..續本文上一頁亦皆以大乘之道安立之。
(五)于我法中修行梵行者，一切戒不缺減。
(六)諸根不具、白癞顛狂，乃至種種病苦者，聞我名皆諸根具足，無諸疾苦。
(七)衆病逼切，無護無依者，聞我名，衆患悉除。
(八)若有女人願舍女形者，聞我名，成丈夫相。
(九)令衆生皆脫魔網，置于正見，速證無上正等菩提。
(十)若爲王法所縛，身心受無量災難煎迫之苦，此等衆生若聞我名，以我福力，皆得解脫一切憂苦。
(十一)爲饑渴所惱而造諸惡業者，若聞我名，我先以妙色香味食，飽足其身，後以法味畢竟安樂。
(十二)貧無衣服者，聞我名，我當施彼隨用衣服，乃至莊嚴之具，皆令滿足。
(一)生佛平等正報莊嚴願
第一大願，願我來世，得阿耨多羅叁藐叁菩提時，自身光明，熾然照耀無量無數無邊世界，以叁十二大丈夫相，八十隨形好，莊嚴其身，令一切有情，如我無異。
「阿耨多羅」，翻譯爲無上，「叁藐叁菩提」，譯爲正等正覺，是佛果菩提的通稱。正等是平等的真理，正覺是無分別智；菩薩修行，功圓果滿之時候，以無分別的般若智，證平等不二的真理。此平等的真理，雖然生佛平等，聖凡無二，但因凡夫衆生迷而不覺，外道修行者覺而不正，二乘人正而不等，菩薩之覺，雖正又等，但非無上；唯佛以如如智，證如如理，既正且等，九界衆生，無能過之，故言：「無上正等正覺」。當佛由最初之始覺智，證得本覺理，究竟覺悟之時，名得「阿耨多羅叁藐叁菩提」，即親證法身。
「自身光明，照耀無量無數無邊世界」，是指佛的自受用報身。佛的自受用報身，是由無量功德智慧所生，屬于佛果無漏不可思議的境界，非一般凡夫俗子所能理解，唯佛以佛能知。但諸佛爲教化地上菩薩，往往現出他受用報身，光明熾然，盡虛空，遍法界，無所不照，故此雲：「自身光明，照耀無量無數無邊世界」。
「以叁十二大丈夫相，八十隨形好，莊嚴其身」。是指佛的應身。不但是諸佛具足叁十二大丈夫相，釋尊的親弟阿難，以及轉輪聖王、梵王、帝釋，都具有此大丈夫之相。至于八十種隨形好，則是諸佛在因地中經過「叁祇修福慧，百劫種相好」，所得的果報，唯佛具足，非一般凡夫或叁乘聖衆可能擁有。
現在藥師琉璃光如來，因中行菩薩道時，發第一個大願，就是希望自己將來成佛，叁覺圓明，叁身具足，證得佛果無上正等正覺時，亦令一切有情衆生，共成佛道，同證叁身，與自己一樣，無有差別。因此，得生其淨琉璃世界的衆生，雖然未盡斷煩惱，未證佛道，但由于藥師如來原本願力功德的加持，皆于雜色寶華中化生，都具足叁十二大丈夫相，正報莊嚴，與佛無異無別。
(二)身光破暗開曉衆生願
第二大願，願我來世得菩提時，身如琉璃，內外明徹，淨無瑕穢，光明廣大，功德巍巍，身善安住，焰綱莊嚴，過于日月；幽冥衆生，悉蒙開曉，隨意所趣，作諸事業。
藥師如來行菩薩道時，發第二個大願，是希望將來成佛，證得無上正等正覺時，內在的智慧光明，能照徹法界，(自受用身)，外在的身相光明，能照應大機，(他受用身)，猶如琉璃寶物，晶瑩皎潔，「內外明徹，淨無瑕穢」。而且功德莊嚴，好象須彌山王一樣巍然轟立不動。由于佛的報身「光明廣大」，普照無涯，周遍法界，所發出的光焰熾烈，互相映照，結成光網；藥師如來所應化的琉璃光身，善于安住于此，由無量光線所組成光輝燦爛的焰網之中，故其光明，超「過于日月」。不止照耀無量無邊世界，同時照耀常處于幽冥中的地獄衆生；令人間天上，及惡道中衆生，凡接觸佛的焰網光明，「悉蒙開曉」智慧的心眼，皆可照破內心無明煩惱的黑暗，使衆生在佛光與自己智光的照耀中，明白真理，認識自己，走向光明之路，進入菩提覺道。在菩提覺道上，隨其各人的意志，去作各種有益身心，有利于群衆的事業；或隨各人的善根福德因緣，實踐六度萬行，廣修福慧，自利兼他，直至二利究竟，即可完成佛道。以上兩願，是著重自他佛道的證得，是依四谛中的滅谛而發的大願。
(叁)智慧方便滿衆生所欲願
第叁大願，願我來世得菩提時，以無量無邊智慧方便，令諸有情，皆得無盡所受用物，莫令衆生，有所乏少！
自此至以下第五願，是依道谛而發的宏願。道，是佛弟子所修學的法門，廣則無量，所謂：「法門無量誓願學」。略言則可以說是叁十七道品，再略說則不出戒定慧叁無漏學。此第叁大願，是依道谛中的慧無漏學而發。
智慧是實智，屬于體；方便是權智，屬于用。如無智慧的實體，則無以起方便的妙用；若無方便的妙用，則無以顯示智慧的實體。今藥師如來發願，得菩提時，以實智證理，以權智鑒機，從體起用，運用種種善巧方便，利益有情。
量是衡量，計量，度量，測量，凡衡量物之輕重，計量物之多少，度量物的長短，測量物的大小、淺深、厚薄，皆名之爲量。「無量」，即已超越世間事物的大小、多寡、長短、淺深、厚薄，如攝大乘論所言：「不可以譬類得知」。邊謂邊際，邊緣，邊界等；物與物之間有其邊際，人與人之間有其邊緣，國與國之間有其邊界。「無邊」，即已超越世間任何人與物的邊際邊緣與邊界。
佛之智慧所言：「無量無邊」，因爲佛以般若智，證實相理，此理離言絕相，不落邊際，既非凡情可計算測度，亦非小乘聖人的智慧可衡量或思量，故佛的智慧是無量無邊。藥師佛從無量無邊的智慧，所起的方便妙用亦無量無邊，故能普令一切有情，「皆得無盡所受用物」。
「所受用物」，即我們日常生活所需要的資生之物，例如衣、食、住、行、醫藥、娛樂等，都是人類生活中，不可或缺的物質享受。若然缺乏或短少，必然群起而爭，爭者必亂，何止損害群衆，危及社會，而且因此作諸惡業，流轉生死，招致無窮無盡的苦惱。
藥師如來，爲了取消人類現實生活的貧窮困苦，給予人類無窮無盡的享樂，更爲了拔除衆生永劫沈淪生死的苦惱，給予衆生法身慧命無窮無盡的壽命，所以從無量無邊的智慧，運用無量無邊的權巧方便，來到人間，提倡五明學。先灌輸衆生論理學、心理學、語言學、醫學、科學各方面的知識；教導衆生發展工業，開發資源，創造藝術、娛樂種種技巧，令衆生有建業知識，謀生技能，獲得物質高度文明的享受，生活富裕，「皆得無盡所受用物」，不致貧窮困苦，「有所乏少」。
然後運用內明學，來開啓衆生的心智，令衆生明真理，知因果，辨邪正，止惡行善，甚至惡性隱殁，佛性擡頭，成就戒、信、聞、舍、慧、慚、愧等七覺支，以提升人的德性，改善人的品質，使人樂于發揮人溺己溺，人己的精神；樂于進德修業，利己利人；樂于趣向佛道，覺悟成佛。如《華嚴經》言：「菩薩于菩提，當于何求？當于五明處求」。
是以藥師如來行菩薩道時，發第叁個大願，就是運用智慧方便，以五明學的權巧，來提高人類物質的享受，同時也提升人類的智慧與質素，徹底解除人類物質與精神的貧乏，令人類物資富裕，精神飽滿，不致「有所乏少」。
(四)令邪歸正導小向大願
第四大願：願我來世得菩提時，若諸有情行邪道者，悉令安住菩提道中；若行聲聞獨覺乘者，皆以大乘而安立之。
前願是偏重人類資生事業的發展，以促進物質文明；今第四大願，目的是化邪歸正，擴展大乘佛教濟世益群的思想，是偏重于精神文明。
「若諸有情行邪道者，悉令安住菩提道中」。是令人道衆生，舍邪歸正。」菩提」，譯名正覺，「菩提道」即正覺的康莊大道，反之便是邪道。藥師佛發願將來成佛時，遇見有不正的思想，不正的信仰，不正的行爲，不正的娛樂的人，都以正覺的思想，正覺的教育，正覺的行動來教導之，輔助之，令舍邪歸正，知因識果，信仰叁寶，學習大乘佛法，走向正知正見的菩提覺道。
聲聞，是一類因佛說法的音聲，得聞四谛理，知苦斷集，慕滅修道，結果斷見思煩惱，解脫生死，證得阿羅漢果的聖人。獨覺，又名緣覺，是一類因聞佛說十二因緣的道理，知世間諸法，皆緣生性空，無常無我，因而放棄世間五欲的享樂，如法修學，由十二因緣的流轉門，進入還滅門，而得斷煩惱，了生死的聖人；另有一類立志出塵之士，但生不逢佛世，唯有孤峰獨宿，春觀百花開，秋觀黃葉落，而悟知世態榮枯，生滅無常，不戀世事，專心修習禅定，引發無漏智慧，得斷煩惱，了生死，證真空涅槃的聖人，名獨覺。聲聞人但斷見思煩惱，緣覺兼侵習氣，二者同是獨善其身的修行人，所以屬于小乘。但佛教的基本精神卻屬于大乘。
「大乘」即是一佛乘。諸佛出世，雖說人乘、天乘、聲聞乘、緣覺乘、菩薩乘等五乘教法，但目的在于一佛乘。如《法華經》雲：「十方佛土中，唯有一乘法，無二亦無叁；除佛方便說，但以假名字，引導于衆生，說佛智慧故。諸佛出于世，唯此一事實，余二則非真；終不以小乘，濟度于衆生」。否則，「若以小乘化，乃至于一人，我則墮悭貪」。諸佛聖人豈是悭貪者？是以藥師佛發願來世成佛，不止要令沈淪生死苦海中，行邪道的人乘衆生，舍邪歸正，安住于菩提覺道；還要令已斷煩惱，了生死的小乘聖人，回小向大，修學大乘法門，趣向佛道，不致滯留小乘，故此言：「若行聲聞、獨覺乘者，皆以大乘而安立之」，此即依道中，定無漏學而發的大願。
(五)令修梵行得戒清淨願
第五大願，願我來世得菩提時，若有無量無邊有情，于我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具叁聚戒。設有毀犯，聞我名已，還得清淨，不墮惡趣。
梵言：「屍羅」譯名爲戒。戒有防非止惡之…
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