最澄的門下
最澄自立大乘戒壇，主要是看不慣奈良南都佛教的腐敗。南都爲都市佛教，他所建立的是山林佛教，淡泊名利。所以他有兩句名言：“衣食之中無道心，道心之中無衣食。”
最澄寂後第二年，比睿山的一乘止觀院，更名爲延曆寺。寂後第六年，大乘戒壇在山上建立完成。最澄門下數百，上足弟子則有義真、定光、圓澄、圓仁等。
義真即是初以沙彌身份，隨最澄來華任其通譯的人。最澄寂後，爲比睿山第一代座主。根據大師遺志，于山上創建戒壇院，振興大乘圓頓之菩薩戒。義真門下，則出有圓珍，後爲第五代座主。
圓仁與圓珍
圓仁出于最澄之門，但他又于仁明天皇承和五年(西紀八叁八，唐文宗開成叁年)來華。在中國凡九年，正好趕上唐武宗會昌法難，目擊沙門還俗者約叁千人，佛像佛經，摧毀殆盡！然其在中國親近的大德之多，範圍之廣，不讓其師。他依終南山的宗睿學悉昙；從嵩山寺的全雅傳受密教儀軌及曼荼羅等；于大興善寺的元政受金剛界之大法；于青龍寺的法全傳胎藏界之大法；又就醴泉寺的宗穎學止觀法。會昌法難，圓仁險遭池魚之殃，化裝成道士身份，始逃出長安，而于承和十四年，返回日本。
圓仁返日之後，一心發展比睿山的延曆寺，先後建立總持院、定心院、法華叁昧院、常行叁昧院等，一時殿堂達于鼎盛。同時承最澄之遺業，推展了舍利會、天臺大師供會、不斷念佛會等的法會，開發了山門的基礎。貞觀六年，以七十叁歲之高齡示寂，八年被谥爲慈覺大師。其門下之有名弟子，則爲安慧、慧亮、長意、相應、安然，尤以安然最爲著稱，深達圓密兩教之奧旨，厭離名利之爭奪。
圓仁繼定光爲第叁代座主，其弟子安慧爲第四代座主，第五代座主，則爲義真門下的圓珍。
圓珍于十五歲時投義真門下出家，叁十九歲，即是文德天皇仁壽叁年(西紀八叁，唐宣宗大中七年)來華遊學。他在中國的路線是從福州、臺州、越州，經河南的洛陽而入長安。此期間，他依良壻學天臺；又從福州開元寺的般若多羅、長安大興善寺的智慧輪、青龍寺的法全等，傳受密教。特別是法全，授他兩部之大法以及抄寫的儀軌。大中十二年返日之時，攜去典籍四百余部達一千卷，其對文化輸日之貢獻，可謂大矣！
圓珍歸去之後，貞觀元年，受大友氏之請，住近江叁井的園城寺。八年奏准以園城寺爲天臺睿山的別院。十年以園城寺爲傳法灌頂的道場。寬平叁年(西紀八九一)七十八歲入寂，至醍醐天皇延長五年(西紀九七)谥號智證大師。
良源及其門流
圓珍以後，天臺宗的座主，約七十年間，均由圓珍的系下産生，此所謂智證門徒。圓仁系下僅保有京都之法性寺、山科之元慶寺等山外的勢力，直到良源出來，成爲第十八代座主，圓仁系才又恢複到山門(此睿山)的勢力，此所謂慈覺門徒。
良源十二歲出家，二十六歲參加承平七年(西紀九叁七)于興福寺召開的維摩會中，即以理辯擊敗了南都的義昭；又于應和叁年(西紀九六叁)，在清涼殿設法華會，論破了法相宗。世稱之謂應和宗論，于是名聲大振。至康保叁年(西紀九六六)，遂繼位天臺第十八代座主，僧官位次累進爲大僧正。自行基以來二百二十年間，已未見有大僧正的任命，故此系爲良源的殊榮。
當時，睿山因曾受火災而寺舍失修，異常荒蕪，良源悉心爲之中興，重舉學事，力行法會，恢複了昔日盛世的狀態。另有自最澄以來，共有叁塔或叁院，即是睿山的東西兩塔，加上橫川一塔。在此之前。由于智證門徒，力量不及，所以橫川地方景況寂寥，至良源時代，叁院則達于同樣的繁盛。此真是事在人爲了。
良源于寬和元年(西紀九八五)化去，享壽七十四歲。其門下之盛，比擬孔子與羅什叁藏，所謂門徒叁千，賢士七十，四哲爲最。源信、覺運、尋禅、覺超，號稱四哲。四哲之外，尚有性空、增賀、安海，亦爲一時龍象。
由源信及覺運之下，分爲二流。
源信隱于橫川兜率谷之惠心院，專以著述爲己任。著有一乘要決叁卷、大乘對俱舍抄十四卷、妙行山要集六卷、往生要集六卷等，共有七十余部百五十卷。寬仁元年入寂，世壽七十六歲。以其學風所被，弟子們即形成一種門風，自此以下，出一學派，仰源信爲創祖而稱惠心流。
覺運，常住于檀那院，大張天臺教義，著有一實菩提偈、觀心念佛、念佛寶號、草木發心修行成佛記各一卷等。他與源信雖同闡天臺，意趣則互有出入。後人以其有別，故分之爲惠心與檀那二流。由此二流又各出四流，總稱爲山門八流。
八流與兩流
此八流是指良源之下的系統所分出。先由惠心流出覺超，叁傳出忠尋；檀那流出遍救，叁傳出澄豪，兩流並行，盛極一時。
澄豪稱爲慧光房流，澄豪門下頗衆，又出叁流：長耀開創竹林房流(亦稱安居院流)，智海開創毗沙門堂流，尚有聖融吸取竹林房流而開出豬熊流，總稱之爲檀那四流。
忠尋門下的皇覺，開出椙生流。皇覺之後，經範源、俊範，至靜明而開出行泉房流。靜明門下出政海而開土禦門門迹流。由惠心流而兼吸檀那流的證真，複開出寶地房流。合稱之爲惠心四流。
以上兩大系八支流，總名之爲山門八流。
現在再說寺門二流。因在良源之後，比睿山上以慈覺門徒的勢力隆盛，智證門徒則處于劣勢，致到智證門徒的余慶，出任第二十代座主時，受慈覺門徒的壓迫，就職僅叁個月，即辭退而去。余慶受迫之後，率領智證門徒千余人，下山移至叁井的園城寺，而與山上的延曆寺對立。因此分裂爲山門與寺門。自此之後，兩門之間，即屢有爭戰，互成水火。
寺門派，後亦分爲二流。由圓珍之門第四傳而出千觀，經元範而出澄義及範守，範守之下的良明，則與澄義拮抗，爭辯義理。後世遂稱澄義一派爲龍淵房流，良明一派爲智寂房流。合稱爲寺門二流。
爲便于記憶，現將天臺宗的門派，列表說明如下：
臺密的發展
上面已經說到日本的天臺宗，是承受了臺、密、禅、律四宗的思想而成。其中除發展天臺本宗的宗義之外，則以發展密教爲最可觀。因別于空海所傳的東寺密教，故稱爲臺密
臺密的主流有叁個人，即是最澄、圓仁、圓珍，被分別稱爲根本大師(最澄)流、慈覺大師流、智證大師流。最澄倡圓密一致說。圓仁主張圓密一致之中應有一分差別，密分理及事，圓密之關系，乃爲理同而事別。也就是說，從理而言，釋迦與大日是相同的；從事而說，則有差別。臺密之大成者，乃是圓仁的弟子安然，他進一步而倡理同事勝，以爲大日勝于釋迦，故其不免有自失臺教立場之嫌。
圓仁之下出良源，因其常住橫川，故稱川流。安然之下出皇慶，皇慶居于東塔南谷，故稱谷流。谷流之末，又有相實的法曼院流、良佑的叁昧院流、榮西的葉上流、聖昭的穴太流。穴太流之末，又由澄豪創西山流。其以義爭而分之派別，總共有本末十叁流。
(二)真言宗的開創與發展
空海弘法大師
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