..续本文上一页，究来究去，追至无可追，究至无可究，不知有人，不知有我，空荡荡，虚豁豁地，忽然咄地一声，便知落处，则不被流俗阿师所瞒。(《普照国师法语》卷下〈示津阳彦信士〉)
须自己日常返照，看毕竟死了烧了，此一段灵明向何处去？即今转动施为、折旋俯仰是谁主宰？无想无梦之际，主人翁在甚么处？孜孜返照，念念追寻，无间闲忙，不分昼夜。忽然不知不觉咄地一声，便知落处，了了分明，更不问人也。般若之智，时时现前；一切境缘，如红炉点雪；灵明湛寂，觌体如如。千魔百怪，不能动摇，如大圆镜，物来便鉴物，去了无朕迹，所谓本来无一物，触处独圆明也，只此是出生死紧要处。(《普照国师法语》卷下〈示秀云性英道人〉)
但看贪时，贪从何起？嗔时，嗔从何来？痴时，痴作何状？看之照之，不计岁月，久久纯熟打成一片，忽然咄(按：音duò)地一声，便见本来面目，尽是大圆满觉，于中觅一点贪嗔痴相了不可得，便是出生死，证菩提，到彼岸时节也。(《普照国师法语》卷下〈示小滨民部居士〉)
专入禅定者谁？提撕话头者谁？或时不入禅定者又是谁？不提撕话头者又是谁？如是参去，忽然看破两重关，纵横于天地之间，自由自在，则佛祖不相谩耳。(《普照国师法语》卷下〈示藤资清尚书〉)
善人谁缚汝？谁将生死烦恼与汝？既未知下落，须时时观察，念念返照。忽然眉毛触杀虚空，自有倒断处，更不问人。乃知般若智现前，如亘天烈焰，一切梦幻空花，实时消殒，净尽无余矣。(《普照国师法语》卷下〈示道成善士〉)
据此可知，隐元的参究自己身心的禅法的特点是：1、参究的对象是自己的身心，例如可参究自己的心性在何处？在行住坐卧、迎宾待客时心性在什么地方？在思虑时与不思虑时心性是什么样子？死后火化了，灵魂到何处？也可参究自己的贪瞋之心，追问自己“贪时，贪从何起？嗔时，嗔从何来？”还可自已参究是谁在坐禅，谁在参扣话头？参扣是谁在束缚自己，谁给自己带来生死烦恼？2、参究的场合不限于在入定坐禅的时候，在昼三夜三的任何时间和行住坐卧乃至迎宾待客的任何场合皆可参究；3、在参究中对参究的问题要达观对待，并且参究不要间断，所谓“追来追去，究来究去，追至无可追”；“孜孜返照，念念追寻，无间闲忙，不分昼夜”；得到般若之智，心如明镜；“看之照之，不计岁月”；“时时观察，念念返照”；4、达到的最高精神境界是体悟自性(佛性)，认识一切皆空的道理，不再执著于分辨他与我、内与外、身与心等的世俗认识，从而出离生死，精神自由，即所谓“不知有人，不知有我，空荡荡，虚豁豁地”；“看破两重关，纵横于天地之间，自由自在”；“一切梦幻空花，实时消殒，净尽无余”及《普照国师法语》卷下〈示仁禅人〉所说的“一念万年，万年一念，身心一如，我人一致” 。隐元强调，这种精神境界是通过长期参究而达到顿悟得来的，所谓“咄地一声，便见本来面目”。
隐元虽然一再地表示，达到顿悟解脱不靠语言文字，不靠思维推理，然而他还是要求门下弟子要经常阅读佛典乃至禅宗祖师的语录。他制定的《黄檗清规·梵行章第五》中明确地规定：“凡是黄檗儿孙，须依黄檗规约持戒礼诵，增激参禅。禅暇不妨博览藏典、尊宿语录。”
(四)保持明代禅净双修的做法，参禅还要念佛
自北宋永明延寿(904－975)提倡禅净双修以后，不少禅僧也提倡修持净土念佛党法门，如南宋曹洞宗的真歇清了(1090－1151)、元代临济宗的中峰明本(1263－1323)、天如惟则(？－1354)等人，虽也标榜“自性弥陀，唯心净土”，然而也皆提倡念佛。从隐元的著作和语录来看，他虽很少正面提倡念佛，然而在他亲自参与制订的《黄檗清规》中确实有读诵《阿弥陀经》和念阿弥陀佛的记载，例如：
晚堂诵《弥陀经》、《蒙山施食文》、《心经》、《往生咒》。
每月遇十四、三十羯磨夜，诵《弥陀经》已。
晚间《弥陀经》(或《大悲咒》)、南无阿弥陀如来(三遍)。
这实际是照搬中国汉地寺院的做法，与在佛教宗派壁垒森严的日本的禅寺是不一样的。在他的弟子中，据《续日本高僧传》卷五〈性莹传〉记载，隐元弟子独湛性莹(1629－1706)特别注重念佛，曾住持远江(在今静冈县)初山寺、上野(在今群马县)国瑞寺，天和二年(1682)奉旨住持黄檗寺，先后十一年，“律身精严，兼修净土，日课《弥陀经》四十八卷(按：经只一卷，此指诵经四十八遍)，礼佛三百或五百返，恒持佛号，未尝暂停”，最后在念佛中去世。日本临济宗妙心寺派学僧无著道忠所著《妙心寺志》中说，黄檗宗的“问答说禅”似禅宗，然而“高唱弥陀佛”似净土宗，“手结印契”似真言宗。 这正反映了隐元所传是中国进入明代以后盛行的带有诸宗融合色彩的佛教。
尽管如此，隐元仍是从禅宗“即心是佛”和“自性弥陀，唯心净土”的传统观点来对待净土念佛法门的，如前面所引，他曾对丹羽玉峰居士说过“一念清净圆明是弥陀……千佛万祖，皆从一心而成，离心而成，则成外道。”另外他在一次上堂说法中引述了一首偈颂，其中有“一言之下了无生(按：体认诸法空寂无生无灭的道理)，始信自家是佛陀”之句(《普照国师语录》卷下)；在《普照国师法语》卷下〈示陈道人〉中也有“念不净，不往极乐；心不染，不来娑婆(按：指现实世界)。娑婆、极乐，只在当人心念净染之间矣”。 从这里可见隐元仍坚持中国禅宗的基本宗旨，将修持心地法门和体悟自性当作修行解脱的根本。
此外，黄檗寺僧众在修行、经营佛事等方面长期保持中国明代禅寺的传统，例如读诵佛经用汉音，举办法会时演奏中国佛教的法器等。
(五)会通儒佛，在说法中提倡儒家忠孝之道
隐元在日本传法过程中，除上堂说法、解答僧俗信众的疑问外，还经常举办各种法会，其中有很多是应来自幕府、朝廷重臣或地方政府的官员、仕绅信徒的请求而举行的追荐父母、祖先的法会。隐元在这些法会说法中提倡儒佛一致的思想，将儒家的伦理观念与佛法巧妙地揉合在一起，既劝人孝亲忠君，又教人信奉佛法，受到日本朝野的欢迎。
隐元在中国时虽正式上学读书时间很短，然而经过刻苦自学和长期受到儒家思想文化的熏染，对儒家思想是十分熟悉的。这从他的大量语录、著作可以看出。他认为，一个在社会上有作为的人，应当既懂得佛教又精通儒家学问。他曾说：
知儒方可入佛，入佛而后通儒。只如真俗不二一句，作么生道？儒佛并担真铁汉，人间天上出头高。(《普照国师语录》卷上)
令知儒而后入佛，则成大家名流。盖佛儒迹虽异，而心莫不皆同。心虽一，其修证不无小大浅深矣。(《普照国师法语》卷下〈示石川居士〉)
这些语句不像是向普通信众讲的，对象似乎是对儒学已有相当修养的人。隐元表示，只有了解儒学的人方可信奉佛教，而奉佛之后才能真正通晓儒学，做到儒、佛兼奉，在世间则能立功出名，即使死后生到天上也非同凡辈。他还说，佛教与儒家虽然表现形态各异，然而二者的“心”(基本宗旨、趋向)是一致的，但在修证要求和方式方面却存在大小、浅深之别。言外之意自然是佛教属大、深，儒家属小、浅，佛教是优越于儒家的。
隐元在讲述儒家的孝道时也贯彻了这种思想。他在应请为不同信众举办的追荐父母、先祖的法会上说过：
父母乃人生之大本，人主乃天下之大本，天地乃万物之大本。佛祖乃群生之大本。能知大本之恩可报，其唯人中之孝欤。是以知恩方解报恩，识法乃能重法。知恩者知此大本也，以己推人，令普天之下尽行孝道，其恩不亦广且大乎。重法者重世出世间之法，舍身卫护以寿将来，不亦悠久无疆乎。能立广大悠久无疆之功，以成天下大孝，可谓至善至美矣。(《普照国师语录》卷下)
为孝不孝父母，非孝也。为忠不忠其君，非忠也。不忠不孝，人亦不成，况僧乎！况佛祖乎！我等学佛之徒，须体佛心，净佛戒，行佛言，证佛果。不唯一世二亲已荐，乃至无量劫来父母俱已荐矣。(《普照国师语录》卷上)
恩重天伦，禀乾坤之正气；义存昆仲，尽孝悌之真心。正气升，二仪判，三才立，雨旸时，百谷登，万民乐业，天道全矣。真心现，伦理明，敬事修，思慕切，哀乐当，生死去来，各正性命，人道成矣。若夫天人一贯，幽显一致，十界一如，万灵同体，冤亲平等，逆顺合辙，唯证乃知，非浅智之所测也。(《普照国师语录》卷上)
隐元从不同角度阐释孝道的重要性，主要有以下几点：
1、人生之本是父母，天下之本是君主，万物之本是天地，群生之本是佛祖。既然知本，就应当报本报恩，最重要的是奉行孝道。不仅自己孝敬父母，而且要劝导更多的人乃至天下人皆行孝，还应护特佛法。这个过程也是成就自己达到“至善至美”的道德境界的过程。
2、为人之道最根本的是孝亲忠君，如果做不到这点，不仅丧失人格，而且也没有做僧的资格。出家为僧者如果能够如法持戒修行，达到解脱，可以追荐近世远世父母皆得到超度。
3、孝悌之道感应于天地阴阳，人道贯通于天道。如果举世修持孝悌，崇尚道德，便能感通天地阴阳，风调雨顺，五谷丰登，国泰民安。……
隐元还告诉信众，要行孝道，完善道德，首先要净化自己的心性，说“一心清净，一切处无不清净；一心具足，一切处无不具足”，然后带动全家，风行所致，“一家仁一国兴仁，一家善一国兴善，一家孝一国兴孝。”(《普照国师语录》卷上)
隐元这样传法，受到朝野民众的欢迎，自然为他在日本传法带来方便。
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