..續本文上一頁在無所謂清淨；不過從離客塵雜染所顯來說，真如也可說非不淨的。唯識學者依世俗說勝義，對于勝義──真如、法界，是從世俗安立去闡明的。如直從勝義(非安立)說，那是超越于相對界，非分別名相所及，有什麼淨不淨呢！
真如非淨非不淨，『辯中邊論』卷上(大正叁一·四六六中)也說：
「此若無雜染，一切應自脫；此若無清淨，功用應無果」！「非染非不染，非淨非不淨，心性本淨故，由客塵所染」。
『辯中邊論』說：真如、法界等，是「空性異門」，約不同意義來表示空性，所以有不同名字，而內容是相同的。成立「空性差別」──有垢與無垢的差別，所以說了上面二頌。雜染與清淨，是佛法化世的根本論題；染淨相對的意義，是不可能沒有的，一定要肯定這雜染與清淨的事實，因此空性就有了有垢位與無垢位的差別。然依空性──真如、法界自性來說，實在是「非染非不染，非淨非不淨」的。不過，說空性、真如是「非染非不染，非淨非不淨」，還是依雜染與清淨而說的，所以，約「心性本淨」，說非染非不染；約「客塵所染」，說非淨非不淨。這與說「非空非不空」一樣，都是依世俗說勝義，而不是直就勝義的超越說。『辯中邊論』說：「有情及法俱非有故，彼染淨性亦俱非有；以染淨義俱不可得，故染淨品無減無增」。可見說「法界本淨」，「心性本淨」，都不過觀待世俗的雜染性而說。
四、種性：如來藏，我，心性本淨──自性清淨心，唯識學者是約真如性說的。如來種性tatha^gata-gotra，佛種性buddha-gotra，唯識學約菩薩所有的成佛種子bi^ja說，這是與『寶性論』如來藏學最大的差別所在。『瑜伽師地論』(『菩薩地』)卷叁五(大正叁０·四七八下)說：
「雲何種性？謂略有二種：一、本性住種性，二、習所成種性。本性住種性者，謂諸菩薩六處殊勝，有如是相，從無始世展轉傳來，法爾所得，是名本性住種性。習所成種性者，謂先串習善根所得，是名習所成種性」。
「又此種性，亦名種子，亦名爲界，亦名爲性」。
依『論』說，種子bi^ja，界dha^tu，性prakr!ti，都是種性gotra的名字差別。不同的名字，解說爲同一內容，都是種子的別名。『瑜伽論』『聲聞地』也這樣說。『大乘莊嚴經論』也說：「性種及習種，所依及能依，應知有非有，功德度義故」。菩薩種性，有性種性──本性住種性prakr!ti-stha-gotra，習(所成)種性samuda^^ni^ta-gotra。本性住種性，是無始以來法爾而有的；習所成種性，是經過不斷的熏習而成就的。這二類，是本有的，及經不斷熏習而功能增勝的種子。『莊嚴論』所說，與『瑜伽論』所說相同。種性、種子是什麼意義？種子是有因體而還沒有果體──「有非有」，所以是可能性，可能生起果法的潛能。因爲能出生菩薩功德，所以名爲菩薩種性。種性是「功德度義」，能出生功德的意義；種性雖是種子的異名，但種性專約能生無漏功德說。無漏功德有叁乘差別，不同的無漏功德，從不同的種子生，所以唯識學立五種種性：一、聲聞s/ra^vaka種性；二、獨覺pratyeka-buddha種性；叁、如來tatha^gata種性；四、不定aniyata種性，有多種無漏種子，雖隨緣修證二乘聖果，而可以回小入大；五、無種性a-gotra，沒有叁乘無漏種子，怎麼也不能發生無漏功德，證入聖果。種子是多種差別的，所以唯識學立「五性各別」，「叁乘究竟」而不是唯一佛乘的。
『瑜伽論』『本地分』，『莊嚴經論』，立本有的本性住種性，而『攝大乘論』，立種子從熏習va^sana^而有的新熏說，如『攝大乘論本』卷上(大正叁一·一叁六中──下)說：
「雲何一切種子異熟果識爲雜染因，複爲出世能對治彼淨心種子？又出世心，昔未曾習，故彼熏習決定應無，既無熏習，從何種生？是故應答：從最清淨法界等流，正聞熏習種子所生。……此聞熏習，隨在一種所依轉處，寄在異熟識中，與彼和合俱轉，猶如水乳，然非阿賴耶識，是彼對治種子性故」。
依『攝論』說，依止阿賴耶a^laya識的內種子，一定是從熏習而有的，所以說：「外(種子)或無熏習，非內種應知」。佛菩薩的無漏功德，是出世心，一定是從種子生的。衆生從無始以來，不曾有過無漏清淨法現行，也就不可能有熏習所成的無漏種子；沒有無漏種子，最初的出世無漏清淨心，從那裏生起呢？『攝論』說：是從「最清淨法界等流，正聞熏習種子所生」的。佛盡離一切障，所以佛證無漏法界，是最清淨的。從佛自證的最清淨法界，應機而流出的「經等教法」，在四種圓成實自性parinis!panna-svabha^va中，名爲「生此境清淨，謂諸大乘妙正法教。由此法教清淨緣故，非遍計所執自性；最淨法界等流性故，非依他起自性」。佛的教法，從佛自證法界等流而有的。衆生聽聞正法的耳識與意識，雖是有漏的世間心。但聽聞正法教，能在衆生心中，引發趣向清淨出世的動力，所以正聞熏習所成的，名爲正聞熏習種子。正聞熏習力漸漸增盛，能生無漏出世心。叁乘的無漏功德，都從正聞熏習生，所以雖本來沒有無漏種子，而清淨無漏法，卻有緣而能夠生起。正聞熏習是寄在阿賴耶識中的，依阿賴耶而有對治阿賴耶識的作用，所以不是阿賴耶識自性，是圓成實自性所攝，法身dharma-ka^ya、解脫身vimuktika^ya所攝。唯識學對出世無漏法的生起，有本有說、新熏說二流(『成唯識論』綜合而加以會通)，而都是以種子爲種性的，約不定種性而說會叁歸一的。
與『攝大乘論』相契合的，是『瑜伽師地論』的『攝決擇分』，如卷五二(大正叁０·五八九上──中)說：
「諸出世間法，從真如所緣緣種子生」。
「若于通達真如所緣緣中，有畢竟障種子者，建立爲不般涅槃法種性補特伽羅；若不爾者，建立爲般涅槃法種性補特伽羅。若有畢竟所知障種子，布在所依，非煩惱障種子者，于彼一分建立聲聞種性補特伽羅，一分建立獨覺種性補特伽羅。若不爾者，建立如來種性補特伽羅」。
「若出世間諸法生已，即便隨轉，當知由轉依力所任持故。然此轉依與阿賴耶識，互相違反，對治阿賴耶識，名無漏界，離諸戲論」。
種子與種性，『瑜伽論』是作爲同一內容的，但種性約能生無漏功德法說。能生無漏出世間法的，是般涅槃法種性parinirva^n!a-dharma-gotra，就是叁乘聖種性；不能生起無漏出世法的，是不般涅槃種性a-pari-nirva^n!a-gotra，也就是無種性人。出世間法從什麼種子生起呢？「從真如所緣緣種子生」，與『攝論』的「從最清淨法界等流正聞熏習種子所生」，意義是相通的。『攝論』約大乘種性說；大乘的正法教，是最清淨法界等流，圓成實性所攝。大乘法教是「生此能證菩提分法所緣境界」，所以名爲「生此境清淨」，這就是「從真如所緣緣」的意義。從聽聞大乘法教，成聞熏習種子，漸漸增勝而能引生無漏出世間法，聞熏習──真如所緣緣種子，不屬于阿賴耶識，而能對治阿賴耶識，與法界(真如)相應，名無漏界。依『攝論』，這是法身、解脫身所攝的。『瑜伽師地論』卷八０(大正叁０·七四七下)又說：
「諸阿羅漢實有轉依，而此轉依與其六處，異不異性俱不可說。何以故？由此轉依，真如清淨所顯，真如種性，真如種子，真如集成，而彼真如與其六處，異不異性俱不可說」。
叁乘聖者的般涅槃，是以轉依a^s/raya-para^vr!tti爲體的。舍雜染分而轉化爲清淨分；離遍計所執性，舍雜染依他起性，體悟圓成實性而得依他起性清淨分，名爲轉依。從法界等流而起的聞熏習，使雜染力減而清淨功能增長，也可以名爲轉依──「損力益能轉」，但主要是體悟真如，出世無漏心現前，到達究竟清淨。所以『論』上說：轉依是「真如清淨所顯」tathata^vis/uddhi-prabha^vita，以離垢真如爲體的；「真如種性」tathata^-gotraka、「真如種子」tathata^-bi^jaka，以真如所緣緣而熏成聖種性的；「真如集起」tathata^-samuda^gata，依真如而集成一切功德的。轉依是離一切戲論的，不離有情自體──六處，也不就是六處，所以不是名相分別所能擬議的。
瑜伽唯識學者，以種子來解說種性，與如來藏學不同。然推究起來，『瑜伽論』『本地分』的本性住種──本有無漏種子，實在就是「一切衆生有如來藏」；對當時大乘經的如來藏說，從緣起論的立場，給以善巧的解說，以種子來解說種性。如『瑜伽師地論』說：
1.『聲聞地』：「今此種姓以何爲體？答：附在所依有如是相，六處所攝，從無始世展轉傳來，法爾所得」。
2.『菩薩地』：「謂諸菩薩六處殊勝，有如是相，從無始世展轉傳來，法爾所得，是名本性住種」。
無漏種子是附在所依中的，種子是能依a^s/rita，有情自體──六處s!ad!-a^yatana是所依a^s/raya。『菩薩地』的異譯，『菩薩善戒經』譯作：「言本性者，陰界六入次第相續，無始無終，法性自爾，是名本性」。「六處殊勝」，後代唯識學者解說爲第六意處──阿賴耶識a^layavijn~a^na，其實只是(五)陰(六)界六入(處)的簡說。陰界六入是有情自體，在陰界六入──有情身中，是舊義；在阿賴耶識中，是唯識學的新義。爲什麼名爲阿賴耶識？『解深密經』以爲：「由此識于身，攝受藏隱，同安危義故」。「身」是根身六處的總名，阿賴耶識與「身」，是不相離的，所以古義的依附(…
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