..續本文上一頁的修行環境。1711年，拉藏汗統治西藏，視上密院爲格魯派密宗的最高學府和正宗寺院，頒賜封文執照，小昭寺及其所有財産永遠歸屬上密院。西藏地方政府還免去上下密院的各種雜稅。
上密院接管小昭寺後，把原來的二十五個康村改編爲絨巴、木雅、查巴叁個大康村和普爾康、安多兩個小康村，爲來自四川、後藏、青海、甘肅的僧人提供方便。全寺的機構設置同下密院，實行堪布總負責製，總理全院的政教事務。下設翁則一人，格貴一人，強佐六人。一般堪布、翁則、格貴均由在甘丹、哲蚌、色拉等寺院獲得拉然巴格西學位的高僧充任，由達賴喇嘛和攝政王任免，強佐則由堪布委任。康村屬于寺院的基層組織，每個康村有自己的負責人或主管，管理康村的宗教事務和經濟收支，定期向上一級負責人彙報。定額五百人。
寺院經濟收人主要來源于寺屬莊園和各種高利貸、差役稅，以及爲他人念經做法事活動所得的回向禮物。由于上密院僧人的特殊地位，所收回向禮遠遠高于其他寺院。據不完全統計，上密院所屬莊園有二十九個，它們是嘉仲莊園、耶巴艾貢莊園、窮木達莊園、劄雅崗莊園、窮劄巴莊園、德蔡莊園、崗堆莊園、章噶莊園、嘉勒莊園、喀托巴莊園、加賴莊園、澤卻仲堆莊園、澤居紮卡達莊園、強巴傑仲林莊園、喀爾托巴莊園、喀巴堆莊園、拉頂莊園、孜旺巴莊園、本薩莊園、隆雪強巴林莊園、貢窮哇莊園、藏日努瑪莊園、堆隆莊園、艾協貢瑪莊園、雅達仁青崗莊園、崗嘎莊園、頓堆莊園和雅巴哲莊園等，分布在山南貢嘎，拉薩的堆隆德慶、曲水、墨竹工卡、達孜、林周和後藏等地區。在阿裏、康區和衛藏地區建有堆達結林、芒康果沃拉聶、康饒丹貢、墨竹達巴貢、衛堆強巴林、伍由紮噶貢和帕裏紮多貢等七大屬寺。
上密院出自下密院系統，同屬一個教法傳承，因此學經內容和下密院相同。堪布和其他高級僧人每年循例去下屬寺院和莊園開展佛事活動，藏曆二月到覺摩隆住休七日；四月到達孜窮木達寺講授《集密四家合疏》；五月先于甘丹寺參加夏季法會，從十五日開始住紮耶巴寺念經修行，按照貢噶頓珠治水之法，誦經祈禱，消除一切災厄。七月在色拉寺參加辯經七日，住色曼雄巴康村。十一月到甘丹寺參加冬季法會；十二月參加哲蚌寺辯經法會，住達溫康村。
先顯後密是宗喀巴爲格魯派僧人規定的學習程序，作爲密宗學院的僧人要求相對較高，必須懂得曼荼羅繪製方法、各種儀軌等。所用教材有《集密根本續》、《金剛大威德續》、《喜金剛續》、《勝樂根本續》、《時輪根本略續》及其各種注疏。規定生起次第教授要學九年，獲得格西學位者一年即可，但必須長期聽堪布講解《四家合疏》，有針對性地進行修煉；沒有獲得格西學位者可以延長學習時間。苦修是上下密院的特點，每天要上堂四次，即四座修。尤其對于閉關修煉者要求更加嚴格，進關時間一般定在黃昏時分，出關時間在天明時分。靜修期間嚴禁與外人接觸，食物自備，或由他人從窗口或洞口送入。
除了幾部本續經，還學習宗喀巴的密教著述，以及班欽索南紮巴的《集密生圓二次第》，南喀堅參的《大威德生圓二次第論》，班禅洛桑確吉堅參的《勝樂生起次第論》等。
從上密院培養出來的優秀學者有貢噶頓珠、吉拉康巴·洛追僧格、吉康孜巴·班覺嘉措、擦多爾·洛桑貝巴、阿仁巴·濟仲格敦紮西、班欽索南紮巴、貢德南喀堅參、赤·貢卻群佩、雅隆達結貢巴哇、塘薩·歐珠嘉措、赤欽洛桑達結、阿仁巴·益希格丹、仲巴·格勒嘉措、經師阿裏洛桑索巴等，他們不但學習成績優良，而且著作甚豐，在西藏佛學界有很高的知名度。
叁、密宗學院的迅速發展
自甘丹、哲蚌兩寺密宗學院和上下密院、散甘丹頗章寺、溫薩寺完備之後，格魯派的密續院發展非常快，新建的每一座大中型寺院幾乎都設立了密宗學院。十八世紀初，拉藏汗統治西藏時，對色拉寺進行了大規模的維修，把他自己以前做法事的紮倉安置到色拉寺的舊大經堂中，請五世班禅製定規章，在修法儀軌方面仿效拉薩下密院，形成了色拉寺密宗學院。一些小型寺院設密法課，定期講授《集密根本續》、《金剛大威德續》、《勝樂根本續》及其釋論和宗喀巴的《密宗道次第廣論》，形成了以衛藏地區爲中心，輻射西部阿裏和東部青川甘等地區的密法傳播網絡。
在西部阿裏，包括原屬阿裏管轄的芒域貢塘(今日喀則地區吉隆縣等)地區，由宗喀巴的親教弟子喜饒桑波首建達摩寺，接著他的侄子修建仇色寺，始傳格魯派教法。從此，原建的一批噶當派和其他教派的寺院紛紛改宗格魯派。據第斯桑結嘉措的《格魯派教法史——黃琉璃》統計，阿裏地區寺院中、托林寺、齊嘎爾曲德南傑寺、瑪囊绛曲林寺、多香穆噶爾曲宗寺、毗底爾達索曲德寺、歐噶爾寺、薩貢寺、绛曲林寺、拉果帕裏寺、紮西曲宗寺和朗迦曲德寺等先後開設密教課程，仿效下密院的學經方式和管理方法修習密典；熱木洛和歐羅瑪等寺仿效上密院法規，宣講集密等法。個別寺院興建密續殿，供養本尊像，設立曼荼羅，爲修學密法者提供方便。噶丹倫珠寺采用紮什倫布寺密宗學院的學經製度和教材，重點修習大威德和勝樂類法。上下密院和紮什倫布寺定期派高僧前往講經，指導修煉。這些寺院畢業的僧人可以進入上下密院和紮什倫布寺密宗學院深造。
芒域貢塘地區的仇色寺、噶爾夏強巴林寺、普達寺、堆德勒賢林、渾噶爾寺、珠拉寺等屬于上密院系統；紮西曲隆寺、日喀曲德寺、布紮寺、噶丹群佩寺、洛格曲德、哇爾嘉、貝圖等寺院在密法學習上仿效下密院，重視集密類法。桑喀爾曲德、雜尚讓熱、紮西格佩、歐噶曲林、日布噶丹曲林、噶丹曲科、歐噶林、宗嘎噶丹倫布等都是以修密法爲主的禅院，定期舉行集密，不動金剛、大威德儀軌，遍修各種儀軌及各類密法，特別重視修煉上師瑜伽、溫薩耳傳教授。
日喀則地區是散居學派和溫薩學派的發源地及傳播中心，喜饒僧格、格敦珠、哇索·曲結堅參等人曾受命于宗喀巴，在這一地區傳講密法，他們在積極新建寺院的同時，深入到其他教派的寺院裏開展講經活動，使一批他派寺院宗奉格魯派。絨格蘭哇索曲德、拉格的溫雜曲德(溫薩寺)、香多日味格佩、香哲蚌、喀覺寺、日超噶丹、達那薩多傑丹、達那邬堅曲宗、協噶丹曲頂等寺都重視密法，設立密續院。其他一些寺院顯密兼授。
紮什倫布寺是格魯派在後藏的最大寺院，創建者格敦珠爲了報答師兄喜饒了曾格之恩，希望建一所密修院作爲紀念，專門派弟子都納巴·貝丹桑波和益希孜摩赴拉薩學習密法。由于種種原因，建密宗學院之事被耽擱，直到1609年，由四世班禅阿旺洛桑確吉堅參負責建成，開講集密、大威德、普明大日如來、勝樂等法和叁部《黑閻摩德迦續》，常誦六臂怙主、誓願法王、退敵佛母、四面怙主、貝孜兄妹護法、乃色爾等方面的儀軌經咒，定期舉行佛事活動。從此以後，後藏地區的一些寺院紛紛仿效紮什倫布寺密宗學院，開展講修活動。如白居寺(貝科德慶寺)的格魯派佛殿嘉惹拉康、諾爾布噶丹拉康完全是密教道場。昂仁曲德寺是一座曆史悠久，頗負盛名的寺院，宗喀巴曾在這裏參加辯經，以後經曆輩達賴、班禅喇嘛和噶廈地方政府的關心，在寺中修建了十所格魯派紮倉，宗紮什倫布寺，其中的邦域第瓦巾、曲隆洛巴、多本巴、桑珠噶丹、窘本波托紮西崗、窘達夏爾巴、噶丹德林夏爾巴和德貢巴等紮倉都屬于密宗院，由紮什倫布寺密宗學院委派軌範師管理。
格魯派密法在山南地區的傳播時間較早，十四世紀末，十五世紀初期，宗喀巴多次在山南地區參學傳教，以精其寺和強巴林寺爲據點潛修密法，開展宗教活動。格魯派創立後，宗喀巴的一批弟子在這裏建寺攝徒，改一些舊寺爲密修院，仿效上下密院，開講密法。紮西曲林寺是宗喀巴和南喀堅參的弟子窮結巴·貢波绛曲所建，主傳魯俄巴傳規勝樂教授，龍樹傳規集密五次第教授，十叁尊大威德灌頂法，定期舉行藥師佛等修供儀式。
塘波且寺始建于後弘期初期，第一世達賴喇嘛格敦珠曾奉宗喀巴之命，于此寺隨尼瑪堅參貝桑波學習集密、大威德法和《紅閻摩德迦續》等。改宗格魯派以後，這所寺院重視密法，修煉集密和普明、《金剛鬘》等無上瑜伽法。克珠傑的門徒尼赤。洛追貝桑創建的窮結日沃德慶寺是格魯派在山南的大型寺院之一，第二世、五世、七世達賴喇嘛曾多次在這裏講經，擴修了寺院，成爲一座比較正規的密教道場，根據《如意寶王》儀軌，按時講授《集密根本續》、《勝樂根本續》、《大威德金剛續》、《喜金剛本續》和《藥師經》，帶動了周圍寺院的密修活動。
在藏東昌都地區分布著幾十座格魯派寺院，其中以強巴林寺爲最，它是由宗喀巴的弟子麥·喜饒桑波修建的。相傳，1373年宗喀巴入藏途經昌都時預言：將來這裏定能興寺弘佛。1473年，喜饒桑波受嘉曹傑派遣創建強巴林寺，開設林堆、林麥、努林、庫秋和嘉惹喀巴五大紮倉，講授顯密教法，著名學者象雄·曲旺紮巴、楚頓·南喀貝、娘堆仲孜哇·貢噶紮西、第叁世達賴喇嘛索南嘉措等人曾主持過這所寺院，後來由帕巴拉活佛掌持法位，作爲寺主活佛。帕巴拉活佛的弟子在昌都、察雅、八宿及波密等地方建寺攝徒，使強巴林在昌都和林芝地區的屬寺達到一百叁十余座。在密教方面，強巴林寺主弘集密、勝樂、金剛大威德、喜金剛、時輪法等。其他子寺仿效上下密院。由于他們的出色工作，使格魯派在這一地區得到了迅速發展。
吐蕃王朝時期，四川藏區已經有佛教傳入。公元八世紀，赤松德贊統治吐蕃期間，把遍照護流放到大小金川一帶地區宏傳舊譯密法，影響極大。後弘期初葉，又有彌底班智達和賽尊等人傳講…
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