一切諸因及與緣流轉造法無有主
然則輪回有情如何生起迷亂？
本始基清淨境界爲無明所障，即成阿賴耶，是爲“癡”之自性。
于“癡”之境界中，業力發動，此即“妒”之體性；由是生起“阿賴耶識”，住于“瞋”之體性；同時生起“汙染意”(末那識)，執著自我，住于“慢”之體性；複次生起意識，住于“貪”之體性。
稱末那識爲“汙染意”，以意識攀緣外境並非汙染，唯經末那識執著自我，加以虛妄分別，然後始生汙染。此如《唯識叁十頌》雲——
次第二能變是識名末那
依彼轉緣彼思量爲性相
四煩惱常俱謂我癡我見
並我慢我愛及余觸等俱
有覆無記攝隨所生所系
阿羅漢滅定出世道無有
此中所謂“有覆無記”，即以其與我癡、我見、我慢、我愛四根本煩惱相俱，故末那識即生汙染，是爲“有覆”；非善非不善，故說爲“無記”。
本論以阿賴耶所攝“癡”；因業風而攝“妒”；阿賴耶識攝“瞋”；然後末那識同時生起而攝“慢”。此即《唯識叁十頌》之所說“四煩惱”。
複次，以本始基爲因，以業風爲緣，遂生起色、聲、香、味、觸種種明相，由是同時有眼、耳、鼻、舌、身五識生起——讀者須知，明相非獨顯現爲色法，亦可顯現爲聲、香等相。
如是，八識聚及其對境即一一生起，是爲輪回界之展現。
此如《唯識叁十頌》雲——
依止根本識五識隨緣現
或俱或不俱如濤波依水
所謂“根本識”，指阿賴耶識。唯本論以阿賴耶識究竟依止本始基，故說本始基爲因。
至于生起五識之緣，細分則有多種，如唯識家說眼識有九緣等。本論則以一切緣均爲業風的作用，此以唯識家細分種種別相，而本論則說總相，以一切緣皆歸于業。此中開合，即中觀家與唯識家的差別，實質唯總別之不同。總則不必建立“種子”，別則須說以自識種子爲緣，而其實自識種子亦爲明相而已。
歸一切法爲明相，是說總相，此義讀者當知。
複如《成唯識論》說“染”與“雜染”。染，定義爲煩惱；雜染，通善、惡、無記，即一切有漏法。故雜染有叁：一者煩惱雜染，即一切煩惱及隨煩惱，此是爲“惑”；二者業雜染，即從煩惱所生一切業，此是爲“業”；叁者生雜染，即謂依煩惱及業受生叁界，此是爲“苦”。
本論說阿賴耶，即說惑；說業風爲緣，即說業；說輪回界明相自顯現，即說苦。
說輪回涅槃一切法，依本始基自顯現，爲空性見之竟究義，即自生智。
此如《大圓滿虛幻休息妙車疏》雲——
妄相無根如眼花雜根本斷諸性相
觀察空無而常顯了悟本自性不生
五無間離邊——釋見之叁
依于空性本始基，輪回涅槃明相自顯現，此顯現爲無間，且離邊。
無間、離邊，說爲“如來藏”之自性，因如來藏周遍且離增益與減損。
此如《不增不減經》雲——
舍利弗，此法身者是不生不滅法，非過去際，非未來際，離二邊故。
所說“法身”，即指如來藏。經雲——
舍利弗，甚深義者即是第一義谛；第一義谛者即是衆生界；衆生界者即是如來藏；如來藏者即是法身。
複如《如來藏經》雲——
善男子，一切衆生雖在諸趣煩惱身中，有如來藏常無汙染，德相備足如我無異。……善男子，諸佛法爾。若佛出世、若不出世，一切衆生如來之藏常住不變。
如是即爲無間且離邊之義理。周遍常住即爲無間；如佛德相即是離諸邊際。
或難言：既說涅槃界的顯現依如來藏以爲基，輪回界的顯現則依阿賴耶，如何又說如來藏周遍輪回涅槃一切法？
答雲：此說法身。本論以“本始基法身”即如來藏，故說如來藏周遍，即謂本始基法身周遍。說如來藏離諸邊際，即謂本始基法身離諸邊際。故本章說如來藏，實專明本始基法身之義理，以說行持。
如《如來藏經》雲——
善男子，如來出世、若不出世，法性法界一切有情，如來藏常恒不變。
說“法性”、“法界”，故知如來藏爲法身。
又如《文殊師利問法身經》雲——
佛者則法身，諸種力無所畏，悉法身之所入。
故知“周遍”者實爲法身義。
然說爲法身，卻須知此法身亦非谛實。若谛實則落“他空”見。
西藏覺囊派的他空見，即謂諸法“真性”自體不空；外加于“真性”上的汙染則空，故稱之爲“他空”。
所以他們提出叁種空性概念：無物空性；有物空性；勝義空性。一切虛構的事物，如方位、時間、大小等，只是抽象概念，故具“無物空性”；一切因緣所生法，有因果力用，故具“有物空性”；至于“勝義空性”，則“勝義”本身不空，所空者爲對“勝義”的執著與虛妄分別，故“勝義”即爲恒常不變之真性。
上來說法，參考劉立千老居士《藏傳佛教覺囊派》一文。劉老所引用的資料則爲《藏文文選》、《知識總彙》及多羅那他《他空精義》、《他空莊嚴》等。
他們認爲唯識學者是誤解了彌勒，無著所傳的教法，如多羅那他《中觀他空思想要論》雲——
大中觀派，在藏地指執持他空中觀者，即隨順彌勒菩薩論典，及無著、世親論師釋論的學者。
又雲——
印度出現了類似他空中觀的唯識宗，西藏許多人有所誤解。
由于誤解，所以便不了解“圓成實性”是他空，亦即不了解“圓成實性”爲“勝義空”的理趣，是故便不知“勝義”不空、而其外加一切法則空這個要旨。
漢土信奉《大乘起信論》的宗派，亦爲“他空”，但卻與覺囊派有別。他們依《起信》立“一心二門”，即“心真如門”、“心生滅門”，前者不空，後者則自性空，所以便不牽涉到對“圓成實性”的诤論。
此如隋慧遠《大乘義章》卷叁雲——
叁種自性，亦出《楞伽》。言自性者，諸法自體故爲自性，此猶是立法之異名，然性本不同，離分爲叁。
一者妄想；二者緣起，後翻經中名爲因緣；叁者爲成，後翻經中名第一義。叁中前二是生死法，後一涅槃。
此即于“圓成實性”(成)未作別說。
何以他空派須說“叁性”？此則因爲他們須用遍計執、依他起、圓成實叁性，來作爲應該空什麼、不應該空什麼的標准。
甯瑪派則不同，一切法本體皆空，是故便無“勝義”以外的他空，由是即不須用叁性來作判別標准。對于“法界”，二者便亦有不同的概念。甯瑪派說法界爲本始空淨，然而卻有明相自顯現，有佛的功德事業自展布，如大日雖空，卻有光華自顯現，有熱力自展布。而覺囊派則認爲法界既是一切法所依之處，此所依之處即不可空，否則便成斷滅(見《了義海論》，不贅引)。
因此，甯瑪派與唯識宗無诤，而他空見則與唯識有诤。
平實而言，見地不同實與修持有關。《起信》以如來藏谛實，而“阿賴耶識”則空；覺囊派以如來藏谛實，同《起信》，但卻以“阿賴耶”爲空，故空的層次較深。然二者都不能如唯識家以“轉識成智”爲修道的立場。
甯瑪派說九乘次第。故凡夫修道，先修事相，即有層次不同的“生起次第”，由是亦修轉識成智，唯不以之爲了義。
上來已略說心識與法身(法界、圓成實性)之諸宗差別。
總歸輪涅于一，且無間離邊，分二支說。
一者，于明相現分中，一切無間、離邊之顯現皆如幻。
二者，于自性空中，自性之唯一、周遍非谛實有。
此二，爲行持之所依。行持者，持心之行相。修“妥噶”行人，下座後亦持光明，此須知所持無非虛幻，不可著境；修“且卻”行人，下座後亦須持“八不”，如是即能保任證量而不生法執。
複次須知，甯瑪派說“光明”，非但謂其能見“本來面目”，實從五大之光明入手而修，故光明雖空幻卻帶色法。此所以修光明須知如幻，否則即墮色法邊。
又須知“大圓滿”說心，謂心體空而心性(相)有，因有心性然後始能自顯種種明相，然以心體本空故，明相即具空性。故說非實有。
此如《大般涅槃經》卷第四雲——
雲何如來爲常住法不變易耶？迦葉，若有作如是難者，名爲邪難。迦葉，汝亦不應作是憶想，謂如來性是滅盡也。
說“如來爲常住法”，說“如來性”非滅盡，即體空而性有。
由是即知，說本始基法身如來藏爲常，實即“如來爲常住法”之意，不宜謂其爲開引外道而作之方便說。
說明相現分中，一切顯現如幻。本論唯就行人之凡夫心識而言，謂明相于五識中生起，即是在虛空中生起，以五識空故。五識以妄念爲緣，顯現如幻明相，故行人所修一切道，無非皆爲虛幻瑜伽。
此說破一切修道之執，且示行持之道。
龍青巴尊者于《大圓滿虛幻休息妙車疏·如意引義》中雲——
敬禮佛法無垢幻演說諸法幻趣義
爲行持故而述作上師要門經續意
複次，上論又雲——
諸法不生平等性智慧虛幻無二境
心性自生本初王不生不別以敬禮
尊者自釋雲——
自證智菩提心如來藏者，爲輪回涅槃諸法之法界，即至上之本源。
此所謂“至上本源”，即本始基。本始基法身即如來藏，故說爲法界。
或難言：若所修爲虛幻，此虛幻如何能起力用？其所謂力用亦虛幻耶？
答雲：此如明相。明相雖虛幻，唯在虛幻世間其力用則仍真實。故始說爲“有煩惱，有煩惱染心”(《勝鬘》)。虛幻明相即是煩惱，執持明相作虛妄分別之心即煩惱染心，既有染心，于此汙染世間，一切煩惱虛幻即便真實，故其力用亦真實。
修道行人必爲凡夫，故所修持行持者雖爲虛幻瑜伽，而瑜伽之力則仍真實，由是修行始功不唐捐。所以由識起修，並無過失，不必求心識不起，亦不必求強製妄念。
敦煌縣博物館藏《南宗頓教最上大乘摩诃般若波羅蜜經六祖慧能大師于韶州大梵寺施法壇經》雲——
何名無念？
無念法者，見一切法，不著一切法；遍一切處，不著一切處。常淨自性，使六賊從六門走出，于女塵中不離不染，來去自由，即是般若叁昧，自在解脫，名無念行。
若百物不思，當令念絕，即是法縛，即名邊見。
悟無念法者，萬法盡通…
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