真常心、本觉说，自不无其理论难题和可能发生的弊端。真我与无我、客尘后起抑本有、为生死涅槃依持与轮回主体，被认为真常心论的三大难题，古人对此进行过认真讨论。
真心如虚空遍一切处、不变不易的说法，与婆罗门教数论派等精神本质或灵魂“神我”(purusa)遍一切处、常存独在的说法表面相似，难免使一些人认为真常心论是数论派影响下的产物，与佛法的核心诸法无我相悖，有堕入“外道见”之嫌，甚而被斥为“中土伪说”。对这一问题，《楞伽经》卷二早就作过辨析：佛说如来藏，“不同外道所说之我”，是对畏惧无我的愚夫说诸法无我的一种善巧方便，“为离外道见故，当依无我如来之藏”，如来藏仍以无我为本性。《楞严经》卷二阿难请问：佛说“觉缘遍十方界，湛然常住，性非生灭”，与投灰外道等说遍满十方的真我有何差别？佛解答说：外道认真我自然本有，若自然本有者，必应有其自然的实体，然 “精觉妙明，非因非缘，亦非自然，非不自然，无是非是，离一切相，即一切法”，是超越因缘与自然的唯一绝对者，并非在万有之外有一个真心的实体。《大乘止观》卷二云：
外道所计，心外有法，大小远近，三世六道。历然是实。但以神我微妙广大，故遍一切处，犹如虚空。此即见有实事之相异神我，神我之相异实事也。设使即事计我，我与事一，但彼执事为实，彼此不融。佛法之内即不如是。知一切法悉是心作，但以心性缘起，不无相别。虽复相别，其唯一心为体，以体为用，故言实际无所不至，非谓心外有其实事，心遍在中，名为至也。
外道所说的神我，终不离二元论的立场：一方面承认万物有离心识而本然的自性，一方面说有无所不遍的神我，此神我与万物为二。即便说神我不离万物，而执万物为实体，其神我与万物，终非是一。佛法所立真心，独一绝对，不在万物之外，即是万物的体性，纷纭万象，全体为真心的相用，万有与真心一体不二、非一非异，与数论派等二元论的神我颇为不同。而且，佛法所说真心，以及真心所现万有，皆本来空寂，无实自性，不可言说，与执万物与神我皆实有的外道见地有关键性的区别。
真常心论的又一最容易令人迷惑的理论难题，是真心本明与无明妄心的关系问题：若真心本净本觉，众生本来是佛，那么无明妄念又从何而起？如果说无明妄念从真心生，那么它又怎能止息？说无明无始有终，岂非违背了无始则无终的缘起法则？唐复礼法师曾就这一问题请问天下学者：
真法性本净，妄念何由起？许妄从真生，此妄安可止？无初则无终，有终应有始。无始而有终，常怀懵斯理。[4]
对此问题，澄观的回答是：“从来未曾悟，故说妄无始”——就事实来说，因为众生从来未曾悟，无始以来迷昧不觉，故言无明妄心无始。知礼《四明教行录》回答：真性超越真与妄，经论说从真起妄，是就修证而言，“不如是，则无以显进修之人复本还源之道矣”。若就现实而言，应说一切众生自无始来唯在迷不觉，只是潜在有能觉的可能性。
由从真起妄还容易引起另一个问题：既然说从真可以起妄，那么十方诸佛又何时起妄再堕为众生？《圆觉经》对这一问题的回答是：譬如金矿已冶炼成纯金，不会再回复为金矿；已成佛者，不会再堕为众生。
总之，中国佛学所谓本觉乃至本来是佛，也是就真如理及证得佛果的可能性而言，只是说矿中有金而非谓矿即是金。说本来是佛，又常是一种打消众生与佛二元分裂根本法执的方便，若存有一个“我是众生，多劫方敢期望成佛”的念头，适成证悟佛性的障碍。何况承当本觉或本来是佛，并非真常心论的第一义，真常心论的第一义，仍然是离能觉所觉、是佛非佛，毕竟不可言说。马祖道一禅师常说“即心即佛”，但当学人认定一个即佛之心实有时，他不得不用“非心非佛”去否定，后来又说“不是心，不是佛，不是物”。即心即佛(心性本觉)的表诠与非心非佛非物的遮诠，都是破执的方便而非第一义。
真常心说可能产生的弊端，主要是其用于修证实践，是反本归根式的，可能会使人只内向参究自心，而忽视在众生中、社会生活中积极修六度万行，以禅宗为代表的中国传统佛教被批评为“教在大乘，行在小乘”，在主导思想上大概可以说主要是真常心导致的偏向。这是现代一些唯识学者批评真常心论乃至否定中国化佛学的重要理由。比起真常心论，唯识学有为缘起的实践是革新式的，确有鼓励人力修万行的积极精神，但也有难以满足急求解脱者宗教需求及理论上使涅槃陷入有为法的缺陷。
真常心论可能导致的另一弊端，是导致所谓“圆实堕”的“任病”，既然本来是佛，无修无证，烦恼即是菩提，则何妨放任自然，不持戒、不断烦恼、不修诸善，流于“狂襌”。这多分出于对真常心论的误解，古人对这种偏弊有许多批评。法性、真心本来不可言说，一落言诠，不论遮诠表诠，皆难免其弊端，需要学人多闻广学、善于解读，更需依善知识方便开导。
真常心论的无为缘起与唯识学的有为缘起，亦非不可融和，中国佛学家们通过性相、理事等一如不二的中道，及“体相用”三大范畴，融通二者，如《大乘止观》卷三云：
真心是体，本识(阿赖耶识)是相，六七等识是用。如似水为体，流为相，波为用。
体谓体性、本质、本性，相谓现象，用谓作用，体相用一体不二，即是真心与妄心不二。又说心体具寂、用二义，寂，谓心体平等，离一切相，本不生灭，本来空寂；用，谓心体具顺、违两种用：凡夫由不识心性，违逆心性而起无明染心，造成三界六道生死轮回的苦果；诸佛圣众符顺心性而起净心，成就永出生死、常享涅槃、普利众生之乐果。就像一根金条，不识货者用它作搅屎棍，识货者将它打作价值连城的精美佛像，其价值(用)虽有天壤之别，金的本性并无丝毫差异。心体与万有，也是如此，万有乃真心的相用，真心乃万有的体性，喻如波为水的相用，水为波的体性。相宗与性宗，也是如此，相宗从事相、相用方面谈有为缘起，多讲渐修；性宗从理、体方面谈无为缘起，旨在顿悟。二宗只是切入真如的角度不同，根本上并非矛盾。若论顿悟，自以性宗为直截快当，但顿悟后尚须渐修，则需相宗，何况并非所有人皆可顿悟。《楞伽经》虽说如来藏，而主张“渐净非顿”；《楞严经》卷十谓“理则顿悟，乘悟并销；事非顿除，因次第尽”。相宗虽精析法相，但泥于逻辑解析，易滋长法执，成顿悟的障碍，故需历劫渐修，难以速达法源。若求顿悟，则离了性宗，别无所依。性宗如来藏缘起论以一如来藏自性清净心或法界，通过体相用，从理论及实修上已将性相二宗、有为无为二缘起说整合、融通于一体，对它的否定，主要出于思维方式的不同：用唯识学属形式逻辑的思维方法，否定性宗辨证思维、直觉思维的成果，是乃悟性不足所致。
本觉与灵寂之知
中国佛学“性觉”说的特出点，是将“本觉”点明为真心本具的“灵知”，具云“灵寂之知”。以“灵明寂照”或“寂照”即空寂与灵知为真心的两大基本性质，几乎被中国化佛教诸宗共认。天台宗智者大师《法华玄义》卷八说实相“寂照灵知，故名中实理心”，二乘只得第一义空之寂，不得其照，故非实相，“菩萨得寂又得寂照，即是实相”。玄觉《禅宗永嘉集》以“寂照”二字为修定见性的诀要，也是对心性的描述，有云：“忘缘之后寂寂，灵知之性历历”，“以奢摩他故，虽寂而常照；以毗婆舍那故，虽照而常寂；以优毕叉故，非照而非寂”。照，用作修习诀要时又称“惺惺”，后世禅师教人“常惺惺”，意谓不迷昧灵寂之知。惠能门下神会荷泽宗一系，尤突出“知”字，将心性表述为灵寂之知，神会语录有云：
即以本觉之智能知故，称为智证。
无住体上，自有本智，以本智能知。
即无物心，自性空寂，空寂体上，自有本智，谓知以为照用。[5]
说心性有自性空寂及能知两大特性，能知之性，名为本智(本觉之智)，亦即《华严经》所说自然智、无师智，其所知乃本来空寂之性，与藏传噶举派所言与空性同时而起能证知空性的“俱生智”(自然智)颇为相近。神会再传弟子华严宗四祖澄观有云：
此上无缘之知，斯为禅宗之妙。……此知，知于空寂无生如来藏性，方为妙耳。[6]
说禅宗的要义在体认离一切认识对象的“无缘之知”，即纯粹知性，此性所知，乃空寂无生的如来藏性。澄观答唐顺宗问《心要笺》说心体“灵知不昧”、“任运寂知”。
此说被华严宗五祖宗密进一步发挥，其《圆觉经大疏》中将心体的性质归纳为寂(空寂无生)、知两个方面，谓“即寂而知，知即真智，亦名菩提、涅槃”，将心性之本觉描述为“灵明空寂”、“灵灵不昧、了了常知”。[7]宗密特别强调心性“知”的一面，其《禅源诸诠集都序》卷二明言达摩以来代代祖师相传的心印，是一个“知”字，所谓“知之一字，众妙之门”，为达摩以来禅宗诸祖心传之法要，述禅宗传心的方法说：禅师先令学人断绝诸缘，然后问：“诸缘绝时，有断灭否？”答：“虽绝诸念，亦不断灭。”问：“以何验证，云不断灭？”答：“了了自知，言不可及。”禅师于是印证：只此是自性清净心。若所答不契，即再令观察，直到自悟，绝不先为之说破“知”字，这叫做默传心印，“默者，唯默知字。” 宗密《中华传心地禅门师资承袭图》谓说空犹是遮遣之言，知，是当体表显，“唯此方为真心本体”。这种知性，从本以来如此，无论是迷是悟，无论在众生还是在诸佛，都是如此，没有差别：
任迷任悟，心本自知，不籍缘生，不因境起。迷时烦恼亦知，知非烦恼；悟时神变亦知，知非神变。[8]
宗密此说，容易导致误认见闻觉知之知为本…
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