一切诸因及与缘流转造法无有主
然则轮回有情如何生起迷乱？
本始基清净境界为无明所障，即成阿赖耶，是为“痴”之自性。
于“痴”之境界中，业力发动，此即“妒”之体性；由是生起“阿赖耶识”，住于“瞋”之体性；同时生起“污染意”(末那识)，执着自我，住于“慢”之体性；复次生起意识，住于“贪”之体性。
称末那识为“污染意”，以意识攀缘外境并非污染，唯经末那识执着自我，加以虚妄分别，然后始生污染。此如《唯识三十颂》云——
次第二能变是识名末那
依彼转缘彼思量为性相
四烦恼常俱谓我痴我见
并我慢我爱及余触等俱
有覆无记摄随所生所系
阿罗汉灭定出世道无有
此中所谓“有覆无记”，即以其与我痴、我见、我慢、我爱四根本烦恼相俱，故末那识即生污染，是为“有覆”；非善非不善，故说为“无记”。
本论以阿赖耶所摄“痴”；因业风而摄“妒”；阿赖耶识摄“瞋”；然后末那识同时生起而摄“慢”。此即《唯识三十颂》之所说“四烦恼”。
复次，以本始基为因，以业风为缘，遂生起色、声、香、味、触种种明相，由是同时有眼、耳、鼻、舌、身五识生起——读者须知，明相非独显现为色法，亦可显现为声、香等相。
如是，八识聚及其对境即一一生起，是为轮回界之展现。
此如《唯识三十颂》云——
依止根本识五识随缘现
或俱或不俱如涛波依水
所谓“根本识”，指阿赖耶识。唯本论以阿赖耶识究竟依止本始基，故说本始基为因。
至于生起五识之缘，细分则有多种，如唯识家说眼识有九缘等。本论则以一切缘均为业风的作用，此以唯识家细分种种别相，而本论则说总相，以一切缘皆归于业。此中开合，即中观家与唯识家的差别，实质唯总别之不同。总则不必建立“种子”，别则须说以自识种子为缘，而其实自识种子亦为明相而已。
归一切法为明相，是说总相，此义读者当知。
复如《成唯识论》说“染”与“杂染”。染，定义为烦恼；杂染，通善、恶、无记，即一切有漏法。故杂染有三：一者烦恼杂染，即一切烦恼及随烦恼，此是为“惑”；二者业杂染，即从烦恼所生一切业，此是为“业”；三者生杂染，即谓依烦恼及业受生三界，此是为“苦”。
本论说阿赖耶，即说惑；说业风为缘，即说业；说轮回界明相自显现，即说苦。
说轮回涅槃一切法，依本始基自显现，为空性见之竟究义，即自生智。
此如《大圆满虚幻休息妙车疏》云——
妄相无根如眼花杂根本断诸性相
观察空无而常显了悟本自性不生
五无间离边——释见之三
依于空性本始基，轮回涅槃明相自显现，此显现为无间，且离边。
无间、离边，说为“如来藏”之自性，因如来藏周遍且离增益与减损。
此如《不增不减经》云——
舍利弗，此法身者是不生不灭法，非过去际，非未来际，离二边故。
所说“法身”，即指如来藏。经云——
舍利弗，甚深义者即是第一义谛；第一义谛者即是众生界；众生界者即是如来藏；如来藏者即是法身。
复如《如来藏经》云——
善男子，一切众生虽在诸趣烦恼身中，有如来藏常无污染，德相备足如我无异。……善男子，诸佛法尔。若佛出世、若不出世，一切众生如来之藏常住不变。
如是即为无间且离边之义理。周遍常住即为无间；如佛德相即是离诸边际。
或难言：既说涅槃界的显现依如来藏以为基，轮回界的显现则依阿赖耶，如何又说如来藏周遍轮回涅槃一切法？
答云：此说法身。本论以“本始基法身”即如来藏，故说如来藏周遍，即谓本始基法身周遍。说如来藏离诸边际，即谓本始基法身离诸边际。故本章说如来藏，实专明本始基法身之义理，以说行持。
如《如来藏经》云——
善男子，如来出世、若不出世，法性法界一切有情，如来藏常恒不变。
说“法性”、“法界”，故知如来藏为法身。
又如《文殊师利问法身经》云——
佛者则法身，诸种力无所畏，悉法身之所入。
故知“周遍”者实为法身义。
然说为法身，却须知此法身亦非谛实。若谛实则落“他空”见。
西藏觉囊派的他空见，即谓诸法“真性”自体不空；外加于“真性”上的污染则空，故称之为“他空”。
所以他们提出三种空性概念：无物空性；有物空性；胜义空性。一切虚构的事物，如方位、时间、大小等，只是抽象概念，故具“无物空性”；一切因缘所生法，有因果力用，故具“有物空性”；至于“胜义空性”，则“胜义”本身不空，所空者为对“胜义”的执着与虚妄分别，故“胜义”即为恒常不变之真性。
上来说法，参考刘立千老居士《藏传佛教觉囊派》一文。刘老所引用的资料则为《藏文文选》、《知识总汇》及多罗那他《他空精义》、《他空庄严》等。
他们认为唯识学者是误解了弥勒，无著所传的教法，如多罗那他《中观他空思想要论》云——
大中观派，在藏地指执持他空中观者，即随顺弥勒菩萨论典，及无著、世亲论师释论的学者。
又云——
印度出现了类似他空中观的唯识宗，西藏许多人有所误解。
由于误解，所以便不了解“圆成实性”是他空，亦即不了解“圆成实性”为“胜义空”的理趣，是故便不知“胜义”不空、而其外加一切法则空这个要旨。
汉土信奉《大乘起信论》的宗派，亦为“他空”，但却与觉囊派有别。他们依《起信》立“一心二门”，即“心真如门”、“心生灭门”，前者不空，后者则自性空，所以便不牵涉到对“圆成实性”的诤论。
此如隋慧远《大乘义章》卷三云——
三种自性，亦出《楞伽》。言自性者，诸法自体故为自性，此犹是立法之异名，然性本不同，离分为三。
一者妄想；二者缘起，后翻经中名为因缘；三者为成，后翻经中名第一义。三中前二是生死法，后一涅槃。
此即于“圆成实性”(成)未作别说。
何以他空派须说“三性”？此则因为他们须用遍计执、依他起、圆成实三性，来作为应该空什么、不应该空什么的标准。
宁玛派则不同，一切法本体皆空，是故便无“胜义”以外的他空，由是即不须用三性来作判别标准。对于“法界”，二者便亦有不同的概念。宁玛派说法界为本始空净，然而却有明相自显现，有佛的功德事业自展布，如大日虽空，却有光华自显现，有热力自展布。而觉囊派则认为法界既是一切法所依之处，此所依之处即不可空，否则便成断灭(见《了义海论》，不赘引)。
因此，宁玛派与唯识宗无诤，而他空见则与唯识有诤。
平实而言，见地不同实与修持有关。《起信》以如来藏谛实，而“阿赖耶识”则空；觉囊派以如来藏谛实，同《起信》，但却以“阿赖耶”为空，故空的层次较深。然二者都不能如唯识家以“转识成智”为修道的立场。
宁玛派说九乘次第。故凡夫修道，先修事相，即有层次不同的“生起次第”，由是亦修转识成智，唯不以之为了义。
上来已略说心识与法身(法界、圆成实性)之诸宗差别。
总归轮涅于一，且无间离边，分二支说。
一者，于明相现分中，一切无间、离边之显现皆如幻。
二者，于自性空中，自性之唯一、周遍非谛实有。
此二，为行持之所依。行持者，持心之行相。修“妥噶”行人，下座后亦持光明，此须知所持无非虚幻，不可着境；修“且却”行人，下座后亦须持“八不”，如是即能保任证量而不生法执。
复次须知，宁玛派说“光明”，非但谓其能见“本来面目”，实从五大之光明入手而修，故光明虽空幻却带色法。此所以修光明须知如幻，否则即堕色法边。
又须知“大圆满”说心，谓心体空而心性(相)有，因有心性然后始能自显种种明相，然以心体本空故，明相即具空性。故说非实有。
此如《大般涅槃经》卷第四云——
云何如来为常住法不变易耶？迦叶，若有作如是难者，名为邪难。迦叶，汝亦不应作是忆想，谓如来性是灭尽也。
说“如来为常住法”，说“如来性”非灭尽，即体空而性有。
由是即知，说本始基法身如来藏为常，实即“如来为常住法”之意，不宜谓其为开引外道而作之方便说。
说明相现分中，一切显现如幻。本论唯就行人之凡夫心识而言，谓明相于五识中生起，即是在虚空中生起，以五识空故。五识以妄念为缘，显现如幻明相，故行人所修一切道，无非皆为虚幻瑜伽。
此说破一切修道之执，且示行持之道。
龙青巴尊者于《大圆满虚幻休息妙车疏·如意引义》中云——
敬礼佛法无垢幻演说诸法幻趣义
为行持故而述作上师要门经续意
复次，上论又云——
诸法不生平等性智慧虚幻无二境
心性自生本初王不生不别以敬礼
尊者自释云——
自证智菩提心如来藏者，为轮回涅槃诸法之法界，即至上之本源。
此所谓“至上本源”，即本始基。本始基法身即如来藏，故说为法界。
或难言：若所修为虚幻，此虚幻如何能起力用？其所谓力用亦虚幻耶？
答云：此如明相。明相虽虚幻，唯在虚幻世间其力用则仍真实。故始说为“有烦恼，有烦恼染心”(《胜鬘》)。虚幻明相即是烦恼，执持明相作虚妄分别之心即烦恼染心，既有染心，于此污染世间，一切烦恼虚幻即便真实，故其力用亦真实。
修道行人必为凡夫，故所修持行持者虽为虚幻瑜伽，而瑜伽之力则仍真实，由是修行始功不唐捐。所以由识起修，并无过失，不必求心识不起，亦不必求强制妄念。
敦煌县博物馆藏《南宗顿教最上大乘摩诃般若波罗蜜经六祖慧能大师于韶州大梵寺施法坛经》云——
何名无念？
无念法者，见一切法，不着一切法；遍一切处，不着一切处。常净自性，使六贼从六门走出，于女尘中不离不染，来去自由，即是般若三昧，自在解脱，名无念行。
若百物不思，当令念绝，即是法缚，即名边见。
悟无念法者，万法尽通…
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