..续本文上一页，所有的封建主都可以做它的施主，起到互相牵制的作用，黄教寺庙的独立经济因此得到相对稳定的发展。这样黄教寺庙很快成为全藏性的宗教势力。
格鲁派内部各寺庙之间的关系，是以宗喀巴及其著名弟子所建的四大寺(甘丹、哲蚌、色拉、扎什伦布)为中心，建立层层的隶属关系，形成母子寺(即主、属寺)制度，把全藏区的黄教大小寺庙网联结为一个严密的整体。经济上母子寺均各有其寺属农奴庄园，彼此有一定联系又有相对的独立性和自主权；在政治上，母寺有权派出僧官担任子寺的堪布等重要职务，或派常驻子寺的代表，掌握子寺内外大权，通过这些关系组成一个庞大的教团体系，控制着各地区的政治、经济、宗教和文化。黄教寺庙集团所属各寺庙内部，都是按照宗喀巴“宗教改革”内容建立了自己的严密的组织制度和寺规，又使黄教寺庙的独立的经济，在组织上得到保证。这也是黄教能成为最大的新兴教派，掌握西藏政教大权的一个重要原因。此外，格鲁派还仿效噶玛噶举派所创立的“活佛转世”制，从宗喀巴的再传弟子根敦嘉错(即二世达赖)之后，便确立了这个制度。从以后格鲁派的发展史中，可以清楚地看到，活佛转世相承的办法，对黄教寺庙集团的法统继承问题和巩固发展寺庙的政治、经济实力都具有重要意义。它可以使寺庙领导集团保持相对的稳固，避免内部由于权力之争而引起分裂。更重要的是活佛转世制的推行，既使寺庙财产得以合法继承，又能名正言顺地继承上世宗教领袖的社会关系，使转世者及其僧侣贵族集团得以承袭和维护既得的特权地位，并扩大影响，增添属寺，壮大宗教势力。甚而驾于世俗封建主之上，与世俗贵族抗衡。
宗喀巴创立的格鲁派，在帕竹政权的支持下，由于有了独立的寺庙经济，势力日益膨胀起来，便和其他教派、地方势力发生利益上的矛盾而展开激烈的斗争。从西元十五世纪末到十七世纪中期，斗争延续了一个半世纪，黄教寺庙集团终于取得对西藏统治的胜利。在此期间，以噶玛噶举派和仁蚌巴、藏巴汗(兴厦巴)以及漠北蒙古却图汗为一方，格鲁派和帕木竹巴以及青海蒙古土默特部、和硕特部为一方，教争与政争交错在一起，形成僧侣贵族和世俗贵族互相勾结、互相争斗的错综复杂的局面。
二世达赖根敦嘉错(1475～1542)时，黄教开始向拉萨四周的康、青、阿里等地方发展，即遭到噶玛噶举派的反对。1481年，噶玛噶举在仁蚌巴家族的支持下，在拉萨附近修建了两个寺院，以图遏制哲蚌和色拉两寺的势力。以后仁蚌巴以武力占领了拉萨，对黄教采取行政的压制措施，规定黄教僧人途遇噶玛派僧人时，必须致敬，禁止黄教僧人参加一年一度的祈愿(魔难木)大会。噶玛噶举又勾结止贡噶举用武力强使若干较小的黄教属寺改宗，打击削弱黄教势力。直到1581年帕竹统治势力略有恢复，仁蚌巴势力退出拉萨，黄教受压的情况才有所改变，并恢复了色拉、哲蚌两寺黄教僧人参加并主持祈愿大会的权力。为了适应这一斗争形式，黄教僧侣上层一方面采用活佛转世制度来维系内部的团结，增强对外的斗争力量，并以转世者的名义到处游说，增加属寺等办法，壮大自己的实力，提高黄教声望；另一方面，向外发展，借助蒙古汗王的武力，与各教派及其封建势力抗衡，巩固自己的实力地位。三世达赖锁南嘉错(1543～1588)继续依靠受明朝敕封为“阐化王”的帕竹政权的支持，并前往西康、青海、内蒙古等地传法讲经，取得当地土司和蒙古汗王的信仰和供养，广建寺院，扩大了势力影响。西元1580年(明·万历八年)锁南嘉错得西康土司赞助，建立了康区第一所黄教寺庙春科耳寺(理塘寺)，还得到纳西族土司捐送《甘珠尔》和《丹珠尔》。锁南嘉错在前往内蒙古，途经甘州时，又与明朝廷建立了直接联系。这些活动为以后黄教利用明王朝的政治影响求助蒙古汗王武力统治全藏打下了基础。
西元十六世纪中叶以后到十七世纪初，即三世达赖远离西藏和以后四世达赖云丹嘉错(1589～1616)在藏期间，西藏局势发生变化，内部僧俗领主和他们各自引进青海蒙古各部统治者之间互相斗争，形成了一个动蕩混乱的局面。西元1565年(明·嘉靖四十四年)，仁蚌巴阿旺几扎的家臣辛霞巴才旦多吉联合后藏的一些封建主，推翻了仁蚌巴的统治，自称藏堆杰波(意为后藏上部之王，汉文史料称“藏巴汗”)。经过藏巴汗祖孙三代的征伐，以武力控制了前藏大部分和后藏全部地方，西元1618年(明·万历四十六年)，藏巴汗噶玛丹迥旺波(1606～1648)推翻了名存实亡的帕竹政权，建立了西藏历史上又一个较大的地方政权──第悉藏巴(藏史称“噶玛王朝”)。
在藏巴汗前后几代中，噶玛噶举依仗其势力，敌视和压制黄教。藏巴王崇敬噶玛派，对于黄教多采取压抑之势，几欲根本灭除。黄教所以还没有遭到像其他教派那样的命运，一个根本重要的原因就是有独立的寺院经济为基础。但此时黄教面临着危机，即四世达赖云丹嘉错(漠南蒙古土默特部汗王俺答汗之曾孙)死后，藏巴汗疑达赖诅咒，致感多病，下令不準转生。如让活佛转世中断，势必造成黄教寺庙集团内部的分裂，这不仅会严重削弱黄教的实力，也将切断黄教与蒙古势力的联系，在此紧要关头，扎什伦布寺法台罗桑却吉坚赞(后追认为四世班禅)以其曾医治藏巴汗重病，出面调解，藏巴汗乃收回成命。在罗桑却吉坚赞主持下，哲蚌寺的上层喇嘛和蒙古土默特部的“拉尊”(蒙人称王族子弟的僧者为拉尊，支持黄教的蒙古贵族)共同协商，认定前藏山南穷结巴贵族家中的阿旺罗桑嘉错(1617～1682)为四世达赖的转世“灵童”，于西元1623年(明·天启三年)迎入哲蚌寺坐床，活佛转世问题得以解决。
由于五世达赖年幼，黄教寺庙集团的实际领导人是四世班禅罗桑却吉坚赞。他联系青海蒙古土默特部率兵入藏，去拉萨击败藏巴汗，收回了被噶玛噶举派占去的黄教寺庙土地庄园，使黄教的势力有所恢复，但是危机并未完全解除。这时漠北蒙古喀尔喀却图汗占据青海，征服了青海土默特部，藏巴汗与崇奉噶玛噶举的却图汗结成反黄教联盟，1635年却图汗派其子阿尔斯兰入藏，企图共同灭除黄教，只因罗桑却吉坚赞和达赖的第巴索南饶丹行贿阿尔斯兰，才一时未得成举。此时在康区，信奉苯教的白利土司敦悦多吉也实力雄厚，反对黄教。腹背受敌的黄教为了摆脱困境，便向外求援。恰在这时，信奉黄教的厄鲁特蒙古和硕特部固始汗因受準噶尔压迫，从新疆乌鲁木齐迁牧到了青海，1636年在青海湖擒杀了却图汗，并其部众，势渐强大。这给黄教带来了强大的支持力量，固始汗则有他自己的政治企图，彼此的需要把他们联结到一起了。
西元1639年(明·崇祯十二年)，固始汗在班禅、达赖的邀请下，率兵入藏，途经康区，征服了白利土司，占据今甘孜一带地区，对黄教在该地的传播清除了障碍。在联络固始汗的同时，黄教寺庙首领大概已感到风雨飘摇的明朝中央，已不能成为自己的支持者了，便瞩目于控制满蒙广大地区的新起的满州统治者。四世班禅与固始汗商议共同派使者绕道塞外，前往盛京(沈阳)朝见清太宗。清王室了解到黄教的势力影响，为了给自己进关后对蒙藏地区的统治创造条件，当1642年黄教使者到达盛京时，便给予了优异的待遇。
固始汗统一青、康后，1641年又率兵入藏，推翻了反黄教的第悉藏巴(藏巴汗)地方政权，统一了全藏。至此，西藏两大僧侣势力集团的对峙，遂以黄教寺庙集团的全胜而结束。固始汗成了全藏的统治者，派其诸子住牧青海地区，征康区的赋税以养之。尊五世达赖为全藏宗教领袖，并将前后藏的税收全部献给达赖以为“布施”；又赠给罗桑却吉坚赞以“班禅博克多”称号，使其主持扎什伦布寺，划后藏地区归他管辖。固始汗坐镇拉萨，建立政权，任命五世达赖的第巴索南饶丹(即索南群培)为自己政权的第巴，用以联络达赖，一切藏族高级官吏由他任命，一切行政命令由他签署发布，常驻达木的蒙古军由他掌握。由于固始汗的支持，黄教很快取得了对全藏佛教的领导权，一批黄教寺庙纷纷建立起来，反对黄教的寺庙被强收为属寺，反黄教的贵族庄园、农奴均被没收分配给黄教寺庙。达赖、班禅兼有宗教领袖和大农奴主阶级总代表的双重身份。前后藏的土地赋税均为黄教寺庙集团所有，达赖、班禅操着经济大权，军政大权仍由固始汗掌握。这一情况表明，当时西藏是由蒙古汗王和黄教领袖进行联合统治的。
1644年，明朝灭亡。清顺治帝为了稳定边疆，利用黄教的势力和影响，安抚蒙藏地区，与达赖常有信使往来。西元1652年(清·顺治九年)五世达赖到京，受到顺治帝极其隆重的接待，赐金顶黄轿，赏金银财宝，专修西黄寺一座供达赖居住。次年达赖返藏，清朝封五世达赖为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，并封固始汗为“遵行文义敏慧固始汗”。清廷对达赖和固始汗的册封表明，一为蒙藏地区的宗教首领，一为西藏的行政首领，起到互相制约的作用。
五世达赖自正式受清廷的册封后，声望势力在西藏社会愈益抬高，寺庙和僧侣人数激增，在拉萨修建政教统治中心布达拉宫；对佛教各派寺庙，喇嘛人数，经济情况做了清查，规定了寺庙开支；对属民也按户清查，规定每户向黄教寺庙纳租的数目；为黄教寺庙规定了常年居住的僧数(甘丹寺三千三百名，色拉寺五千五百名，哲蚌七千七百名，其他各寺均有定额)，按僧数拨给各寺一定数目的庄园、农户作为财产，派专人管理；还为黄教寺庙规定了僧官任免，喇嘛学经，寺院内部的组织机构、纪律、仪式等一系列制度，这些措施为黄教寺庙集团进一步在政治上掌权奠定了基础。根据史料记载，1694年，西藏和康区…
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