..续本文上一页亦皆以大乘之道安立之。
(五)于我法中修行梵行者，一切戒不缺减。
(六)诸根不具、白癞颠狂，乃至种种病苦者，闻我名皆诸根具足，无诸疾苦。
(七)众病逼切，无护无依者，闻我名，众患悉除。
(八)若有女人愿舍女形者，闻我名，成丈夫相。
(九)令众生皆脱魔网，置于正见，速证无上正等菩提。
(十)若为王法所缚，身心受无量灾难煎迫之苦，此等众生若闻我名，以我福力，皆得解脱一切忧苦。
(十一)为饥渴所恼而造诸恶业者，若闻我名，我先以妙色香味食，饱足其身，后以法味毕竟安乐。
(十二)贫无衣服者，闻我名，我当施彼随用衣服，乃至庄严之具，皆令满足。
(一)生佛平等正报庄严愿
第一大愿，愿我来世，得阿耨多罗三藐三菩提时，自身光明，炽然照耀无量无数无边世界，以三十二大丈夫相，八十随形好，庄严其身，令一切有情，如我无异。
「阿耨多罗」，翻译为无上，「三藐三菩提」，译为正等正觉，是佛果菩提的通称。正等是平等的真理，正觉是无分别智；菩萨修行，功圆果满之时候，以无分别的般若智，证平等不二的真理。此平等的真理，虽然生佛平等，圣凡无二，但因凡夫众生迷而不觉，外道修行者觉而不正，二乘人正而不等，菩萨之觉，虽正又等，但非无上；唯佛以如如智，证如如理，既正且等，九界众生，无能过之，故言：「无上正等正觉」。当佛由最初之始觉智，证得本觉理，究竟觉悟之时，名得「阿耨多罗三藐三菩提」，即亲证法身。
「自身光明，照耀无量无数无边世界」，是指佛的自受用报身。佛的自受用报身，是由无量功德智慧所生，属于佛果无漏不可思议的境界，非一般凡夫俗子所能理解，唯佛以佛能知。但诸佛为教化地上菩萨，往往现出他受用报身，光明炽然，尽虚空，遍法界，无所不照，故此云：「自身光明，照耀无量无数无边世界」。
「以三十二大丈夫相，八十随形好，庄严其身」。是指佛的应身。不但是诸佛具足三十二大丈夫相，释尊的亲弟阿难，以及转轮圣王、梵王、帝释，都具有此大丈夫之相。至于八十种随形好，则是诸佛在因地中经过「三祇修福慧，百劫种相好」，所得的果报，唯佛具足，非一般凡夫或三乘圣众可能拥有。
现在药师琉璃光如来，因中行菩萨道时，发第一个大愿，就是希望自己将来成佛，三觉圆明，三身具足，证得佛果无上正等正觉时，亦令一切有情众生，共成佛道，同证三身，与自己一样，无有差别。因此，得生其净琉璃世界的众生，虽然未尽断烦恼，未证佛道，但由于药师如来原本愿力功德的加持，皆于杂色宝华中化生，都具足三十二大丈夫相，正报庄严，与佛无异无别。
(二)身光破暗开晓众生愿
第二大愿，愿我来世得菩提时，身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽，光明广大，功德巍巍，身善安住，焰纲庄严，过于日月；幽冥众生，悉蒙开晓，随意所趣，作诸事业。
药师如来行菩萨道时，发第二个大愿，是希望将来成佛，证得无上正等正觉时，内在的智慧光明，能照彻法界，(自受用身)，外在的身相光明，能照应大机，(他受用身)，犹如琉璃宝物，晶莹皎洁，「内外明彻，净无瑕秽」。而且功德庄严，好象须弥山王一样巍然轰立不动。由于佛的报身「光明广大」，普照无涯，周遍法界，所发出的光焰炽烈，互相映照，结成光网；药师如来所应化的琉璃光身，善于安住于此，由无量光线所组成光辉灿烂的焰网之中，故其光明，超「过于日月」。不止照耀无量无边世界，同时照耀常处于幽冥中的地狱众生；令人间天上，及恶道中众生，凡接触佛的焰网光明，「悉蒙开晓」智慧的心眼，皆可照破内心无明烦恼的黑暗，使众生在佛光与自己智光的照耀中，明白真理，认识自己，走向光明之路，进入菩提觉道。在菩提觉道上，随其各人的意志，去作各种有益身心，有利于群众的事业；或随各人的善根福德因缘，实践六度万行，广修福慧，自利兼他，直至二利究竟，即可完成佛道。以上两愿，是着重自他佛道的证得，是依四谛中的灭谛而发的大愿。
(三)智慧方便满众生所欲愿
第三大愿，愿我来世得菩提时，以无量无边智慧方便，令诸有情，皆得无尽所受用物，莫令众生，有所乏少！
自此至以下第五愿，是依道谛而发的宏愿。道，是佛弟子所修学的法门，广则无量，所谓：「法门无量誓愿学」。略言则可以说是三十七道品，再略说则不出戒定慧三无漏学。此第三大愿，是依道谛中的慧无漏学而发。
智慧是实智，属于体；方便是权智，属于用。如无智慧的实体，则无以起方便的妙用；若无方便的妙用，则无以显示智慧的实体。今药师如来发愿，得菩提时，以实智证理，以权智鉴机，从体起用，运用种种善巧方便，利益有情。
量是衡量，计量，度量，测量，凡衡量物之轻重，计量物之多少，度量物的长短，测量物的大小、浅深、厚薄，皆名之为量。「无量」，即已超越世间事物的大小、多寡、长短、浅深、厚薄，如摄大乘论所言：「不可以譬类得知」。边谓边际，边缘，边界等；物与物之间有其边际，人与人之间有其边缘，国与国之间有其边界。「无边」，即已超越世间任何人与物的边际边缘与边界。
佛之智慧所言：「无量无边」，因为佛以般若智，证实相理，此理离言绝相，不落边际，既非凡情可计算测度，亦非小乘圣人的智慧可衡量或思量，故佛的智慧是无量无边。药师佛从无量无边的智慧，所起的方便妙用亦无量无边，故能普令一切有情，「皆得无尽所受用物」。
「所受用物」，即我们日常生活所需要的资生之物，例如衣、食、住、行、医药、娱乐等，都是人类生活中，不可或缺的物质享受。若然缺乏或短少，必然群起而争，争者必乱，何止损害群众，危及社会，而且因此作诸恶业，流转生死，招致无穷无尽的苦恼。
药师如来，为了取消人类现实生活的贫穷困苦，给予人类无穷无尽的享乐，更为了拔除众生永劫沉沦生死的苦恼，给予众生法身慧命无穷无尽的寿命，所以从无量无边的智慧，运用无量无边的权巧方便，来到人间，提倡五明学。先灌输众生论理学、心理学、语言学、医学、科学各方面的知识；教导众生发展工业，开发资源，创造艺术、娱乐种种技巧，令众生有建业知识，谋生技能，获得物质高度文明的享受，生活富裕，「皆得无尽所受用物」，不致贫穷困苦，「有所乏少」。
然后运用内明学，来开启众生的心智，令众生明真理，知因果，辨邪正，止恶行善，甚至恶性隐殁，佛性抬头，成就戒、信、闻、舍、慧、惭、愧等七觉支，以提升人的德性，改善人的品质，使人乐于发挥人溺己溺，人己的精神；乐于进德修业，利己利人；乐于趣向佛道，觉悟成佛。如《华严经》言：「菩萨于菩提，当于何求？当于五明处求」。
是以药师如来行菩萨道时，发第三个大愿，就是运用智慧方便，以五明学的权巧，来提高人类物质的享受，同时也提升人类的智慧与质素，彻底解除人类物质与精神的贫乏，令人类物资富裕，精神饱满，不致「有所乏少」。
(四)令邪归正导小向大愿
第四大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情行邪道者，悉令安住菩提道中；若行声闻独觉乘者，皆以大乘而安立之。
前愿是偏重人类资生事业的发展，以促进物质文明；今第四大愿，目的是化邪归正，扩展大乘佛教济世益群的思想，是偏重于精神文明。
「若诸有情行邪道者，悉令安住菩提道中」。是令人道众生，舍邪归正。」菩提」，译名正觉，「菩提道」即正觉的康庄大道，反之便是邪道。药师佛发愿将来成佛时，遇见有不正的思想，不正的信仰，不正的行为，不正的娱乐的人，都以正觉的思想，正觉的教育，正觉的行动来教导之，辅助之，令舍邪归正，知因识果，信仰三宝，学习大乘佛法，走向正知正见的菩提觉道。
声闻，是一类因佛说法的音声，得闻四谛理，知苦断集，慕灭修道，结果断见思烦恼，解脱生死，证得阿罗汉果的圣人。独觉，又名缘觉，是一类因闻佛说十二因缘的道理，知世间诸法，皆缘生性空，无常无我，因而放弃世间五欲的享乐，如法修学，由十二因缘的流转门，进入还灭门，而得断烦恼，了生死的圣人；另有一类立志出尘之士，但生不逢佛世，唯有孤峰独宿，春观百花开，秋观黄叶落，而悟知世态荣枯，生灭无常，不恋世事，专心修习禅定，引发无漏智慧，得断烦恼，了生死，证真空涅槃的圣人，名独觉。声闻人但断见思烦恼，缘觉兼侵习气，二者同是独善其身的修行人，所以属于小乘。但佛教的基本精神却属于大乘。
「大乘」即是一佛乘。诸佛出世，虽说人乘、天乘、声闻乘、缘觉乘、菩萨乘等五乘教法，但目的在于一佛乘。如《法华经》云：「十方佛土中，唯有一乘法，无二亦无三；除佛方便说，但以假名字，引导于众生，说佛智慧故。诸佛出于世，唯此一事实，余二则非真；终不以小乘，济度于众生」。否则，「若以小乘化，乃至于一人，我则堕悭贪」。诸佛圣人岂是悭贪者？是以药师佛发愿来世成佛，不止要令沉沦生死苦海中，行邪道的人乘众生，舍邪归正，安住于菩提觉道；还要令已断烦恼，了生死的小乘圣人，回小向大，修学大乘法门，趣向佛道，不致滞留小乘，故此言：「若行声闻、独觉乘者，皆以大乘而安立之」，此即依道中，定无漏学而发的大愿。
(五)令修梵行得戒清净愿
第五大愿，愿我来世得菩提时，若有无量无边有情，于我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒。设有毁犯，闻我名已，还得清净，不堕恶趣。
梵言：「尸罗」译名为戒。戒有防非止恶之…
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