..續本文上一頁密法，開辟道場。宗派興起後，甯瑪、薩迦、噶舉和覺囊等教派勢力相繼延伸到這裏，建立了一批頗具規模的寺院。十四世紀初，格魯派傳入阿壩地區，宗喀巴弟子查古·阿旺紮巴和絨巴·結格巴(格敦堅參)先後在這裏傳教，把一些苯教寺院改宗格魯派，並新建了一批寺院，開展宗教活動。隨著格魯派統治地位的確立，其他教派越來越多的寺院改奉格魯派，使格魯派寺院約占當地寺院總數的百分之五十以上。例如，金川縣南部的金川寺(雍仲拉頂寺)原宗苯教，清朝時期被迫改奉格魯派，賜名廣法寺，乾隆皇帝賜書“正教恒宣”禦匾，從北京雍和宮派出堪布主持寺務，更選十叁任後，由拉薩叁大寺每叁年輪流派出。這所寺院有密宗院，按照上下密院做法，主講集密、大威德、勝樂等類法，參修僧人逐年增多，獲得成就者不少。小金川的八角喇嘛寺(初名索南僧格紮西曲林，後更名達結林)也是一座規模宏偉的寺院，始建于1780年，顯密兼授。
在四川甘孜藏區，最早由宗喀巴的嫡傳弟子桑結貝桑、噶宇哇·仁青巴、噶居南喀桑波和江瑪爾等人分別修建了吉覺賢珠達結德慶、宗拉、帕爾哇仁青崗、蔡木貢等寺。繼後又有哲蚌寺創建者紮西貝丹的嫡傳弟子紮西僧格和下密院僧人頓珠紮西分別建造噶浦寺和拉托寺，仿效下密院，主傳集密類法。
理塘寺，又譯長青春科爾寺(彌勒*輪寺)，是在苯教寺廟邦根寺的基礎上發展起來的一所格魯派寺院，明朝萬曆年間，第叁世達賴喇嘛索南嘉措前往青海傳教返藏途經理塘時，將其改宗格魯派，更改名稱，成爲格魯派在康區的第一座大寺。該寺設有密宗學院，舉行各種儀式，傳講《集密根本續》和《集密四家合疏》等，屬于下密院系統。喇絨密宗院是由喜饒多傑修建的，屬下密院系統，除了主講《集密根本續》和《集密四家合疏》外，兼修其他密典。另外，擦瓦佐崗桑阿林和邦達桑阿德慶寺也是密教道場，宗屬下密院。
著名的甘孜紮西達結諾布林寺(簡稱甘孜寺)是1662年由霍爾法王阿旺平措創建的，被稱爲霍爾十叁大寺之一。內設法相學院、南傑紮倉和密宗學院。其中的密宗學院是由阿旺平措親自建造的，最初他從下密院帶來幾名僧人講授勝樂、集密、金剛大威德法，定期舉行護法酬補法會，⑴參加修行的僧人很多。
噶丹松贊林寺是雲南迪慶藏區的第一所格魯派寺院。1679年和碩特部蒙古兵抵建塘，隨來的四十名格魯派僧人念經誦咒，攝徒修法，修建了這所寺院，不久改宗了當地一批噶舉派寺院。從此以緣起性空爲理論，以實修生圓二次第教授爲主的格魯派教法在雲南藏區紮根，並逐漸發揚光大。
青海是宗喀巴的故鄉，格魯派創立初期，大慈法王釋迦益希進京途經青海，停留今民和縣，還藏時在這裏建弘化寺。後來，宗喀巴的又一位弟子香喇嘛帶著宗喀巴的畫像和一些遺物回青海建喀的喀寺，傳講格魯派教法。1402年，宗喀巴的弟子在今循化建貢欽紮西曲科林寺。叁世達賴索南嘉措在青海會晤俺答汗期間新建了仰華寺，擴建塔爾寺，將隆務寺、瞿昙寺改宗格魯派。四世達賴進藏時，又建佑甯寺等。塔爾寺、佑甯寺、廣惠寺、東科爾寺、隆務寺、夏瓊寺、卻藏寺、同德的石藏寺、拉毛德慶寺、拉加寺等大型寺院都設有密宗學院，創建者多爲留學西藏的高僧，前後在哲蚌、色拉和上下密院學法，精通顯密教法，建寺過程中得到了達賴和班禅的關心。這些密宗學院所學的密典都是上下密院的通用教材。
明朝中後期，隨著第叁世達賴喇嘛索南嘉措的東行傳教，格魯派教法傳入甘肅藏區，很多原建寺院紛紛改宗，格魯派一躍占據統治地位。1459年，欽隆布從西藏學成歸來，改卓尼寺爲格魯派寺院；1729年，阿旺程勒建居巴紮倉(密宗學院)，開設八個班級，生起次第設四個班，圓滿次第設兩個班，“主要學習密宗基本知識及聲韻、繪製彩粉壇城方法等，叁年後考試，合格者可升入上下“知尕”班學習”。⑵學完八個班級的全部課程，通過考試授予“俄仁巴”學位。天堂寺曾奉薩迦和噶舉派，後來改宗格魯派，設顯密兩大學院，“尤重密宗，並以無上瑜伽密爲最高修行次第”。
在新建寺院中，夏河拉蔔楞寺規模最宏偉，被稱爲格魯派在藏區的六大寺院之一，其創建人是五世達賴喇嘛的弟子第一世嘉木央活佛。初建時設聞思學院和續部下院，第二世嘉木央活佛時期，增設時輪學院，1878年建成喜金剛學院；1941年，又建續部上院。續部下院設叁個班級，初級班學修生起次第法，中級班學習各種儀軌，高級班修煉生圓二次第法，每年農曆二月通過密宗答辯，取得俄仁巴學位。續部上院是按照拉薩上密院修建的，班級和所學經典都與上院相同。喜金剛和時輪兩大學院也屬密宗系統，喜金剛學院主要學修以《喜金剛根本續》爲主的喜金剛類法，分叁個班級，分別學習經典背誦、各種儀軌和禅坐靜修。時輪學院主修時輪類密法，包括《時輪根本略續》、《時輪根本續無垢廣疏》及其時輪曆算等。
1760年，由第二世嘉木央活佛主持建造的噶丹曲科林(阿木卻乎寺)設密宗學院。1748年，由第五十叁任甘丹赤巴薩木察堅參僧格所建的噶丹賢珠貝噶卓巴林(朗木寺)設喜金剛和時輪學院。其他如噶丹紮西桑珠林、葉爾巴貢桑珠林和妙因寺等也設有密宗學院。
⑴ 護法酬補，亦稱酬補護法。護法，即護法神。藏傳佛教許多寺院每年舉行盛大法會，用一種特製的食品供養護法神，誦經祈禱，故名。
⑵《甘肅藏傳佛教寺院》，蒲文成主編，青海人民出版社，1990年，第532頁。
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