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辰叁 顯染心與無明所障礙
又染心義者，名爲煩惱礙，能障真如根本智故。無明義者，名爲智礙，能障世間自然業智故。此義雲何？以依染心能見、能現、妄取境界，違平等性故。以一切法常靜無有起相，無明不覺妄與法違，故不能得隨順世間一切境界種種知故。染心能起分段、變易二種生死，障大涅槃，故名爲煩惱礙；即前七識現行相應諸煩惱心心法，及阿黎耶識中諸煩惱種是也。無明能起六種染心，障大菩提，故名智礙；即第六、第七識中現行相應之獨行恒行不共無明，及阿黎耶識中之無明種子也。
醜叁 解釋心生滅因緣相
寅一 正明生滅粗細因緣相
複次、分別生滅相者有二種。雲何爲二？一者、粗，與心相應故。二者、細，與心不相應故。又、粗中之粗，凡夫境界；粗中之細及細中之粗，菩薩境界；細中之細，是佛境界。此二種生滅，依于無明熏習而有，所謂依因、依緣：依因者、不覺義故；依緣者、妄作境界義故。若因滅則緣滅：因滅故不相應心滅，緣滅故相應心滅。因滅謂無明所熏起之生滅心種因緣滅；緣滅謂八識心心法能爲增上緣、所緣緣、等無間緣之現行生滅心滅。粗生滅相、謂異熟因果生滅相；細生滅相、謂等流因果生滅相。粗粗、謂人我見相應心心法聚之現行；粗細、謂人我見不相應心心法聚之種習；細粗、謂法我見相應心心法之現行；細細、謂法我見不相應心心法之種習。推其所本，則皆由無明熏習而起也。
寅二 寄辨心相體滅不滅義
問曰：若心滅者，雲何相續？若相續者，雲何說究竟滅？答曰：所言滅者，唯心相滅，非心體滅。如風依水而有動相，若水滅則風相斷絕，無所依止；以水不滅，風相相續。唯風滅故，動相隨滅，非是水滅。無明亦爾，依心體而動，若心體滅則衆生斷絕，無所依止；以體不滅，心得相續。唯癡滅故，心相隨滅，非心智滅。體指非染非淨無名可名之本心體；相指一切雜染差別心相。染相亦不離體，以違于體，令體晦昧，故但名爲心相。然彼清淨平等之智，亦不離相，以順于體，令體明顯，故但名爲心體。心體如水，雜染心相如昏動渾濁之水，名爲波流，不名爲水；智淨心相如澄清平明之水，正名爲水，不名爲波流也。
子二 顯示心染淨熏習義
醜一 總標染淨熏習法相
複次、有四種法熏習義故，染法、淨法起不斷絕。雲何爲四？一者、淨法，名爲真如。二者、一切染因，名爲無明。叁者、妄心，名爲業識。四者、妄境界，所謂六塵。
醜二 隨解染淨熏習名義
熏習義者：如世間衣服，實無于香，若人以香而熏習故，則有香氣。此亦如是，真如淨法實無于染，但以無明而熏習故，則有染相。無明染法實無淨業，但以真如而熏習故，則有淨用。
根本無覆無記心體，本非善惡，故曰無記；本非染淨，故曰無覆。有時說本淨者，當知即以本無染淨相說爲本淨也。以有隨順無明諸有漏法爲熏習故，則有染相。以有隨順真如諸無漏爲熏習故，則有淨用。然有漏、無漏之心種，各具無始本有與熏習始起之二類。此中所言實無于染之真如淨法及實無淨業之無明染法，即無始本有之染淨心種也。
醜叁 廣釋染淨熏習法義
寅一 明染淨互熏無斷
卯一 明熏習起染法不斷
雲何熏習起染法不斷？所謂以依真如法故有于無明；以有無明染法因故即熏習真如，以熏習故則有妄心；以有妄心即熏習無明，不了真如法故，不覺念起現妄境界；以有妄境界染法緣故，即熏習妄心，令其念著造種種業，受于一切身心等苦。此妄境界熏習義，則有二種。雲何爲二？一者、增長念熏習，二者、增長取熏習。妄心熏習義有二種。雲何爲二？一者、業識根本熏習：能受阿羅漢、辟支佛、一切菩薩生滅苦故。二者、增長分別事識熏習：能受凡夫業系苦故。無明熏習義有二種。雲何爲二？一者、根本熏習：以能成就業識故。二者、所起見愛熏習：以能成就分別事識義故。以真如法非明無明，以非明故，有于無明，爲諸染法作增上緣，熏習心體，有妄心起。以妄心由無明而起，妄有所見，現妄境界。複以境界爲增上緣，妄心愛取，造業受報。此即以一真如、二無明、叁妄心、四妄境界之一淨叁染法，互熏起染法不斷絕也。妄境界熏習妄心增長于念者，即名言習氣也。增長取者，即二取習氣也。妄心熏習無明之業識根本者，即變易生死之真異熟也。又增長分別事識者，即分段生死之異熟生也。此二皆異熟習氣也。無明熏習心體之根本者，即不共無明能令第八、第七之二識爲俱有依，現起八識四分諸心心法，乃等流習氣也。又所起見愛者，即叁界內潤生無明，乃有支習氣也。
卯二 明熏習起淨法不斷
辰一 淨熏習通相
雲何熏習起淨法不斷？所謂以有真如法故能熏習無明，以熏習因緣力故，則令妄心厭生死苦，樂求涅槃；以此妄心有厭求因緣故，即熏習真如，自信己性，知心妄動，無前境界，修遠離法；以如實知無前境界故，種種方便，起隨順行，不取不念，乃至久遠熏習力故，無明則滅。以無明滅故心無有起，以無起故境界隨滅；以因緣俱滅故，心相皆盡，名得涅槃，成自然業。
以真如法非無明故，有于本覺，能違無明。轉令妄心起始覺智，求證真如，厭離妄境。證真如故無明則滅，無明滅故無妄念起，妄念息故妄境界空，妄境界空得大涅槃，真心性顯，成自然業。
辰二 淨熏習別相
巳一 妄心熏習
妄心熏習義有二種，雲何爲二？一者、分別事識熏習：依諸凡夫、二乘人等，厭生死苦，隨力所能以漸趣向無上道故。二者、意熏習：謂諸菩薩發心勇猛，速趣涅槃故。
凡夫、二乘，但知有前六識，故但令先從分別事識，斷貪、嗔、癡，修戒、定、慧也。菩薩發心，先知有如來藏、藏識、末那識故；六、七二識能同時轉爲妙觀察智與平等性智，不滯化城而直趣圓寂也。
巳二 真如熏習
午一 標名數
真如熏習義有二種，雲何爲二？一者、自體相熏習，二者、用熏習。
午二 釋名義
未一 顯體用熏習相
申一 體熏習
自體相熏習者：從無始世來具無漏法，備有不思議業，作境界之性。依此二義，恒常熏習。以有力故，能令衆生厭生死苦，樂求涅槃，自信己身有真如法，發心修行。問曰：若如是義者，一切衆生悉有真如，等皆熏習，雲何有信無信、無量前後差別？皆應一時自知有真如法，勤修方便，等入涅槃？答曰：真如本一，而有無量無邊無明，從本已來自性、差別厚薄不同故。過恒沙等上煩惱依無明起差別，我見、愛染煩惱依無明起差別；如是一切煩惱，依于無明所起前後無量差別，唯如來能知故。又諸佛法有因、有緣，因緣具足乃得成辦。如木中火性是火正因，若無人知，不假方便，能自燒木，無有是處。衆生亦爾，雖有正因熏習之力，若不遇諸佛、菩薩善知識等以之爲緣，能自斷煩惱入涅槃者，則無是處。若雖有外緣之力，而內淨法未有熏習力者，亦不能究竟厭生死苦，樂求涅槃。若因緣具足者，所謂自有熏習之力，又爲諸佛、菩薩等慈悲願護，故能起厭苦之心，信有涅槃，修習善根。以修善根成熟故，則值諸佛、菩薩示教利喜，乃能進趣向涅槃道。
此雲真如，乃以心真如性心根本體，與本有諸無漏功德種性，及佛果上成滿一切無爲無漏功德，總名之曰真如者也。故即如來藏，亦即如來法身也。此中言真如自體相者，即如來藏，乃人人正因佛性之內熏；能令有自覺心，啓發淨信，修行佛法也。其問答中，說明同具佛性而有信不信前後差別者，一、由無明煩惱厚薄；二、由雖具佛性正因，尚須緣因、了因，乃能發動開顯。文義可知。
依 他 起性──┐
│ ┌有漏……雜染依他起性……隨順遍計所執性起者
┌生滅因緣相……有爲┤
一心┤ ├無漏……清淨依他起性……隨順圓成實性起者
└真 如 性……無爲┤ │
│ └──┤ 即如來藏亦
圓 成 實性──┘ └─真如………………圓成實性
即如來法身
申二 用熏習
用熏習者：即是衆生外緣之力。如是外緣，有無量義，略說二種。雲何爲二？一者、差別緣，二者、平等緣。差別緣者：此人依于諸佛、菩薩等，從初發意始求道時乃至得佛，于中若見、若念，或爲眷屬父母諸親，或爲給使，或爲知友，或爲怨家，或起四攝，乃至一切所作無量行緣；以起大悲熏習之力，能令衆生增長善根，若見若聞得利益故。此緣有二種，雲何爲二？一者、近緣，速得度故。二者、遠緣，久遠得度故。是近、遠二緣，分別複有二種。雲何爲二？一者、增長行緣，二者、受道緣。平等緣者：一切諸佛、菩薩皆願度脫一切衆生，自然熏習恒常不舍，以同體智力故，隨應見聞而現作業； 所謂衆生依于叁昧，乃得平等見諸佛故。
真如之用熏習，謂佛及法身大士所成就無邊福智，以大悲願增上力故，能發起衆生緣因佛性也。其差別緣，乃佛菩薩以應化身，爲叁界內凡夫作顯熏習者。增長行，謂增長施、戒等行；受道，謂信受行持出世叁乘之道也。平等緣乃同體悲智，能爲界內凡夫冥熏習緣。依禮拜、禅定力，感應道交，不可思議，常現身光，啓人心信。諸佛應法身地上菩薩者，則即他受用身土也。
未二 示體用熏習位
此體用熏習，分別複有二種。雲何爲二？一者、未相應：謂凡夫、二乘、初發意菩薩等，以意、意識熏習，依信力故而能修行，未得無分別心與體相應故，未得自在業修行與用相應故。二者、已相應：謂法身菩薩得無分別心與諸佛知用相應，唯依法力自然修行，熏習真如、滅無明故。
未相應熏習，即未證真如位、緣修也。已相應，即已證真如位、真修也。
寅二 明淨滿染法有斷
複次、染法從無始已來熏習不斷，乃至得佛後則有斷。淨法熏習則無有斷，盡于未來。此義雲何？以真如法常熏習故妄心則滅，法身顯現起用熏習，故無有斷。妄染本空，唯從…
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