..續本文上一頁，所有的封建主都可以做它的施主，起到互相牽製的作用，黃教寺廟的獨立經濟因此得到相對穩定的發展。這樣黃教寺廟很快成爲全藏性的宗教勢力。
格魯派內部各寺廟之間的關系，是以宗喀巴及其著名弟子所建的四大寺(甘丹、哲蚌、色拉、紮什倫布)爲中心，建立層層的隸屬關系，形成母子寺(即主、屬寺)製度，把全藏區的黃教大小寺廟網聯結爲一個嚴密的整體。經濟上母子寺均各有其寺屬農奴莊園，彼此有一定聯系又有相對的獨立性和自主權；在政治上，母寺有權派出僧官擔任子寺的堪布等重要職務，或派常駐子寺的代表，掌握子寺內外大權，通過這些關系組成一個龐大的教團體系，控製著各地區的政治、經濟、宗教和文化。黃教寺廟集團所屬各寺廟內部，都是按照宗喀巴“宗教改革”內容建立了自己的嚴密的組織製度和寺規，又使黃教寺廟的獨立的經濟，在組織上得到保證。這也是黃教能成爲最大的新興教派，掌握西藏政教大權的一個重要原因。此外，格魯派還仿效噶瑪噶舉派所創立的“活佛轉世”製，從宗喀巴的再傳弟子根敦嘉錯(即二世達賴)之後，便確立了這個製度。從以後格魯派的發展史中，可以清楚地看到，活佛轉世相承的辦法，對黃教寺廟集團的法統繼承問題和鞏固發展寺廟的政治、經濟實力都具有重要意義。它可以使寺廟領導集團保持相對的穩固，避免內部由于權力之爭而引起分裂。更重要的是活佛轉世製的推行，既使寺廟財産得以合法繼承，又能名正言順地繼承上世宗教領袖的社會關系，使轉世者及其僧侶貴族集團得以承襲和維護既得的特權地位，並擴大影響，增添屬寺，壯大宗教勢力。甚而駕于世俗封建主之上，與世俗貴族抗衡。
宗喀巴創立的格魯派，在帕竹政權的支持下，由于有了獨立的寺廟經濟，勢力日益膨脹起來，便和其他教派、地方勢力發生利益上的矛盾而展開激烈的鬥爭。從西元十五世紀末到十七世紀中期，鬥爭延續了一個半世紀，黃教寺廟集團終于取得對西藏統治的勝利。在此期間，以噶瑪噶舉派和仁蚌巴、藏巴汗(興廈巴)以及漠北蒙古卻圖汗爲一方，格魯派和帕木竹巴以及青海蒙古土默特部、和碩特部爲一方，教爭與政爭交錯在一起，形成僧侶貴族和世俗貴族互相勾結、互相爭鬥的錯綜複雜的局面。
二世達賴根敦嘉錯(1475～1542)時，黃教開始向拉薩四周的康、青、阿裏等地方發展，即遭到噶瑪噶舉派的反對。1481年，噶瑪噶舉在仁蚌巴家族的支持下，在拉薩附近修建了兩個寺院，以圖遏製哲蚌和色拉兩寺的勢力。以後仁蚌巴以武力占領了拉薩，對黃教采取行政的壓製措施，規定黃教僧人途遇噶瑪派僧人時，必須致敬，禁止黃教僧人參加一年一度的祈願(魔難木)大會。噶瑪噶舉又勾結止貢噶舉用武力強使若幹較小的黃教屬寺改宗，打擊削弱黃教勢力。直到1581年帕竹統治勢力略有恢複，仁蚌巴勢力退出拉薩，黃教受壓的情況才有所改變，並恢複了色拉、哲蚌兩寺黃教僧人參加並主持祈願大會的權力。爲了適應這一鬥爭形式，黃教僧侶上層一方面采用活佛轉世製度來維系內部的團結，增強對外的鬥爭力量，並以轉世者的名義到處遊說，增加屬寺等辦法，壯大自己的實力，提高黃教聲望；另一方面，向外發展，借助蒙古汗王的武力，與各教派及其封建勢力抗衡，鞏固自己的實力地位。叁世達賴鎖南嘉錯(1543～1588)繼續依靠受明朝敕封爲“闡化王”的帕竹政權的支持，並前往西康、青海、內蒙古等地傳法講經，取得當地土司和蒙古汗王的信仰和供養，廣建寺院，擴大了勢力影響。西元1580年(明·萬曆八年)鎖南嘉錯得西康土司贊助，建立了康區第一所黃教寺廟春科耳寺(理塘寺)，還得到納西族土司捐送《甘珠爾》和《丹珠爾》。鎖南嘉錯在前往內蒙古，途經甘州時，又與明朝廷建立了直接聯系。這些活動爲以後黃教利用明王朝的政治影響求助蒙古汗王武力統治全藏打下了基礎。
西元十六世紀中葉以後到十七世紀初，即叁世達賴遠離西藏和以後四世達賴雲丹嘉錯(1589～1616)在藏期間，西藏局勢發生變化，內部僧俗領主和他們各自引進青海蒙古各部統治者之間互相鬥爭，形成了一個動蕩混亂的局面。西元1565年(明·嘉靖四十四年)，仁蚌巴阿旺幾紮的家臣辛霞巴才旦多吉聯合後藏的一些封建主，推翻了仁蚌巴的統治，自稱藏堆傑波(意爲後藏上部之王，漢文史料稱“藏巴汗”)。經過藏巴汗祖孫叁代的征伐，以武力控製了前藏大部分和後藏全部地方，西元1618年(明·萬曆四十六年)，藏巴汗噶瑪丹迥旺波(1606～1648)推翻了名存實亡的帕竹政權，建立了西藏曆史上又一個較大的地方政權──第悉藏巴(藏史稱“噶瑪王朝”)。
在藏巴汗前後幾代中，噶瑪噶舉依仗其勢力，敵視和壓製黃教。藏巴王崇敬噶瑪派，對于黃教多采取壓抑之勢，幾欲根本滅除。黃教所以還沒有遭到像其他教派那樣的命運，一個根本重要的原因就是有獨立的寺院經濟爲基礎。但此時黃教面臨著危機，即四世達賴雲丹嘉錯(漠南蒙古土默特部汗王俺答汗之曾孫)死後，藏巴汗疑達賴詛咒，致感多病，下令不準轉生。如讓活佛轉世中斷，勢必造成黃教寺廟集團內部的分裂，這不僅會嚴重削弱黃教的實力，也將切斷黃教與蒙古勢力的聯系，在此緊要關頭，紮什倫布寺法臺羅桑卻吉堅贊(後追認爲四世班禅)以其曾醫治藏巴汗重病，出面調解，藏巴汗乃收回成命。在羅桑卻吉堅贊主持下，哲蚌寺的上層喇嘛和蒙古土默特部的“拉尊”(蒙人稱王族子弟的僧者爲拉尊，支持黃教的蒙古貴族)共同協商，認定前藏山南窮結巴貴族家中的阿旺羅桑嘉錯(1617～1682)爲四世達賴的轉世“靈童”，于西元1623年(明·天啓叁年)迎入哲蚌寺坐床，活佛轉世問題得以解決。
由于五世達賴年幼，黃教寺廟集團的實際領導人是四世班禅羅桑卻吉堅贊。他聯系青海蒙古土默特部率兵入藏，去拉薩擊敗藏巴汗，收回了被噶瑪噶舉派占去的黃教寺廟土地莊園，使黃教的勢力有所恢複，但是危機並未完全解除。這時漠北蒙古喀爾喀卻圖汗占據青海，征服了青海土默特部，藏巴汗與崇奉噶瑪噶舉的卻圖汗結成反黃教聯盟，1635年卻圖汗派其子阿爾斯蘭入藏，企圖共同滅除黃教，只因羅桑卻吉堅贊和達賴的第巴索南饒丹行賄阿爾斯蘭，才一時未得成舉。此時在康區，信奉苯教的白利土司敦悅多吉也實力雄厚，反對黃教。腹背受敵的黃教爲了擺脫困境，便向外求援。恰在這時，信奉黃教的厄魯特蒙古和碩特部固始汗因受準噶爾壓迫，從新疆烏魯木齊遷牧到了青海，1636年在青海湖擒殺了卻圖汗，並其部衆，勢漸強大。這給黃教帶來了強大的支持力量，固始汗則有他自己的政治企圖，彼此的需要把他們聯結到一起了。
西元1639年(明·崇祯十二年)，固始汗在班禅、達賴的邀請下，率兵入藏，途經康區，征服了白利土司，占據今甘孜一帶地區，對黃教在該地的傳播清除了障礙。在聯絡固始汗的同時，黃教寺廟首領大概已感到風雨飄搖的明朝中央，已不能成爲自己的支持者了，便矚目于控製滿蒙廣大地區的新起的滿州統治者。四世班禅與固始汗商議共同派使者繞道塞外，前往盛京(沈陽)朝見清太宗。清王室了解到黃教的勢力影響，爲了給自己進關後對蒙藏地區的統治創造條件，當1642年黃教使者到達盛京時，便給予了優異的待遇。
固始汗統一青、康後，1641年又率兵入藏，推翻了反黃教的第悉藏巴(藏巴汗)地方政權，統一了全藏。至此，西藏兩大僧侶勢力集團的對峙，遂以黃教寺廟集團的全勝而結束。固始汗成了全藏的統治者，派其諸子住牧青海地區，征康區的賦稅以養之。尊五世達賴爲全藏宗教領袖，並將前後藏的稅收全部獻給達賴以爲“布施”；又贈給羅桑卻吉堅贊以“班禅博克多”稱號，使其主持紮什倫布寺，劃後藏地區歸他管轄。固始汗坐鎮拉薩，建立政權，任命五世達賴的第巴索南饒丹(即索南群培)爲自己政權的第巴，用以聯絡達賴，一切藏族高級官吏由他任命，一切行政命令由他簽署發布，常駐達木的蒙古軍由他掌握。由于固始汗的支持，黃教很快取得了對全藏佛教的領導權，一批黃教寺廟紛紛建立起來，反對黃教的寺廟被強收爲屬寺，反黃教的貴族莊園、農奴均被沒收分配給黃教寺廟。達賴、班禅兼有宗教領袖和大農奴主階級總代表的雙重身份。前後藏的土地賦稅均爲黃教寺廟集團所有，達賴、班禅操著經濟大權，軍政大權仍由固始汗掌握。這一情況表明，當時西藏是由蒙古汗王和黃教領袖進行聯合統治的。
1644年，明朝滅亡。清順治帝爲了穩定邊疆，利用黃教的勢力和影響，安撫蒙藏地區，與達賴常有信使往來。西元1652年(清·順治九年)五世達賴到京，受到順治帝極其隆重的接待，賜金頂黃轎，賞金銀財寶，專修西黃寺一座供達賴居住。次年達賴返藏，清朝封五世達賴爲“西天大善自在佛所領天下釋教普通瓦赤喇怛喇達賴喇嘛”，並封固始汗爲“遵行文義敏慧固始汗”。清廷對達賴和固始汗的冊封表明，一爲蒙藏地區的宗教首領，一爲西藏的行政首領，起到互相製約的作用。
五世達賴自正式受清廷的冊封後，聲望勢力在西藏社會愈益擡高，寺廟和僧侶人數激增，在拉薩修建政教統治中心布達拉宮；對佛教各派寺廟，喇嘛人數，經濟情況做了清查，規定了寺廟開支；對屬民也按戶清查，規定每戶向黃教寺廟納租的數目；爲黃教寺廟規定了常年居住的僧數(甘丹寺叁千叁百名，色拉寺五千五百名，哲蚌七千七百名，其他各寺均有定額)，按僧數撥給各寺一定數目的莊園、農戶作爲財産，派專人管理；還爲黃教寺廟規定了僧官任免，喇嘛學經，寺院內部的組織機構、紀律、儀式等一系列製度，這些措施爲黃教寺廟集團進一步在政治上掌權奠定了基礎。根據史料記載，1694年，西藏和康區…
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