首先，從人的根身入手，解除衆生疾苦，便形成了生物層面的佛教醫學。根據其特點，我們可稱爲佛教傳統生物醫藥學。它是佛教醫學在傳統印度醫學基礎上，以自己獨有的緣起哲學觀進行改造、補充而逐步發展起來的；並通過吸收中醫思想，最終形成了佛教生物醫學最成熟的形式——藏醫學。
大乘佛學強調佛法當于“五明”中求，專究傳統生物醫藥學的“醫方明”即爲“五明”之一，若不通達便不能明曉佛法，故在浩瀚的經律論叁藏經典中，存有大量的佛教傳統生物醫藥學內容。據蔡景峰先生在漢文大藏經中的校勘，其中直接涉及佛教傳統生物醫藥學的經典即達21部之多。有《佛說婆羅門避死經》、《佛說奈女耆域因緣經》、《佛說奈女耆婆經》、《佛說溫室洗浴衆僧經》、《佛說佛醫經》、《佛說胞胎經》、《佛說治身經》、《佛說活意經》、《迦葉仙人說醫女人經》、《佛說咒時氣病經》等。實際上，漢文叁藏經典中關乎佛教傳統生物醫藥學的內容遠不止此。漢傳佛學著述中的《大藏治病藥》、《釋門本草》都是專門的生物醫藥學著述，散見于經律論中的醫藥學內容目前尚未有確切的統計。另外，自魏晉隋唐以來的中醫學著作也保留了大量出自佛門的生物醫藥學內容。據西藏布頓大師所著《佛教史大寶藏論》，藏文大藏經中的佛教傳統生物醫藥學著述，有馬鳴的《醫藥八支心要略論》及其注釋、龍樹的《醫經》、《配百方論》和月喜的《醫療八支心要略釋句義祥解月光論》等。再加上在佛學文化孕育之下而産生的曆代藏醫學著作，佛教傳統生物醫藥學的典籍已是浩如煙海，不可勝數。
在叁藏經典中，佛教生物醫學對人的解剖、生理、病因、病理和治療、保健等都有著豐富的論述。如《禅秘法要經》描述了人的大體解剖結構，《佛說胞胎經》對宮內胎兒發育過程的認識，與現代生物醫學的研究結果幾乎完全一致；《佛說佛醫經》對人體四大不調所導致的疾病作了概略論述，並將人的病因總結爲十種因素；善無畏譯《叁種悉地破地獄轉業障出叁界秘密陀羅尼法》論述了五方佛與五蘊、五髒的關系及五髒的病因；《十誦律》卷二十六《醫藥法》，則較全面地論述了藥物治療方法和飲食衛生的保健措施，並對四種藥作了詳盡的解釋。至于自成體系的藏醫學，以《四部醫典》的産生爲成熟標志，一方面吸取印度早期吠陀醫學的叁體液論，提出"龍"、"赤巴"、"培根"的叁原質說，另一方面又采納了中醫五髒六腑的功能解剖學的分類方法分析人體的生物結構，並獨特地將醫學分爲八支、十一點、十五會和四藥等四個部分(其中藥又分六味、八性、十七效等)，自成一家之言。藏醫學乃人類傳統生物醫藥學園地中的一枝奇葩，目前，世界衛生組織已設置專門機構進行研究。它獨特的藥物配製方法和對消化道疾病、性傳播疾病的有效治療，尤爲世人所稱道。可以預見，作爲佛教傳統生物醫藥學的主體，藏醫學將會日益得到人們的重視、開發和運用。
２．識――心理層面的佛教醫學
佛教醫學“識”的層面，乃由人的心理、精神入手解除衆生疾苦，其對人心識、行爲及心身關系的認識與改造，正與心理層面的現代醫學相當，故可稱之爲心理層面的佛教醫學。具體則可分爲佛教心理精神醫學、佛教心身醫學和佛教行爲醫學。對尤重人的心識作用的佛教醫學來說，心理層面的佛教醫學既是其重點，更是其精華所在，最值得今天的人們研究發掘。
首先，“佛教心理精神醫學”對人的心理意識的分析極其精深而獨到。它所采用的禅觀內省及在日常生活中切身體驗的心識研究方法，與注重實驗室人爲條件下觀測心理反應的現代心理學的研究方法，有著本質的不同，因而所得出的研究結果，無論是在對心識的認識深度上還是在治療心理精神疾患的實踐中，都較之現代心理、精神醫學別具特色，並略勝一籌。佛教心理精神醫學中將人的意識分爲四個層次，八或九種意識體。一方面，它對表層的心理活動作了詳盡的描述，如唯識學中將意識活動(心所法)分爲六類五十一種，密乘瑜伽更總結了人的一百六十種心理活動；另一方面，它又對人的深層意識進行了深入發掘，如指出人的第八意識阿賴耶識(藏識)具備能藏、所藏、執藏之功能(編輯按：阿賴耶識的絕大多數部分都是意識不到的)，人的第七意識對自我的恒常執著狀態等。這些對心理意識的分析，均爲現代醫學所欠缺。而實際上，自本世紀以來，現代心理精神醫學的某些基礎性理論，正是在吸取了佛教醫學中的相關內容之後才提出了自己新的創見。無論是弗洛伊德的潛意識理論，還是容格的集體無意識學說，都不難看出其深受佛教醫學心識觀念影響的程度(編輯按：弗洛伊德是否熟悉佛教的八識學說，嘗不得而知)。
其次，“佛教心身醫學”對人的心身關系獨具匠心的把握，提供給現代人一種全新的理解心身結構的思路。其色心互相緣起的五蘊心身觀，對心身結構作了簡單明了的整體劃分；十二因緣理論從時間的流動性上對心身的緣起關系作了說明；晚期的密乘瑜伽的氣脈理論則直接提出了心氣一元、心身不二的思想，對人的內在心身結構作了更爲具體的分析。這些內容同樣爲現代心身醫學所欠缺。對之進行深入的研究，將會極大地促進人們對心身關系的進一步認識。
最後，“佛教行爲醫學”所建構的一整套修證治療體系，無疑乃目前世界上最爲完備的關于人的精神、心身疾病的治療體系。依于對心識的深刻認識和對心身關系的全面把握，佛教行爲醫學創立並完善了一整套獨特的治療方案。從初期傳統的戒定慧叁步治療到晚期密乘形式複雜的加行、前行、正行(又分生起、圓滿二次第)叁步治療，從長時間逐漸改變身心的漸修治療到“一念相應，便成正覺”的頓悟治療，從由信仰入門的宗教性治療到由懷疑入門的智慧性治療，佛教行爲醫學根據不同的人，不同的情況，采取不同的治療措施。而二千多年的佛學實踐，也早已充分證明了這一修證治療體系的巨大療效。
另外，由于基礎理論多有疏漏，心理層面的現代醫學在學科設置上顯得較爲雜亂，心理醫學、精神醫學、心身醫學、行爲醫學的理論和實踐互有交叉和滲透，其學科界限很難截然分清。與之相比，心理層面佛教醫學的理論建構則極爲嚴密，佛教心理精神醫學、佛教心身醫學、佛教行爲醫學既在理論上具有前後的連續一致性，又在實踐上互相貫通，成爲一個整體，渾然不可分割。此乃心理層面的佛教醫學的又一特點。
３．塵――自然,社會層面的佛教醫學
從人的外部世界入手，以社會、自然爲認識和診治對象，便形成“塵”或“境”層面的佛教醫學，其內容正與社會層面的現代醫學相當。它所包括的佛教社會醫學和佛教生態醫學，在以“莊嚴國土，利樂有情”爲己任的佛學看來，實在是實現其普渡衆生理想的不可或缺的工具。
由于在宇宙觀和社會觀上佛教醫學與現代醫學有著很大的不同，故佛教社會醫學和佛教生態醫學在對疾病的社會因素、生態因素及社會性疾病、生態性疾病的認識和對治方法上，頗有獨到之處。佛學號稱自己洞察宇宙、社會、人生的終極實相，抓住了心樞緣起這一世界的根本法則，並以之分析把握人、社會、自然之間的關系。在佛教社會醫學和佛教生態醫學看來，人、社會、自然乃是一個互相緣起不可分割的統一整體，一損具損，一榮具榮。對待這一整體中出現的每一個問題，都要從“諸法相即”，“一即一切，一切即一”的“一真法界”角度進行處理，不可一葉障目，只見局部。所以，面對疾病的社會因素、生態因素和社會性疾病、生態性疾病，佛教社會醫學和佛教生態醫學提倡高瞻遠矚，全面尋找出問題本質所在，然後提出更爲合理的診治方案。這與理論重視不夠，多由問題本身入手，因而顯得頭緒繁多，較爲零亂的現代社會醫學、生態醫學相比，確可謂一大優點。因此，在這個危機重重，面臨無數棘手問題的世界上，佛教社會醫學、佛教生態醫學理當發揮其不可替代的巨大作用。諸如前文提到的日益嚴重的吸毒問題、已經來臨的老年社會問題、性傳播疾病泛濫問題、以及人口膨脹、環境汙染、水土流失乃至地球生存危機等一系列令現代人深感頭疼的問題，都可從佛教社會醫學和佛教生態醫學中尋找新的認識角度和解決思路，從而采取更全面、合理、有效的對治辦法。
通過上面的論述，我們已不難得出這樣的結論：在全新的現代醫學與古老的東方佛學之間，的確出現了一種內在的、全面的契合。從這一角度出發，我們完全有理由將佛學視爲一門古老的、體系完備的現代醫學。
事實上，視佛學爲一門完備的、多層次的醫學體系的觀點，早已爲佛學界、醫學界及社會人文科學界的一些有識之士所提出。知名中醫學家鄒偉俊在《唯象中醫學將推進人類文化的發展》一文中就指出：“佛教創立的宗旨，不外乎治病救人和普渡衆生……所以我們完全可以將佛經看作一部博大精深的醫書。”著名的佛教學者陳兵先生更是對佛學作爲一門醫學的特點和作用作了全面而精要的論述。如他在《佛學與醫學》一文中所說：“佛學與醫學，可以說有共同的出發點，……佛學的全部教理行果，便是爲針治和徹底改善人生而設，可以說是一門完備的、多層次的醫學。……作爲世間狹義醫學的佛教醫方明或佛教醫學，思想廣大深沈，內容豐富，爲應該繼承和發揚的寶貴佛學遺産。從其作爲廣義、深義的醫學而言，具有更高的價值，更深刻的啓發意義。皈依叁寶，依法而行，選准一種合理的信仰，樹立一種如實觀察宇宙人生的正見，有了可靠的安身立命之本，牢固的精神支柱，自能使人精神振作，心理穩定積極向上，擺脫因信仰崩潰、自我迷失、追逐物欲而導致的萎靡頹廢、迷惘不安、腐化墮落等現代病威脅，獲得身心健康的根本保證。若再依教修持菩…
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