..续本文上一页的修行环境。1711年，拉藏汗统治西藏，视上密院为格鲁派密宗的最高学府和正宗寺院，颁赐封文执照，小昭寺及其所有财产永远归属上密院。西藏地方政府还免去上下密院的各种杂税。
上密院接管小昭寺后，把原来的二十五个康村改编为绒巴、木雅、查巴三个大康村和普尔康、安多两个小康村，为来自四川、后藏、青海、甘肃的僧人提供方便。全寺的机构设置同下密院，实行堪布总负责制，总理全院的政教事务。下设翁则一人，格贵一人，强佐六人。一般堪布、翁则、格贵均由在甘丹、哲蚌、色拉等寺院获得拉然巴格西学位的高僧充任，由达赖喇嘛和摄政王任免，强佐则由堪布委任。康村属于寺院的基层组织，每个康村有自己的负责人或主管，管理康村的宗教事务和经济收支，定期向上一级负责人汇报。定额五百人。
寺院经济收人主要来源于寺属庄园和各种高利贷、差役税，以及为他人念经做法事活动所得的回向礼物。由于上密院僧人的特殊地位，所收回向礼远远高于其他寺院。据不完全统计，上密院所属庄园有二十九个，它们是嘉仲庄园、耶巴艾贡庄园、穷木达庄园、札雅岗庄园、穷札巴庄园、德蔡庄园、岗堆庄园、章噶庄园、嘉勒庄园、喀托巴庄园、加赖庄园、泽却仲堆庄园、泽居扎卡达庄园、强巴杰仲林庄园、喀尔托巴庄园、喀巴堆庄园、拉顶庄园、孜旺巴庄园、本萨庄园、隆雪强巴林庄园、贡穷哇庄园、藏日努玛庄园、堆隆庄园、艾协贡玛庄园、雅达仁青岗庄园、岗嘎庄园、顿堆庄园和雅巴哲庄园等，分布在山南贡嘎，拉萨的堆隆德庆、曲水、墨竹工卡、达孜、林周和后藏等地区。在阿里、康区和卫藏地区建有堆达结林、芒康果沃拉聂、康饶丹贡、墨竹达巴贡、卫堆强巴林、伍由扎噶贡和帕里扎多贡等七大属寺。
上密院出自下密院系统，同属一个教法传承，因此学经内容和下密院相同。堪布和其他高级僧人每年循例去下属寺院和庄园开展佛事活动，藏历二月到觉摩隆住休七日；四月到达孜穷木达寺讲授《集密四家合疏》；五月先于甘丹寺参加夏季法会，从十五日开始住扎耶巴寺念经修行，按照贡噶顿珠治水之法，诵经祈祷，消除一切灾厄。七月在色拉寺参加辩经七日，住色曼雄巴康村。十一月到甘丹寺参加冬季法会；十二月参加哲蚌寺辩经法会，住达温康村。
先显后密是宗喀巴为格鲁派僧人规定的学习程序，作为密宗学院的僧人要求相对较高，必须懂得曼荼罗绘制方法、各种仪轨等。所用教材有《集密根本续》、《金刚大威德续》、《喜金刚续》、《胜乐根本续》、《时轮根本略续》及其各种注疏。规定生起次第教授要学九年，获得格西学位者一年即可，但必须长期听堪布讲解《四家合疏》，有针对性地进行修炼；没有获得格西学位者可以延长学习时间。苦修是上下密院的特点，每天要上堂四次，即四座修。尤其对于闭关修炼者要求更加严格，进关时间一般定在黄昏时分，出关时间在天明时分。静修期间严禁与外人接触，食物自备，或由他人从窗口或洞口送入。
除了几部本续经，还学习宗喀巴的密教着述，以及班钦索南扎巴的《集密生圆二次第》，南喀坚参的《大威德生圆二次第论》，班禅洛桑确吉坚参的《胜乐生起次第论》等。
从上密院培养出来的优秀学者有贡噶顿珠、吉拉康巴·洛追僧格、吉康孜巴·班觉嘉措、擦多尔·洛桑贝巴、阿仁巴·济仲格敦扎西、班钦索南扎巴、贡德南喀坚参、赤·贡却群佩、雅隆达结贡巴哇、塘萨·欧珠嘉措、赤钦洛桑达结、阿仁巴·益希格丹、仲巴·格勒嘉措、经师阿里洛桑索巴等，他们不但学习成绩优良，而且着作甚丰，在西藏佛学界有很高的知名度。
三、密宗学院的迅速发展
自甘丹、哲蚌两寺密宗学院和上下密院、散甘丹颇章寺、温萨寺完备之后，格鲁派的密续院发展非常快，新建的每一座大中型寺院几乎都设立了密宗学院。十八世纪初，拉藏汗统治西藏时，对色拉寺进行了大规模的维修，把他自己以前做法事的扎仓安置到色拉寺的旧大经堂中，请五世班禅制定规章，在修法仪轨方面仿效拉萨下密院，形成了色拉寺密宗学院。一些小型寺院设密法课，定期讲授《集密根本续》、《金刚大威德续》、《胜乐根本续》及其释论和宗喀巴的《密宗道次第广论》，形成了以卫藏地区为中心，辐射西部阿里和东部青川甘等地区的密法传播网络。
在西部阿里，包括原属阿里管辖的芒域贡塘(今日喀则地区吉隆县等)地区，由宗喀巴的亲教弟子喜饶桑波首建达摩寺，接着他的侄子修建仇色寺，始传格鲁派教法。从此，原建的一批噶当派和其他教派的寺院纷纷改宗格鲁派。据第斯桑结嘉措的《格鲁派教法史——黄琉璃》统计，阿里地区寺院中、托林寺、齐嘎尔曲德南杰寺、玛囊绛曲林寺、多香穆噶尔曲宗寺、毗底尔达索曲德寺、欧噶尔寺、萨贡寺、绛曲林寺、拉果帕里寺、扎西曲宗寺和朗迦曲德寺等先后开设密教课程，仿效下密院的学经方式和管理方法修习密典；热木洛和欧罗玛等寺仿效上密院法规，宣讲集密等法。个别寺院兴建密续殿，供养本尊像，设立曼荼罗，为修学密法者提供方便。噶丹伦珠寺采用扎什伦布寺密宗学院的学经制度和教材，重点修习大威德和胜乐类法。上下密院和扎什伦布寺定期派高僧前往讲经，指导修炼。这些寺院毕业的僧人可以进入上下密院和扎什伦布寺密宗学院深造。
芒域贡塘地区的仇色寺、噶尔夏强巴林寺、普达寺、堆德勒贤林、浑噶尔寺、珠拉寺等属于上密院系统；扎西曲隆寺、日喀曲德寺、布扎寺、噶丹群佩寺、洛格曲德、哇尔嘉、贝图等寺院在密法学习上仿效下密院，重视集密类法。桑喀尔曲德、杂尚让热、扎西格佩、欧噶曲林、日布噶丹曲林、噶丹曲科、欧噶林、宗嘎噶丹伦布等都是以修密法为主的禅院，定期举行集密，不动金刚、大威德仪轨，遍修各种仪轨及各类密法，特别重视修炼上师瑜伽、温萨耳传教授。
日喀则地区是散居学派和温萨学派的发源地及传播中心，喜饶僧格、格敦珠、哇索·曲结坚参等人曾受命于宗喀巴，在这一地区传讲密法，他们在积极新建寺院的同时，深入到其他教派的寺院里开展讲经活动，使一批他派寺院宗奉格鲁派。绒格兰哇索曲德、拉格的温杂曲德(温萨寺)、香多日味格佩、香哲蚌、喀觉寺、日超噶丹、达那萨多杰丹、达那邬坚曲宗、协噶丹曲顶等寺都重视密法，设立密续院。其他一些寺院显密兼授。
扎什伦布寺是格鲁派在后藏的最大寺院，创建者格敦珠为了报答师兄喜饶了曾格之恩，希望建一所密修院作为纪念，专门派弟子都纳巴·贝丹桑波和益希孜摩赴拉萨学习密法。由于种种原因，建密宗学院之事被耽搁，直到1609年，由四世班禅阿旺洛桑确吉坚参负责建成，开讲集密、大威德、普明大日如来、胜乐等法和三部《黑阎摩德迦续》，常诵六臂怙主、誓愿法王、退敌佛母、四面怙主、贝孜兄妹护法、乃色尔等方面的仪轨经咒，定期举行佛事活动。从此以后，后藏地区的一些寺院纷纷仿效扎什伦布寺密宗学院，开展讲修活动。如白居寺(贝科德庆寺)的格鲁派佛殿嘉惹拉康、诺尔布噶丹拉康完全是密教道场。昂仁曲德寺是一座历史悠久，颇负盛名的寺院，宗喀巴曾在这里参加辩经，以后经历辈达赖、班禅喇嘛和噶厦地方政府的关心，在寺中修建了十所格鲁派扎仓，宗扎什伦布寺，其中的邦域第瓦巾、曲隆洛巴、多本巴、桑珠噶丹、窘本波托扎西岗、窘达夏尔巴、噶丹德林夏尔巴和德贡巴等扎仓都属于密宗院，由扎什伦布寺密宗学院委派轨范师管理。
格鲁派密法在山南地区的传播时间较早，十四世纪末，十五世纪初期，宗喀巴多次在山南地区参学传教，以精其寺和强巴林寺为据点潜修密法，开展宗教活动。格鲁派创立后，宗喀巴的一批弟子在这里建寺摄徒，改一些旧寺为密修院，仿效上下密院，开讲密法。扎西曲林寺是宗喀巴和南喀坚参的弟子穷结巴·贡波绛曲所建，主传鲁俄巴传规胜乐教授，龙树传规集密五次第教授，十三尊大威德灌顶法，定期举行药师佛等修供仪式。
塘波且寺始建于后弘期初期，第一世达赖喇嘛格敦珠曾奉宗喀巴之命，于此寺随尼玛坚参贝桑波学习集密、大威德法和《红阎摩德迦续》等。改宗格鲁派以后，这所寺院重视密法，修炼集密和普明、《金刚鬘》等无上瑜伽法。克珠杰的门徒尼赤。洛追贝桑创建的穷结日沃德庆寺是格鲁派在山南的大型寺院之一，第二世、五世、七世达赖喇嘛曾多次在这里讲经，扩修了寺院，成为一座比较正规的密教道场，根据《如意宝王》仪轨，按时讲授《集密根本续》、《胜乐根本续》、《大威德金刚续》、《喜金刚本续》和《药师经》，带动了周围寺院的密修活动。
在藏东昌都地区分布着几十座格鲁派寺院，其中以强巴林寺为最，它是由宗喀巴的弟子麦·喜饶桑波修建的。相传，1373年宗喀巴入藏途经昌都时预言：将来这里定能兴寺弘佛。1473年，喜饶桑波受嘉曹杰派遣创建强巴林寺，开设林堆、林麦、努林、库秋和嘉惹喀巴五大扎仓，讲授显密教法，着名学者象雄·曲旺扎巴、楚顿·南喀贝、娘堆仲孜哇·贡噶扎西、第三世达赖喇嘛索南嘉措等人曾主持过这所寺院，后来由帕巴拉活佛掌持法位，作为寺主活佛。帕巴拉活佛的弟子在昌都、察雅、八宿及波密等地方建寺摄徒，使强巴林在昌都和林芝地区的属寺达到一百三十余座。在密教方面，强巴林寺主弘集密、胜乐、金刚大威德、喜金刚、时轮法等。其他子寺仿效上下密院。由于他们的出色工作，使格鲁派在这一地区得到了迅速发展。
吐蕃王朝时期，四川藏区已经有佛教传入。公元八世纪，赤松德赞统治吐蕃期间，把遍照护流放到大小金川一带地区宏传旧译密法，影响极大。后弘期初叶，又有弥底班智达和赛尊等人传讲…
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