真常心、本覺說，自不無其理論難題和可能發生的弊端。真我與無我、客塵後起抑本有、爲生死涅槃依持與輪回主體，被認爲真常心論的叁大難題，古人對此進行過認真討論。
真心如虛空遍一切處、不變不易的說法，與婆羅門教數論派等精神本質或靈魂“神我”(purusa)遍一切處、常存獨在的說法表面相似，難免使一些人認爲真常心論是數論派影響下的産物，與佛法的核心諸法無我相悖，有墮入“外道見”之嫌，甚而被斥爲“中土僞說”。對這一問題，《楞伽經》卷二早就作過辨析：佛說如來藏，“不同外道所說之我”，是對畏懼無我的愚夫說諸法無我的一種善巧方便，“爲離外道見故，當依無我如來之藏”，如來藏仍以無我爲本性。《楞嚴經》卷二阿難請問：佛說“覺緣遍十方界，湛然常住，性非生滅”，與投灰外道等說遍滿十方的真我有何差別？佛解答說：外道認真我自然本有，若自然本有者，必應有其自然的實體，然 “精覺妙明，非因非緣，亦非自然，非不自然，無是非是，離一切相，即一切法”，是超越因緣與自然的唯一絕對者，並非在萬有之外有一個真心的實體。《大乘止觀》卷二雲：
外道所計，心外有法，大小遠近，叁世六道。曆然是實。但以神我微妙廣大，故遍一切處，猶如虛空。此即見有實事之相異神我，神我之相異實事也。設使即事計我，我與事一，但彼執事爲實，彼此不融。佛法之內即不如是。知一切法悉是心作，但以心性緣起，不無相別。雖複相別，其唯一心爲體，以體爲用，故言實際無所不至，非謂心外有其實事，心遍在中，名爲至也。
外道所說的神我，終不離二元論的立場：一方面承認萬物有離心識而本然的自性，一方面說有無所不遍的神我，此神我與萬物爲二。即便說神我不離萬物，而執萬物爲實體，其神我與萬物，終非是一。佛法所立真心，獨一絕對，不在萬物之外，即是萬物的體性，紛纭萬象，全體爲真心的相用，萬有與真心一體不二、非一非異，與數論派等二元論的神我頗爲不同。而且，佛法所說真心，以及真心所現萬有，皆本來空寂，無實自性，不可言說，與執萬物與神我皆實有的外道見地有關鍵性的區別。
真常心論的又一最容易令人迷惑的理論難題，是真心本明與無明妄心的關系問題：若真心本淨本覺，衆生本來是佛，那麼無明妄念又從何而起？如果說無明妄念從真心生，那麼它又怎能止息？說無明無始有終，豈非違背了無始則無終的緣起法則？唐複禮法師曾就這一問題請問天下學者：
真法性本淨，妄念何由起？許妄從真生，此妄安可止？無初則無終，有終應有始。無始而有終，常懷懵斯理。[4]
對此問題，澄觀的回答是：“從來未曾悟，故說妄無始”——就事實來說，因爲衆生從來未曾悟，無始以來迷昧不覺，故言無明妄心無始。知禮《四明教行錄》回答：真性超越真與妄，經論說從真起妄，是就修證而言，“不如是，則無以顯進修之人複本還源之道矣”。若就現實而言，應說一切衆生自無始來唯在迷不覺，只是潛在有能覺的可能性。
由從真起妄還容易引起另一個問題：既然說從真可以起妄，那麼十方諸佛又何時起妄再墮爲衆生？《圓覺經》對這一問題的回答是：譬如金礦已冶煉成純金，不會再回複爲金礦；已成佛者，不會再墮爲衆生。
總之，中國佛學所謂本覺乃至本來是佛，也是就真如理及證得佛果的可能性而言，只是說礦中有金而非謂礦即是金。說本來是佛，又常是一種打消衆生與佛二元分裂根本法執的方便，若存有一個“我是衆生，多劫方敢期望成佛”的念頭，適成證悟佛性的障礙。何況承當本覺或本來是佛，並非真常心論的第一義，真常心論的第一義，仍然是離能覺所覺、是佛非佛，畢竟不可言說。馬祖道一禅師常說“即心即佛”，但當學人認定一個即佛之心實有時，他不得不用“非心非佛”去否定，後來又說“不是心，不是佛，不是物”。即心即佛(心性本覺)的表诠與非心非佛非物的遮诠，都是破執的方便而非第一義。
真常心說可能産生的弊端，主要是其用于修證實踐，是反本歸根式的，可能會使人只內向參究自心，而忽視在衆生中、社會生活中積極修六度萬行，以禅宗爲代表的中國傳統佛教被批評爲“教在大乘，行在小乘”，在主導思想上大概可以說主要是真常心導致的偏向。這是現代一些唯識學者批評真常心論乃至否定中國化佛學的重要理由。比起真常心論，唯識學有爲緣起的實踐是革新式的，確有鼓勵人力修萬行的積極精神，但也有難以滿足急求解脫者宗教需求及理論上使涅槃陷入有爲法的缺陷。
真常心論可能導致的另一弊端，是導致所謂“圓實墮”的“任病”，既然本來是佛，無修無證，煩惱即是菩提，則何妨放任自然，不持戒、不斷煩惱、不修諸善，流于“狂襌”。這多分出于對真常心論的誤解，古人對這種偏弊有許多批評。法性、真心本來不可言說，一落言诠，不論遮诠表诠，皆難免其弊端，需要學人多聞廣學、善于解讀，更需依善知識方便開導。
真常心論的無爲緣起與唯識學的有爲緣起，亦非不可融和，中國佛學家們通過性相、理事等一如不二的中道，及“體相用”叁大範疇，融通二者，如《大乘止觀》卷叁雲：
真心是體，本識(阿賴耶識)是相，六七等識是用。如似水爲體，流爲相，波爲用。
體謂體性、本質、本性，相謂現象，用謂作用，體相用一體不二，即是真心與妄心不二。又說心體具寂、用二義，寂，謂心體平等，離一切相，本不生滅，本來空寂；用，謂心體具順、違兩種用：凡夫由不識心性，違逆心性而起無明染心，造成叁界六道生死輪回的苦果；諸佛聖衆符順心性而起淨心，成就永出生死、常享涅槃、普利衆生之樂果。就像一根金條，不識貨者用它作攪屎棍，識貨者將它打作價值連城的精美佛像，其價值(用)雖有天壤之別，金的本性並無絲毫差異。心體與萬有，也是如此，萬有乃真心的相用，真心乃萬有的體性，喻如波爲水的相用，水爲波的體性。相宗與性宗，也是如此，相宗從事相、相用方面談有爲緣起，多講漸修；性宗從理、體方面談無爲緣起，旨在頓悟。二宗只是切入真如的角度不同，根本上並非矛盾。若論頓悟，自以性宗爲直截快當，但頓悟後尚須漸修，則需相宗，何況並非所有人皆可頓悟。《楞伽經》雖說如來藏，而主張“漸淨非頓”；《楞嚴經》卷十謂“理則頓悟，乘悟並銷；事非頓除，因次第盡”。相宗雖精析法相，但泥于邏輯解析，易滋長法執，成頓悟的障礙，故需曆劫漸修，難以速達法源。若求頓悟，則離了性宗，別無所依。性宗如來藏緣起論以一如來藏自性清淨心或法界，通過體相用，從理論及實修上已將性相二宗、有爲無爲二緣起說整合、融通于一體，對它的否定，主要出于思維方式的不同：用唯識學屬形式邏輯的思維方法，否定性宗辨證思維、直覺思維的成果，是乃悟性不足所致。
本覺與靈寂之知
中國佛學“性覺”說的特出點，是將“本覺”點明爲真心本具的“靈知”，具雲“靈寂之知”。以“靈明寂照”或“寂照”即空寂與靈知爲真心的兩大基本性質，幾乎被中國化佛教諸宗共認。天臺宗智者大師《法華玄義》卷八說實相“寂照靈知，故名中實理心”，二乘只得第一義空之寂，不得其照，故非實相，“菩薩得寂又得寂照，即是實相”。玄覺《禅宗永嘉集》以“寂照”二字爲修定見性的訣要，也是對心性的描述，有雲：“忘緣之後寂寂，靈知之性曆曆”，“以奢摩他故，雖寂而常照；以毗婆舍那故，雖照而常寂；以優畢叉故，非照而非寂”。照，用作修習訣要時又稱“惺惺”，後世禅師教人“常惺惺”，意謂不迷昧靈寂之知。惠能門下神會荷澤宗一系，尤突出“知”字，將心性表述爲靈寂之知，神會語錄有雲：
即以本覺之智能知故，稱爲智證。
無住體上，自有本智，以本智能知。
即無物心，自性空寂，空寂體上，自有本智，謂知以爲照用。[5]
說心性有自性空寂及能知兩大特性，能知之性，名爲本智(本覺之智)，亦即《華嚴經》所說自然智、無師智，其所知乃本來空寂之性，與藏傳噶舉派所言與空性同時而起能證知空性的“俱生智”(自然智)頗爲相近。神會再傳弟子華嚴宗四祖澄觀有雲：
此上無緣之知，斯爲禅宗之妙。……此知，知于空寂無生如來藏性，方爲妙耳。[6]
說禅宗的要義在體認離一切認識對象的“無緣之知”，即純粹知性，此性所知，乃空寂無生的如來藏性。澄觀答唐順宗問《心要箋》說心體“靈知不昧”、“任運寂知”。
此說被華嚴宗五祖宗密進一步發揮，其《圓覺經大疏》中將心體的性質歸納爲寂(空寂無生)、知兩個方面，謂“即寂而知，知即真智，亦名菩提、涅槃”，將心性之本覺描述爲“靈明空寂”、“靈靈不昧、了了常知”。[7]宗密特別強調心性“知”的一面，其《禅源諸诠集都序》卷二明言達摩以來代代祖師相傳的心印，是一個“知”字，所謂“知之一字，衆妙之門”，爲達摩以來禅宗諸祖心傳之法要，述禅宗傳心的方法說：禅師先令學人斷絕諸緣，然後問：“諸緣絕時，有斷滅否？”答：“雖絕諸念，亦不斷滅。”問：“以何驗證，雲不斷滅？”答：“了了自知，言不可及。”禅師于是印證：只此是自性清淨心。若所答不契，即再令觀察，直到自悟，絕不先爲之說破“知”字，這叫做默傳心印，“默者，唯默知字。” 宗密《中華傳心地禅門師資承襲圖》謂說空猶是遮遣之言，知，是當體表顯，“唯此方爲真心本體”。這種知性，從本以來如此，無論是迷是悟，無論在衆生還是在諸佛，都是如此，沒有差別：
任迷任悟，心本自知，不籍緣生，不因境起。迷時煩惱亦知，知非煩惱；悟時神變亦知，知非神變。[8]
宗密此說，容易導致誤認見聞覺知之知爲本…
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