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辰三 显染心与无明所障碍
又染心义者，名为烦恼碍，能障真如根本智故。无明义者，名为智碍，能障世间自然业智故。此义云何？以依染心能见、能现、妄取境界，违平等性故。以一切法常静无有起相，无明不觉妄与法违，故不能得随顺世间一切境界种种知故。染心能起分段、变易二种生死，障大涅槃，故名为烦恼碍；即前七识现行相应诸烦恼心心法，及阿黎耶识中诸烦恼种是也。无明能起六种染心，障大菩提，故名智碍；即第六、第七识中现行相应之独行恒行不共无明，及阿黎耶识中之无明种子也。
丑三 解释心生灭因缘相
寅一 正明生灭粗细因缘相
复次、分别生灭相者有二种。云何为二？一者、粗，与心相应故。二者、细，与心不相应故。又、粗中之粗，凡夫境界；粗中之细及细中之粗，菩萨境界；细中之细，是佛境界。此二种生灭，依于无明熏习而有，所谓依因、依缘：依因者、不觉义故；依缘者、妄作境界义故。若因灭则缘灭：因灭故不相应心灭，缘灭故相应心灭。因灭谓无明所熏起之生灭心种因缘灭；缘灭谓八识心心法能为增上缘、所缘缘、等无间缘之现行生灭心灭。粗生灭相、谓异熟因果生灭相；细生灭相、谓等流因果生灭相。粗粗、谓人我见相应心心法聚之现行；粗细、谓人我见不相应心心法聚之种习；细粗、谓法我见相应心心法之现行；细细、谓法我见不相应心心法之种习。推其所本，则皆由无明熏习而起也。
寅二 寄辨心相体灭不灭义
问曰：若心灭者，云何相续？若相续者，云何说究竟灭？答曰：所言灭者，唯心相灭，非心体灭。如风依水而有动相，若水灭则风相断绝，无所依止；以水不灭，风相相续。唯风灭故，动相随灭，非是水灭。无明亦尔，依心体而动，若心体灭则众生断绝，无所依止；以体不灭，心得相续。唯痴灭故，心相随灭，非心智灭。体指非染非净无名可名之本心体；相指一切杂染差别心相。染相亦不离体，以违于体，令体晦昧，故但名为心相。然彼清净平等之智，亦不离相，以顺于体，令体明显，故但名为心体。心体如水，杂染心相如昏动浑浊之水，名为波流，不名为水；智净心相如澄清平明之水，正名为水，不名为波流也。
子二 显示心染净熏习义
丑一 总标染净熏习法相
复次、有四种法熏习义故，染法、净法起不断绝。云何为四？一者、净法，名为真如。二者、一切染因，名为无明。三者、妄心，名为业识。四者、妄境界，所谓六尘。
丑二 随解染净熏习名义
熏习义者：如世间衣服，实无于香，若人以香而熏习故，则有香气。此亦如是，真如净法实无于染，但以无明而熏习故，则有染相。无明染法实无净业，但以真如而熏习故，则有净用。
根本无覆无记心体，本非善恶，故曰无记；本非染净，故曰无覆。有时说本净者，当知即以本无染净相说为本净也。以有随顺无明诸有漏法为熏习故，则有染相。以有随顺真如诸无漏为熏习故，则有净用。然有漏、无漏之心种，各具无始本有与熏习始起之二类。此中所言实无于染之真如净法及实无净业之无明染法，即无始本有之染净心种也。
丑三 广释染净熏习法义
寅一 明染净互熏无断
卯一 明熏习起染法不断
云何熏习起染法不断？所谓以依真如法故有于无明；以有无明染法因故即熏习真如，以熏习故则有妄心；以有妄心即熏习无明，不了真如法故，不觉念起现妄境界；以有妄境界染法缘故，即熏习妄心，令其念著造种种业，受于一切身心等苦。此妄境界熏习义，则有二种。云何为二？一者、增长念熏习，二者、增长取熏习。妄心熏习义有二种。云何为二？一者、业识根本熏习：能受阿罗汉、辟支佛、一切菩萨生灭苦故。二者、增长分别事识熏习：能受凡夫业系苦故。无明熏习义有二种。云何为二？一者、根本熏习：以能成就业识故。二者、所起见爱熏习：以能成就分别事识义故。以真如法非明无明，以非明故，有于无明，为诸染法作增上缘，熏习心体，有妄心起。以妄心由无明而起，妄有所见，现妄境界。复以境界为增上缘，妄心爱取，造业受报。此即以一真如、二无明、三妄心、四妄境界之一净三染法，互熏起染法不断绝也。妄境界熏习妄心增长于念者，即名言习气也。增长取者，即二取习气也。妄心熏习无明之业识根本者，即变易生死之真异熟也。又增长分别事识者，即分段生死之异熟生也。此二皆异熟习气也。无明熏习心体之根本者，即不共无明能令第八、第七之二识为俱有依，现起八识四分诸心心法，乃等流习气也。又所起见爱者，即三界内润生无明，乃有支习气也。
卯二 明熏习起净法不断
辰一 净熏习通相
云何熏习起净法不断？所谓以有真如法故能熏习无明，以熏习因缘力故，则令妄心厌生死苦，乐求涅槃；以此妄心有厌求因缘故，即熏习真如，自信己性，知心妄动，无前境界，修远离法；以如实知无前境界故，种种方便，起随顺行，不取不念，乃至久远熏习力故，无明则灭。以无明灭故心无有起，以无起故境界随灭；以因缘俱灭故，心相皆尽，名得涅槃，成自然业。
以真如法非无明故，有于本觉，能违无明。转令妄心起始觉智，求证真如，厌离妄境。证真如故无明则灭，无明灭故无妄念起，妄念息故妄境界空，妄境界空得大涅槃，真心性显，成自然业。
辰二 净熏习别相
巳一 妄心熏习
妄心熏习义有二种，云何为二？一者、分别事识熏习：依诸凡夫、二乘人等，厌生死苦，随力所能以渐趣向无上道故。二者、意熏习：谓诸菩萨发心勇猛，速趣涅槃故。
凡夫、二乘，但知有前六识，故但令先从分别事识，断贪、嗔、痴，修戒、定、慧也。菩萨发心，先知有如来藏、藏识、末那识故；六、七二识能同时转为妙观察智与平等性智，不滞化城而直趣圆寂也。
巳二 真如熏习
午一 标名数
真如熏习义有二种，云何为二？一者、自体相熏习，二者、用熏习。
午二 释名义
未一 显体用熏习相
申一 体熏习
自体相熏习者：从无始世来具无漏法，备有不思议业，作境界之性。依此二义，恒常熏习。以有力故，能令众生厌生死苦，乐求涅槃，自信己身有真如法，发心修行。问曰：若如是义者，一切众生悉有真如，等皆熏习，云何有信无信、无量前后差别？皆应一时自知有真如法，勤修方便，等入涅槃？答曰：真如本一，而有无量无边无明，从本已来自性、差别厚薄不同故。过恒沙等上烦恼依无明起差别，我见、爱染烦恼依无明起差别；如是一切烦恼，依于无明所起前后无量差别，唯如来能知故。又诸佛法有因、有缘，因缘具足乃得成办。如木中火性是火正因，若无人知，不假方便，能自烧木，无有是处。众生亦尔，虽有正因熏习之力，若不遇诸佛、菩萨善知识等以之为缘，能自断烦恼入涅槃者，则无是处。若虽有外缘之力，而内净法未有熏习力者，亦不能究竟厌生死苦，乐求涅槃。若因缘具足者，所谓自有熏习之力，又为诸佛、菩萨等慈悲愿护，故能起厌苦之心，信有涅槃，修习善根。以修善根成熟故，则值诸佛、菩萨示教利喜，乃能进趣向涅槃道。
此云真如，乃以心真如性心根本体，与本有诸无漏功德种性，及佛果上成满一切无为无漏功德，总名之曰真如者也。故即如来藏，亦即如来法身也。此中言真如自体相者，即如来藏，乃人人正因佛性之内熏；能令有自觉心，启发净信，修行佛法也。其问答中，说明同具佛性而有信不信前后差别者，一、由无明烦恼厚薄；二、由虽具佛性正因，尚须缘因、了因，乃能发动开显。文义可知。
依 他 起性──┐
│ ┌有漏……杂染依他起性……随顺遍计所执性起者
┌生灭因缘相……有为┤
一心┤ ├无漏……清净依他起性……随顺圆成实性起者
└真 如 性……无为┤ │
│ └──┤ 即如来藏亦
圆 成 实性──┘ └─真如………………圆成实性
即如来法身
申二 用熏习
用熏习者：即是众生外缘之力。如是外缘，有无量义，略说二种。云何为二？一者、差别缘，二者、平等缘。差别缘者：此人依于诸佛、菩萨等，从初发意始求道时乃至得佛，于中若见、若念，或为眷属父母诸亲，或为给使，或为知友，或为怨家，或起四摄，乃至一切所作无量行缘；以起大悲熏习之力，能令众生增长善根，若见若闻得利益故。此缘有二种，云何为二？一者、近缘，速得度故。二者、远缘，久远得度故。是近、远二缘，分别复有二种。云何为二？一者、增长行缘，二者、受道缘。平等缘者：一切诸佛、菩萨皆愿度脱一切众生，自然熏习恒常不舍，以同体智力故，随应见闻而现作业； 所谓众生依于三昧，乃得平等见诸佛故。
真如之用熏习，谓佛及法身大士所成就无边福智，以大悲愿增上力故，能发起众生缘因佛性也。其差别缘，乃佛菩萨以应化身，为三界内凡夫作显熏习者。增长行，谓增长施、戒等行；受道，谓信受行持出世三乘之道也。平等缘乃同体悲智，能为界内凡夫冥熏习缘。依礼拜、禅定力，感应道交，不可思议，常现身光，启人心信。诸佛应法身地上菩萨者，则即他受用身土也。
未二 示体用熏习位
此体用熏习，分别复有二种。云何为二？一者、未相应：谓凡夫、二乘、初发意菩萨等，以意、意识熏习，依信力故而能修行，未得无分别心与体相应故，未得自在业修行与用相应故。二者、已相应：谓法身菩萨得无分别心与诸佛知用相应，唯依法力自然修行，熏习真如、灭无明故。
未相应熏习，即未证真如位、缘修也。已相应，即已证真如位、真修也。
寅二 明净满染法有断
复次、染法从无始已来熏习不断，乃至得佛后则有断。净法熏习则无有断，尽于未来。此义云何？以真如法常熏习故妄心则灭，法身显现起用熏习，故无有断。妄染本空，唯从…
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