爲日本禅宗叁派之一。明代永曆八年（1654），我國黃檗山萬福禅寺之隱元隆琦（1592～1673）應日本長崎興福寺逸然之邀請，與獨湛相偕至長崎弘揚臨濟禅。四年後，谒見德川家綱，翌年受賜山城國宇治之寺地。其後叁年，于當地開黃檗山萬福禅寺，創黃檗宗，與日本臨濟宗、曹洞宗並爲日本禅宗叁派。四年後，由弟子木庵性缌繼承萬福禅寺。隱元轉至江戶白金創建瑞聖寺，並于近江正明寺等處大弘禅風，此宗遂傳于關東。然萬福寺在第五代高泉中興之後即逐漸衰微。至嘉永四年（1851），始由第叁十叁代良忠重整宗門，宗風複蘇。明治七年（1874），與臨濟宗合並。二年後，又告獨立。此宗以萬福寺爲大本山，另有五百余寺。其宗規開示正法眼藏、實相無相之法門。此外又以教禅一如爲其宗旨。隱元于中國承繼臨濟宗楊岐派之禅風，主張禅淨一致，宣揚西方阿彌陀佛淨土信仰，鼓吹念佛禅，而異于日本其他禅宗之宗風。複認爲“萬法唯心，心外無別法”，“己身彌陀，唯心淨土”，又與一般淨土信仰不同；且以漢音諷經，于法會與修行方式上仍保留明代風格。［黃檗宗鑒錄、佛教各宗綱要卷九］（參閱“臨濟宗”6507）

　　（流派）宗名取于福清之黃檗山。唐貞元五年，正幹禅師傳六祖之法，開創此山，斷際禅師住此，大振法道，名遂著。希運寂後，臨濟義玄之門裔，大爲繁興，爾後黃檗之道場，與臨濟之宗風，一其盛衰，隆于宋，廢于元，至明代複興。崇祯九年，隱元住此山，尤能中興黃檗之古道，清順治十一年，應日本之請，讓席于門人慧門性沛而東渡，遂爲日本黃檗宗之祖。