..續本文上一頁經常要求對方閱讀有關章疏。[50]如他在回信劉次饒，解答疑問時說：
接讀手書，得悉閣下潛心內典有年。……遙想閣下，但閱經文，未看注疏，故生此種見解。若多閱注疏，自然了達無礙矣。……大凡佛經，八面玲珑，其文義之妙，如神龍變化，飛空絕。若以世俗之見窺之，徒增迷悶耳。佛經理事圓融，毫無虛妄，久久精研，自能通達。[51]
這種思想，很自然地貫穿到他的刻經、編藏的實踐中，成爲指導思想之一。
遴選精良底本
刻經、編藏，是爲別人研究佛教提供原始資料。無論從哪個角度講，提供的資料都必須盡量准確無誤。所謂“准確無誤”，包括叁個方面的含義：其一，所刻典籍思想無誤，不致誤導讀者。其二，所刻典籍應依據最好的底本。其叁，所刻典籍應當嚴格校對，不留錯字。上述叁個方面的前二個方面，均涉及如何遴選精良底本以嚴格把關，楊文會亦均極爲留意。
就第一個方面而言，實際又涉及前述取材標准問題，所以楊文會予以特別的注意。如曾有陳仲培捐資，擬刻《法華指掌》一書。金陵刻經處亦有該書，但“敝處因《指掌》不佳，不願流通。”[52]故此沒有答應刊刻。又有人捐資，指定要刊刻繪圖之《釋迦如來應化事迹》，俗稱《釋迦譜》者，楊文會則提出，希望改刻藏經內十卷本
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[49] 〈與日本南條文雄書八〉，見《等不等觀雜錄》卷7，頁19a，載于《楊仁山居士遺著》冊10，金陵刻經處本。
[50] 參見〈與李質卿書〉，見《等不等觀雜錄》卷6，頁25b，載于《楊仁山居士遺著》冊9，金陵刻經處本。
[51] 〈與劉次饒書〉，見《等不等觀雜錄》卷5，頁33a，載于《楊仁山居士遺著》冊9，金陵刻經處本。
[52] 〈與李小芸書一〉，見《等不等觀雜錄》卷5，頁28b，載于《楊仁山居士遺著》冊9，金陵刻經處本。
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之《釋迦譜》。如此種種，金陵刻經處雖然是依靠十方施主普施淨財刊刻佛典，但在刊刻哪些佛典的問題上有自己的原則。楊文會在指導別人學習佛法時曾經這樣說：“《金剛》、《心經》兩種，注解甚多，須分叁類。一曰正解，二曰俗解，叁曰邪解。”他要求學佛者“專閱正解一類，俗解、邪解，萬不可閱。”[53]由此我們可以理解金陵刻經處何以在所刻佛典的選擇上，如此堅持自己的原則。
就第二個方面而言，由于古代佛典反覆傳抄、刊刻，錯謬在所難免。加之後人不斷對前人的著作進行各種加工，由此出現種種複雜形態。因此，在刻經編藏時，精選底本乃至對底本進行必要的加工整理，就是一項十分重要的工作。也是楊文會在刻經、編藏實踐中特別花氣力的事情。
如金陵刻經處刻唐法藏《起信論義記》，便頗費了一番周折：
藏內賢首疏五卷，人皆病其割裂太碎，語意不貫。蓋圭峰科會之本也。蓮池重加修輯，刻于雲棲；憨山治爲疏略，刻于徑山。文義雖覺稍聯，總不能如原作之一氣呵成也。近年求得古逸內典于日本，自六朝以迄元明，凡數百種。內有《起信論義記》，以十門開釋。始知圭峰刪削頗多，致失原本規模。然經日本僧徒和會，仍不免割裂之病。求之數年，複獲別行古本，真藏公原文也。仇校再叁，重加排定，務使論文、記文，自成段落。庶幾作者義味，溢于行間。後之覽者，恍如親承指教也。[54]
在給南條文雄的信中，就有希望得到未經日本僧人會合之原著之請求：
《大乘起信論義記》，唐法藏；《觀無量壽佛經疏》，宋元照。以上兩種，已得會本。欲求未經會合之本，看其文勢斷續，另行排定，以備刊板。[55]
由此可知，金陵刻經處在刊刻《起信論義記》時所花費的精力。
又如《釋摩诃衍論集注》：
近時從日本傳來，亟欲刊行。而科文繁多，恐後人疲于心力，轉令本、釋二論不能精究。因摘其要言，注于釋論之內，科文一概刪去。如肇公《注維摩經》之例。[56]
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[53] 〈與劉次饒書〉，見《等不等觀雜錄》卷5，頁33b，載于《楊仁山居士遺著》冊9，金陵刻經處本。
[54] 〈會刊古本起信論義記緣起〉，見《等不等觀雜錄》卷3，頁4a～b，載于《楊仁山居士遺著》冊8，金陵刻經處本。
[55] 〈與日本南條文雄書十〉，見《等不等觀雜錄》卷7，頁21a，載于《楊仁山居士遺著》冊10，金陵刻經處本。
[56] 〈釋摩诃衍論集注自敘〉，見《等不等觀雜錄》卷3，頁16b，載于《楊仁山居士遺著》冊8，金陵刻經處本。
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又如《西歸直指》，本爲周安士著，爲讀者歡迎。後經江鐵君刪改，撰成《西歸直指綱要》一卷。而由于種種原因，金陵刻經處又不擬照刻《綱要》。後終于：
于虞山朱君保之處得勝蓮居士施刻(周安士《西歸直指》)原本。見者慶喜無量，鹹謂周君願力所持，特留此本，嘉惠後學也。亟授手民，以複舊觀。[57]
凡此種種，金陵刻經處所刻之典籍，並非前代典籍的簡單翻刻，而是融入編纂者辛勤的整理加工之功。這種工作，如非親自做過，很難體會其艱辛。楊文會的這些工作，保證了金陵刻經處所刻佛典的高水平、高質量。
(叁)結構體系
大藏經收經衆多，篇幅浩瀚，必須采用一定的分類辦法來進行組織，以利于反映這些經典本身最本質的屬性和內容上的相互關聯。這樣，才便于人們從總體上去把握佛教，管理佛經，也便于人們觸類旁通，認識某類或某種典籍在整個佛教中的地位。因此，分類結構的好壞，是一部藏經成敗的關鍵之一。
我國古代的僧人在漫長歲月中對大藏經的結構體例下了很大的功夫，提出過種種方案。經過時間的淘汰，大家漸漸認同唐釋智升在《開元釋教錄．有譯有本錄》中提出的分類法。應該說，智升的分類法的確代表了我國古代佛教文獻學的最高水平，但也不是盡善盡美。智升的分類法其後成爲我國曆代大藏經結構體例之圭臬。明代智旭在其《閱藏知津》中提出一種新的分類法，其實，智旭並沒有改變智升方案的根本缺陷，只是按照天臺五時判教的觀點把佛典重新組織而已。本世紀日本新編的《大正藏》則在吸收《開元釋教錄》與《閱藏知津》的分類成果的基礎上，力圖依據思想的發展與典籍的演變這樣的曆史線索來安排大藏經的結構，以期給研究者最大的方便。這種分類法取得相當的成功，至今爲人們所稱道，當然也存在不少缺憾。
楊文會是怎樣對待這一問題的呢？由于他擬編纂的大藏經實際並沒有完成，因此我們現在無法回答這一問題。不過，由于佛教典籍浩如煙海，大藏經編纂實非易事，所以楊文會曾經有意先精選若幹典籍編纂一部《大藏輯要》供初學者學習佛教之用，並爲此撰寫《大藏輯要敘例》確定其分類體例。雖然《大藏輯要》的目的僅是從日本《續藏經》選取若幹佛典，因而它的結構與藏經結構未必全部吻合，但從該《敘例》中，我們還是可以窺見楊文會對新編大藏經結構的基本設想：
《大藏輯要敘例》
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[57] 〈西歸直指跋〉，見《等不等觀雜錄》卷3，頁26a，載于《楊仁山居士遺著》冊8，金陵刻經處本。
頁196
此書專爲初學而輯。分別部類，以便檢閱。凡羽翼經律論者，概從本文爲主，亦臣子隨君父之義也。
華嚴部，經分大、小二乘，大乘以華嚴爲首。凡賢宗及各家著述，發明華嚴經義者，概歸此部。
方等部，開小顯大之經。及有注疏者，概歸此部。
淨土部，系由方等分出，另立一部，以逗時機。凡天竺、震旦諸師演暢淨土宗旨者，概歸此部。
法相部，亦從方等分出，以爲專門之學。慈恩宗及各家著述，彙入此部。
般若部，經論著述，彙爲一部。
法華部，法華各種注疏及開權顯實之經，彙入此部。
涅槃部，扶律談常，自爲一部。
以上通爲菩薩藏。
小乘經，此爲聲聞藏。不以說時列于方等之前者，所以別于大乘也。
以上大、小二乘，統爲顯部。
密部，凡有壇儀之經及印度、支那諸師撰述，均入此部。
顯密二門，圓融具足。一代時教，總括無遺矣。
大乘律，菩薩調伏藏，七衆同遵。並諸家疏釋，擇要彙集。
小乘律，聲聞調伏藏，非受具戒者，不宜檢閱。故所收從略。
大乘論，菩薩對法藏，爲入大乘之要門。釋經各部，已隨本經；別行之論並諸疏釋，輯錄于此。
小乘論，聲聞對法藏。卷帙繁多，今略輯數種，以見一斑。
西土撰集，論藏所不攝者，別爲一類，所謂雜藏也。
禅宗，教外別傳，不立文字。語錄一興，浩如煙海。今擇其要者，彙爲一宗。
天臺宗，釋經各部，隨入經藏，余歸此宗。
傳記，古聖高賢，流風余韻，具載此篇。
纂集，編輯成部者，歸此一類。
弘護，摧邪顯正，責在僧伽；救弊補偏，功歸檀越。靈山付囑，意在于斯。
旁通，歸元無二，方便多門。儒道心傳，豈有隔礙耶？
導俗，真俗二途，霄壤之別。不假方便，心何由發？言淺意深，閱者毋忽。[58]
上述《敘例》在佛藏結構方面的最大變動是對經部類目的設置及爲中華佛教撰述
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