人精神振作，心理稳定积极向上，摆脱因信仰崩溃、自我迷失、追逐物欲而导致的萎靡颓废、迷惘不安、腐化堕落等现代病威胁，获得身心健康的根本保证。若再依教修持菩…
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