最澄的门下
最澄自立大乘戒坛，主要是看不惯奈良南都佛教的腐败。南都为都市佛教，他所建立的是山林佛教，淡泊名利。所以他有两句名言：“衣食之中无道心，道心之中无衣食。”
最澄寂后第二年，比睿山的一乘止观院，更名为延历寺。寂后第六年，大乘戒坛在山上建立完成。最澄门下数百，上足弟子则有义真、定光、圆澄、圆仁等。
义真即是初以沙弥身份，随最澄来华任其通译的人。最澄寂后，为比睿山第一代座主。根据大师遗志，于山上创建戒坛院，振兴大乘圆顿之菩萨戒。义真门下，则出有圆珍，后为第五代座主。
圆仁与圆珍
圆仁出于最澄之门，但他又于仁明天皇承和五年(西纪八三八，唐文宗开成三年)来华。在中国凡九年，正好赶上唐武宗会昌法难，目击沙门还俗者约三千人，佛像佛经，摧毁殆尽！然其在中国亲近的大德之多，范围之广，不让其师。他依终南山的宗睿学悉昙；从嵩山寺的全雅传受密教仪轨及曼荼罗等；于大兴善寺的元政受金刚界之大法；于青龙寺的法全传胎藏界之大法；又就醴泉寺的宗颖学止观法。会昌法难，圆仁险遭池鱼之殃，化装成道士身份，始逃出长安，而于承和十四年，返回日本。
圆仁返日之后，一心发展比睿山的延历寺，先后建立总持院、定心院、法华三昧院、常行三昧院等，一时殿堂达于鼎盛。同时承最澄之遗业，推展了舍利会、天台大师供会、不断念佛会等的法会，开发了山门的基础。贞观六年，以七十三岁之高龄示寂，八年被谥为慈觉大师。其门下之有名弟子，则为安慧、慧亮、长意、相应、安然，尤以安然最为著称，深达圆密两教之奥旨，厌离名利之争夺。
圆仁继定光为第三代座主，其弟子安慧为第四代座主，第五代座主，则为义真门下的圆珍。
圆珍于十五岁时投义真门下出家，三十九岁，即是文德天皇仁寿三年(西纪八三，唐宣宗大中七年)来华游学。他在中国的路线是从福州、台州、越州，经河南的洛阳而入长安。此期间，他依良壻学天台；又从福州开元寺的般若多罗、长安大兴善寺的智慧轮、青龙寺的法全等，传受密教。特别是法全，授他两部之大法以及抄写的仪轨。大中十二年返日之时，携去典籍四百余部达一千卷，其对文化输日之贡献，可谓大矣！
圆珍归去之后，贞观元年，受大友氏之请，住近江三井的园城寺。八年奏准以园城寺为天台睿山的别院。十年以园城寺为传法灌顶的道场。宽平三年(西纪八九一)七十八岁入寂，至醍醐天皇延长五年(西纪九七)谥号智证大师。
良源及其门流
圆珍以后，天台宗的座主，约七十年间，均由圆珍的系下产生，此所谓智证门徒。圆仁系下仅保有京都之法性寺、山科之元庆寺等山外的势力，直到良源出来，成为第十八代座主，圆仁系才又恢复到山门(此睿山)的势力，此所谓慈觉门徒。
良源十二岁出家，二十六岁参加承平七年(西纪九三七)于兴福寺召开的维摩会中，即以理辩击败了南都的义昭；又于应和三年(西纪九六三)，在清凉殿设法华会，论破了法相宗。世称之谓应和宗论，于是名声大振。至康保三年(西纪九六六)，遂继位天台第十八代座主，僧官位次累进为大僧正。自行基以来二百二十年间，已未见有大僧正的任命，故此系为良源的殊荣。
当时，睿山因曾受火灾而寺舍失修，异常荒芜，良源悉心为之中兴，重举学事，力行法会，恢复了昔日盛世的状态。另有自最澄以来，共有三塔或三院，即是睿山的东西两塔，加上横川一塔。在此之前。由于智证门徒，力量不及，所以横川地方景况寂寥，至良源时代，三院则达于同样的繁盛。此真是事在人为了。
良源于宽和元年(西纪九八五)化去，享寿七十四岁。其门下之盛，比拟孔子与罗什三藏，所谓门徒三千，贤士七十，四哲为最。源信、觉运、寻禅、觉超，号称四哲。四哲之外，尚有性空、增贺、安海，亦为一时龙象。
由源信及觉运之下，分为二流。
源信隐于横川兜率谷之惠心院，专以著述为己任。着有一乘要决三卷、大乘对俱舍抄十四卷、妙行山要集六卷、往生要集六卷等，共有七十余部百五十卷。宽仁元年入寂，世寿七十六岁。以其学风所被，弟子们即形成一种门风，自此以下，出一学派，仰源信为创祖而称惠心流。
觉运，常住于檀那院，大张天台教义，着有一实菩提偈、观心念佛、念佛宝号、草木发心修行成佛记各一卷等。他与源信虽同阐天台，意趣则互有出入。后人以其有别，故分之为惠心与檀那二流。由此二流又各出四流，总称为山门八流。
八流与两流
此八流是指良源之下的系统所分出。先由惠心流出觉超，三传出忠寻；檀那流出遍救，三传出澄豪，两流并行，盛极一时。
澄豪称为慧光房流，澄豪门下颇众，又出三流：长耀开创竹林房流(亦称安居院流)，智海开创毗沙门堂流，尚有圣融吸取竹林房流而开出猪熊流，总称之为檀那四流。
忠寻门下的皇觉，开出椙生流。皇觉之后，经范源、俊范，至静明而开出行泉房流。静明门下出政海而开土御门门迹流。由惠心流而兼吸檀那流的证真，复开出宝地房流。合称之为惠心四流。
以上两大系八支流，总名之为山门八流。
现在再说寺门二流。因在良源之后，比睿山上以慈觉门徒的势力隆盛，智证门徒则处于劣势，致到智证门徒的余庆，出任第二十代座主时，受慈觉门徒的压迫，就职仅三个月，即辞退而去。余庆受迫之后，率领智证门徒千余人，下山移至三井的园城寺，而与山上的延历寺对立。因此分裂为山门与寺门。自此之后，两门之间，即屡有争战，互成水火。
寺门派，后亦分为二流。由圆珍之门第四传而出千观，经元范而出澄义及范守，范守之下的良明，则与澄义拮抗，争辩义理。后世遂称澄义一派为龙渊房流，良明一派为智寂房流。合称为寺门二流。
为便于记忆，现将天台宗的门派，列表说明如下：
台密的发展
上面已经说到日本的天台宗，是承受了台、密、禅、律四宗的思想而成。其中除发展天台本宗的宗义之外，则以发展密教为最可观。因别于空海所传的东寺密教，故称为台密
台密的主流有三个人，即是最澄、圆仁、圆珍，被分别称为根本大师(最澄)流、慈觉大师流、智证大师流。最澄倡圆密一致说。圆仁主张圆密一致之中应有一分差别，密分理及事，圆密之关系，乃为理同而事别。也就是说，从理而言，释迦与大日是相同的；从事而说，则有差别。台密之大成者，乃是圆仁的弟子安然，他进一步而倡理同事胜，以为大日胜于释迦，故其不免有自失台教立场之嫌。
圆仁之下出良源，因其常住横川，故称川流。安然之下出皇庆，皇庆居于东塔南谷，故称谷流。谷流之末，又有相实的法曼院流、良佑的三昧院流、荣西的叶上流、圣昭的穴太流。穴太流之末，又由澄豪创西山流。其以义争而分之派别，总共有本末十三流。
(二)真言宗的开创与发展
空海弘法大师
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