..续本文上一页经常要求对方阅读有关章疏。[50]如他在回信刘次饶，解答疑问时说：
接读手书，得悉阁下潜心内典有年。……遥想阁下，但阅经文，未看注疏，故生此种见解。若多阅注疏，自然了达无碍矣。……大凡佛经，八面玲珑，其文义之妙，如神龙变化，飞空绝。若以世俗之见窥之，徒增迷闷耳。佛经理事圆融，毫无虚妄，久久精研，自能通达。[51]
这种思想，很自然地贯穿到他的刻经、编藏的实践中，成为指导思想之一。
遴选精良底本
刻经、编藏，是为别人研究佛教提供原始资料。无论从哪个角度讲，提供的资料都必须尽量准确无误。所谓“准确无误”，包括三个方面的含义：其一，所刻典籍思想无误，不致误导读者。其二，所刻典籍应依据最好的底本。其三，所刻典籍应当严格校对，不留错字。上述三个方面的前二个方面，均涉及如何遴选精良底本以严格把关，杨文会亦均极为留意。
就第一个方面而言，实际又涉及前述取材标准问题，所以杨文会予以特别的注意。如曾有陈仲培捐资，拟刻《法华指掌》一书。金陵刻经处亦有该书，但“敝处因《指掌》不佳，不愿流通。”[52]故此没有答应刊刻。又有人捐资，指定要刊刻绘图之《释迦如来应化事迹》，俗称《释迦谱》者，杨文会则提出，希望改刻藏经内十卷本
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[49] 〈与日本南条文雄书八〉，见《等不等观杂录》卷7，页19a，载于《杨仁山居士遗着》册10，金陵刻经处本。
[50] 参见〈与李质卿书〉，见《等不等观杂录》卷6，页25b，载于《杨仁山居士遗着》册9，金陵刻经处本。
[51] 〈与刘次饶书〉，见《等不等观杂录》卷5，页33a，载于《杨仁山居士遗着》册9，金陵刻经处本。
[52] 〈与李小芸书一〉，见《等不等观杂录》卷5，页28b，载于《杨仁山居士遗着》册9，金陵刻经处本。
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之《释迦谱》。如此种种，金陵刻经处虽然是依靠十方施主普施净财刊刻佛典，但在刊刻哪些佛典的问题上有自己的原则。杨文会在指导别人学习佛法时曾经这样说：“《金刚》、《心经》两种，注解甚多，须分三类。一曰正解，二曰俗解，三曰邪解。”他要求学佛者“专阅正解一类，俗解、邪解，万不可阅。”[53]由此我们可以理解金陵刻经处何以在所刻佛典的选择上，如此坚持自己的原则。
就第二个方面而言，由于古代佛典反覆传抄、刊刻，错谬在所难免。加之后人不断对前人的着作进行各种加工，由此出现种种复杂形态。因此，在刻经编藏时，精选底本乃至对底本进行必要的加工整理，就是一项十分重要的工作。也是杨文会在刻经、编藏实践中特别花气力的事情。
如金陵刻经处刻唐法藏《起信论义记》，便颇费了一番周折：
藏内贤首疏五卷，人皆病其割裂太碎，语意不贯。盖圭峰科会之本也。莲池重加修辑，刻于云栖；憨山治为疏略，刻于径山。文义虽觉稍联，总不能如原作之一气呵成也。近年求得古逸内典于日本，自六朝以迄元明，凡数百种。内有《起信论义记》，以十门开释。始知圭峰删削颇多，致失原本规模。然经日本僧徒和会，仍不免割裂之病。求之数年，复获别行古本，真藏公原文也。仇校再三，重加排定，务使论文、记文，自成段落。庶几作者义味，溢于行间。后之览者，恍如亲承指教也。[54]
在给南条文雄的信中，就有希望得到未经日本僧人会合之原着之请求：
《大乘起信论义记》，唐法藏；《观无量寿佛经疏》，宋元照。以上两种，已得会本。欲求未经会合之本，看其文势断续，另行排定，以备刊板。[55]
由此可知，金陵刻经处在刊刻《起信论义记》时所花费的精力。
又如《释摩诃衍论集注》：
近时从日本传来，亟欲刊行。而科文繁多，恐后人疲于心力，转令本、释二论不能精究。因摘其要言，注于释论之内，科文一概删去。如肇公《注维摩经》之例。[56]
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[53] 〈与刘次饶书〉，见《等不等观杂录》卷5，页33b，载于《杨仁山居士遗着》册9，金陵刻经处本。
[54] 〈会刊古本起信论义记缘起〉，见《等不等观杂录》卷3，页4a～b，载于《杨仁山居士遗着》册8，金陵刻经处本。
[55] 〈与日本南条文雄书十〉，见《等不等观杂录》卷7，页21a，载于《杨仁山居士遗着》册10，金陵刻经处本。
[56] 〈释摩诃衍论集注自叙〉，见《等不等观杂录》卷3，页16b，载于《杨仁山居士遗着》册8，金陵刻经处本。
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又如《西归直指》，本为周安士着，为读者欢迎。后经江铁君删改，撰成《西归直指纲要》一卷。而由于种种原因，金陵刻经处又不拟照刻《纲要》。后终于：
于虞山朱君保之处得胜莲居士施刻(周安士《西归直指》)原本。见者庆喜无量，咸谓周君愿力所持，特留此本，嘉惠后学也。亟授手民，以复旧观。[57]
凡此种种，金陵刻经处所刻之典籍，并非前代典籍的简单翻刻，而是融入编纂者辛勤的整理加工之功。这种工作，如非亲自做过，很难体会其艰辛。杨文会的这些工作，保证了金陵刻经处所刻佛典的高水平、高质量。
(三)结构体系
大藏经收经众多，篇幅浩瀚，必须采用一定的分类办法来进行组织，以利于反映这些经典本身最本质的属性和内容上的相互关联。这样，才便于人们从总体上去把握佛教，管理佛经，也便于人们触类旁通，认识某类或某种典籍在整个佛教中的地位。因此，分类结构的好坏，是一部藏经成败的关键之一。
我国古代的僧人在漫长岁月中对大藏经的结构体例下了很大的功夫，提出过种种方案。经过时间的淘汰，大家渐渐认同唐释智升在《开元释教录．有译有本录》中提出的分类法。应该说，智升的分类法的确代表了我国古代佛教文献学的最高水平，但也不是尽善尽美。智升的分类法其后成为我国历代大藏经结构体例之圭臬。明代智旭在其《阅藏知津》中提出一种新的分类法，其实，智旭并没有改变智升方案的根本缺陷，只是按照天台五时判教的观点把佛典重新组织而已。本世纪日本新编的《大正藏》则在吸收《开元释教录》与《阅藏知津》的分类成果的基础上，力图依据思想的发展与典籍的演变这样的历史线索来安排大藏经的结构，以期给研究者最大的方便。这种分类法取得相当的成功，至今为人们所称道，当然也存在不少缺憾。
杨文会是怎样对待这一问题的呢？由于他拟编纂的大藏经实际并没有完成，因此我们现在无法回答这一问题。不过，由于佛教典籍浩如烟海，大藏经编纂实非易事，所以杨文会曾经有意先精选若干典籍编纂一部《大藏辑要》供初学者学习佛教之用，并为此撰写《大藏辑要叙例》确定其分类体例。虽然《大藏辑要》的目的仅是从日本《续藏经》选取若干佛典，因而它的结构与藏经结构未必全部吻合，但从该《叙例》中，我们还是可以窥见杨文会对新编大藏经结构的基本设想：
《大藏辑要叙例》
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[57] 〈西归直指跋〉，见《等不等观杂录》卷3，页26a，载于《杨仁山居士遗着》册8，金陵刻经处本。
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此书专为初学而辑。分别部类，以便检阅。凡羽翼经律论者，概从本文为主，亦臣子随君父之义也。
华严部，经分大、小二乘，大乘以华严为首。凡贤宗及各家着述，发明华严经义者，概归此部。
方等部，开小显大之经。及有注疏者，概归此部。
净土部，系由方等分出，另立一部，以逗时机。凡天竺、震旦诸师演畅净土宗旨者，概归此部。
法相部，亦从方等分出，以为专门之学。慈恩宗及各家着述，汇入此部。
般若部，经论着述，汇为一部。
法华部，法华各种注疏及开权显实之经，汇入此部。
涅槃部，扶律谈常，自为一部。
以上通为菩萨藏。
小乘经，此为声闻藏。不以说时列于方等之前者，所以别于大乘也。
以上大、小二乘，统为显部。
密部，凡有坛仪之经及印度、支那诸师撰述，均入此部。
显密二门，圆融具足。一代时教，总括无遗矣。
大乘律，菩萨调伏藏，七众同遵。并诸家疏释，择要汇集。
小乘律，声闻调伏藏，非受具戒者，不宜检阅。故所收从略。
大乘论，菩萨对法藏，为入大乘之要门。释经各部，已随本经；别行之论并诸疏释，辑录于此。
小乘论，声闻对法藏。卷帙繁多，今略辑数种，以见一斑。
西土撰集，论藏所不摄者，别为一类，所谓杂藏也。
禅宗，教外别传，不立文字。语录一兴，浩如烟海。今择其要者，汇为一宗。
天台宗，释经各部，随入经藏，余归此宗。
传记，古圣高贤，流风余韵，具载此篇。
纂集，编辑成部者，归此一类。
弘护，摧邪显正，责在僧伽；救弊补偏，功归檀越。灵山付嘱，意在于斯。
旁通，归元无二，方便多门。儒道心传，岂有隔碍耶？
导俗，真俗二途，霄壤之别。不假方便，心何由发？言浅意深，阅者毋忽。[58]
上述《叙例》在佛藏结构方面的最大变动是对经部类目的设置及为中华佛教撰述
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